检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2023年第1期21卷 130-137页

作者：罗玛妮娅王毅张璋原晓龙张雪蕊郑元西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201 鲁东大学生命科学学院烟台264025

萜烯合成酶(terpene synthases, TPS)是一类异戊二烯环化酶,是真菌萜类化合物生物合成的关键酶之一。为深入了解牛樟芝的萜烯合成酶基因功能,本研究利用BLAST比对获得14个牛樟芝萜烯合成酶(AcTPS)基因,并通过生物信息学方法对其产物蛋... 详细信息

萜烯合成酶(terpene synthases, TPS)是一类异戊二烯环化酶,是真菌萜类化合物生物合成的关键酶之一。为深入了解牛樟芝的萜烯合成酶基因功能,本研究利用BLAST比对获得14个牛樟芝萜烯合成酶(AcTPS)基因,并通过生物信息学方法对其产物蛋白进行功能预测,利用半定量PCR分析不同碳氮源培养基对牛樟芝萜烯合成酶基因表达的影响。结果表明,14个AcTPS蛋白的氨基酸数量为317~2 693个;理论等电点平均pI值为5.96,有6个蛋白(AcTPS6, Ac TPS9, AcTPS10, AcTPS11, AcTPS13, AcTPS14)不稳定系数>40,均为不稳定蛋白;AcTPS12脂肪系数>100,为疏水性蛋白。基因表达谱数据显示,10个牛樟芝萜烯合成酶有6个基因在不同培养基上表达量差异显著,其中AcTPS7只在葡萄糖和土豆蛋白胨培养基中表达,AcTPS10在葡萄糖培养基的表达量高,AcTPS3、AcTPS8及AcTPS6在番茄浸粉培养基中表达量显著,AcTPS2在麦芽浸粉培养基中表达量较高,推测不同培养基能够调控牛樟芝萜烯合成酶的表达。本研究结果为深入研究牛樟芝萜烯合成酶功能及调控机制提供理论依据,为后续利用基因工程手段大量获取牛樟芝萜类产物及其衍生物奠定理论基础。

关键词：牛樟芝萜烯合成酶生物信息学表达分析基因表达分析

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基于二代测序哈巴乌头叶绿体基因组分析

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西部林业科学 2023年第1期52卷 175-181页

作者：马福仙魏健生耿云芬张汉尧西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 哈巴雪山省级自然保护区管护局云南迪庆674402

为了解哈巴乌头叶绿体基因组特征及密码子偏好性,本研究采用Illumina HiSeq对哈巴乌头叶绿体基因组进行测序,组装获得完整叶绿体基因组序列,并利用CUSP和Codon W软件分析该物种叶绿体基因组密码子偏好性。结果显示:哈巴乌头叶绿体基因... 详细信息

为了解哈巴乌头叶绿体基因组特征及密码子偏好性,本研究采用Illumina HiSeq对哈巴乌头叶绿体基因组进行测序,组装获得完整叶绿体基因组序列,并利用CUSP和Codon W软件分析该物种叶绿体基因组密码子偏好性。结果显示:哈巴乌头叶绿体基因组全长155800 bp,是典型的四分结构,由1对长为29296 bp的IR、1个长为16864 bp的SSC和1个长86399 bp的LSC组成;该基因组包括84个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和37个tRNA基因;系统进化分析显示,哈巴乌头和中甸乌头聚在同一个分支;叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.65%)>GC2(39.71%)>GC3(29.01%),说明其偏好以A/U结尾;有效密码子数(ENC)范围为36.77~58.98,ENC值>45的编码序列有36个,说明密码子偏性低;中性绘图等分析显示哈巴乌头叶绿体基因组密码子偏好性受选择的影响较大;最优密码子有14个,均以A/U结尾。本研究为哈巴乌头叶绿体基因工程、种源鉴定等研究提供参考依据。

关键词：哈巴乌头 Illumina测序叶绿体基因组密码子偏好性

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基于积分投影模型预测濒危植物景东翅子树的种群动态

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生态环境学报 2022年第8期31卷 1530-1536页

作者：袁春明杨国平耿云芬张珊珊云南省林业和草原科学院云南昆明650204 国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650204 云南省森林植物培育与利用重点实验室云南昆明650204 中国科学院西双版纳热带植物园云南勐腊666303

