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安徽医科大学学报 2017年第11期52卷 1596-1600页

作者：韩鑫涛赵殿元唐丽安徽医科大学合肥230032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 蛋白质组学国家重点实验室北京102206

目的建立一种基于流式细胞术分离小鼠肺泡巨噬细胞(AM)的方法。方法小鼠肺脏在体外经胶原酶IV消化后获得单细胞悬液,再经CD11b和CD11c抗体标记,利用流式细胞仪分选获得CD11blowCD11c+AM,并经台盼蓝染色计数细胞活力,以及通过Real-time ... 详细信息

目的建立一种基于流式细胞术分离小鼠肺泡巨噬细胞(AM)的方法。方法小鼠肺脏在体外经胶原酶IV消化后获得单细胞悬液,再经CD11b和CD11c抗体标记,利用流式细胞仪分选获得CD11blowCD11c+AM,并经台盼蓝染色计数细胞活力,以及通过Real-time PCR和吞噬功能进行鉴定。结果流式细胞术分选小鼠肺脏单细胞悬液,获得CD11blowCD11c+细胞,纯度为(93±2)%,细胞活力为(80±5)%;Real-time PCR结果显示过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)在该群细胞高表达(P<0.001);细胞吞噬功能实验结果显示该群细胞具有较好的吞噬活性,吞噬率约为10%。结论建立了一种基于流式细胞术分选获得AM的方法,该方法获得的细胞纯度高,细胞活性好,可用于功能性实验。

关键词：肺泡巨噬细胞流式细胞术 Real-time PCR 吞噬功能

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复方丹参有效组分及其组合物对MIF诱导人神经母细胞瘤细胞SH-SY5Y细胞凋亡的作用

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中国科技论文在线精品论文 2018年第5期11卷 505-515页

作者：梁承杰曾水云魏婷陈晨杨洁南京大学生命科学学院医药生物技术国家重点实验室南京 210046 南京大学生命科学学院医药生物技术国家重点实验室南京 210046 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京 100850

为探究复方丹参(Fufang Danshen,FFDS)有效成分及其组合物对巨噬细胞移动抑制因子(macrophage migration inhibitory factor,MIF)诱导人神经母细胞瘤细胞SH-SY5Y细胞凋亡的作用机制,采用噻唑蓝(MTT)法检测细胞生长情况;利用流式细胞仪... 详细信息

为探究复方丹参(Fufang Danshen,FFDS)有效成分及其组合物对巨噬细胞移动抑制因子(macrophage migration inhibitory factor,MIF)诱导人神经母细胞瘤细胞SH-SY5Y细胞凋亡的作用机制,采用噻唑蓝(MTT)法检测细胞生长情况;利用流式细胞仪技术检测细胞凋亡;通过Western blotting法检测目标蛋白的表达.研究结果表明,MIF表现出与Aβ1-42相似的神经毒性,能够促进SH-SY5Y细胞的凋亡.MIF可通过诱导SH-SY5Y细胞中Bad的表达量增加来引起细胞凋亡.而复方丹参组合物、丹参酮IIA(tanshinoneⅡA,TanⅡA)和三七皂苷R1(notoginsenoside R1,NG-R1)能够显著抑制MIF诱导的细胞凋亡,并能明显减少Bad的表达量.进而推测,复方丹参组合物可能通过下调Bad的表达而发挥神经保护作用.

关键词：中药学巨噬细胞移动抑制因子(MIF) 复方丹参有效组分组合物细胞凋亡促凋亡蛋白Bad 人神经母细胞瘤细胞

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不同溶质溶液对氢棒产氢速率的影响

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军事医学 2017年第10期41卷 835-840页

作者：张苗李志慧张成岗安徽医科大学合肥230032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京100850

目的比较氢棒在不同溶质溶液中的产氢速率,并明确溶液中氢和含氧量的相关性以及氢与氧化还原电位的关系。方法采用含有金属镁的氢棒与水反应产氢的方法制备富氢溶液,具体分为:NaCl、Na_2SO_3、Na_2SO_4、CH_3COOH和CH_3COONa溶液组,分... 详细信息

