检索结果-内蒙古大学图书馆

生物技术通讯 2014年第6期25卷 871-874页

作者：杨爱清贺福初周钢桥北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100124 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

1999年,Tsuno等在酵母中发现了一个核糖体合成调控蛋白,命名为RRS1。在酵母中,RRS1是一个多功能的蛋白,与核糖体产物因子2相互作用,在25S r RNA成熟过程中起重要作用,并参与核糖体60S大亚基的生物合成。在哺乳动物细胞中,RRS1参与细胞... 详细信息

1999年,Tsuno等在酵母中发现了一个核糖体合成调控蛋白,命名为RRS1。在酵母中,RRS1是一个多功能的蛋白,与核糖体产物因子2相互作用,在25S r RNA成熟过程中起重要作用,并参与核糖体60S大亚基的生物合成。在哺乳动物细胞中,RRS1参与细胞周期中染色体在赤道板的聚集和端粒的聚集。RRS1在亨廷顿病等的发生中发挥着重要作用。我们简要概述RRS1的功能及其与疾病的关系。

关键词：核糖体合成调控蛋白1 功能肿瘤疾病

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一种基于聚酰胺-胺型树枝状聚合物富集糖肽的新策略

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生物技术通讯 2014年第2期25卷 158-164页

作者：邓珊珊曹琦琛马成白海红任晓君应万涛蔡耘安徽医科大学安徽合肥230032 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 辽宁中医药大学附属医院辽宁沈阳110032

目的:提出了一种新型的糖肽富集试剂,将不同代数的含高密度N端的聚酰胺-胺(PAMAM)型树枝状聚合物固定到溴化氰活化的琼脂糖凝胶上用于糖肽的高效分离。方法:先用标准糖蛋白对试剂的富集条件进行优化,包括是否使用还原剂、不同酸度的结... 详细信息

目的:提出了一种新型的糖肽富集试剂,将不同代数的含高密度N端的聚酰胺-胺(PAMAM)型树枝状聚合物固定到溴化氰活化的琼脂糖凝胶上用于糖肽的高效分离。方法:先用标准糖蛋白对试剂的富集条件进行优化,包括是否使用还原剂、不同酸度的结合溶液、不同洗脱液、不同试剂比例,将优化后的方法用于鼠脑裂解液糖肽的富集。结果与结论:将优化的方法用于鼠脑糖肽的富集,用第6代PAMAM鉴定到的糖肽数目是采用商业化酰肼材料的3倍,该试剂对糖肽富集的高选择性和高重现性为糖蛋白组学研究提供了新的工具。

关键词：树枝状聚合物聚酰胺一胺糖肽富集

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同位素稀释法在绝对定量蛋白质组中的研究进展

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生物化学与生物物理进展 2013年第12期40卷 1201-1208页

作者：陆亚丽孙爱华贺福初姜颖中南大学药学院长沙410013 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

绝对定量蛋白质组是指基于蛋白质组学方法对细胞、组织或体液中的蛋白质进行绝对量或浓度测定.目前,常用的绝对定量方法主要有基于同位素稀释法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法.基于同位素稀释法的绝对定... 详细信息

绝对定量蛋白质组是指基于蛋白质组学方法对细胞、组织或体液中的蛋白质进行绝对量或浓度测定.目前,常用的绝对定量方法主要有基于同位素稀释法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法.基于同位素稀释法的绝对定量方法是用已知量的同位素标记物对与其混合的样本蛋白质浓度进行测定.常见的同位素标记物包括:由AQUA法、QconCAT法产生的特异性水解肽段,由PSAQ法、Absolute SILAC法产生的标记蛋白和由PrESTs-SILAC法产生的蛋白抗原表位标签.由于同位素稀释法可以对蛋白质进行准确和精确定量,对于临床疾病的诊断和治疗具有明显的现实意义.本文对同位素稀释法在绝对定量蛋白质组中的研究进展及其优缺点和最新应用进行了评述.

关键词：同位素稀释法绝对定量质谱蛋白质组学

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蛋白质泛素化修饰的生物信息学研究进展

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遗传 2013年第1期35卷 17-26页

作者：卢亮李栋贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

泛素-蛋白酶体系统（Ubiquitin-proteasome system,UPS）介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修... 详细信息

泛素-蛋白酶体系统（Ubiquitin-proteasome system,UPS）介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修饰底物蛋白在细胞中的广泛存在,泛素化修饰可以调控包括细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA损伤修复以及免疫应答等在内的多种细胞活动。近年来,泛素-蛋白酶体系统相关的蛋白质组学数据不断产出,有效地管理、组织并合理分析这些数据显得尤为必要。文章综述了当前世界范围内针对蛋白质泛素化修饰展开的生物信息学研究,总结了前人的工作结果,包括UPS相关蛋白质数据的收录、泛素化修饰网络的构建和分析、泛素化修饰位点的预测及泛素化修饰motif的研究等方面内容,并对该领域未来的发展方向进行了讨论。