了解种群动态及其关键驱动因子对濒危物种的保护至关重要。景东翅子树为国家Ⅱ级重点保护野生植物,按IUCN红色名录濒危等级和标准划分为极危种。生境的丧失及其片断化是该物种濒危的主要威胁因素。该研究主要回答以下2个问题:(1)不同大... 详细信息

了解种群动态及其关键驱动因子对濒危物种的保护至关重要。景东翅子树为国家Ⅱ级重点保护野生植物,按IUCN红色名录濒危等级和标准划分为极危种。生境的丧失及其片断化是该物种濒危的主要威胁因素。该研究主要回答以下2个问题:(1)不同大小的片断和连续森林中景东翅子树的种群动态如何?(2)驱动景东翅子树种群动态变化的关键因子是什么?在不同大小片断(5 hm^(2)和15 hm^(2))和连续森林中分别设立3个50 m×100 m固定样地,调查景东翅子树所有个体的胸径(幼苗和幼树为地径)、繁殖产出、个体的存活及幼苗的补充情况。基于连续3年的种群统计调查及实验数据,建立不同时间段(2018—2019、2019—2020和2020—2021年)上述3种生境中景东翅子树的积分投影模型,同时应用弹性分析方法量化种群统计参数对种群增长率的相对贡献。结果表明,(1)不同时段不同生境中景东翅子树的种群生命率(或统计过程)存在一定差异。3种生境中景东翅子树的死亡个体数为0—2 plant·a^(-1)·hm^(-2),年开花个体数为0—4 plant·a^(-1)·hm^(-2),新增个体数为0—1.3 plant·a^(-1)·hm^(-2)。(2)除5 hm^(2)片断在2020—2021年间受人为影响导致较大下降外,3种生境中景东翅子树种群的增长率等于或趋近于1,说明其种群是稳定的。(3)3个时段3种生境中景东翅子树种群的存活和生长对种群增长率的贡献占99.2%以上,说明种群的存活和生长是驱动种群增长、维持种群稳定的关键因子。研究认为如果没有较大的人为干扰和环境的波动如严重干旱等,3种生境中景东翅子树种群可维持稳定。

关键词：生境片断化濒危植物景东翅子树种群生命率种群动态积分投影模型弹性分析

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牛樟逆境胁迫相关WRKY转录因子的鉴定及表达分析

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分子植物育种 2022年第21期20卷 7025-7035页

作者：张璋王毅罗玛妮娅郑元西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

WRKY转录因子是植物逆境研究中最广泛的家族之一,在植物响应生物胁迫和非生物胁迫中具有重要作用。本研究利用本地BLAST对牛樟基因组进行比对分析得到58个牛樟WRKY基因序列,并对牛樟WRKY转录因子进行理化性质、保守基序、系统进化及表... 详细信息

WRKY转录因子是植物逆境研究中最广泛的家族之一,在植物响应生物胁迫和非生物胁迫中具有重要作用。本研究利用本地BLAST对牛樟基因组进行比对分析得到58个牛樟WRKY基因序列,并对牛樟WRKY转录因子进行理化性质、保守基序、系统进化及表达谱分析。保守结构域和基序预测发现,牛樟转录因子家族蛋白主要分为三大类,即Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类,多数蛋白较保守,其中Ⅰ、Ⅱ类中有两个蛋白(CkWRKY25,CkWRKY1)存在Q残基的变异;CkWRKY基因表达谱数据分析发现,有22个基因在受干旱、低温胁迫时上调表达,占牛樟WRKY家族的37.9%,其中18个基因受干旱胁迫呈高表达水平,占上调基因的81.8%,4个基因在4℃低温胁迫下表达量显著升高,占比18.2%。将牛樟中22个表达差异显著的基因与14个具有抗旱、抗寒WRKY基因共同建树,结果显示36个WRKYs蛋白聚为两大类,参与干旱及低温胁迫的蛋白主要集中在第一大类中,其中CkWRKY26、CkWRKY38、CkWRKY39、CkWRKY45、CkWRKY55分别和参与干旱胁迫的蛋白聚为一支,且C端锌指结构均为C2H2;CkWRKY20、CkWRKY54和参与低温胁迫中陆地棉的GhWRKY62、毛果杨的PtWRKY34、西洋参的PqWRKY7、旱地棉的GaWRKY28、陆地棉的GhWRKY73以及小麦的TaWRKY19和TaWRKY10聚为一支。本研究基于牛樟高通量转录组数据,探究牛樟WRKY转录因子家族生物学特性,为深入研究牛樟WRKY基因非生物胁迫调控提供科学依据。

