检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2018年第1期40卷 57-65页

作者：杨超杨瑞馥崔玉军包其郁军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071 不详

随着测序技术的发展和全基因组序列的不断积累,全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)在人类复杂疾病研究中取得了丰硕成果,10余年间发现了数以万计的疾病风险因子。同样,GWAS也为探索细菌表型的遗传机制提供了新的工... 详细信息

随着测序技术的发展和全基因组序列的不断积累,全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)在人类复杂疾病研究中取得了丰硕成果,10余年间发现了数以万计的疾病风险因子。同样,GWAS也为探索细菌表型的遗传机制提供了新的工具。自2013年第一项细菌GWAS(bacterial GWAS,BGWAS)工作发表以来,目前已有10多项相关研究报道,分别揭示了细菌宿主适应性、耐药性及毒力等表型的遗传机制,极大加深了人们对细菌遗传、进化及传播等方面的认识。本文对目前BGWAS的研究方法、应用成果及存在的问题进行了总结,并对BGWAS的研究前景进行了展望,旨在为微生物学领域开展BGWAS研究提供参考。

关键词：全基因组关联研究细菌全基因组测序表型遗传机制

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1株高毒力型肺炎克雷伯菌临床分离株毒力及耐药性分析

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传染病信息 2020年第3期33卷 220-224页

作者：王灿高明明李璞媛苑鑫牛文凯刘慧莹方云米志强柏长青安徽医科大学附属阜阳医院呼吸内科 236000 中国人民解放军总医院第五医学中心呼吸与危重症医学科北京100071 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

目的对1株临床分离的高毒力型肺炎克雷伯菌菌株进行毒力基因及耐药基因分析,为临床复杂肺炎克雷伯菌感染的诊断及抗生素使用提供参考。方法首先使用PCR方法对该菌株进行血清学分型、毒力基因和耐药基因检测,然后利用二代和三代高通量测... 详细信息

目的对1株临床分离的高毒力型肺炎克雷伯菌菌株进行毒力基因及耐药基因分析,为临床复杂肺炎克雷伯菌感染的诊断及抗生素使用提供参考。方法首先使用PCR方法对该菌株进行血清学分型、毒力基因和耐药基因检测,然后利用二代和三代高通量测序平台对该菌株进行全基因组测序和序列拼接,应用生物信息学方法全面分析该菌株毒力基因及耐药基因。结果该菌株血清型为K1型,采用PCR方法发现该菌株携带wabG、uge、kfuBC、aerobactin、rmpA、magA和fimH 7个毒力基因及超广谱β-内酰胺酶耐药基因(基因型为SHV型)。高通量测序进一步发现该菌株的基因组还携带clbB、iroC和rffG 3个毒力基因。结论该肺炎克雷伯菌临床分离株血清型为K1,除了携带喹诺酮类和β-内酰胺类耐药基因外,还含有多种毒力基因,增加了治疗难度。全面分析感染菌株携带的毒力基因和耐药基因,有针对性地选择抗生素,可提高抗感染治疗的效率,减少并发症的发生。

关键词：肺炎克雷伯菌全基因组测序毒力基因耐药基因血清型

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大肠杆菌hfq和rne-710基因的双质粒无痕敲除技术

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生物工程学报 2018年第4期34卷 602-612页

作者：王净吕瑞辰韩延平杨瑞馥河北北方学院动物科技学院河北张家口075131 军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

基因敲除技术是了解基因功能的重要技术手段。以大肠杆菌K-12 MG1655基因组hfq(309 bp)和rne-710(1056 bp)基因为模型,首先构建Δhfq∷Spe和Δrne-710∷Spe菌株,通过融合PCR方法分别构建缺失hfq(309 bp)和rne-710(1056 bp)的融合片段并... 详细信息

基因敲除技术是了解基因功能的重要技术手段。以大肠杆菌K-12 MG1655基因组hfq(309 bp)和rne-710(1056 bp)基因为模型,首先构建Δhfq∷Spe和Δrne-710∷Spe菌株,通过融合PCR方法分别构建缺失hfq(309 bp)和rne-710(1056 bp)的融合片段并连接至辅助质粒,缺失hfq和rne-710的片段经重组分别替换壮观霉素抗性盒,得到无痕敲除株Δhfq和Δrne-710。双质粒无痕敲除和融合PCR方法相结合为大片段基因缺失开辟了新的途径。

关键词：大肠杆菌 hfq rne-710 双质粒无痕敲除融合PCR Ⅰ-Sce Ⅰ内切酶

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Q热疫苗研究

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中国人兽共患病学报 2018年第2期34卷 171-174,181页

