检索结果-内蒙古大学图书馆

生物工程学报 2016年第10期32卷 1443-1454页

作者：齐英姿邓晨苏纳张令强徐平军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

泛素化修饰是细胞内最重要的翻译后修饰形式之一,对细胞内蛋白质的稳定、降解、定位以及生物活性的调节起到重要作用。但因其在细胞内丰度低、降解周期短等特点而很难被检测。本研究中,制备的泛素结合结构域蛋白(Ubiquitin-binding doma... 详细信息

泛素化修饰是细胞内最重要的翻译后修饰形式之一,对细胞内蛋白质的稳定、降解、定位以及生物活性的调节起到重要作用。但因其在细胞内丰度低、降解周期短等特点而很难被检测。本研究中,制备的泛素结合结构域蛋白(Ubiquitin-binding domains,UBDs)用于富集肝癌细胞系Hep3B中的泛素化蛋白,并通过液相色谱-串联质谱联用的方法对富集的泛素化蛋白进行鉴定。实验共鉴定到1 900个潜在的泛素化蛋白和158个泛素化位点,这些被鉴定到的泛素化位点分属于102个蛋白。生物信息学分析发现泛素化蛋白显著富集的相关通路与肿瘤的发生发展密切相关,此结果暗示肿瘤细胞内泛素化-蛋白酶体的失调与肿瘤细胞的信号传导及细胞外基质的变化等具有较高的关联性。

关键词： Hep3B 蛋白质组学泛素化 ThUBDs

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目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展

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生物化学与生物物理进展 2016年第7期43卷 661-672页

作者：冯晓东马洁常乘白明泽朱云平舒坤贤重庆邮电大学生物信息学研究所重庆400065 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京102206

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的... 详细信息

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法.本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望.

关键词：串联质谱蛋白质鉴定目标-诱饵质量控制

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质谱方法实现抗体类药物糖链修饰的鉴定与定量研究

质谱方法实现抗体类药物糖链修饰的鉴定与定量研究

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第三届全国质谱分析学术报告会

作者：黄怡钱小红应万涛安徽医科大学研究生学院蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组学研究中心国家蛋白质科学中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所

在抗体药物质量属性研究中,糖修饰的结构鉴定与定量分析,越来越受到关注。贝伐单抗是一种人源化重组单克隆抗体,是美国第一个批准上市的抑制肿瘤血管生成的抗体药物。在本研究中,以贝伐单抗为测试品,建立基于液质联用的从完整糖肽水平... 详细信息

在抗体药物质量属性研究中,糖修饰的结构鉴定与定量分析,越来越受到关注。贝伐单抗是一种人源化重组单克隆抗体,是美国第一个批准上市的抑制肿瘤血管生成的抗体药物。在本研究中,以贝伐单抗为测试品,建立基于液质联用的从完整糖肽水平对抗体药糖型定性定量的研究方法,并用于生物仿制药糖型定性定量分析中。基于液相色谱质谱技术,从完整糖肽水平对糖型进行定性定量分析,同时与传统超高效液相荧光检测方法(UPLC-FLR)定性定量结果比较,获得最优分析策略,并用于曲妥珠单抗仿制药批次间糖型定性定量分析。UPLC-FLR方法定量分析了贝伐单抗7种糖型;液质联用方法定量19种糖型;经亲水相互作用色谱(HILIC)富集后,定量22种糖型。曲妥珠单抗仿制药批次间糖型定量结果显示良好的一致性。基于液质联用的方法,具有速度快、灵敏度高、检测糖型种类多等优势,有望作为一种稳定的抗体药物糖蛋白位点特异性定量分析策略(图1)。

关键词：超高效液相荧光检测液质联用抗体药物完整糖肽定量

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基于机器学习的蛋白质相互作用文献挖掘方法研究进展

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中国科学：生命科学 2016年第11期46卷 1235-1248页

作者：李满生常乘马洁朱云平军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京102206

蛋白质相互作用是生物体内一类极其重要的分子活动.自动挖掘、整合生物文献中的蛋白质相互作用有助于生物学的研究,获得了人们的广泛关注,成为生物文献挖掘领域的重要任务之一.目前,基于机器学习的蛋白质相互作用挖掘方法已经取得了很... 详细信息

蛋白质相互作用是生物体内一类极其重要的分子活动.自动挖掘、整合生物文献中的蛋白质相互作用有助于生物学的研究,获得了人们的广泛关注,成为生物文献挖掘领域的重要任务之一.目前,基于机器学习的蛋白质相互作用挖掘方法已经取得了很大进步,对该领域的进展进行归纳总结将有助于方法的进一步优化和应用.本文在对机器学习方法构建流程介绍的基础上,进一步从机器学习的分类器、学习特征、方法评估以及挖掘系统4个方面对蛋白质相互作用文献挖掘进行系统总结,并探讨了其发展前景.

