检索结果-内蒙古大学图书馆

生物技术通讯 2014年第1期25卷 82-86页

作者：马成张琪潘一廷覃培斌钱小红应万涛北京理工大学生命学院北京100081 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 新加坡南洋理工大学生命学院新加坡637551

目的:基于超滤辅助样品制备(FASP)方法的出现使得使用去污剂(如SDS)的蛋白质提取方法与溶液内酶切方法得以兼容,因此提高了难溶性蛋白的鉴定数量。然而,超滤膜的非特异性吸附作用依然会造成蛋白的损失。我们拟针对该方法存在的问题对其... 详细信息

目的:基于超滤辅助样品制备(FASP)方法的出现使得使用去污剂(如SDS)的蛋白质提取方法与溶液内酶切方法得以兼容,因此提高了难溶性蛋白的鉴定数量。然而,超滤膜的非特异性吸附作用依然会造成蛋白的损失。我们拟针对该方法存在的问题对其进行改进。方法:对FASP方法进行了蛋白酶切条件、洗脱液选择、洗脱次数的改进;为测试优化方法的有效性和适用范围,选择标准蛋白BSA、鼠肝和鼠脑等3种样品进行考察。结果:相比报道的FASP方法,采用改进后的FASP方法使BSA的回收率提高了20%;经高精度质谱检测,对鼠肝、鼠脑的蛋白质鉴定结果分别比采用未优化的FASP多鉴定到2086和3592条特异肽段。结论:通过对FASP方法的优化,蛋白鉴定数量得到较大提高,该方法为蛋白质组深度覆盖研究提供了可靠的技术手段。

关键词：基于超滤辅助样品制备蛋白酶切超滤管深度覆盖

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对象存储系统中自适应的元数据负载均衡机制

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软件学报 2013年第2期24卷 331-342页

作者：陈涛肖侬刘芳国防科学技术大学计算机学院湖南长沙410073 事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 蛋白质组学国家重点实验室(军事医学科学院) 北京102206 北京蛋白质组研究中心北京102206

面向对象的存储系统在研究、工程以及服务领域均得到了广泛的应用.在面向对象的存储系统中,元数据的负载均衡对于提高整个系统的I/O性能具有重要的作用.现有的元数据负载均衡策略不能动态地平衡元数据的访问负载,而且自适应性以及容错... 详细信息

面向对象的存储系统在研究、工程以及服务领域均得到了广泛的应用.在面向对象的存储系统中,元数据的负载均衡对于提高整个系统的I/O性能具有重要的作用.现有的元数据负载均衡策略不能动态地平衡元数据的访问负载,而且自适应性以及容错特性有待提高.提出了一种自适应的分布式元数据负载均衡机制(adaptabledistributed load balancing of metadata,简称ADMLB),包含基本的负载均衡算法和分布式的增量负载均衡算法.采用基本的负载均衡算法按照服务器的性能公平地分布负载,使用分布式的负载均衡算法定时地调整负载的分布.ADMLB采取分布式的方法均衡地在元数据服务器之间分布负载,根据负载的变化自适应地进行调整,具有很好的容错特性,而且用户可以高效地定位元数据服务器.

关键词：面向对象的存储系统元数据负载均衡自适应分布式

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藜芦人参配伍对大鼠肝功能及肝组织蛋白质表达的影响

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中国药理学与毒理学杂志 2013年第6期27卷 982-987页

作者：孙爱华王宇光孟浩吕永壮高月姜颖军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 军事医学科学院放射与辐射医学研究所药理毒理研究室北京100850

目的利用差异蛋白质组技术,探讨藜芦人参配伍对肝功能及蛋白质表达的影响。方法大鼠雌雄各半,ig给予藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1、藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1、藜芦0.81 g·k... 详细信息