作者：熊小路焦俊温博海军事医学科学院微生物流行病研究所病原生物生物安全国家重点实验室北京100071

Q热(Q fever)为一种世界性分布的重要人兽共患病,疫苗接种是预防Q热的最有效手段。专性细胞内寄生的贝氏柯克斯体是Q热的病原体,灭活I相贝氏柯克斯体Q热疫苗(WCV)免疫保护效能几乎为100%,但是其免疫副反应强。氯仿-甲醇提取贝氏柯克斯体... 详细信息

Q热(Q fever)为一种世界性分布的重要人兽共患病,疫苗接种是预防Q热的最有效手段。专性细胞内寄生的贝氏柯克斯体是Q热的病原体,灭活I相贝氏柯克斯体Q热疫苗(WCV)免疫保护效能几乎为100%,但是其免疫副反应强。氯仿-甲醇提取贝氏柯克斯体(CMR)和三氯醋酸提取贝氏柯克斯体可溶性抗原(TCA)Q热疫苗保留灭活Q热疫苗的免疫保护效能,且免疫副反应显著减轻。但CMR和TCA Q热疫苗均需要用鸡胚大量培养贝氏柯克斯体,需要在高等级生物防护实验室采用复杂步骤提取、纯化贝氏柯克斯体,这些使Q热疫苗的生产成本高、批量生产难。近十年来,国内外Q热疫苗研究着力于分子疫苗,并已经由研究贝氏柯克斯体保护性抗原转移到筛选能诱导特异性细胞免疫应答的CD4+和CD8+T细胞表位上,以期望T细胞表位在机体内高效表达,诱导机体产生良好的抗Q热保护性免疫应答。

关键词： Q热疫苗贝氏柯克斯体保护性抗原 T细胞表位

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医院感染细菌性肺炎患者多重耐药菌感染及30 d内死亡危险因素分析

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检验医学 2019年第4期34卷 300-304页

作者：李静刘雪超孙惠敏崔冰漪刘秀玮唐山市中医医院免疫发光科河北唐山063000 军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071 唐山市中医医院肺系病科河北唐山063000

目的探讨医院感染细菌性肺炎的病原谱和耐药情况,分析患者感染30 d内死亡的危险因素。方法回顾性分析2017年1—12月唐山市中医医院医院感染细菌性肺炎患者的临床资料,分析病原菌分布及耐药情况。采用Logistic回归分析和Cox回归分析评估... 详细信息

目的探讨医院感染细菌性肺炎的病原谱和耐药情况,分析患者感染30 d内死亡的危险因素。方法回顾性分析2017年1—12月唐山市中医医院医院感染细菌性肺炎患者的临床资料,分析病原菌分布及耐药情况。采用Logistic回归分析和Cox回归分析评估相关危险因素。结果患者年龄、重症监护病房(ICU)入住>7 d、接受有创机械性通气>7 d是患者发生多重耐药(MDR)菌感染的独立危险因素;患者年龄、肺部肿瘤及合并机体其他部位感染是细菌性肺炎患者30 d内死亡的独立危险因素。结论明确了医院感染细菌性肺炎患者发生MDR及30 d内死亡的危险因素,为临床制定相应预防、治疗措施提供了理论依据。

关键词：医院感染细菌性肺炎危险因素多重耐药菌死亡

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两质粒系统重配甲型H1N1流感病毒株的研究

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免疫学杂志 2018年第4期34卷 353-358页

作者：周珊珊杨晓岚孙芳程晋霞谷宏婧段跃强杨鹏辉王希良安徽医科大学研究生院合肥230601 军事医学科学院微生物流行病研究所免疫学研究室病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

目的构建两质粒冷适应流感病毒拯救系统,提高流感病毒的重配效率。方法本研究通过构建克隆载体pfastbac△plh HTB,将流感病毒A/Ann Arbor/6/60(H2N2)6个内部基因(PB2、PB1、PA、NP、M、NS)的双向转录表达元件定向克隆入此载体,获得pfast... 详细信息

目的构建两质粒冷适应流感病毒拯救系统,提高流感病毒的重配效率。方法本研究通过构建克隆载体pfastbac△plh HTB,将流感病毒A/Ann Arbor/6/60(H2N2)6个内部基因(PB2、PB1、PA、NP、M、NS)的双向转录表达元件定向克隆入此载体,获得pfastbac△plh HTBP6。同时将流感病毒A/California/7/2009(H1N1)表面基因(HA、NA)双向转录表达元件定向克隆入p ENTR-1A质粒,获得p ENTR-1AP2。将2个重组质粒共转染MDCK/COSI细胞,细胞上清接种10日龄SPF鸡胚,收取尿囊液,血凝实验筛选阳性株,并进行全面鉴定。结果本研究利用两质粒系统成功重配甲型H1N1流感病毒株,命名为TRG A/California/07/2009(H1N1)Vca,重配病毒株传代后HA效价为2~8,形态符合流感病毒典型特征,大小80~120 nm,具有冷适应、温度敏感表型。结论两质粒流感病毒拯救系统为高效重配流感疫苗株提供了新策略。