目的比较氢棒在不同溶质溶液中的产氢速率,并明确溶液中氢和含氧量的相关性以及氢与氧化还原电位的关系。方法采用含有金属镁的氢棒与水反应产氢的方法制备富氢溶液,具体分为:NaCl、Na_2SO_3、Na_2SO_4、CH_3COOH和CH_3COONa溶液组,分别配制0%、0.2%、0.9%和3%的不同浓度上述溶液,并依次分别在0、2、4、6、8、10h后测定各溶液的含氢量、含氧量、氧化还原电位和pH值。结果在制备时间相同时,NaCl溶液浓度越高其产氢速率越高。溶液中氢气与氧气的含量呈显著负相关(R^2=0.9306),含氢量越高含氧量越低;溶液中随含氢量的增加氧化还原电位逐渐降低,而pH值则逐渐升高。在不同溶质溶液中,氢棒的产氢速率顺序为Na_2SO_3>NaCl>Na_2SO_4(P<0.05或P<0.01)。在乙酸溶液中,与钠盐溶液相比,其氢棒的产氢速率显著高于钠盐溶液(P<0.05),含氢量随时间延长而逐渐增加;氧浓度显著低于钠盐溶液(P<0.05),含氧量随时间增加逐渐减少。结论溶液中溶质的种类和浓度以及溶液的含氧量和酸碱度对氢棒的产氢速率具有显著影响,提示可通过调整溶液中溶质的种类和浓度,制备所需要的不同氢浓度含量的富氢溶液,为氢棒制氢在临床以及日常生活中的应用提供参考依据。

关键词：氢棒溶质溶液产氢速率含氢量含氧量氢浓度氧化还原

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L-半胱氨酸衍生化氮化碳富集材料的研究及糖肽富集中的应用

L-半胱氨酸衍生化氮化碳富集材料的研究及糖肽富集中的应用

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第三届全国质谱分析学术报告会

作者：井红宇张勇钱小红应万涛蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所

糖蛋白质组学研究对低丰度糖蛋白或糖肽的富集分析要求日益提高,相关的分离富集材料和技术应运而生,发展高灵敏度、高特异性的富集材料的尤为重要。目前已经报道的富集材料主要以常规的二氧化硅、二氧化钛和磁性四氧化三铁为基底材料,... 详细信息

糖蛋白质组学研究对低丰度糖蛋白或糖肽的富集分析要求日益提高,相关的分离富集材料和技术应运而生,发展高灵敏度、高特异性的富集材料的尤为重要。目前已经报道的富集材料主要以常规的二氧化硅、二氧化钛和磁性四氧化三铁为基底材料,在其表面衍生官能团进行选择性富集。这类材料因其基底材料表面官能团较少,对糖肽和非糖肽的整体吸附效果有所限制,特异性富集也因此会受到限制。近年来,纳米二维平面材料在能源制备、电化学、光学、催化、生物成像和生物制药等各个领域都有优异的表现[1],例如C3N4的表面所带的正电荷对细胞表面的负电荷有很强的静电吸引力,且C3N4本身没有毒性,具有良好的生物相容性[2],其本身二维的平面片层结构具有很好的分散性,这些优异的性能通过改性和延伸可以进一步应用于各种生物领域。我们以g-C3N4为基底材料,经过进一步改性和修饰,在其表面沉积纳米金颗粒,通过L-半胱氨酸的巯基与Au之间形成稳定的共价键而结合在材料表面,通过SEM、FTIR以及XPS等表征手段分析得出以g-C3N4为基底的L-半胱氨酸修饰材料已经成功合成。g-C3N4作为基底材料在水相和有机相中均具有良好的分散性,在沉积修饰过程中并未改变C3N4的二维平面结构,这些性质均可以增大材料与目标富集物的接触面积,提高材料的富集效率。g-C3N4表面所带氨基和L-半胱氨酸所具有的氨基具有更好的亲水性,材料具有优良的吸附作用和优异的特异性。通过酶切IgG肽段富集实验和人血实际样本富集与质谱分析,均证明L-半胱氨酸衍生化氮化碳材料具有优秀的糖肽富集回收率和选择性。

关键词：糖肽富集串联质谱亲水富集氮化碳

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肝癌细胞系Hep3B的泛素化蛋白质组学

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生物工程学报 2016年第10期32卷 1443-1454页

作者：齐英姿邓晨苏纳张令强徐平军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

泛素化修饰是细胞内最重要的翻译后修饰形式之一,对细胞内蛋白质的稳定、降解、定位以及生物活性的调节起到重要作用。但因其在细胞内丰度低、降解周期短等特点而很难被检测。本研究中,制备的泛素结合结构域蛋白(Ubiquitin-binding doma... 详细信息

