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基因组学与应用生物学 2020年第2期39卷 606-613页

作者：原晓龙李云琴王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护与繁育重点实验室昆明650201

本研究利用基因挖掘技术从球孢白僵菌(Beauveria bassiana)基因组中获得聚酮合酶(PKS)基因,并对这些基因序列进行生物信息学分析预测其功能,同时检测这些基因在不同培养基培养条件下的表达情况。结果显示:球孢白僵菌中含有13个PKS(Bdass... 详细信息

本研究利用基因挖掘技术从球孢白僵菌(Beauveria bassiana)基因组中获得聚酮合酶(PKS)基因,并对这些基因序列进行生物信息学分析预测其功能,同时检测这些基因在不同培养基培养条件下的表达情况。结果显示:球孢白僵菌中含有13个PKS(Bdass1~13)基因,结构域分析显示球孢白僵菌中有还原型PKS 8个,非还原型PKS 2个,杂合型NRPS/PKS 3个;聚类分析显示Bdass8参与卵孢白僵菌素生物合成,Bdass5可能参与洛伐他汀九酮体的生物合成、Bdass4可能参与伏马菌素的生物合成、Bdass11可能参与phenolthiocerol的生物合成;非还原型PKS中Bdass7和Bdass10可能参与分生孢子色素的合成,Bdass1、Bdass2、Bdass3、Bdass6、Bdass9、Bdass12、Bdass13分别与其他未知聚酮合酶形成独立的分支;不同的PKS基因在不同培养基培养条件下其表达情况差异非常显著,如Bdass8、Bdass10和Bdass11在5种培养基上均强烈表达,Bdass4、Bdass6在5种培养基上微弱表达,Bdass1、Bdass5、Bdass11、Bdass12、Bdass13仅在几种培养基上表达,Bdass2仅在INO培养上微弱表达,Bdass3、Bdass7在5种培养基上均不表达。该研究为球孢白僵菌中PKS基因的功能鉴定奠定基础。

关键词：球孢白僵菌基因组挖掘 PKS基因 PKS多样性

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干旱胁迫条件下水杨酸浸种对八蕊单室茱萸种子萌发和早期幼苗生长的影响

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湖南林业科技 2022年第3期49卷 24-29页

作者：张永坤张珊珊勐海县林业和草原局技术推广服务中心云南勐海666200 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

通过采用不同浓度水杨酸溶液(简称SA,浓度0、0.50、0.75 g·L^(-1))进行浸种处理及不同浓度聚乙二醇6000溶液(简称PEG 6000,浓度5%、15%和20%)模拟不同强度的干旱胁迫,研究干旱胁迫条件下SA溶液浸种对八蕊单室茱萸种子萌发和早期幼... 详细信息

通过采用不同浓度水杨酸溶液(简称SA,浓度0、0.50、0.75 g·L^(-1))进行浸种处理及不同浓度聚乙二醇6000溶液(简称PEG 6000,浓度5%、15%和20%)模拟不同强度的干旱胁迫,研究干旱胁迫条件下SA溶液浸种对八蕊单室茱萸种子萌发和早期幼苗生长指标的影响。结果表明:当SA溶液浓度分别为0、0.50和0.75 g·L^(-1)时,随着PEG 6000溶液浓度的增加,八蕊单室茱萸种子的萌发率、发芽势、发芽指数、地上部分干重和地下部分干重都显著下降。但是,当SA溶液浓度分别为0.50和0.75 g·L^(-1)时,种子萌发和早期幼苗生长指标的值显著高于同等PEG 6000浓度条件下SA溶液浓度为0 g·L^(-1)时的数值;而且,随着SA溶液浓度的增加,各项指标的值先升后降,在浓度为0.50 g·L^(-1)时达到最高值,显著高于浓度为0和0.75 g·L^(-1)两种处理条件下的值。综上所述,SA溶液的浸种处理可一定程度上缓解干旱胁迫对八蕊单室茱萸种子萌发和早期幼苗生长的影响。本研究可为八蕊单室茱萸的育苗提供一定的科学依据。

关键词：八蕊单室茱萸种子萌发幼苗生长水杨酸干旱胁迫

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牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子的全基因组鉴定与分析

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森林与环境学报 2021年第2期41卷 157-163页

作者：罗玛妮娅王毅郑元张璋王娟杨宇明西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南昆明650201 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 西南林业大学绿色发展研究院云南昆明650233

为深入了解牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子的功能,利用本地Blast对牛樟芝全基因组的蛋白序列进行全局比对,鉴定出20个牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子蛋白序列。通过生物信息学方法对Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子进行结构和功能预测,并利用转录组测序分析... 详细信息