关键词：牛樟 WRKY转录因子转录组分析干旱与低温胁迫

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油橄榄AP2/ERF转录因子鉴定及水胁迫表达分析

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广西植物 2022年第12期42卷 2032-2043页

作者：王丽娟王毅陆斌罗玛妮娅徐令文原晓龙李贤忠西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为探究油橄榄AP2/ERF基因家族对水胁迫的响应机制,该研究对受干旱及水淹胁迫的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种的根和叶进行转录组测序,并对油橄榄中AP2/ERF转录因子的蛋白理化性质、基因结构及系统进化进行分析,同时分析与水胁迫相关的AP... 详细信息

为探究油橄榄AP2/ERF基因家族对水胁迫的响应机制,该研究对受干旱及水淹胁迫的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种的根和叶进行转录组测序,并对油橄榄中AP2/ERF转录因子的蛋白理化性质、基因结构及系统进化进行分析,同时分析与水胁迫相关的AP2/ERF转录因子在2个油橄榄品种中的基因表达差异且进行RT-qPCR验证。结果表明:(1)在油橄榄中鉴定得到110个AP2/ERF基因家族成员,该110个蛋白质所含氨基酸大小为173~717 bp,均不存在信号肽,为非分泌蛋白。将油橄榄AP2/ERF与模式植物拟南芥AP2/ERF蛋白构建进化树发现,油橄榄AP2/ERF蛋白分为AP2、RAV、ERF和Solosist 4大类,其中ERF分为ERF和DREB 2个亚类,ERF包含ERF B1~ERF B66个子亚类,DREB包含DREB A1~DREB A66个子亚类,这与模式植物拟南芥AP2/ERF的分类一致,每个亚家族同时包含了油橄榄和拟南芥AP2/ERF蛋白,说明拟南芥和油橄榄的AP2/ERF家族在进化水平上有一定的相似性。(2)油橄榄AP2/ERF同一亚家族蛋白具有相同的基因结构及保守元件,结合基因表达和进化树中已知水分调控功能的基因初步推测OeAP2-75、OeAP2-97、OeAP2-101、OeAP2-23、OeAP2-13与油橄榄水分调节密切相关,OeAP2-13、OeAP2-28、OeAP2-104、OeAP2-75、OeAP2-80、OeAP2-50在2个品种中都有不同的表达量,推测可能是‘佛奥’和‘TYZ-1号’抗性不同的原因。(3)利用RT-qPCR技术检测油橄榄AP2/ERF基因在不同胁迫下的表达变化,OeAP2-101、OeAP2-28、OeAP2-42受水胁迫诱导显著上调,这与转录组分析结果一致。该研究结果为油橄榄AP2/ERF家族基因的抗逆性表达及基因功能研究奠定了基础,为油橄榄选育抗旱和耐涝砧木品种提供了方法和理论依据。

关键词：油橄榄 AP2/ERF转录因子生物信息学基因表达谱水分胁迫

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深纹核桃WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

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分子植物育种 2022年第23期20卷 7737-7750页

作者：徐令文王毅王丽娟郝佳波张雨李贤忠陆斌西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

WRKY是一类存在于植物中的转录因子,参与激素调节通路,与植物生长发育有关。基于深纹核桃转录组测序数据,本研究利用NCBI在线工具筛选蛋白结构域,获得深纹核桃WRKY转录因子基因序列。通过生物信息学方法进行分析,结果表明,共发掘88个JsW... 详细信息

