检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2013年第3期40卷 281-292页

作者：武鹏贺福初姜颖蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无... 详细信息

依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无标记定量方法通常分为信号强度法和谱图计数法两大类.本文在这两种无标记定量方法计算原理的基础上,针对各种常用的无标记定量方法及最新进展做一个较为全面的介绍,并将详细讨论两类方法的异同点,以及目前蛋白质组学中无标记定量方法所面临的主要挑战,希望能为这一领域的研究人员在选择无标记定量方法时提供一个合理的参考.

关键词：定量蛋白质组学生物信息学无标记定量信号强度谱图计数共享肽段

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科技论文中高分辨率插图的制作方法

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中国体视学与图像分析 2014年第1期19卷 91-96页

作者：李伟光张成岗军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京100850

高质量插图制作是近年来国内外学术期刊对科技工作者发表论文的明确要求,尤其是国际SCI期刊对插图质量的要求越来越高,不仅需要足够高的插图分辨率,而且对插图尺寸和压缩方法都有明确要求。鉴于部分科技工作者尤其是生物医学工作者对学... 详细信息

高质量插图制作是近年来国内外学术期刊对科技工作者发表论文的明确要求,尤其是国际SCI期刊对插图质量的要求越来越高,不仅需要足够高的插图分辨率,而且对插图尺寸和压缩方法都有明确要求。鉴于部分科技工作者尤其是生物医学工作者对学术论文所需作图软件难以全面掌握,本文对高分辨率插图制作的方法进行介绍,以促进科技论文中图形质量的提高。

关键词：科技论文高分辨率插图制作

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非限制翻译后修饰鉴定方法的研究进展

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生物化学与生物物理进展 2013年第4期40卷 309-318页

作者：张成普李宁马洁吴松锋朱云平军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质的结构和功能有着十分重要的影响.串联质谱技术的快速发展为翻译后修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的分析平台,但传统搜索引擎鉴定修饰的方法无法满足数据分析的需求,非限... 详细信息

蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质的结构和功能有着十分重要的影响.串联质谱技术的快速发展为翻译后修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的分析平台,但传统搜索引擎鉴定修饰的方法无法满足数据分析的需求,非限制翻译后修饰鉴定已成为目前蛋白质组修饰分析的重要手段之一.非限制翻译后修饰鉴定不需要在分析前指定修饰类型,可以直接从样品中找出大量已知或未知的修饰,对提高质谱图谱解析率以及揭示蛋白质的生物学功能具有十分重要的意义.本文首先介绍了非限制翻译后修饰鉴定的定义和发展历程,然后从序列匹配和谱图匹配两个方面详细综述了目前非限制翻译后修饰鉴定的主流算法,分析了非限制翻译后修饰鉴定的质量控制问题,最后结合非限制翻译后修饰鉴定的实际应用讨论了修饰鉴定算法的不足和发展方向.

关键词：串联质谱蛋白质翻译后修饰生物信息学蛋白质组学

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高脂培养抑制LPS诱导的HSC-T6细胞活化

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现代生物医学进展 2014年第8期14卷 1420-1422页

作者：胡彬王赫晏贤春蒋芳王清明杨俊涛中南大学生物科学与技术学院湖南长沙410013 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

目的:鉴定高脂培养对肝星形细胞活化的影响。方法:培养HSC-T6细胞系,加入含有游离脂肪酸的高脂培养基处理,利用LPS处理活化,通过检测α-SMA的表达分析星形细胞的活化程度,通过Q-PCR分析HSCs细胞胶原的表达,通过Q-PCR实验分析LPS相关通... 详细信息

目的:鉴定高脂培养对肝星形细胞活化的影响。方法:培养HSC-T6细胞系,加入含有游离脂肪酸的高脂培养基处理,利用LPS处理活化,通过检测α-SMA的表达分析星形细胞的活化程度,通过Q-PCR分析HSCs细胞胶原的表达,通过Q-PCR实验分析LPS相关通路靶基因表达情况情况。结果:高脂培养能够抑制LPS诱导的HSC-T6细胞增殖,降低HSC-T6细胞α-SMA和胶原I和TIMP-1表达的水平,Q-PCR的分析表明,高脂培养能够抑制HSCs活化后的NF-κB通路下游靶基因MCP-1和IL-6的表达。结论:在体外培养实验中,高脂培养能够抑制LPS诱导的HSC-T6细胞活化。

