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生命的化学 2015年第5期35卷 622-626页

作者：张跃辉贺福初田春艳王建军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

炎症小体(inflammasome)是一种多蛋白质复合物,它的组装可以导致Caspase-1的激活,并促进炎性细胞因子白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)和白介素-18(interleukin-18,IL-18)的成熟与释放;同时,激活的Caspase-1还可以引发细胞焦亡(pyroptosis)。炎症小体在应答病原体相关分子模式(pathogenassociated molecular pattern,PAMP)或者危险相关分子模式(danger-associated molecular pattern,DAMP)的刺激中扮演着重要角色。炎症小体的异常会导致多种自发炎症及自身免疫性疾病的发生,但是关于其调控活化机制仍有诸多不明,相关研究有待进一步深入。

关键词：炎症小体炎症细胞焦亡病原体相关分子模式危险相关分子模式

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用于同位素稀释质谱法的一种新的标准曲线计算方法及其在药物代谢酶绝对定量中的应用

用于同位素稀释质谱法的一种新的标准曲线计算方法及其在药物代谢...

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第二十届全国色谱学术报告会及仪器展览会

作者：周珊珊王欢欢张养军钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室

细胞色素P450酶(CYP)和尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶(UGT)酶是药物进行代谢重要的药物代谢酶。这些酶量的不同对药物的生物利用度具有很大的影响,导致药物在不同个体具有不同的药代动力学和毒理学行为1。目前,稳定同位素稀释多反应监... 详细信息

细胞色素P450酶(CYP)和尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶(UGT)酶是药物进行代谢重要的药物代谢酶。这些酶量的不同对药物的生物利用度具有很大的影响,导致药物在不同个体具有不同的药代动力学和毒理学行为1。目前,稳定同位素稀释多反应监测质谱(SID-MRM MS)已经成为复杂生物样本中药物代谢酶定量分析的常用方法。这种方法面临的一个挑战是基体干扰问题,通常

关键词：细胞色素P450酶(CYP) 尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶(UGT)酶基体干扰多反应监测(MRM)

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一种高酶量酶促18O标记定量肽段串联体蛋白质结合液-质联用的目标蛋白质组绝对定量新方法

一种高酶量酶促18O标记定量肽段串联体蛋白质结合液-质联用的目标...

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第二十届全国色谱学术报告会及仪器展览会

作者：张养军李佳斌钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室

随着高分辨率、高灵敏度和高扫描速度质谱的出现以及超高压毛细管液相色谱、亚2微米填料和超长毛细管色谱柱(大于50 cm长度)的使用,蛋白质组分析的周期从数天缩短到12小时以内,从而使蛋白质组学技术真正进入实际应用阶段[1]。基于蛋白... 详细信息

随着高分辨率、高灵敏度和高扫描速度质谱的出现以及超高压毛细管液相色谱、亚2微米填料和超长毛细管色谱柱(大于50 cm长度)的使用,蛋白质组分析的周期从数天缩短到12小时以内,从而使蛋白质组学技术真正进入实际应用阶段[1]。基于蛋白酶切肽段的蛋白质组鉴定(Bottom-up)策略是目前蛋白质组规模化鉴定与定量的常用方法。在其中的酶切过程中,酶与底物质量比范围一般为1:20-1:100,组成复杂蛋白组样品常常需要24小时才能达到完全酶切[2]。这种长的酶切时间限制了蛋白质组的研究周期,不利于蛋白质组学方法的实际应用。如果减少酶切时间,样品没有达

关键词：酶促18O标记定量肽段串联体蛋白质液-质联用目标蛋白质组定量蛋白质组

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O-GlcNAc修饰肽段/蛋白的选择性标记与高效富集策略研究

O-GlcNAc修饰肽段/蛋白的选择性标记与高效富集策略研究

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第二十届全国色谱学术报告会及仪器展览会

作者：张万军秦伟捷孙正月时照梅马琳钱小红蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射研究所

＜正＞O-连接的N-乙酰葡糖胺（O-GlcNAc）修饰,是一种主要发生在细胞质及核蛋白丝氨酸或苏氨酸上的单糖翻译后修饰,O-Glc NAc修饰水平及位点的改变与神经退行性疾病和代谢类疾病密切相关[1]。然而,与单一细胞系/组织目前大于6000个磷酸... 详细信息

＜正＞O-连接的N-乙酰葡糖胺（O-GlcNAc）修饰,是一种主要发生在细胞质及核蛋白丝氨酸或苏氨酸上的单糖翻译后修饰,O-Glc NAc修饰水平及位点的改变与神经退行性疾病和代谢类疾病密切相关[1]。然而,与单一细胞系/组织目前大于6000个磷酸化蛋白和大于30000个修饰位点的蛋白质磷酸化鉴定相比,迄今为止O-Glc NAc修饰的最大鉴定规模为848个蛋白,1750个修饰位点,O-Glc NAc鉴定水平尚处于初始阶段。究其原因,主要是目前O-Glc NAc修饰的规模化鉴定面临以下主要困难:（1）