WRKY是一类存在于植物中的转录因子,参与激素调节通路,与植物生长发育有关。基于深纹核桃转录组测序数据,本研究利用NCBI在线工具筛选蛋白结构域,获得深纹核桃WRKY转录因子基因序列。通过生物信息学方法进行分析,结果表明,共发掘88个JsWRKY转录因子,根据结构域数目和锌指结构可以分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类型,氨基酸大小为104~981 aa,平均分子质量为45 503.23,平均理论等电点(pI)值为7.334 5,其中88个转录因子脂肪系数(Aliphatic index)均小于100,均不具有信号肽和跨膜结构;87个WRKY转录因子为不稳定蛋白,除了JsWRKY7定位于细胞核和细胞质,其余87个JsWRKY转录因子均定位于细胞核。转录组测序分析显示JsWRKY转录因子在6年生的Juglans sigillata cv. Xixiang嫁接树进行环剥与不进行无环剥、结果的老树3种条件下,除了3个基因(JsWRKY19, Js WRKY75, JsWRKY84)不表达,其余基因在茎、叶中的表达均有变化,其中JsWRKY42、JsWRKY18、JsWRKY55、JsWRKY34、JsWRKY88、JsWRKY59、JsWRKY43、JsWRKY78基因只在结果的老树叶片中高表达;JsWRKY32、JsWRKY47、JsWRKY67、JsWRKY51、JsWRKY61、JsWRKY79、JsWRKY9、JsWRKY63、JsWRKY73、JsWRKY44、JsWRKY33、JsWRKY7、JsWRKY68、JsWRKY45仅于无环剥处理的茎中高表达;JsWRKY27、JsWRKY77、JsWRKY86、JsWRKY80只在环剥处理的茎中高表达;JsWRKY20、JsWRKY21、JsWRKY58只在老树的茎、叶中表达;JsWRKY46、JsWRKY65、JsWRKY56只在有环剥、无环剥处理下茎、叶中表达。本研究结果为进一步挖掘JsWRKY转录因子功能及其分子生物学研究奠定了基础,同时为进一步研究其他植物WRKY转录因子的家族特征提供理论依据。

关键词：深纹核桃(Juglans sigillata) 基因组 WRKY转录因子表达分析

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珍稀植物蒜头果扦插繁育技术研究

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种子 2022年第5期41卷 139-143页

作者：耿云芬王四海杨嫱云南省林业和草原科学院昆明650201 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物繁育和保护重点实验室昆明650201

为了保护和可持续利用蒜头果资源,本研究从插条年龄、扦插基质和生长激素对扦插生根影响探讨蒜头果扦插的适宜条件。结果表明,插条的年龄越小越有利于扦插生根,当年生插条生根率最高(45±5.00)%,其次为一年生(38±7.64)%和二年... 详细信息

为了保护和可持续利用蒜头果资源,本研究从插条年龄、扦插基质和生长激素对扦插生根影响探讨蒜头果扦插的适宜条件。结果表明,插条的年龄越小越有利于扦插生根,当年生插条生根率最高(45±5.00)%,其次为一年生(38±7.64)%和二年生枝条(35±10.00)%,但是它们之间的差异并不显著(p>0.05),然而三年生枝条没有生根。在用于扦插的珍珠岩、河沙、椰糠+珍珠岩(1∶1)、土壤+珍珠岩(1∶1)、蛭石+珍珠岩(1∶1)、蛭石等6种基质中,透气保湿性好的椰糠+珍珠岩(1∶1)基质生根率最高(51.67±7.64)%,其次为蛭石+珍珠岩(1∶1)基质,生根率为(40.00±13.29)%。激素种类和浓度对蒜头果扦插生根都有显著影响,分别用1000 mg/L和200 mg/L的吲哚丁酸钾溶液处理插穗,生根率有着极显著差异(p<0.01),分别为(66.67±12.58)%和(38.33±7.64)%;上述同等浓度萘乙酸钠溶液处理插穗,生根率有着显著差异(p<0.05),分别为(45.00±8.66)%和(25.00±5.00)%;较高浓度的吲哚丁酸钾溶液(1000 mg/L和500 mg/L)与相同浓度的萘乙酸钠溶液相比能显著提高扦插生根率(p<0.05)。综上所述,蒜头果扦插选择幼嫩的当年生或一年生枝条,透气保湿性好的基质,较高浓度的吲哚丁酸钾溶液处理有利于插穗生根。

关键词：蒜头果扦插基质激素

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斯勒卷瓣兰,中国云南南部兰科一新种

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热带亚热带植物学报 2023年第2期31卷 272-278页

作者：韩周东任宗昕蒋宏王红中国科学院昆明植物研究所东亚植物多样性与生物地理学重点实验室昆明650201 中国科学院大学北京100049 云南省林业和草原科学院/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650204

描述并绘制了云南南部兰科石豆兰属一新种:斯勒卷瓣兰(Bulbophyllum dresslerianum ***&***)。该新种属于双叶卷瓣兰组(section Tripudianthes Seidenf.),在形态上与该组的4种,即狄氏卷瓣兰(***)、堪布里石豆兰(***)、皱掌卷瓣兰(*... 详细信息