关键词：泛素-蛋白酶体系统(UPS) 泛素化修饰生物信息学

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基于超滤辅助样品制备方法的优化

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生物技术通讯 2014年第1期25卷 82-86页

作者：马成张琪潘一廷覃培斌钱小红应万涛北京理工大学生命学院北京100081 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 新加坡南洋理工大学生命学院新加坡637551

目的:基于超滤辅助样品制备(FASP)方法的出现使得使用去污剂(如SDS)的蛋白质提取方法与溶液内酶切方法得以兼容,因此提高了难溶性蛋白的鉴定数量。然而,超滤膜的非特异性吸附作用依然会造成蛋白的损失。我们拟针对该方法存在的问题对其... 详细信息

目的:基于超滤辅助样品制备(FASP)方法的出现使得使用去污剂(如SDS)的蛋白质提取方法与溶液内酶切方法得以兼容,因此提高了难溶性蛋白的鉴定数量。然而,超滤膜的非特异性吸附作用依然会造成蛋白的损失。我们拟针对该方法存在的问题对其进行改进。方法:对FASP方法进行了蛋白酶切条件、洗脱液选择、洗脱次数的改进;为测试优化方法的有效性和适用范围,选择标准蛋白BSA、鼠肝和鼠脑等3种样品进行考察。结果:相比报道的FASP方法,采用改进后的FASP方法使BSA的回收率提高了20%;经高精度质谱检测,对鼠肝、鼠脑的蛋白质鉴定结果分别比采用未优化的FASP多鉴定到2086和3592条特异肽段。结论:通过对FASP方法的优化,蛋白鉴定数量得到较大提高,该方法为蛋白质组深度覆盖研究提供了可靠的技术手段。

关键词：基于超滤辅助样品制备蛋白酶切超滤管深度覆盖

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对象存储系统中自适应的元数据负载均衡机制

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软件学报 2013年第2期24卷 331-342页

作者：陈涛肖侬刘芳国防科学技术大学计算机学院湖南长沙410073 事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 蛋白质组学国家重点实验室(军事医学科学院) 北京102206 北京蛋白质组研究中心北京102206

面向对象的存储系统在研究、工程以及服务领域均得到了广泛的应用.在面向对象的存储系统中,元数据的负载均衡对于提高整个系统的I/O性能具有重要的作用.现有的元数据负载均衡策略不能动态地平衡元数据的访问负载,而且自适应性以及容错... 详细信息

面向对象的存储系统在研究、工程以及服务领域均得到了广泛的应用.在面向对象的存储系统中,元数据的负载均衡对于提高整个系统的I/O性能具有重要的作用.现有的元数据负载均衡策略不能动态地平衡元数据的访问负载,而且自适应性以及容错特性有待提高.提出了一种自适应的分布式元数据负载均衡机制(adaptabledistributed load balancing of metadata,简称ADMLB),包含基本的负载均衡算法和分布式的增量负载均衡算法.采用基本的负载均衡算法按照服务器的性能公平地分布负载,使用分布式的负载均衡算法定时地调整负载的分布.ADMLB采取分布式的方法均衡地在元数据服务器之间分布负载,根据负载的变化自适应地进行调整,具有很好的容错特性,而且用户可以高效地定位元数据服务器.

关键词：面向对象的存储系统元数据负载均衡自适应分布式

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藜芦人参配伍对大鼠肝功能及肝组织蛋白质表达的影响

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中国药理学与毒理学杂志 2013年第6期27卷 982-987页

作者：孙爱华王宇光孟浩吕永壮高月姜颖军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 军事医学科学院放射与辐射医学研究所药理毒理研究室北京100850

目的利用差异蛋白质组技术,探讨藜芦人参配伍对肝功能及蛋白质表达的影响。方法大鼠雌雄各半,ig给予藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1、藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1、藜芦0.81 g·k... 详细信息

目的利用差异蛋白质组技术,探讨藜芦人参配伍对肝功能及蛋白质表达的影响。方法大鼠雌雄各半,ig给予藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1、藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1、藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1,每天1次,连续8周。收集血清及肝组织。采用全自动生化仪测定谷草转氨酶(GOT)、谷丙转氨酶(GPT)的水平,并对肝组织进行常规HE染色观察组织病理变化。通过差异凝胶电泳技术(DIGE)分离大鼠肝组织总蛋白,基质辅助激光解吸电离时间飞行串联质谱及数据库查询鉴定差异表达蛋白质。结果血生化指标检测结果表明,只有藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1检测到GOT没有升高的趋势;而GPT明显升高(P<0.05)。病理学结果显示,正常对照、藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1及藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1组大鼠肝组织无明显病理变化;藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1有2例(8.7%)样本分别出现肝窦扩张淤血及淋巴细胞浸润的病理改变。藜芦人参合用前后大鼠肝组织差异蛋白质经DIGE进行分离后,成功获得了分辨率高、重复性好的双向凝胶电泳图谱;经DeCyder6.5软件分析获得差异>1.5倍的蛋白质点共30个;质谱鉴定去冗余后得到4种差异蛋白质,其中二硫键异构酶A3前体和碳酸酐酶Ⅲ明显降低;谷氨酸脱氢酶1及氨甲酰磷酸合成酶1明显升高。结论藜芦0.81 g·kg-1和人参2.13 g·kg-1合用可能影响大鼠肝内与pH自稳、蛋白折叠及氨基酸代谢相关酶的表达。