泛素化修饰是细胞内最重要的翻译后修饰形式之一,对细胞内蛋白质的稳定、降解、定位以及生物活性的调节起到重要作用。但因其在细胞内丰度低、降解周期短等特点而很难被检测。本研究中,制备的泛素结合结构域蛋白(Ubiquitin-binding domains,UBDs)用于富集肝癌细胞系Hep3B中的泛素化蛋白,并通过液相色谱-串联质谱联用的方法对富集的泛素化蛋白进行鉴定。实验共鉴定到1 900个潜在的泛素化蛋白和158个泛素化位点,这些被鉴定到的泛素化位点分属于102个蛋白。生物信息学分析发现泛素化蛋白显著富集的相关通路与肿瘤的发生发展密切相关,此结果暗示肿瘤细胞内泛素化-蛋白酶体的失调与肿瘤细胞的信号传导及细胞外基质的变化等具有较高的关联性。

关键词： Hep3B 蛋白质组学泛素化 ThUBDs

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目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展

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生物化学与生物物理进展 2016年第7期43卷 661-672页

作者：冯晓东马洁常乘白明泽朱云平舒坤贤重庆邮电大学生物信息学研究所重庆400065 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京102206

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的... 详细信息

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法.本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望.

关键词：串联质谱蛋白质鉴定目标-诱饵质量控制

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固定化表面活性剂在蛋白质组质谱分析中的应用

固定化表面活性剂在蛋白质组质谱分析中的应用

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第三届全国质谱分析学术报告会

作者：吴琼钱小红张养军广东药科大学药学院军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室

在常用的蛋白质组学"Bottom-up"分析策略中,表面活性剂常用于蛋白质样品的前处理过程[1],通过使蛋白质增溶和变性提高蛋白质的回收率及酶解效率[2]。十二烷基磺酸钠是蛋白质样品前处理过程中一种常用的表面活性剂,然而其不易... 详细信息

在常用的蛋白质组学"Bottom-up"分析策略中,表面活性剂常用于蛋白质样品的前处理过程[1],通过使蛋白质增溶和变性提高蛋白质的回收率及酶解效率[2]。十二烷基磺酸钠是蛋白质样品前处理过程中一种常用的表面活性剂,然而其不易除去,会对蛋白酶活性、肽段的色谱分离及质谱分析造成干扰。为此,如图1所示,我们制备了一种固定化表面活性剂,一端为FeO磁性纳米颗粒,具有亲水性和磁性,作为亲水端且能够通过外加磁场轻易除去[3];另一端为含有18个碳原子的长碳链,作为疏水端,可插入蛋白质内部,将其变性或起增溶作用。以BSA为标准蛋白比较常规方法和固定化表面活性剂对蛋白的酶解效率,结果表明使用固定化表面活性剂将其变性后进行酶解,质谱分析结果显示其平均肽段覆盖率为42.1%,与常规方法（23.8%）相比提高了76.89%,具有较好的蛋白质变性能力。进一步使用固定化表面活性剂提取HeLa细胞全蛋白,得到的蛋白数与常规方法（常用0.1%SDS[4]或8 MUA[5]作为蛋白质裂解液）相近,表明固定化表面活性剂具有较好的蛋白质变性、增溶的能力,并且能够避免SDS不易除去及UA盐浓度过高的缺点,可用于复杂生物样本的处理中,提高蛋白质组的覆盖率。

关键词：表面活性剂 Fe3O4磁性纳米颗粒质谱蛋白质组学

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质谱方法实现抗体类药物糖链修饰的鉴定与定量研究

质谱方法实现抗体类药物糖链修饰的鉴定与定量研究

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第三届全国质谱分析学术报告会

作者：黄怡钱小红应万涛安徽医科大学研究生学院蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组学研究中心国家蛋白质科学中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所

在抗体药物质量属性研究中,糖修饰的结构鉴定与定量分析,越来越受到关注。贝伐单抗是一种人源化重组单克隆抗体,是美国第一个批准上市的抑制肿瘤血管生成的抗体药物。在本研究中,以贝伐单抗为测试品,建立基于液质联用的从完整糖肽水平... 详细信息