目的利用差异蛋白质组技术,探讨藜芦人参配伍对肝功能及蛋白质表达的影响。方法大鼠雌雄各半,ig给予藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1、藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1、藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1,每天1次,连续8周。收集血清及肝组织。采用全自动生化仪测定谷草转氨酶(GOT)、谷丙转氨酶(GPT)的水平,并对肝组织进行常规HE染色观察组织病理变化。通过差异凝胶电泳技术(DIGE)分离大鼠肝组织总蛋白,基质辅助激光解吸电离时间飞行串联质谱及数据库查询鉴定差异表达蛋白质。结果血生化指标检测结果表明,只有藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1检测到GOT没有升高的趋势;而GPT明显升高(P<0.05)。病理学结果显示,正常对照、藜芦0.27 g·kg-1、藜芦0.09 g·kg-1+人参0.24 g·kg-1及藜芦0.27 g·kg-1+人参0.71 g·kg-1组大鼠肝组织无明显病理变化;藜芦0.81 g·kg-1+人参2.13 g·kg-1有2例(8.7%)样本分别出现肝窦扩张淤血及淋巴细胞浸润的病理改变。藜芦人参合用前后大鼠肝组织差异蛋白质经DIGE进行分离后,成功获得了分辨率高、重复性好的双向凝胶电泳图谱;经DeCyder6.5软件分析获得差异>1.5倍的蛋白质点共30个;质谱鉴定去冗余后得到4种差异蛋白质,其中二硫键异构酶A3前体和碳酸酐酶Ⅲ明显降低;谷氨酸脱氢酶1及氨甲酰磷酸合成酶1明显升高。结论藜芦0.81 g·kg-1和人参2.13 g·kg-1合用可能影响大鼠肝内与pH自稳、蛋白折叠及氨基酸代谢相关酶的表达。

关键词：藜芦人参肝串联质谱法蛋白质组

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选择反应监测技术在蛋白质组学研究中的应用

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中国科学：生命科学 2013年第1期43卷 63-71页

作者：张剑姜颖孙薇军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

基于三重四极杆质谱仪的选择反应监测(SRM)技术是一种根据已有信息或理论信息靶向进行质谱信号采集的技术,具有高选择性、高重复性、高灵敏度、宽动态范围等特点,已被广泛应用于蛋白质组学研究,用于生物样本中蛋白质的绝对定量分析.本文... 详细信息

基于三重四极杆质谱仪的选择反应监测(SRM)技术是一种根据已有信息或理论信息靶向进行质谱信号采集的技术,具有高选择性、高重复性、高灵敏度、宽动态范围等特点,已被广泛应用于蛋白质组学研究,用于生物样本中蛋白质的绝对定量分析.本文对SRM技术的特点、发展过程、在蛋白质组学中的应用现状以及发展前景进行了概述.

关键词：选择反应监测蛋白质组学绝对定量质谱

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蛋白质丰度调控及整体分布的规律性认识

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中国科学：生命科学 2013年第1期43卷 54-62页

作者：李定辰杨冬姜颖贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

蛋白质是生命的重要物质基础之一,也是生命活动的主要承担者.蛋白质丰度与其执行的生物学功能息息相关,受基因表达各个过程严格精密的调控.蛋白质丰度的直接影响因素包括相应mRNA初始量、蛋白质合成速率和降解速率.细胞对此3因素的调控... 详细信息

蛋白质是生命的重要物质基础之一,也是生命活动的主要承担者.蛋白质丰度与其执行的生物学功能息息相关,受基因表达各个过程严格精密的调控.蛋白质丰度的直接影响因素包括相应mRNA初始量、蛋白质合成速率和降解速率.细胞对此3因素的调控将决定蛋白质最终的丰度.得益于定量蛋白质组学的飞速发展,规模化蛋白质丰度数据的产出,使得研究者可致力于发掘蛋白质丰度与其内在性质(如进化特征、结构特征、功能类型等)间规律性的相关性,这对于深入认识生命系统组成的基本原则具有重要意义.本文总结了蛋白质丰度调控及蛋白质丰度与其内在性质相关性的最新研究进展,及对这些规律性现象反映的生物学意义的解读.