关键词：藜芦人参肝串联质谱法蛋白质组

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选择反应监测技术在蛋白质组学研究中的应用

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中国科学：生命科学 2013年第1期43卷 63-71页

作者：张剑姜颖孙薇军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

基于三重四极杆质谱仪的选择反应监测(SRM)技术是一种根据已有信息或理论信息靶向进行质谱信号采集的技术,具有高选择性、高重复性、高灵敏度、宽动态范围等特点,已被广泛应用于蛋白质组学研究,用于生物样本中蛋白质的绝对定量分析.本文... 详细信息

基于三重四极杆质谱仪的选择反应监测(SRM)技术是一种根据已有信息或理论信息靶向进行质谱信号采集的技术,具有高选择性、高重复性、高灵敏度、宽动态范围等特点,已被广泛应用于蛋白质组学研究,用于生物样本中蛋白质的绝对定量分析.本文对SRM技术的特点、发展过程、在蛋白质组学中的应用现状以及发展前景进行了概述.

关键词：选择反应监测蛋白质组学绝对定量质谱

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原子转移自由基聚合修饰银丝固定化酶反应器的制备及在蛋白质组鉴定中的应用

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色谱 2013年第4期31卷 355-361页

作者：周廉淇张姣田芳张养军钱小红安徽医科大学安徽合肥230032 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

针对传统溶液酶解存在的酶解时间较长、酶自切物干扰以及蛋白酶不能重复使用等缺陷,通过电子转移生成催化剂的原子转移自由基聚合法修饰银丝,并以其为载体制备了一种新型的固定化酶反应器。用质谱考察了银丝固定化酶反应器(SW-Trypsin)... 详细信息

针对传统溶液酶解存在的酶解时间较长、酶自切物干扰以及蛋白酶不能重复使用等缺陷,通过电子转移生成催化剂的原子转移自由基聚合法修饰银丝,并以其为载体制备了一种新型的固定化酶反应器。用质谱考察了银丝固定化酶反应器(SW-Trypsin)的酶解效率、重复性和回收率。结果表明:绒毛状聚合物修饰的SW-Trypsin的酶解效率较高,酶解标准蛋白牛血清白蛋白(BSA)20 min后,肽段的氨基酸序列覆盖率可达93%,高于传统溶液酶解方法酶解16 h所得79%的覆盖率。使用该固定化酶反应器于一个月内8次酶解BSA所得的氨基酸序列覆盖率在89%到97%之间,平均覆盖率为94%,显示出良好的稳定性。另外,该固定化酶反应器酶解马心肌红蛋白(MYO)的回收率为87.67%。最后,用SW-Trypsin酶解腾冲嗜热菌全蛋白20 min,所鉴定到的氨基酸序列覆盖率和蛋白数量与同样条件下溶液酶解16 h的结果接近,且零漏切位点肽段的比例更高。加之容易分离的优点,SW-Trypsin在蛋白质组学的应用中具有良好的前景。

关键词：原子转移自由基聚合反应蛋白质组学质谱固定化酶反应器银丝

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蛋白质丰度调控及整体分布的规律性认识

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中国科学：生命科学 2013年第1期43卷 54-62页

作者：李定辰杨冬姜颖贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

蛋白质是生命的重要物质基础之一,也是生命活动的主要承担者.蛋白质丰度与其执行的生物学功能息息相关,受基因表达各个过程严格精密的调控.蛋白质丰度的直接影响因素包括相应mRNA初始量、蛋白质合成速率和降解速率.细胞对此3因素的调控... 详细信息

蛋白质是生命的重要物质基础之一,也是生命活动的主要承担者.蛋白质丰度与其执行的生物学功能息息相关,受基因表达各个过程严格精密的调控.蛋白质丰度的直接影响因素包括相应mRNA初始量、蛋白质合成速率和降解速率.细胞对此3因素的调控将决定蛋白质最终的丰度.得益于定量蛋白质组学的飞速发展,规模化蛋白质丰度数据的产出,使得研究者可致力于发掘蛋白质丰度与其内在性质(如进化特征、结构特征、功能类型等)间规律性的相关性,这对于深入认识生命系统组成的基本原则具有重要意义.本文总结了蛋白质丰度调控及蛋白质丰度与其内在性质相关性的最新研究进展,及对这些规律性现象反映的生物学意义的解读.

关键词：蛋白质丰度丰度调控蛋白质内在性质丰度分布规律

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