为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基G...
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为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC含量为28.43%,远低于第1位(47.74%)和第2位(41.05%),RSCU值大于1的密码子有30个,其中12个以A结尾,16个以U结尾,说明蒜头果叶绿体基因组的编码基因偏好以A和U结尾。GC_(12)和GC_(3)的相关系数为0.1646,相关性不显著,回归系数为0.0004;有效密码子数(ENC)范围为40.39~54.86,大于45的有25个,ENC比值主要分布在−0.05~0.05之外。蒜头果叶绿体基因组中的大部分基因分布在PR2平面图的下半部或右下半部,说明蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性更多地受选择的影响,同时亦受其他因素的影响。蒜头果叶绿体基因组的最优密码子确定为UUU、UUA、GUA等18个。
为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的...
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为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的ΔRSCU值来确定最优密码子。结果显示,密码子不同位置的GC含量存在差异,表现为GC1(46.59%)>GC2(39.03%)>GC3(27.47%);ENC值在37.68~58.08之间,且ENC值>45的有36个,占比69.23%;中性绘图分析显示GC12在0.306~0.543之间,GC3在0.300~0.365之间,GC12和GC3的相关系数为0.182,相关性不显著,回归系数为0.261 2;ENC-plot分析显示大部分基因位于标准曲线附近;偏倚性显示位于平面图的右下方位置的基因数量最多;最优密码子分别为UUU、UUA、GUA、AGU、ACU、UAU、CAA、AAA、GAA、UGU、AUU和GCA。以上结果说明铁核桃叶绿体基因组密码子偏好以A/T结尾,影响偏好性的主要因素为选择。本研究为以后通过外源基因密码子改造后以铁核桃叶绿体为载体进行异源表达及种源鉴定提供科学根据。
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