关键词：蛋白质丰度丰度调控蛋白质内在性质丰度分布规律

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原子转移自由基聚合修饰银丝固定化酶反应器的制备及在蛋白质组鉴定中的应用

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色谱 2013年第4期31卷 355-361页

作者：周廉淇张姣田芳张养军钱小红安徽医科大学安徽合肥230032 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

针对传统溶液酶解存在的酶解时间较长、酶自切物干扰以及蛋白酶不能重复使用等缺陷,通过电子转移生成催化剂的原子转移自由基聚合法修饰银丝,并以其为载体制备了一种新型的固定化酶反应器。用质谱考察了银丝固定化酶反应器(SW-Trypsin)... 详细信息

针对传统溶液酶解存在的酶解时间较长、酶自切物干扰以及蛋白酶不能重复使用等缺陷,通过电子转移生成催化剂的原子转移自由基聚合法修饰银丝,并以其为载体制备了一种新型的固定化酶反应器。用质谱考察了银丝固定化酶反应器(SW-Trypsin)的酶解效率、重复性和回收率。结果表明:绒毛状聚合物修饰的SW-Trypsin的酶解效率较高,酶解标准蛋白牛血清白蛋白(BSA)20 min后,肽段的氨基酸序列覆盖率可达93%,高于传统溶液酶解方法酶解16 h所得79%的覆盖率。使用该固定化酶反应器于一个月内8次酶解BSA所得的氨基酸序列覆盖率在89%到97%之间,平均覆盖率为94%,显示出良好的稳定性。另外,该固定化酶反应器酶解马心肌红蛋白(MYO)的回收率为87.67%。最后,用SW-Trypsin酶解腾冲嗜热菌全蛋白20 min,所鉴定到的氨基酸序列覆盖率和蛋白数量与同样条件下溶液酶解16 h的结果接近,且零漏切位点肽段的比例更高。加之容易分离的优点,SW-Trypsin在蛋白质组学的应用中具有良好的前景。

关键词：原子转移自由基聚合反应蛋白质组学质谱固定化酶反应器银丝

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采用磁性载体制备的固定化酶反应器的载体粒径对蛋白质酶解性能的影响

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色谱 2013年第2期31卷 102-110页

作者：张姣周廉淇田芳张养军钱小红中南大学药学院湖南长沙410013 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

研究了以不同粒径的磁性颗粒为载体的固定化酶反应器在蛋白质酶解过程中,其粒径大小对团聚、酶解效率和漏切位点等的影响。实验结果表明,纳米级颗粒的酶负载量为亚微米级的3.5倍左右。但当酶固定量相同时,酶解效率基本相当。而在一定程... 详细信息

研究了以不同粒径的磁性颗粒为载体的固定化酶反应器在蛋白质酶解过程中,其粒径大小对团聚、酶解效率和漏切位点等的影响。实验结果表明,纳米级颗粒的酶负载量为亚微米级的3.5倍左右。但当酶固定量相同时,酶解效率基本相当。而在一定程度上加大磁性颗粒的粒径后,团聚现象得到明显改善。选择磁性载体粒径为20nm的固定化酶反应器,对其性能进一步考察。结果显示胰蛋白酶与牛血清白蛋白(BSA)的质量比为1∶1时,即能于1 min内实现快速酶解;当酶解10 min时,其零漏切位点肽段数和蛋白质序列覆盖率基本达到稳定,并明显优于溶液酶解水平。通过对漏切位点的统计分析比较,发现固定化酶解与溶液酶解时的漏切位点规律基本类似。因此,采用不同粒径磁性载体制备的固定化酶反应器均可在蛋白质组学研究中提供快速、高效的酶解。

关键词：磁性颗粒固定化酶反应器蛋白质组学蛋白质酶解

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HBx参与肝细胞癌发生发展调控的分子机制

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中国生物化学与分子生物学报 2013年第8期29卷 704-710页