关键词：施陶丁格反应代谢标记 O-Glc NAc

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PLCE1表达对肝细胞癌、乳腺癌、肺癌患者预后的评价意义

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武汉大学学报（医学版） 2015年第4期36卷 548-553页

作者：孙荣泽吕翰林王笑臣郭闻一孟冉冉王卫星沈世强丁千山武汉大学人民医院肝胆腔镜外科湖北武汉430060 武汉大学基础医学院湖北武汉430071 军事医学科学院放射与辐射医学研究所/北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 武汉大学人民医院消化内科湖北武汉430060

目的:探讨PLCE1与肝细胞癌、乳腺癌和肺癌的临床病理特征的关系;评价PLCE1对肝细胞癌、乳腺癌和肺癌预后评价的意义。方法:收集NCBI的肿瘤公共数据集,对手术患者肿瘤样本表达谱资料及其对应的临床信息进行病理指标的回顾性分析(卡方检验... 详细信息

目的:探讨PLCE1与肝细胞癌、乳腺癌和肺癌的临床病理特征的关系;评价PLCE1对肝细胞癌、乳腺癌和肺癌预后评价的意义。方法:收集NCBI的肿瘤公共数据集,对手术患者肿瘤样本表达谱资料及其对应的临床信息进行病理指标的回顾性分析(卡方检验)和生存期分析(Kaplan-Meier法);利用基因集富集分析(GSEA)方法分析预测受PLCE1调控的相关基因。结果:在肝细胞癌中,高表达PLCE1的样本与高转移能力预测特征表达谱显著相关;在肺癌中,在不同性别、T分期、淋巴结浸润状态的分组中,PLCE1的表达均有显著差异;PLCE1高表达的肝细胞癌和乳腺癌患者预后更差,PLCE1低表达的肺癌患者预后更差;在不同肿瘤中,PLCE1高表达的肿瘤样本富集了不同的癌症相关基因。结论:PLCE1在不同类型肿瘤中的功能不同,其在肝癌和乳腺癌中为癌基因,在肺癌中为抑癌基因;造成PLCE1功能异质性的原因可能是PLCE1在不同类型组织中调控了不同的癌症相关基因和信号通路。

关键词：肿瘤 PLCE1 病理预后基因集

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O-GlcNAc修饰肽段/蛋白的选择性标记与高效富集策略研究

O-GlcNAc修饰肽段/蛋白的选择性标记与高效富集策略研究

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第二十届全国色谱学术报告会

作者：张万军秦伟捷孙正月时照梅马琳钱小红蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射研究所

O-连接的N-乙酰葡糖胺( O-GlcNAc) 修饰,是一种主要发生在细胞质及核蛋白丝氨酸或苏氨酸上的单糖翻译后修饰,O-GlcNAc 修饰水平及位点的改变与神经退行性疾病和代谢类疾病密切相关[1].然而,与单一细胞系/组织目前大于6000 个磷酸化蛋白... 详细信息

O-连接的N-乙酰葡糖胺( O-GlcNAc) 修饰,是一种主要发生在细胞质及核蛋白丝氨酸或苏氨酸上的单糖翻译后修饰,O-GlcNAc 修饰水平及位点的改变与神经退行性疾病和代谢类疾病密切相关[1].然而,与单一细胞系/组织目前大于6000 个磷酸化蛋白和大于30000 个修饰位点的蛋白质磷酸化鉴定相比,迄今为止O-GlcNAc 修饰的最大鉴定规模为848 个蛋白,1750 个修饰位点,O-GlcNAc 鉴定水平尚处于初始阶段.

关键词：施陶丁格反应代谢标记 O-GlcNAc

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苦参碱抑制游离脂肪酸诱导小鼠肝实质细胞脂肪变性

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肝脏 2015年第5期20卷 352-355页

作者：赵娜王赫徐会王钧毅齐杜宁杨俊涛兰州大学基础医学院 730030 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京) 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心

目的探讨苦参碱对游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法Ⅳ型胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并进行体外培养。实验分对照组(CG),高脂组(FG)及苦参碱组(MG)。通过体外测定细胞内三酰甘油... 详细信息

目的探讨苦参碱对游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法Ⅳ型胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并进行体外培养。实验分对照组(CG),高脂组(FG)及苦参碱组(MG)。通过体外测定细胞内三酰甘油的含量。用油红染色的方法观察肝实质细胞的脂肪样变性。Western印迹检测细胞内MAPK相关信号通路磷酸化的变化。实时定量PCR检测细胞中与脂肪化密切相关的miR-122的表达和相关靶基因的表达改变。结果与高脂组比较,苦参碱组肝实质细胞内三酰甘油含量显著降低,脂肪颗粒明显减少,脂肪变性得到改善,表明苦参碱能够抑制FFAs诱导的JNK、p38通路磷酸化。Q-PCR结果表明苦参碱能促进肝实质细胞内miR-122的表达,并降低脂肪化相关基因Fas、Acc1的表达。结论苦参碱能显著改善高脂诱发的肝细胞脂肪样变性,并抑制JNK、P38通路磷酸化,其机制可能同miR-122通路相关。