关键词：蛋白质相互作用蛋白质相互作用挖掘文献挖掘机器学习

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固定化表面活性剂在蛋白质组质谱分析中的应用

固定化表面活性剂在蛋白质组质谱分析中的应用

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第三届全国质谱分析学术报告会

作者：吴琼钱小红张养军广东药科大学药学院军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室

在常用的蛋白质组学"Bottom-up"分析策略中,表面活性剂常用于蛋白质样品的前处理过程[1],通过使蛋白质增溶和变性提高蛋白质的回收率及酶解效率[2]。十二烷基磺酸钠是蛋白质样品前处理过程中一种常用的表面活性剂,然而其不易... 详细信息

在常用的蛋白质组学"Bottom-up"分析策略中,表面活性剂常用于蛋白质样品的前处理过程[1],通过使蛋白质增溶和变性提高蛋白质的回收率及酶解效率[2]。十二烷基磺酸钠是蛋白质样品前处理过程中一种常用的表面活性剂,然而其不易除去,会对蛋白酶活性、肽段的色谱分离及质谱分析造成干扰。为此,如图1所示,我们制备了一种固定化表面活性剂,一端为FeO磁性纳米颗粒,具有亲水性和磁性,作为亲水端且能够通过外加磁场轻易除去[3];另一端为含有18个碳原子的长碳链,作为疏水端,可插入蛋白质内部,将其变性或起增溶作用。以BSA为标准蛋白比较常规方法和固定化表面活性剂对蛋白的酶解效率,结果表明使用固定化表面活性剂将其变性后进行酶解,质谱分析结果显示其平均肽段覆盖率为42.1%,与常规方法（23.8%）相比提高了76.89%,具有较好的蛋白质变性能力。进一步使用固定化表面活性剂提取HeLa细胞全蛋白,得到的蛋白数与常规方法（常用0.1%SDS[4]或8 MUA[5]作为蛋白质裂解液）相近,表明固定化表面活性剂具有较好的蛋白质变性、增溶的能力,并且能够避免SDS不易除去及UA盐浓度过高的缺点,可用于复杂生物样本的处理中,提高蛋白质组的覆盖率。

关键词：表面活性剂 Fe3O4磁性纳米颗粒质谱蛋白质组学

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胚胎干细胞向内胚层分化的分子机制及其组学研究进展

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中国科学：生命科学 2016年第12期46卷 1345-1353页

作者：赵文娟杨冬贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

胚胎干细胞(ESC)在发育过程中分化为内胚层、中胚层和外胚层3个胚层.其中内胚层进一步向终末细胞的分化,是形成整个消化道和呼吸道,以及肝脏、胰腺等器官的基础.ESC形成内胚层主要经历以下几个分化阶段:外胚叶的分化、原条的形成、内胚... 详细信息

胚胎干细胞(ESC)在发育过程中分化为内胚层、中胚层和外胚层3个胚层.其中内胚层进一步向终末细胞的分化,是形成整个消化道和呼吸道,以及肝脏、胰腺等器官的基础.ESC形成内胚层主要经历以下几个分化阶段:外胚叶的分化、原条的形成、内胚层与中胚层的分离以及定型内胚层的形成.本文主要从信号通路、转录因子以及表观遗传调控等几个方面综述胚胎干细胞向内胚层分化的分子机制,并重点介绍其组学研究进展,以期为该领域研究者提供重要参考信息.

关键词：胚胎干细胞内胚层信号通路表观遗传组学

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开管毛细管色谱柱的制备及其在蛋白质组学研究中的应用进展

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色谱 2016年第3期34卷 226-231页

作者：周珊珊翟睿焦丰龙郝斐然吕雅瑶钱小红张养军广西医科大学广西南宁530021 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

近年来随着生命科学等领域的深入发展,人们对微量样本分离分析的需求越来越高,液相色谱系统的微量化受到了更多的关注。由于开管毛细管色谱柱具有较低的反向压力,可通过采用更长的色谱柱提高柱效,从而实现对复杂生物样本的高效分离,因... 详细信息

近年来随着生命科学等领域的深入发展,人们对微量样本分离分析的需求越来越高,液相色谱系统的微量化受到了更多的关注。由于开管毛细管色谱柱具有较低的反向压力,可通过采用更长的色谱柱提高柱效,从而实现对复杂生物样本的高效分离,因而成为液相色谱柱新的发展方向。本文对开管毛细管色谱柱的制备方法及应用进展进行了综述。

