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分子植物育种 2022年第18期20卷 5984-5994页

作者：冯发玉王毅陆斌何家妮原晓龙西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201 中国林业科学研究院热带林业实验中心凭祥532600

WRKY是一类重要的转录因子,广泛参与调控植物的生长发育和多种应激反应。本研究基于竹叶花椒不同组织(根,芽,皮刺,果)的转录组测序数据,通过BLAST比对获得WRKY基因序列,并对获得的基因进行生物信息学分析;结合竹叶花椒不同组织基因表达... 详细信息

WRKY是一类重要的转录因子,广泛参与调控植物的生长发育和多种应激反应。本研究基于竹叶花椒不同组织(根,芽,皮刺,果)的转录组测序数据,通过BLAST比对获得WRKY基因序列,并对获得的基因进行生物信息学分析;结合竹叶花椒不同组织基因表达数据,分析参与竹叶花椒生长发育相关的WRKY转录因子。从竹叶花椒转录组共鉴定出43个WRKY转录因子,其中包括Ⅰ型基因6个、Ⅱ-a型基因4个、Ⅱ-b型基因7个、Ⅱ-c型基因13个、Ⅱ-d型基因5个、Ⅱ-e型基因4个、Ⅲ型基因4个。ZaWRKY基因表达热图分析显示,ZaWRKY38基因只在芽中表达,ZaWRKY25、ZaWRKY26、ZaWRKY22、ZaWRKY29、ZaWRKY37、ZaWRKY41基因只在根中表达,ZaWRKY15、ZaWRKY30基因只在果中表达,ZaWRKY1、ZaWRKY2、ZaWRKY10、ZaWRKY18、ZaWRKY28、ZaWRKY36、ZaWRKY43基因只在皮刺中表达,而且ZaWRKY2、ZaWRKY10、ZaWRKY28这3个基因的表达量随着皮刺发育过程出现逐渐增长的现象,表明这3个基因可能参与调节皮刺的生长发育。本研究首次鉴定竹叶花椒WRKY转录因子家族结构特征和表达特性,这将为进一步解析竹叶花椒WRKY转录因子的功能提供研究基础。

关键词： WRKY 竹叶花椒转录组生物信息学基因表达

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普文试验林场森林土壤养分状况研究

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林业调查规划 2024年第2期49卷 111-123页

作者：张传光沈艳龚纯伟毕波贠新华云南省林业和草原科学院云南昆明650201 昆明理工大学津桥学院云南昆明650106 国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室/云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南滇中高原森林生态系统国家定位观测研究站云南昆明650201

为了解普文试验林场土壤养分状况,通过土壤类型调查和基本理化性质测定,采用修正的内梅罗综合指数法对土壤进行肥力评价。结果表明,普文试验林场土壤为紫色砂岩上发育的赤红壤,土壤pH值总体属于酸性水平且随土层加深酸性减弱。A层SOM含... 详细信息

为了解普文试验林场土壤养分状况,通过土壤类型调查和基本理化性质测定,采用修正的内梅罗综合指数法对土壤进行肥力评价。结果表明,普文试验林场土壤为紫色砂岩上发育的赤红壤,土壤pH值总体属于酸性水平且随土层加深酸性减弱。A层SOM含量高,随土层加深呈高—中—低明显变化。N含量水平高,随土层加深含量下降,但仍能达到中等及以上水平。土壤P素十分缺乏,区域内各土层AP大部分处于较缺乏水平,少部分区域极度缺乏。土壤K素较丰富,且随土层加深有升高趋势,可被植物利用的AK仅少部分区域处于丰富水平,大部分处于较缺水平。中量元素中AS基本与同区域农田土壤中含量处于同一水平,EMg含量较低,ECa十分缺乏。微量元素基本与同区域农田土壤中含量处于同一水平或略高。受生物富集过程影响,土壤养分表现出较明显的“表聚性”,大部分区域土壤肥力等级为中等肥沃,少数为贫瘠水平,土壤养分含量呈现出随海拔升高而下降的变化趋势。

