为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的...
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为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的ΔRSCU值来确定最优密码子。结果显示,密码子不同位置的GC含量存在差异,表现为GC1(46.59%)>GC2(39.03%)>GC3(27.47%);ENC值在37.68~58.08之间,且ENC值>45的有36个,占比69.23%;中性绘图分析显示GC12在0.306~0.543之间,GC3在0.300~0.365之间,GC12和GC3的相关系数为0.182,相关性不显著,回归系数为0.261 2;ENC-plot分析显示大部分基因位于标准曲线附近;偏倚性显示位于平面图的右下方位置的基因数量最多;最优密码子分别为UUU、UUA、GUA、AGU、ACU、UAU、CAA、AAA、GAA、UGU、AUU和GCA。以上结果说明铁核桃叶绿体基因组密码子偏好以A/T结尾,影响偏好性的主要因素为选择。本研究为以后通过外源基因密码子改造后以铁核桃叶绿体为载体进行异源表达及种源鉴定提供科学根据。
为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS(Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,密码子第3位GC...
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为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS(Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,密码子第3位GC含量为27.47%,ENC范围在36.31~56.88,平均值为42.98。RSCU值大于1的密码子有28个,其中27个以A或U为结尾。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析的结果显示乳油木叶绿体基因密码子偏好性主要受突变的影响。最优密码子为GGA、GAU、CAU和UUG。本研究结果为提高异源基因表达水平、改良乳油木重要经济性状等提供参考依据。
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