描述并绘制了云南南部兰科石豆兰属一新种:斯勒卷瓣兰(Bulbophyllum dresslerianum ***&***)。该新种属于双叶卷瓣兰组(section Tripudianthes Seidenf.),在形态上与该组的4种,即狄氏卷瓣兰(***)、堪布里石豆兰(***)、皱掌卷瓣兰(***)和拟双叶卷瓣兰(***)近似,主要区别在于该种唇瓣前缘具囊泡,侧面及腹面被稀疏的短腺毛;侧萼片棕黄色,表面光滑。编制了斯勒卷瓣兰及其近缘种的检索表。目前,该种仅在云南南部墨江县发现一个居群,濒危状况有待评估。

关键词：新种石豆兰属唇瓣双叶卷瓣兰组云南

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云南沟谷雨林建群种绒毛番龙眼居群的遗传多样性

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南方农业学报 2022年第3期53卷 850-858页

作者：陈少瑜李江陈伟冯弦云南省林业和草原科学院/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室/云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院林业研究所云南昆明650201 云南省林业和草原科学院林产化工研究所云南昆明650201

【目的】了解云南特有的沟谷雨林主要建群种绒毛番龙眼居群的遗传多样性及遗传结构特征,为雨林植被恢复的采种规划和恢复效果评估提供重要参考。【方法】采用SSR分子标记技术,检测分析云南省西双版纳州和普洱市思茅区的绒毛番龙眼3个天... 详细信息

【目的】了解云南特有的沟谷雨林主要建群种绒毛番龙眼居群的遗传多样性及遗传结构特征,为雨林植被恢复的采种规划和恢复效果评估提供重要参考。【方法】采用SSR分子标记技术,检测分析云南省西双版纳州和普洱市思茅区的绒毛番龙眼3个天然居群和1个人工居群共82个样本的SSR多态性,采用POPGENE v.1.32、GenAlEx 6.501和STRUCTURE 2.3.3等进行遗传多样性及遗传结构分析。【结果】19对SSR引物共检测到88个等位基因,每对引物平均4.632个,19个位点的Shannon’s信息指数(I)变化范围为0.264~1.687,平均为0.879;多态信息指数(PIC)变化范围为0.128~0.729,平均为0.422,期望杂合度(He)的变化范围为0.138~0.765,平均为0.473;4个居群I和He的均值分别为0.785,0.437。19个位点的遗传分化系数(F_(ST))均值为0.069,基因流(Nm)的均值为3.363。STRUCTURE分析将绒毛番龙眼4个居群82个样本分为4个类群,基于遗传距离的UPGMA聚类显示4个居群聚为2个分支,菜阳河天然林居群、普文人工林居群和普文天然林居群聚为一支,勐养镇天然林居群单独为另一支。【结论】绒毛番龙眼的遗传多样性处于中等水平;居群间的遗传分化较低,遗传变异主要来源于居群内;建议特别关注居群内个体的选择和保护,在沟谷雨林植被恢复中设定天然居群多样性水平的恢复目标,并通过科学的采种规划实现这一目标。

关键词：绒毛番龙眼 SSR分子标记珍稀濒危树种沟谷雨林建群种遗传多样性

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思茅松叶绿体基因组密码子偏好性分析

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基因组学与应用生物学 2021年第3期40卷 1278-1283页

作者：原晓龙陈伟王毅李江云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中。本研究利用CodonW1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya ***)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC... 详细信息

密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中。本研究利用CodonW1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya ***)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC含量为29.63%,偏好以AT碱基结尾;ENC值在37.66~60.30之间,且ENC值>45的CDS有37个,占总参试基因的82.22%;GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)与GCall均为极显著相关,GC_(3)与ENC呈显著相关。中性绘图分析显示GC_(12)和GC_(3)的相关系数为-0.1114,回归系数为-0.1111;ENC-plot软件分析显示大部分基因与标准曲线的距离较远;PR2-plot软件分析显示思茅松叶绿体基因组在密码子的碱基使用频率方面,T>A,G>C。这些说明思茅松叶绿体基因密码子偏好性的主要影响因素为选择,突变的作用较小。本研究为思茅松种源选择、系统发育等研究提供科学依据。

关键词：思茅松叶绿体基因组密码子偏好性选择

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