关键词：森林土壤土壤养分土壤肥力评价内梅罗综合指数法普文试验林场

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水培条件下氮磷钾配比施肥对木荷幼苗生长的影响

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西部林业科学 2021年第4期50卷 88-94,112页

作者：罗婷康洪梅杨文忠张珊珊云南省林业和草原科学院云南昆明650201 云南省森林培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

为探究木荷幼苗生长对不同氮磷钾配比营养液的响应情况,为木荷壮苗培育合理施肥提供科学的理论依据,选择1月龄木荷幼苗作为试验材料,以Hoagland营养液为母液,进行氮磷钾3因素6水平缺素试验,在水培条件下研究不同氮磷钾配比对木荷幼苗生... 详细信息

为探究木荷幼苗生长对不同氮磷钾配比营养液的响应情况,为木荷壮苗培育合理施肥提供科学的理论依据,选择1月龄木荷幼苗作为试验材料,以Hoagland营养液为母液,进行氮磷钾3因素6水平缺素试验,在水培条件下研究不同氮磷钾配比对木荷幼苗生长的影响。结果表明:不同的氮磷钾营养液配比中,木荷幼苗的各项指标变化趋势基本一致,氮磷钾肥对木荷幼苗生长的影响表现为P>K>N,处理15表现最佳,处理12幼苗长势最差;木荷幼苗的株高、生物量、SOD、POD、CAT、SP均表现出随着施肥水平的提高先升高后降低的变化趋势,Pro和MDA在高水平施肥时显著增加。研究显示,以Hoagland液为水培营养液母液,氮磷钾水平分别为母液中氮磷钾元素浓度的1、1和0.5倍时,木荷幼苗生长最佳。

关键词：木荷幼苗水培营养氮磷钾肥生长指标生理指标

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深纹核桃与防御相关的萜烯合成酶基因鉴定分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第6期50卷 789-797页

作者：徐令文王毅郝佳波张雨赵敏赵川李贤忠陆斌西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

在深纹核桃(Julans sigillata ***)转录组数据中,鉴定萜烯合成酶的基因家族成员,并使用生物信息学方法分析其理化性质、蛋白结构,对不同状态下的表达模式进行分析.深纹核桃萜烯合成酶基因家族中含有65个基因,所含氨基酸176~852个,平均... 详细信息

在深纹核桃(Julans sigillata ***)转录组数据中,鉴定萜烯合成酶的基因家族成员,并使用生物信息学方法分析其理化性质、蛋白结构,对不同状态下的表达模式进行分析.深纹核桃萜烯合成酶基因家族中含有65个基因,所含氨基酸176~852个,平均分子质量62228,平均理论等电点值为5.72,除JsTPS6、JsTPS23、JsTPS56分布于叶绿体和细胞质内,其余均定位于叶绿体.转录组测序分析表明,33个JsTPS基因只在茎中表达,11个JsTPS基因只在叶中表达,JsTPS基因家族表达具有组织特异性.JsTPS66、JsTPS24、JsTPS30、JsTPS3、JsTPS31、JsTPS1基因只在环剥处理试验株的叶中高表达,JsTPS10、JsTPS7只在结果老树的茎、叶中表达,JsTPS70同时在环剥植株的茎和结果老树的叶中表达,且前者表达量高于后者.推测JsTPS70可能参与茎条防御相关生理活动,JsTPS66可能参与叶片防御相关生理活动.