关键词：反向遗传学两质粒系统流感病毒

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基于FRET技术构建破伤风毒素和B型肉毒毒素酶类抑制剂高通量体外筛选方法

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安徽医科大学学报 2018年第5期53卷 739-745页

作者：罗森丁朋晓李涛王琴王慧遵义医药高等专科学校病原生物与免疫教研室遵义563006 军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

目的利用FRET技术构建破伤风毒素和B型肉毒毒素酶类抑制剂高通量体外筛选方法。方法构建针对破伤风毒素和B型肉毒毒素的双荧光标记底物的重组表达质粒,表达并纯化荧光标记底物重组蛋白;利用A型肉毒毒素轻链(ALc),B型肉毒毒素轻链(BLc)... 详细信息

目的利用FRET技术构建破伤风毒素和B型肉毒毒素酶类抑制剂高通量体外筛选方法。方法构建针对破伤风毒素和B型肉毒毒素的双荧光标记底物的重组表达质粒,表达并纯化荧光标记底物重组蛋白;利用A型肉毒毒素轻链(ALc),B型肉毒毒素轻链(BLc)和破伤风毒素轻链(TLc)分别对目的蛋白进行酶切反应。对基于双荧光标记底物高通量体外筛选方法的条件进行优化。酶动力学参数分别测定TLc和BLc切割底物荧光标记底物的Km和Kcat值。结果设计并成功构建荧光标记底物的重组表达质粒。表达并纯化后获得纯度为90%左右的重组蛋白,命名为CYVAMP。利用ALc、BLc和TLc分别对CYVAMP进行酶切,CYVAMP能被BLc和TLc识别切割而不能被ALc切割。对基于双荧光标记底物高通量体外筛选方法的条件优化得到:CYVAMP较适宜的范围为0.2~32μmol/L,酶标仪滤光片灵敏度设定的较合适的设置范围在65~110;(对于96孔板)动态实时检测间隔时间2 min较为合适,检测持续时间从30 min到120 min较合适。CYVAMP在内肽酶BLc作用下随反应时间变化与荧光值528与485比值作图最大时在1.5左右,最小在0.5左右。酶动力学参数测定得到BLc酶切CYVAMP的Km和Kcat值分别为(17.6±2.6)μmol/L和(4.16±0.28)s-1。TLc酶切CYVAMP的Km和Kcat值分别为(40.8±3.5)μmol/L和(2.65±0.32)s-1。结论成功构建基于FRET技术的分析法能满足对破伤风毒素和B型肉毒毒素的检测及抑制剂的高通量体外筛选所需。

关键词： FRET 肉毒毒素破伤风毒素高通量筛选

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大肠杆菌小RNASgrS单分子原位成像方法的建立

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科学通报 2017年第24期62卷 2804-2813页

作者：王净韩延平杨瑞馥河北北方学院动物科技学院张家口075131 军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

为了确定单分子Sgr S的空间定位,在野生株Escherichia coli MG1655基础上,构建敲除株(35)sgr S和过表达株(35)sgr S-p BAD-Sgr S,并以3株菌为供试菌株建立了定位大肠杆菌Sgr S的单分子荧光原位杂交(sm FISH)方法.优化条件为:杂交后细菌... 详细信息

为了确定单分子Sgr S的空间定位,在野生株Escherichia coli MG1655基础上,构建敲除株(35)sgr S和过表达株(35)sgr S-p BAD-Sgr S,并以3株菌为供试菌株建立了定位大肠杆菌Sgr S的单分子荧光原位杂交(sm FISH)方法.优化条件为:杂交后细菌洗涤次数为5次,涂片时加入Slow Fade Diamond Antifade Mountant防淬灭,细菌在杂交液和探针的混合液中经40℃杂交3 h,杂交前探针置98℃变性10 min,Alexa-555 WGA染料用来标记细胞壁.sm FISH操作步骤确定为:固定-洗涤-透化-预杂交-杂交-洗涤-染细胞壁-洗涤-涂片,最后使用N-SIM超分辨率显微镜观察成像.定位结果显示,Sgr S呈绿色点状荧光弥散分布于细菌胞浆中,Alexa-555 WGA染料标记细胞壁呈红色,从而完整地定位了大肠杆菌的形态.sm FISH方法和超分辨显微技术的结合可为深入研究细菌模式基因s RNA的定位以及s RNA介导的调控机制提供线索和技术支持.