为深入了解牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子的功能,利用本地Blast对牛樟芝全基因组的蛋白序列进行全局比对,鉴定出20个牛樟芝Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子蛋白序列。通过生物信息学方法对Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子进行结构和功能预测,并利用转录组测序分析Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子在不同段木培养条件下菌丝体和子实体的表达情况。结果表明:20个Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子均具有Cy6型锌指基序,属于GAL4型锌簇蛋白转录因子,其氨基酸数量为225~1384个;理论等电点平均pI值为6.91,均为不稳定蛋白;其中,AcCys6-17存在跨膜结构;AcCys6-9、AcCys6-14定位在细胞质中;平均每个转录因子含9个外显子,AcCys6-6有25个外显子,二级结构以无规卷曲为主要结构。Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子基因表达在不同段木的菌丝体和子实体存在差异,有11个转录因子在香樟段木菌丝体表达量高,AcCys6-16在香樟段木子实体表达量高;AcCys6-11在牛樟段木菌丝体表达量高;AcCys6-4在云南樟段木菌丝体表达量最高。

关键词：牛樟芝 Zn(Ⅱ)2Cys6转录因子生物信息学表达分析转录组分析

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蒜头果FAD2基因的克隆与功能分析

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基因组学与应用生物学 2020年第5期39卷 2134-2140页

作者：李云琴陈中华原晓龙王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

FAD2是亚油酸合成的关键酶,是控制高油酸特性的重要基因。本研究采用RT-PCR技术在蒜头果中成功克隆得到一个FAD2基因,命名为MoFAD2,GenBank登录号为MK210593。其含有1329 bp开放阅读框,编码442个氨基酸。序列比对分析显示MoFAD2拥有FAD... 详细信息

FAD2是亚油酸合成的关键酶,是控制高油酸特性的重要基因。本研究采用RT-PCR技术在蒜头果中成功克隆得到一个FAD2基因,命名为MoFAD2,GenBank登录号为MK210593。其含有1329 bp开放阅读框,编码442个氨基酸。序列比对分析显示MoFAD2拥有FAD2家族特有的3个保守的组氨酸中心位点,蒜头果FAD2与中粒咖啡(Coffea canephora)FAD2的蛋白序列同源性为80.00%。系统进化树分析显示MoFAD2与石榴(Punica granatum)、珙桐(Davidia involucrata)聚为一支。荧光定量PCR分析表明MoFAD2在果实和叶中均有表达,但在蒜头果果实膨大期的表达量最高。研究为将来更好地开发利用蒜头果油用价值和进一步开展FAD2在不饱和脂肪酸生物合成过程中的调控作用研究奠定基础。

关键词：蒜头果 FAD2 基因克隆功能分析

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滇牡丹主要分布区11个居群果实特征的比较

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江西农业大学学报 2023年第3期45卷 619-630页

作者：杜春余潇牟亚萍李进张鹏远原晓龙王娟西南林业大学林学院云南昆明 650224 西南林业大学园林园艺学院云南昆明 650224 西南林业大学生命科学学院云南昆明 650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明 650201 西南林业大学绿色发展研究院云南昆明 650224

目的滇牡丹作为珍贵的油用野生牡丹资源，具有巨大的开发潜能，研究其果荚及结实特征可为滇牡丹育种工作提供帮助。方法以11个野生居群的滇牡丹果荚及种子为研究对象，统计果荚及种子性状数据，采用描述统计、相关性、K-均值聚类及... 详细信息

目的滇牡丹作为珍贵的油用野生牡丹资源，具有巨大的开发潜能，研究其果荚及结实特征可为滇牡丹育种工作提供帮助。方法以11个野生居群的滇牡丹果荚及种子为研究对象，统计果荚及种子性状数据，采用描述统计、相关性、K-均值聚类及方差分析等方法对数据进行分析。结果果荚及种子各性状变异系数（CV）变化范围9.15%~72.96%，其中果荚重具有最大的平均变异系数（53.54%），其次为发育种子数（52.68%）及败育种子数（51.39%），丽江利苴（DLG）居群在11个居群中拥有最大的平均果荚长度（7.49 cm），果荚宽度（6.66 cm）及果荚重（27.83 g）。采用K-均值聚类的方法对滇牡丹种子质量分级标准进行探究，结果表明Ⅰ级种子（单粒重>1.26 g、种子宽>1.25 cm、种子长>1.38 cm），Ⅱ级种子（单粒重0.84~1.26 g、种子宽1.10~1.25 cm、种子长1.22~1.38 cm），Ⅲ级种子（0.60 g单粒重~结论滇牡丹果荚性状变异丰富，果荚重、发育种子数及败育种子数等性状较其他性状具有较大的变异，11个居群中DLM与DLG两个居群在果荚及种子性状、结实特征上均优于其他居群，而昆明梁王山（DLW）居群表现最差。

