为分析非洲菊叶绿体基因组密码子使用模式，本研究从其叶绿体基因组中去除重复CDS(Coding DNA sequence)和序列长度小于300 bp后得到53条基因序列，利用Codon W和在线程序CUSP分析其密码子偏好性。结果显示，非洲菊叶绿体基因组密码子第...
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为分析非洲菊叶绿体基因组密码子使用模式，本研究从其叶绿体基因组中去除重复CDS(Coding DNA sequence)和序列长度小于300 bp后得到53条基因序列，利用Codon W和在线程序CUSP分析其密码子偏好性。结果显示，非洲菊叶绿体基因组密码子第3位的GC含量为27.94%，偏向于以碱基A和U结尾；ENC范围36.02～57.43，平均值为47.66，ENC值>45的基因有40条，密码子的偏性较弱；RSCU值>1.00的密码子有29个。中性绘图、ENC-plot及PR2-plot分析结果显示，自然选择是非洲菊叶绿体基因组密码子使用偏性的主要影响因素。最优密码子为UUG、CUU、AAU、AGA、GGA、UAU、CAU。本研究结果为非洲菊重要经济性状的遗传改良、叶绿体遗传和进化分析提供必要的基础数据。
【目的】揭示三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性及分布特征,为该区域核桃资源的合理开发利用及科学保护提供参考依据。【方法】沿金沙江流域采集153份云南核桃资源,根据乡(镇)行政区划及资源分布情况将其划分成5个群体(YL、DQ、QZ、PTG和YC),采用微卫星(SSR)分子标记进行等位片段检测;运用GenAIEx6.5计算等位片段数,并以POPGENE version 1.32分析群体的遗传多样性。【结果】19对SSR引物共检测到130个等位片段,各片段在153份样本中的出现频率各不相同,其中片段A122出现的频率最高,达0.8301;有14个片段频率最低(稀有等位片段),仅0.0033。5个群体等位片段数量占总数的比例在70.70%~85.38%,Nei’基因多样性指数(H)平均为0.6046,Shannon’s信息指数(I)平均为1.1709,期望杂合度(He)平均为0.6165。5个群体遗传多样性的分布排序依次为QZ>YL>PTG>YC>TD。其中,TD群体高频率等位片段频率达0.9062,稀有等位片段占总稀有等位片段的比例为21.43%;PTG群体稀有等位片段占总稀有等位片段的比例达42.86%。【结论】三江并流区金沙江流域云南核桃种质资源的遗传多样性属于中等水平,应采取积极措施进行保护和利用,尤其应加强对野生核桃资源的保护和利用。开展品种选育及种质资源保护工作时,在选择遗传多样性高的群体基础上,应结合表型性状及稀有等位片段频率的分布特征,侧重于群体内单株的选择。
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