关键词：深纹核桃转录因子萜烯合成酶表达分析

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油橄榄WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第6期50卷 759-766页

作者：王丽娟王毅胡青陆斌李贤忠赵川赵敏冯发玉西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

以干旱和水淹胁迫下的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种苗木为试材,基于油橄榄全基因组数据,鉴定出106个油橄榄WRKYGQK七肽结构蛋白(WRKY)基因家族成员.利用生物信息学软件进行结构和功能预测,结合油橄榄水分(干旱、水淹)胁迫基因表达谱,... 详细信息

以干旱和水淹胁迫下的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种苗木为试材,基于油橄榄全基因组数据,鉴定出106个油橄榄WRKYGQK七肽结构蛋白(WRKY)基因家族成员.利用生物信息学软件进行结构和功能预测,结合油橄榄水分(干旱、水淹)胁迫基因表达谱,分析出7个WRKY转录因子(WRKY14、WRKY51、WRKY77、WRKY91、WRKY66、WRKY1、WRKY92)在‘佛奥’和‘TYZ-1号’中均有高度表达且共同参与干旱和水淹胁迫调控,推测这7个基因可能是油橄榄水分胁迫的主要调节因子.将WRKY蛋白与已知干旱调控的WRKY转录因子构建系统进化树,结果显示,7个与胁迫相关的转录因子中的4个(WRKY14、WRKY51、WRKY91、WRKY92)与已知干旱调控的WRKY基因相似度更高,推测这4个WRKY转录因子可能是参与‘TYZ-1号’干旱调控的主要基因.

关键词：油橄榄 WRKY转录因子生物信息学基因表达谱水分胁迫

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桑黄Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子及其在不同碳氮源条件下的表达

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菌物学报 2021年第7期40卷 1676-1687页

作者：张雪蕊张子蕴王毅原晓龙杨焱鲁东大学生命科学学院山东烟台264025 云南省林业与草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 上海市农业科学院食用菌研究所上海201106

Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子(C6zinc)在真菌次生代谢产物合成中发挥重要作用。本研究首先利用本地BLAST,从桑黄Sanghuangporussanghuang全基因组中获得Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子编码基因,并利用生物信息学手段分析编码蛋白保守结构... 详细信息

Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子(C6zinc)在真菌次生代谢产物合成中发挥重要作用。本研究首先利用本地BLAST,从桑黄Sanghuangporussanghuang全基因组中获得Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子编码基因,并利用生物信息学手段分析编码蛋白保守结构域、一级结构及二级结构,构建蛋白系统发育树,最后利用半定量PCR对它们在不同碳源和氮源培养条件下的表达情况进行检测。结果显示:从桑黄基因组中分析获得的11个Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白均具有Cy6型锌指基序,属于GAL4型锌簇蛋白转录因子;它们均为不稳定亲水性蛋白,具磷酸化修饰位点,糖基化修饰位点较少或没有,定位于细胞核中;其二级结构主要以无规卷曲和α螺旋为主;系统发育树分析结果显示,桑黄Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白分为2个大分支,其中Ⅰ类分支转录因子的保守结构域分布于蛋白N-端,Ⅱ类分支转录因子的保守结构域则分布于蛋白C-端;11个桑黄Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子在不同培养基培养的菌丝体中呈现差异化表达,其中,肌醇培养基和乳糖培养基能够有效促进大部分锌簇蛋白转录因子的表达;另外,基因簇分析显示桑黄锌簇蛋白SHCZ4可能是NRPS-PKS杂合基因簇体系的途经特异性转录因子。该结果将为桑黄次生代谢产物合成调控相关转录因子的研究以及潜在次生代谢相关基因簇的挖掘提供参考依据。

关键词：桑黄 Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子次生代谢产物基因簇

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云南欧洲甜樱桃品种SSR鉴定及遗传多样性分析

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西南林业大学学报（自然科学） 2024年第6期44卷 72-80页

作者：杨跃仙段利武卯梅华王毅马山俊云南林业职业技术学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

为了解云南省目前引种和栽培的欧洲甜樱桃品种情况及其遗传多样性状况,经过SSR标记的筛选,对云南省昆明市、马龙县、石林县、牟定县不同基地和资源圃的85份欧洲甜樱桃品种进行基因型鉴定和遗传多样性分析。结果表明:共筛选出16个稳定性... 详细信息