关键词：苦参碱游离脂肪酸肝实质细胞脂肪变性 MAPK通路 miR-122通路

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小蘖碱抑制游离脂肪酸诱导小鼠肝实质细胞脂肪变性

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现代生物医学进展 2015年第1期15卷 14-17,32页

作者：赵娜徐会王赫王钧毅齐社宁杨俊涛兰州大学基础医学院甘肃兰州730030 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京) 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

目的:探讨小蘖碱(Berberine)对游离脂肪酸(free fatty acids,FFAs)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法:胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并体外培养。分对照组,高脂组,高脂加小蘖碱处理组。体外测定细胞内甘油三酯的含量... 详细信息

目的:探讨小蘖碱(Berberine)对游离脂肪酸(free fatty acids,FFAs)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法:胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并体外培养。分对照组,高脂组,高脂加小蘖碱处理组。体外测定细胞内甘油三酯的含量。利用油红染色观察细胞的脂肪样变性。通过Western印迹法检测肝实质细胞内MAPK相关信号通路磷酸化的变化。实时定量PCR检测肝实质细胞中与脂肪化密切相关的mi R-122的表达和相关靶基因的表达改变。结果:与高脂组比较,小蘖碱处理组肝实质细胞内甘油三酯含量降低,脂肪颗粒减少,脂肪变性明显改善,并具有明显的剂量效应,小蘖碱能够抑制FFAs诱导的JNK通路磷酸化。Q-PCR结果表明小蘖碱能够促进肝实质细胞内mi R-122的表达,并降低脂肪化相关基因Dgat2的表达。结论:小蘖碱能够显著改善高脂诱发的肝脂肪变性,抑制JNK通路磷酸化,其机制可能同mi R-122通路相关。

关键词：小蘖碱游离脂肪酸肝实质细胞脂肪变性

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基于表观基因组学的DNA元件鉴定方法研究进展

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生物化学与生物物理进展 2014年第7期41卷 640-648页

作者：卢一鸣屈武斌张成岗军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京100850

在人类基因组测序已经完成的"后基因组"时代,对基因组序列的功能注释,尤其是各种DNA调控元件的鉴定,已成为进一步理解人类基因组复杂机制的瓶颈问题.最近,针对染色质状态图谱的大规模研究工作,揭示了各类DNA元件特征性的染色... 详细信息

在人类基因组测序已经完成的"后基因组"时代,对基因组序列的功能注释,尤其是各种DNA调控元件的鉴定,已成为进一步理解人类基因组复杂机制的瓶颈问题.最近,针对染色质状态图谱的大规模研究工作,揭示了各类DNA元件特征性的染色质修饰标记.这些研究结果推动了一系列基于有监督和无监督学习的DNA元件预测方法的产生,其中一些方法已经成功应用于多个基因组的DNA元件预测,并且已成为未知基因组的常规注释工具.这些预测方法因其算法特点和预测策略不同而适用于不同类型的DNA元件预测任务.大多数情况下,使用者需要联合使用多个预测方法来达到预测敏感性和特异性的平衡.尽管各类算法在DNA元件预测中都有一些成功的应用,但每一类算法都有其特有的弊端,需要使用者认真避免.本文回顾了前期和当下DNA元件预测方法的主要类型,全面分析了各类方法的优缺点,指出了下一步可以改进的方向.本综述中的分析和观点有助于读者深入理解DNA元件预测算法的主要原则,进而在相关研究中更好地应用这些方法.

关键词： DNA元件基因表达调控表观基因组学机器学习

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基于微信公众平台的文献定制服务

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生物信息学 2015年第2期13卷 120-124页

作者：单光宇卢一鸣屈武斌张成岗军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京100850

文献学习是科研人员跟踪领域进展,思考课题发展的必要途径。为了解决移动端跟踪文献的繁琐问题,本文借助移动互联网即时性、便捷性、个性化等特性,开发了基于微信公众平台的文献定制服务。该服务通过解析用户输入,动态匹配自构建的期刊... 详细信息

文献学习是科研人员跟踪领域进展,思考课题发展的必要途径。为了解决移动端跟踪文献的繁琐问题,本文借助移动互联网即时性、便捷性、个性化等特性,开发了基于微信公众平台的文献定制服务。该服务通过解析用户输入,动态匹配自构建的期刊名表,索引Pub Med数据库,实现期刊个性化订阅、文献查询、影响因子查询等便捷功能。对于提高科研人员的文献学习效率,降低追踪文献的时间成本具有较大的价值。

关键词：微信公众平台影响因子查询文本挖掘期刊定制文献查询

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