在抗体药物质量属性研究中,糖修饰的结构鉴定与定量分析,越来越受到关注。贝伐单抗是一种人源化重组单克隆抗体,是美国第一个批准上市的抑制肿瘤血管生成的抗体药物。在本研究中,以贝伐单抗为测试品,建立基于液质联用的从完整糖肽水平对抗体药糖型定性定量的研究方法,并用于生物仿制药糖型定性定量分析中。基于液相色谱质谱技术,从完整糖肽水平对糖型进行定性定量分析,同时与传统超高效液相荧光检测方法(UPLC-FLR)定性定量结果比较,获得最优分析策略,并用于曲妥珠单抗仿制药批次间糖型定性定量分析。UPLC-FLR方法定量分析了贝伐单抗7种糖型;液质联用方法定量19种糖型;经亲水相互作用色谱(HILIC)富集后,定量22种糖型。曲妥珠单抗仿制药批次间糖型定量结果显示良好的一致性。基于液质联用的方法,具有速度快、灵敏度高、检测糖型种类多等优势,有望作为一种稳定的抗体药物糖蛋白位点特异性定量分析策略(图1)。

关键词：超高效液相荧光检测液质联用抗体药物完整糖肽定量

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基于机器学习的蛋白质相互作用文献挖掘方法研究进展

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中国科学：生命科学 2016年第11期46卷 1235-1248页

作者：李满生常乘马洁朱云平军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京102206

蛋白质相互作用是生物体内一类极其重要的分子活动.自动挖掘、整合生物文献中的蛋白质相互作用有助于生物学的研究,获得了人们的广泛关注,成为生物文献挖掘领域的重要任务之一.目前,基于机器学习的蛋白质相互作用挖掘方法已经取得了很... 详细信息

蛋白质相互作用是生物体内一类极其重要的分子活动.自动挖掘、整合生物文献中的蛋白质相互作用有助于生物学的研究,获得了人们的广泛关注,成为生物文献挖掘领域的重要任务之一.目前,基于机器学习的蛋白质相互作用挖掘方法已经取得了很大进步,对该领域的进展进行归纳总结将有助于方法的进一步优化和应用.本文在对机器学习方法构建流程介绍的基础上,进一步从机器学习的分类器、学习特征、方法评估以及挖掘系统4个方面对蛋白质相互作用文献挖掘进行系统总结,并探讨了其发展前景.

关键词：蛋白质相互作用蛋白质相互作用挖掘文献挖掘机器学习

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KRAB型锌指蛋白的进化及在物种演化中的功能

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遗传 2016年第11期38卷 971-978页

作者：王进龙王建田春艳军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心(北京)国家蛋白质组学重点实验室蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

C2H2型锌指蛋白家族是目前发现的哺乳动物中最大的转录/转录调控因子家族,由一小群古老的含有真核锌指结构的转录因子经过多次基因复制和功能分化演化而来。KRAB型锌指蛋白(*** zinc finger proteins,KRAB-ZFPs)作为C2H2型锌指蛋白家族... 详细信息

C2H2型锌指蛋白家族是目前发现的哺乳动物中最大的转录/转录调控因子家族,由一小群古老的含有真核锌指结构的转录因子经过多次基因复制和功能分化演化而来。KRAB型锌指蛋白(*** zinc finger proteins,KRAB-ZFPs)作为C2H2型锌指蛋白家族中最大的亚家族,最早出现在四足脊椎动物,并随物种的进化数量快速增长,在人类中占据C2H2型锌指蛋白的60%左右。在物种演化中,进化压力主要改变KRAB-ZFPs的DNA结合能力,而KRAB-ZFPs介导的转录抑制能力则稳定存在。同时,多种KRAB-ZFPs能够与KRAB相关蛋白1(KRAB-associated protein 1,KAP1)协同作用沉默哺乳动物中反转录元件的活性,并与之协同进化,严格限制反转录原件的跳跃能力。本文综述了KRAB-ZFPs的数量倍增、锌指结构的灵活多变、KRAB-ZFPs/KAP1的转录抑制能力和反转录元件的跳跃性在促进哺乳动物调控网络的差异、基因组稳定性的变化和物种进化中的作用,旨在进一步揭示KRAB-ZFPs在推动物种稳定演化中的特点和功能。

关键词： KRAB 锌指 KRAB-ZFPs 进化 KAP1 转座子

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