为了解云南省目前引种和栽培的欧洲甜樱桃品种情况及其遗传多样性状况,经过SSR标记的筛选,对云南省昆明市、马龙县、石林县、牟定县不同基地和资源圃的85份欧洲甜樱桃品种进行基因型鉴定和遗传多样性分析。结果表明:共筛选出16个稳定性好、高度多态性的SSR标记;85份欧洲甜樱桃品种中有71份品种都有不同程度的重复,剔除同物异名和异物同名的品种后,筛选出31份欧洲甜樱桃品种;31份品种用16个SSR标记共扩增出74个等位片段,有效等位基因(Ne)的大小为1.1027~3.8363,平均值为2.70,香农指数(I)范围为0.2245~1.5151,平均值1.1295。观测杂合度(Ho)的范围为0.0968~0.7742,平均值0.6250,多态信息含量(PIC)的范围为0.0931~0.7393,平均值0.5953。该研究结果表明云南省85份甜樱桃品种实为31个基因型,遗传多样性水平中等偏高。

关键词：甜樱桃品种鉴定遗传多样性 SSR

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外来入侵植物肿柄菊在云南的扩散风险研究

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广西植物 2021年第5期41卷 789-798页

作者：陈剑王四海朱枫袁春明云南省林业和草原科学院昆明650201 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物繁育和保护重点实验室昆明650201 西南林业大学地理与生态旅游学院昆明650224

预测外来入侵植物的潜在入侵范围以及对不同环境的适应性,能够为外来植物入侵提供预警和预防。该文通过实地调查肿柄菊(Tithonia diversifolia)在云南的入侵范围,以及收集世界其他地区分布点,结合12个关键环境变量,利用MaxEnt模型对肿... 详细信息

预测外来入侵植物的潜在入侵范围以及对不同环境的适应性,能够为外来植物入侵提供预警和预防。该文通过实地调查肿柄菊(Tithonia diversifolia)在云南的入侵范围,以及收集世界其他地区分布点,结合12个关键环境变量,利用MaxEnt模型对肿柄菊适生区范围和环境限制因子进行分析。结果表明:在世界范围适生区分布格局中,肿柄菊在云南无高适生区,次适生区总面积占全省总面积的3.58%,中适生区占32.90%,低适生区占42.80%,非适生区占20.72%;有扩散风险的区域主要为中适生区,普遍分布于云南省26°N以南地区;实地调查肿柄菊分布最高海拔2200 m,在海拔1000~1500 m分布最为密集,而模型预测显示海拔2000 m以下都适宜肿柄菊生长,且500~2000 m为最适宜海拔范围;在12个环境变量中年降雨量、人类足迹、年均温、海拔等环境变量对肿柄菊的分布起到了最重要的作用。综上结果表明,目前在云南肿柄菊零星的分布点已到达其潜在分布区的边缘,但已入侵区域还远小于潜在可入侵区域。为了预防肿柄菊在我国南方地区大面积扩散带来危害,有必要对其入侵和扩散态势进行监测。

关键词：外来入侵植物肿柄菊 MaxEnt模型环境变量扩散

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竹叶花椒MYB基因家族的鉴定及其表达特性的分析

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经济林研究 2021年第4期39卷 148-157页

作者：冯发玉王毅王丽娟罗玛妮娅徐令文杨彦萍陆斌西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

【目的】利用测序获得的竹叶花椒Zanthoxylum armatum转录组数据,研究竹叶花椒中MYB转录因子家族的序列信息、进化模式、表达模式,探寻此家族中参与竹叶花椒皮刺生长发育的相关基因,为进一步揭示MYB转录因子家族生物学功能提供理论依据... 详细信息