关键词：游离脂肪酸肝星形细胞 LPS 肝纤维化

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用于寡核苷酸二级结构预测的热力学数据库研究进展

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生物信息学 2014年第3期12卷 196-205页

作者：刘哲言屈武斌张成岗军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京100850

基于核酸分子杂交的生物技术(如PCR)在病原微生物检测、临床诊断等诸多领域中应用广泛,此类技术的可靠性在于寡核苷酸分子与其靶点结合的高稳定性与特异性,而精确预测寡核苷酸与靶分子结合的二级结构是分析其稳定性与特异性的关键。其中... 详细信息

基于核酸分子杂交的生物技术(如PCR)在病原微生物检测、临床诊断等诸多领域中应用广泛,此类技术的可靠性在于寡核苷酸分子与其靶点结合的高稳定性与特异性,而精确预测寡核苷酸与靶分子结合的二级结构是分析其稳定性与特异性的关键。其中,基于热力学的最近邻模型是寡核苷酸二级结构预测最为可靠的计算方法,但其精确性强烈依赖于精确的热力学参数。由于寡核苷酸分子二级结构的复杂性,除了完美匹配外,还需要错配、内环、膨胀环、末端摇摆、CNG重复、GU摆动等特殊结构的热力学数据。本文综述了近年来用于寡核苷酸二级结构预测的有效热力学数据库及相关计算方法,并指出当前热力学数据库的局限及未来发展方向。

关键词：寡核苷酸二级结构热力学数据库热力学计算

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小鼠CDC26基因短发夹RNA重组腺病毒载体的构建与表达分析

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生物技术通讯 2014年第5期25卷 656-659页

作者：程然然闫永红弓蒙蒙曹培丽贺福初王晓晖北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100124 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

目的:构建靶向CDC26基因的短发夹RNA(shRNA)重组腺病毒载体,干扰小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)中CDC26的表达。方法:设计小鼠靶向CDC26基因的shRNA,插入穿梭质粒pENTRY-EF1a-EGFP-Mir30,通过Gateway系统获得重组腺病毒载体pAd-CDC26-shRNA;线性化后转染HEK293A细胞,进行病毒包装;用包装的重组腺病毒感染MEF,24 h后收集细胞,提取总RNA,逆转录后用荧光定量PCR法检测MEF内CDC26 mRNA的变化,以检测所设计shRNA的敲低效率。结果:构建的重组腺病毒载体pAd-CDC26-shRNA经酶切鉴定后正确;转染HEK293A细胞后8 d,观察到细胞病变及GFP的大量表达,表明重组腺病毒包装成功;感染MEF后,实时荧光定量PCR检测表明,细胞内CDC26 mRNA的水平较对照组敲低了73.14%,腺病毒注射7 d后,注射CDC26 shRNA的小鼠血糖较对照组明显降低。结论:构建了具有较高敲低效果的小鼠CDC26基因shRNA重组腺病毒,并且具有体内活性。

关键词： CDC26 短发夹RNA 腺病毒血糖

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核糖体合成调控蛋白RRS1的功能及其与疾病的关系

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生物技术通讯 2014年第6期25卷 871-874页

作者：杨爱清贺福初周钢桥北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100124 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

1999年,Tsuno等在酵母中发现了一个核糖体合成调控蛋白,命名为RRS1。在酵母中,RRS1是一个多功能的蛋白,与核糖体产物因子2相互作用,在25S r RNA成熟过程中起重要作用,并参与核糖体60S大亚基的生物合成。在哺乳动物细胞中,RRS1参与细胞... 详细信息

1999年,Tsuno等在酵母中发现了一个核糖体合成调控蛋白,命名为RRS1。在酵母中,RRS1是一个多功能的蛋白,与核糖体产物因子2相互作用,在25S r RNA成熟过程中起重要作用,并参与核糖体60S大亚基的生物合成。在哺乳动物细胞中,RRS1参与细胞周期中染色体在赤道板的聚集和端粒的聚集。RRS1在亨廷顿病等的发生中发挥着重要作用。我们简要概述RRS1的功能及其与疾病的关系。