关键词：滇牡丹果荚性状种子性状种子分级

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黑龙江丰林国家级自然保护区红松+紫椴+硕桦群系优势树种生态位特征与种间联结分析

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园林 2023年第10期40卷 14-21页

作者：白晓航施佳颖东南大学建筑学院江苏省城乡与景观数字技术工程中心南京210096 云南省林业和草原科学院国家林业和草原局珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室昆明650204 北京师范大学地理科学学部地表过程与资源生态国家重点实验室北京100875

阔叶红松林是中国东北东部山区地带性森林植被,具有丰富的物种组成与独特的建群种,在保持水土、防风固沙、气候调节、涵养水源、维持生态平衡和生物多样性等方面具有重要意义。目前,关于阔叶红松混交林的研究主要集中在群落结构、与土... 详细信息

阔叶红松林是中国东北东部山区地带性森林植被,具有丰富的物种组成与独特的建群种,在保持水土、防风固沙、气候调节、涵养水源、维持生态平衡和生物多样性等方面具有重要意义。目前,关于阔叶红松混交林的研究主要集中在群落结构、与土壤相互作用、对环境因子的适应策略、生物多样性共存机制等宏观层面,对特定群系类型的阔叶红松混交林的生态位及其种间关系的基础研究仍然缺乏。以黑龙江丰林国家级自然保护区内紫椴+硕桦+红松群系为研究对象,通过对该区域全面踏查设置植物群落调查样地,以期揭示该群系的优势树种生态位特征与种间联结。结果表明:建群种红松、硕桦、紫椴的生态位宽度较大,群系结构相对稳定,随着优势树种重要值的增加生态位宽度逐渐增加。群系中不同树种的生态位重叠有差异、呈网状结构,优势树种间的生态位分化程度较好。群系中优势树种整体上呈现显著正联结,正联结的种对数大于负联结的种对数,优势树种间正相互作用占优势,正相互作用的强度较低,群系群落结构相对稳定、向正向演替发展。研究揭示了以红松+紫椴+硕桦群系为主的阔叶红松林内优势树种生态位特征和不同树种的资源利用能力,为该区域阔叶红松混交林保护和可持续经营管理提供理论依据。

关键词：生态位种间联结自然保护区优势种阔叶红松混交林

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糖、硼、钙对思茅松花粉离体萌发及花粉管生长的影响

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云南农业大学学报（自然科学版） 2020年第3期35卷 496-501页

作者：陈伟李江孟梦陈绍安冯弦云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院云南昆明650201

【目的】开展思茅松花粉活力研究,为思茅松杂交育种提供技术保障。【方法】以思茅松花粉为研究对象,研究了蔗糖、硼酸和氯化钙单因子及正交试验对思茅松花粉萌发和花粉管生长的影响。【结果】培养基内蔗糖、硼酸和氯化钙在一定质量浓度... 详细信息

【目的】开展思茅松花粉活力研究,为思茅松杂交育种提供技术保障。【方法】以思茅松花粉为研究对象,研究了蔗糖、硼酸和氯化钙单因子及正交试验对思茅松花粉萌发和花粉管生长的影响。【结果】培养基内蔗糖、硼酸和氯化钙在一定质量浓度范围内,对花粉萌发及花粉管生长起促进作用,花粉生活力测定最适蔗糖、硼酸和氯化钙用量分别为10%、100 mg/L和100 mg/L;正交试验中蔗糖对思茅松花粉萌发和花粉管生长有显著影响,最佳配方组合为10%蔗糖+30 mg/L硼酸+100 mg/L氯化钙。【结论】获得了适宜思茅松花粉活力检测的离体培养基。

关键词：思茅松花粉离体萌发花粉管生长

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蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性分析

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西南林业大学学报（自然科学） 2021年第3期41卷 15-22页

作者：原晓龙刘音康洪梅陈中华李云琴王毅云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 云南省水文水资源局昆明分局/云南省水环境监测中心昆明市分中心云南昆明650051