作者：林丛杨冬姜颖贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是我国最常见的恶性肿瘤之一,而HBV慢性感染是肝癌发生的主要原因.乙型肝炎病毒(HBV)中X基因编码的一种多功能蛋白(HBx),参与众多重要生物学过程的调控,并促进肝细胞癌的发生.早期研究表明,HBx在... 详细信息

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是我国最常见的恶性肿瘤之一,而HBV慢性感染是肝癌发生的主要原因.乙型肝炎病毒(HBV)中X基因编码的一种多功能蛋白(HBx),参与众多重要生物学过程的调控,并促进肝细胞癌的发生.早期研究表明,HBx在HCC发生过程中发挥重要的调控功能,但其确切分子机制尚未完全明确.近几年,HBx参与生物学过程的分子机制研究有了较快的进展.有趣的是,研究发现,HBx在不同的细胞系以及HBV感染的不同阶段发挥促抑凋亡的双重作用,HBx还参与细胞自噬的调控.此外,在HBx参与细胞增殖及肿瘤侵袭和转移等方面,也产生了一些新的认识.本文将从HBx对肝细胞凋亡、自噬和增殖的调控及其对肝癌细胞转移和侵袭的调控等方面,对HBx参与肝细胞癌发生发展调控机制做一综述.

关键词： X基因编码的HBx蛋白(HBx) 肝细胞癌(HCC) 信号转导 DNA复制细胞凋亡

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AKT1磷酸化转录因子HTF4 Ser559位点并调控其活性(英文)

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中国生物化学与分子生物学报 2013年第5期29卷 437-447页

作者：王磊于淼詹轶群李长燕葛常辉杨晓明李围军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 北京蛋白质组学研究中心北京102206 蛋白质组学国家重点实验室北京100850

AKT(即也称蛋白激酶B,PKB)通过磷酸化其下游底物发挥多种生理功能.我们利用串联亲和纯化联合质谱技术发现一个新的由HEB基因编码的AKT候选相互作用蛋白HTF4(helix-loop-helix transcription factors 4,也称transcription factor 12,TCF1... 详细信息

AKT(即也称蛋白激酶B,PKB)通过磷酸化其下游底物发挥多种生理功能.我们利用串联亲和纯化联合质谱技术发现一个新的由HEB基因编码的AKT候选相互作用蛋白HTF4(helix-loop-helix transcription factors 4,也称transcription factor 12,TCF12).通过免疫共沉淀、GST-pull down、共定位实验验证了HTF4与AKT之间的相互作用;采用体内体外实验表明,AKT1磷酸化HTF4的Ser559位点依赖于PI3K途径.突变Ser559位点不改变HTF4的细胞核定位,但降低了HTF4转录活性.这些结果证明HTF4是AKT新的磷酸化底物.进一步研究发现,HTF4表达增强明显抑制了HepG2细胞的迁移,Ser559位点突变进一步增强了HTF4对HepG2细胞迁移的抑制能力.AKT磷酸化HTF4的具体功能有待更加深入的研究.

关键词： AKT1 HTF4 肝癌细胞磷酸化迁移

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定量蛋白质组学分析方法

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色谱 2013年第8期31卷 719-723页

作者：钱小红蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850

精确测量多个不同生理或病理条件下生物样本中蛋白质表达量的变化是定量蛋白质组学（quantitativeproteomics）研究的重要内容。与传统的蛋白质定量方法（见表1）相比，组学规模的蛋白质定量可以实现在一次实验中对成百上千个蛋白质的... 详细信息

精确测量多个不同生理或病理条件下生物样本中蛋白质表达量的变化是定量蛋白质组学（quantitativeproteomics）研究的重要内容。与传统的蛋白质定量方法（见表1）相比，组学规模的蛋白质定量可以实现在一次实验中对成百上千个蛋白质的定量测定和比较分析，为规模化发现和验证疾病诊断的生物标志物以及发展新的药物靶标提供了重要手段。

关键词：定量蛋白质组学学分生物标志物生物样本精确测量定量方法定量测定药物靶标

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