关键词：核糖体合成调控蛋白1 功能肿瘤疾病

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一种基于聚酰胺-胺型树枝状聚合物富集糖肽的新策略

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生物技术通讯 2014年第2期25卷 158-164页

作者：邓珊珊曹琦琛马成白海红任晓君应万涛蔡耘安徽医科大学安徽合肥230032 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 辽宁中医药大学附属医院辽宁沈阳110032

目的:提出了一种新型的糖肽富集试剂,将不同代数的含高密度N端的聚酰胺-胺(PAMAM)型树枝状聚合物固定到溴化氰活化的琼脂糖凝胶上用于糖肽的高效分离。方法:先用标准糖蛋白对试剂的富集条件进行优化,包括是否使用还原剂、不同酸度的结... 详细信息

目的:提出了一种新型的糖肽富集试剂,将不同代数的含高密度N端的聚酰胺-胺(PAMAM)型树枝状聚合物固定到溴化氰活化的琼脂糖凝胶上用于糖肽的高效分离。方法:先用标准糖蛋白对试剂的富集条件进行优化,包括是否使用还原剂、不同酸度的结合溶液、不同洗脱液、不同试剂比例,将优化后的方法用于鼠脑裂解液糖肽的富集。结果与结论:将优化的方法用于鼠脑糖肽的富集,用第6代PAMAM鉴定到的糖肽数目是采用商业化酰肼材料的3倍,该试剂对糖肽富集的高选择性和高重现性为糖蛋白组学研究提供了新的工具。

关键词：树枝状聚合物聚酰胺一胺糖肽富集

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同位素稀释法在绝对定量蛋白质组中的研究进展

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生物化学与生物物理进展 2013年第12期40卷 1201-1208页

作者：陆亚丽孙爱华贺福初姜颖中南大学药学院长沙410013 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

绝对定量蛋白质组是指基于蛋白质组学方法对细胞、组织或体液中的蛋白质进行绝对量或浓度测定.目前,常用的绝对定量方法主要有基于同位素稀释法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法.基于同位素稀释法的绝对定... 详细信息

绝对定量蛋白质组是指基于蛋白质组学方法对细胞、组织或体液中的蛋白质进行绝对量或浓度测定.目前,常用的绝对定量方法主要有基于同位素稀释法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法.基于同位素稀释法的绝对定量方法是用已知量的同位素标记物对与其混合的样本蛋白质浓度进行测定.常见的同位素标记物包括:由AQUA法、QconCAT法产生的特异性水解肽段,由PSAQ法、Absolute SILAC法产生的标记蛋白和由PrESTs-SILAC法产生的蛋白抗原表位标签.由于同位素稀释法可以对蛋白质进行准确和精确定量,对于临床疾病的诊断和治疗具有明显的现实意义.本文对同位素稀释法在绝对定量蛋白质组中的研究进展及其优缺点和最新应用进行了评述.

关键词：同位素稀释法绝对定量质谱蛋白质组学

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蛋白质泛素化修饰的生物信息学研究进展

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遗传 2013年第1期35卷 17-26页

作者：卢亮李栋贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

泛素-蛋白酶体系统（Ubiquitin-proteasome system,UPS）介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修... 详细信息

泛素-蛋白酶体系统（Ubiquitin-proteasome system,UPS）介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解,该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外,泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修饰底物蛋白在细胞中的广泛存在,泛素化修饰可以调控包括细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA损伤修复以及免疫应答等在内的多种细胞活动。近年来,泛素-蛋白酶体系统相关的蛋白质组学数据不断产出,有效地管理、组织并合理分析这些数据显得尤为必要。文章综述了当前世界范围内针对蛋白质泛素化修饰展开的生物信息学研究,总结了前人的工作结果,包括UPS相关蛋白质数据的收录、泛素化修饰网络的构建和分析、泛素化修饰位点的预测及泛素化修饰motif的研究等方面内容,并对该领域未来的发展方向进行了讨论。

关键词：泛素-蛋白酶体系统(UPS) 泛素化修饰生物信息学

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