关键词：大肠杆菌 sRNA SgrS 单分子荧光原位杂交超分辨率显微镜 Alexa-555 WGA

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同时产碳青霉烯酶IMP与NDM的肺炎克雷伯菌和霍氏肠杆菌的分离及耐药性研究

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中华医院感染学杂志 2018年第21期28卷 3201-3206页

作者：梁丽琪冯娇蒋晓圆曾利军周冬生梁权辉殷喆江凌晓南方医科大学珠江医院检验医学部广东广州510282 军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071 佛山市第一人民医院检验科广东佛山528000

目的对分别分离自我国两家医院的多药耐药菌株肺炎克雷伯菌10677和霍氏肠杆菌128379进行耐药机制研究。方法通过16SrDNA鉴定菌种,PCR筛查菌株携带的耐药基因,应用改良Carba NP法检测菌株产碳青霉烯酶的类型,接合转移和电转化试验验证携... 详细信息

目的对分别分离自我国两家医院的多药耐药菌株肺炎克雷伯菌10677和霍氏肠杆菌128379进行耐药机制研究。方法通过16SrDNA鉴定菌种,PCR筛查菌株携带的耐药基因,应用改良Carba NP法检测菌株产碳青霉烯酶的类型,接合转移和电转化试验验证携带IMP和NDM的质粒是否具有可转移性,全基因组测序获得细菌所携带的所有质粒序列,应用RAST、BLAST等对序列进行生物信息学分析。结果 10677和128379两株菌均产B类酶,且均携带碳青霉烯酶基因blaIMP和blaNDM。全基因测序结果显示10677和128379各包含两个分别携带blaIMP-4和blaNDM-1的质粒,分别为p10677-IMP、p10677-NDM、p128379-IMP和p128379-NDM。其中p10677-IMP、p10677-NDM和p128379-NDM可通过接合转移得到相应的接合子,p128379-IMP仅可通过电转的方式得到其电转化子。p10677-IMP和p128379-IMP均为IncN1型质粒,有三个共有的外源插入区,分别为包含有携带blaIMP-4的整合子In823b,IS1插入区,携带qnrS1基因的转座子Tn6292,除此外,p10677-IMP还包括携带fosA5基因的转座子Tn6412区以及IS26插入区。p10677-NDM和p128379-NDM为IncX3型质粒,包含两个共有的外源插入区,分别为ISKox3和携带blaNDM-1的耐药区,此外,p10677-NDM还包含一个独有的插入区ISEhe3。结论质粒p10677-IMP、p10677-NDM和p128379-IMP、p128379-NDM分别介导10677和128379多药耐药且均具有转移性,是这两株耐药菌传播的重要载体。

关键词：肺炎克雷伯菌霍氏肠杆菌 blaIMP blaNDM 碳青霉烯酶质粒

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基于荚膜多糖基因wzc可变区序列的肺炎克雷伯菌荚膜分型

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军事医学 2018年第8期42卷 637-640页

作者：王灿李璞媛苑鑫童贻刚高明明刘慧莹秦艳红米志强柏长青安徽医科大学解放军307临床学院北京100071 解放军307医院呼吸与危重症医学科北京100071 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071

目的对分离培养的肺炎克雷伯菌菌株进行荚膜分型以判断不同荚膜型在其中的分布。方法对来源于北京地区的肺炎克雷伯菌菌株参照编码肺炎克雷伯菌荚膜多糖基因中一段wzc基因可变区(CD1-VR2-CD2)序列设计引物,运用PCR法扩增目的片段并进行... 详细信息

目的对分离培养的肺炎克雷伯菌菌株进行荚膜分型以判断不同荚膜型在其中的分布。方法对来源于北京地区的肺炎克雷伯菌菌株参照编码肺炎克雷伯菌荚膜多糖基因中一段wzc基因可变区(CD1-VR2-CD2)序列设计引物,运用PCR法扩增目的片段并进行测序,与已发表的荚膜型或NCBI数据库上比对测序结果,最终确定荚膜型别。结果在实验室保存的231株肺炎克雷伯菌中,有210株可用此法进行荚膜分型(分型率为90. 9%);在分出的40种不同的荚膜型中,K47为最常见的荚膜型别,占17. 1%(36/210);其次为K15型,占10. 5%(22/210),其他为K1和K2型,分别占5. 7%(12/210)和6. 6%(14/210)。结论基于荚膜多糖基因wzc可变区序列进行分型的方法操作简单,更有利于不同实验室之间的结果相互比较。另外,K47、K15、K1和K2型为临床肺炎克雷伯杆菌常见的荚膜型。

关键词：肺炎克雷伯菌荚膜分型聚合酶链反应

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