【目的】利用测序获得的竹叶花椒Zanthoxylum armatum转录组数据,研究竹叶花椒中MYB转录因子家族的序列信息、进化模式、表达模式,探寻此家族中参与竹叶花椒皮刺生长发育的相关基因,为进一步揭示MYB转录因子家族生物学功能提供理论依据,为后续的无刺竹叶花椒品种的基因工程培育奠定理论基础。【方法】利用生物信息学方法,从测序获得的竹叶花椒转录组数据库中筛选MYB转录因子,对其蛋白基序、理化性质、系统进化关系、基因表达特性等进行分析,并利用qRT-PCR技术和基因克隆,对所选基因进行验证。【结果】从竹叶花椒中共鉴定出39条MYB转录因子序列,其中包括9个R1-MYB型基因、28个R2R3-MYB型基因、1个R3型基因和1个R4型基因。对其蛋白理化性质的分析结果表明:39个MYB转录因子所含氨基酸数量为101~621个,其均为可溶性蛋白,而其二级结构以无规则卷曲为主。亚细胞定位预测结果显示:39个MYB转录因子定位于细胞核的可能性最大,这符合转录因子调控下游基因的表达特性。基因表达情况的分析结果显示:部分MYB转录因子在竹叶花椒同一组织的不同发育时期的表达差异显著,其中ZaMYB10、ZaMYB23和ZaMYB25这3个基因的表达量随着皮刺的不断发育均呈逐渐增长的趋势,表明这3个基因可能与皮刺的生长发育相关。qRT-PCR分析结果表明:ZaMYB10基因在皮刺中有特异表达。基因克隆结果表明:ZaMYB10基因具有长为1032 bp的完整的cDNA开放阅读框,其编码343个氨基酸。【结论】鉴定出39个竹叶花椒MYB转录因子,其均包含SANT保守结构域,根据表达模式判断,其中的ZaMYB10转录因子可能参与了竹叶花椒皮刺生长发育的调控。

关键词：竹叶花椒 MYB 皮刺生物信息学分析基因表达分析

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鳄梨中干旱与低温胁迫相关NAC转录因子的表达分析

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分子植物育种 2025年第5期23卷 1488-1502页

作者：罗玛妮娅王毅张璋原晓龙王丽娟冯发玉徐令文郑元西南林业大学林学院云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室西南林业大学生物与食品工程学院

NAC转录因子是植物转录因子家族中的重要成员之一，对植物生长发育和非生物胁迫响应具有重要作用。本研究通过本地BLAST与鳄梨基因组比对分析获得72个鳄梨NAC (PaNAC)转录因子，利用二代转录组测序获得鳄梨干旱和低温胁迫转录组数据，... 详细信息

NAC转录因子是植物转录因子家族中的重要成员之一，对植物生长发育和非生物胁迫响应具有重要作用。本研究通过本地BLAST与鳄梨基因组比对分析获得72个鳄梨NAC (PaNAC)转录因子，利用二代转录组测序获得鳄梨干旱和低温胁迫转录组数据，对其蛋白理化性质、系统进化树及基因表达谱分析，并对干旱和低温胁迫相关基因进行RT-qPCR验证。转录组分析结果表明，在干旱胁迫下有56个PaNACs表达，低温胁迫下共有53个PaNACs表达。系统进化树结果表明，PaNAC25和参与干旱胁迫的拟南芥ANAC019、ANAC055和ANAC072聚为1支，Pa NAC10、Pa NAC50和PaNAC51分别与刚毛柽柳ThNAC24、茶树CsNAC17、水稻Os NAC022聚为1支。RT-qPCR结果显示，鳄梨NAC转录因子中PaNAC10、PaNAC25、PaNAC50和PaNAC51参与干旱胁迫响应，Pa NAC35和Pa NAC69参与低温胁迫响应。本研究结果为进一步探究鳄梨NAC转录因子家族生物学特性及基因功能奠定基础，为揭示NAC基因参与非生物胁迫调控提供科学依据。

关键词：鳄梨(Persea americana) NAC转录因子转录组分析干旱低温胁迫

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