关键词：毛细管液相色谱开管毛细管色谱柱多孔层蛋白质组学综述

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蛋白质水解酶和样品预处理优化技术在蛋白质组学研究中的应用

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生物工程学报 2016年第3期32卷 306-316页

作者：吴飞林赵明治张瑶熊智徐平西南林业大学生命科学学院云南昆明650224 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 中国科学院微生物研究所北京100101

蛋白质组学是全景式鉴定、定量蛋白质,并研究蛋白质功能的学科。基于高分辨质谱的鸟枪法蛋白组学研究技术首先利用不同的位点特异性蛋白酶对复杂蛋白质样品进行酶解,进而利用质谱获得蛋白质相关的定性和定量信息。为了获得高质量的质谱... 详细信息

蛋白质组学是全景式鉴定、定量蛋白质,并研究蛋白质功能的学科。基于高分辨质谱的鸟枪法蛋白组学研究技术首先利用不同的位点特异性蛋白酶对复杂蛋白质样品进行酶解,进而利用质谱获得蛋白质相关的定性和定量信息。为了获得高质量的质谱信息,前期的样品处理和质谱数据采集同样重要。本文对蛋白组学中常用的Trypsin、Lys-C、Glu-C等位点特异性蛋白酶的酶切特点进行了总结,并综述了目前常用的几种酶切组合策略和样本预处理技术在提高蛋白质组学研究效率中的作用。

关键词：蛋白质组学蛋白质水解酶多种酶组合技术过滤器辅助样品制备技术

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泛素、泛素链和蛋白质泛素化研究进展

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生物工程学报 2016年第1期32卷 14-30页

作者：兰秋艳高媛李衍常洪学传徐平武汉大学药学院组合生物合成与新药发现教育部重点实验室湖北武汉430072 军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

蛋白质泛素化是以泛素单体和泛素链作为信号分子,共价修饰细胞内其他蛋白质的一种翻译后修饰形式。不同蛋白质底物、同一底物的不同氨基酸修饰位点以及同一位点上泛素链连接方式的不同均可导致细胞效应的差异。蛋白质泛素化在真核细胞... 详细信息

蛋白质泛素化是以泛素单体和泛素链作为信号分子,共价修饰细胞内其他蛋白质的一种翻译后修饰形式。不同蛋白质底物、同一底物的不同氨基酸修饰位点以及同一位点上泛素链连接方式的不同均可导致细胞效应的差异。蛋白质泛素化在真核细胞内广泛存在,除了介导蛋白质的26S蛋白酶体降解途径之外,还广泛参与了基因转录、蛋白质翻译、信号传导、细胞周期控制以及生长发育等几乎所有的生命活动过程。泛素链的形成及其修饰过程的任何失调均可导致生物体内环境的紊乱,从而产生严重的疾病。文中结合实验室研究,综述了泛素的发现历史、基因特点、晶体结构,特别是泛素链的组装过程、结构、功能以及与人类相关疾病关系的新进展,可为这些疾病的治疗靶点和药物靶标的研究提供思路。

关键词：泛素泛素链晶体结构赖氨酸残基疾病

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蛋白质N末端组学研究进展

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生物工程学报 2016年第8期32卷 1001-1009页

作者：王志强张瑶洪学传徐平武汉大学药学院组合生物合成与新药发现教育部重点实验室湖北武汉430072 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 中国科学院微生物研究所北京100101

蛋白质的N末端作为合成的起始,其氨基酸序列组成及翻译后修饰直接影响着蛋白质的活性、稳定性和细胞内定位,调控着细胞内的信号转导,甚至决定了这些蛋白质的命运。对蛋白质N末端组学的系统研究不仅可以揭示N末端区域对整个蛋白质的重要... 详细信息

蛋白质的N末端作为合成的起始,其氨基酸序列组成及翻译后修饰直接影响着蛋白质的活性、稳定性和细胞内定位,调控着细胞内的信号转导,甚至决定了这些蛋白质的命运。对蛋白质N末端组学的系统研究不仅可以揭示N末端区域对整个蛋白质的重要作用,有助于我们深入地了解蛋白质在各种生命活动中所扮演的角色,同时在实现蛋白质组高覆盖、基因组重注释等方面也有着重要的价值。本文结合我们的现有工作,综述了近年来蛋白质N末端组学的研究进展,尤其是一些重要的基于质谱的N末端富集技术和方法。

关键词：蛋白质组学蛋白质N末端质谱富集

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