为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基G... 详细信息

为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC含量为28.43%,远低于第1位(47.74%)和第2位(41.05%),RSCU值大于1的密码子有30个,其中12个以A结尾,16个以U结尾,说明蒜头果叶绿体基因组的编码基因偏好以A和U结尾。GC_(12)和GC_(3)的相关系数为0.1646,相关性不显著,回归系数为0.0004;有效密码子数(ENC)范围为40.39~54.86,大于45的有25个,ENC比值主要分布在−0.05~0.05之外。蒜头果叶绿体基因组中的大部分基因分布在PR2平面图的下半部或右下半部,说明蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性更多地受选择的影响,同时亦受其他因素的影响。蒜头果叶绿体基因组的最优密码子确定为UUU、UUA、GUA等18个。

关键词：蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性

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牛樟芝AcFPS基因的克隆及最佳表达培养基筛选

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基因组学与应用生物学 2020年第11期39卷 5240-5246页

作者：原晓龙李云琴王毅云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

法尼基焦磷酸合酶(farnesyl pyrophosphate synthase,FPS)是萜类化合物生物合成过程中的关键酶和限速酶,影响后续支路产物的代谢。为探究牛樟芝中AcFPS基因与萜类化合物生物合成间的关系,本研究从牛樟芝基因组中分离并克隆得到AcFPS基因... 详细信息

法尼基焦磷酸合酶(farnesyl pyrophosphate synthase,FPS)是萜类化合物生物合成过程中的关键酶和限速酶,影响后续支路产物的代谢。为探究牛樟芝中AcFPS基因与萜类化合物生物合成间的关系,本研究从牛樟芝基因组中分离并克隆得到AcFPS基因,并对其蛋白进行生物信息学分析,比较AcFPS基因在含不同碳、氮源添加物培养基上的表达量。结果表明,AcFPS基因含5个外显子、4个内含子,其外显子拼接总长1095 bp,编码364个氨基酸;AcFPS是一种位于细胞质中无信号肽和跨膜结构的蛋白,该蛋白含有4个保守序列,分别为DomainⅠ(GGKLNRG LSVVD)、DomainⅡ(DDMMD)、DomainⅢ(KFSLQKHXLIVIXKT)、DomainⅣ(DDFLD);牛樟芝AcFPS与污叉丝孔菌(XP007371273)、白腐菌(XP008044628)、绣球菌(XP027616692)、根纤维孔菌(XP012183648)和绵腐卧孔菌(XP024343411)等多孔菌目真菌的FPS蛋白聚为一支;以果糖为碳源、以番茄浸粉为氮源能有效诱导AcFPS基因的表达。本研究为深入解析牛樟芝萜类化合物合成分子机制及其异源表达提供了依据。

关键词：牛樟芝 AcFPS基因基因克隆最佳表达培养基筛选

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一个与氰苷生物合成相关的植物CYP基因的克隆与表达分析

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分子植物育种 2020年第7期18卷 2182-2187页

作者：原晓龙陈中华李云琴王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护与繁育重点实验室昆明650201

氰苷是由植物细胞色素P450单加氧酶(CYP)催化氨基酸生成的次生代谢产物,与植物的防御和抗逆境胁迫相关。为了获得蒜头果中与氰苷生物合成有关的CYP基因,本研究通过分析蒜头果转录组数据,从中分离并克隆得到1条细胞色素P450基因(命名为Mo... 详细信息

氰苷是由植物细胞色素P450单加氧酶(CYP)催化氨基酸生成的次生代谢产物,与植物的防御和抗逆境胁迫相关。为了获得蒜头果中与氰苷生物合成有关的CYP基因,本研究通过分析蒜头果转录组数据,从中分离并克隆得到1条细胞色素P450基因(命名为MoCYP79),并对其进行生物信息学分析及检测该基因在果实不同发育时期的具体表达情况。结果显示,MoCYP79基因的cDNA全长1632 bp,编码543个氨基酸;MoCYP79蛋白含有CYP家族的识别结构域血红素结合域(FSTGRRGC),且与巨桉(XP_010027351.1)、木薯(AAF27290.1,AAF27289.1)等植物CYP79蛋白聚在一支;MoCYP79基因在蒜头果花谢后的果实中表达量呈下降趋势,除发育3个月的果实外,该基因在其余的果实中的表达量均显著高于叶片,从大到小依次为花谢后的果实1个月>2个月>4个月3个月。本实验对研究蒜头果的对病虫害的防御、逆境胁迫的抵御及蒜头果中有效次生代谢产物的发掘具有重要的意义。

关键词：蒜头果(Malania oleifera Chun et S.Lee ex S.Lee) 细胞色素P450 氰苷生物信息学分析组织特异性表达

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