检索结果-内蒙古大学图书馆

中国科学：生命科学 2015年第12期45卷 1177-1184页

作者：周冬虎姜颖贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

可变剪接是造成生物体内转录组和蛋白质组多样性和复杂性的重要机制.自20世纪80年代间被首次报道以来,人们逐渐意识到生物体内的可变剪接现象广泛存在,其能够调节增殖、分化、发育、凋亡等一系列重要的生物学进程,且机体对其调控有着高... 详细信息

可变剪接是造成生物体内转录组和蛋白质组多样性和复杂性的重要机制.自20世纪80年代间被首次报道以来,人们逐渐意识到生物体内的可变剪接现象广泛存在,其能够调节增殖、分化、发育、凋亡等一系列重要的生物学进程,且机体对其调控有着高度的精密性和统一性.近年来,随着高通量测序技术及生物信息学方法的飞速发展和完善,可变剪接研究领域取得了一系列新的成就,人们对可变剪接的认识也在不断加深,从最初对单一可变剪接事件的研究逐步深入到组学层面的分析:高通量组学数据的不断产出、整合,使得大规模、系统性可变剪接亚型功能的研究成为可能;在更为宏观的领域,组织、器官、物种或生理病理状态下特异性的剪接模式也逐渐为人们所知晓;同时,借助组学手段,剪接层面的临床治疗策略也开始崭露头角,并且有着传统分子治疗无可比拟的优越性.本文从组学的角度出发,回顾了近年来可变剪接领域取得的最新进展,并对其未来在基础及应用领域的发展方向做了初步的展望.

关键词：可变剪接生命组学多组学研究

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线性泛素化修饰研究进展

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遗传 2015年第9期37卷 911-917页

作者：何珊张令强军事医学科学院放射辐射与医学研究所、京蛋白质组研究中心、白质组学国家重点实验室北京100850

蛋白质泛素化修饰过程在调节各种细胞生物学功能的过程中发挥了非常重要的作用,如细胞周期进程、DNA损伤修复、信号转导和各种蛋白质膜定位等。泛素化修饰可分为多聚泛素化修饰和单泛素化修饰。多聚泛素化修饰系统可以通过对底物连接不... 详细信息

蛋白质泛素化修饰过程在调节各种细胞生物学功能的过程中发挥了非常重要的作用,如细胞周期进程、DNA损伤修复、信号转导和各种蛋白质膜定位等。泛素化修饰可分为多聚泛素化修饰和单泛素化修饰。多聚泛素化修饰系统可以通过对底物连接不同类型的多泛素化链调节蛋白质的功能。多聚泛素化修饰中已知7种泛素链连接方式均为泛素内赖氨酸连接方式。近几年发现了第8种类型的泛素链连接形式即线性泛素化,其泛素链的连接方式是由泛素甲硫氨酸的氨基基团与另一泛素甘氨酸的羧基基团相连形成泛素链标记。目前研究表明线性泛素化修饰在先天性免疫和炎症反应等多个过程中发挥着非常重要的作用。募集线性泛素链的泛素连接酶E3被称为LUBAC复合体,其组成底物以及其活性调控机制和功能所知甚少。本文综述了募集线性泛素化链的泛素连接酶、去泛素化酶、底物等活性调控机制及其在先天性免疫等多个领域中的功能,分析了后续研究方向,以期为相关研究提供参考。

关键词：线性泛素化修饰 LUBAC复合体 NF-κB信号通路 HOIP

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一种简单的毛细管色谱柱电加热装置的制作方法及其在液相色谱-质谱联用系统中的应用

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色谱 2015年第6期33卷 563-570页

作者：金祖耀吕雅瑶周珊珊郝斐然付斌应万涛钱小红张养军安徽医科大学安徽合肥230032 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

为了实现蛋白质组的深度覆盖,特别是低丰度蛋白质的定性鉴定和定量分析,目前常用的方法是采用更长或装填更小粒径填料的毛细管色谱柱,但因此带来的问题是色谱柱反向柱压显著升高。针对以上问题发展了一种简单的毛细管色谱柱电加热装置... 详细信息

为了实现蛋白质组的深度覆盖,特别是低丰度蛋白质的定性鉴定和定量分析,目前常用的方法是采用更长或装填更小粒径填料的毛细管色谱柱,但因此带来的问题是色谱柱反向柱压显著升高。针对以上问题发展了一种简单的毛细管色谱柱电加热装置制作方法,并将该装置安装于液相色谱-质谱联用系统,分别以牛血清白蛋白(BSA)酶切肽段混合物和酵母蛋白(yeast)酶切肽段混合物为样品,从柱压和柱效两方面对该装置的性能进行了评价。实验结果表明,所制作的毛细管柱电加热装置安装在装填粒径为3μm反相色谱填料的毛细管柱上,在最佳电流(100 mA)下对BSA及yeast酶切肽段混合物进行分离时的柱压比不加电流时的柱压降低至少50%,柱效略有升高。这说明所制作的毛细管色谱柱电加热装置能显著降低柱压,为在较低的柱压条件下选择更小粒径色谱颗粒填料的毛细管色谱柱提供了一种有效的方法。

关键词：毛细管高效液相色谱-串联质谱蛋白质组学电加热装置柱压柱效

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蛋白质组技术在中药配伍药理学和毒理学机制研究中的应用

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中国药理学与毒理学杂志 2015年第6期29卷 973-978页

作者：程汉兴孙爱华姜颖北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 安徽医科大学合肥安徽230032

配伍用药是中药遣药组方、辨证施治的主要形式和应用特点。组方的宜忌多来自前人经验的总结,大多缺少相应的分子机制研究做配伍的理论支撑。作为规模化研究蛋白质的工具,蛋白质组技术可以从整体水平,较全面地呈现中药多种有效成分进入... 详细信息

配伍用药是中药遣药组方、辨证施治的主要形式和应用特点。组方的宜忌多来自前人经验的总结,大多缺少相应的分子机制研究做配伍的理论支撑。作为规模化研究蛋白质的工具,蛋白质组技术可以从整体水平,较全面地呈现中药多种有效成分进入机体后发挥的多途径、多靶点调控过程,进而揭示中药配伍发挥宜忌作用的分子机制。本文对近年蛋白质组技术,包括双向电泳、荧光双向差异凝胶电泳技术和基于稳定同位素标记的相对和绝对定量技术在中药配伍宜忌和相应的药理毒理学机制研究中的应用进行综述,为进一步探讨中药配伍宜忌原理,更好地实现中药现代化和实际临床用药发展提供理论指导基础。

关键词：中药配伍蛋白质组药理学毒理学

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基于“菌心说”学说从人菌平衡角度揭示中医“藏象学说”的物质基础

基于“菌心说”学说从人菌平衡角度揭示中医“藏象学说”的物质基...

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第十八届中国科协年会

作者：张成岗军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室全军军事认知与心理卫生研究中心北京 100850

“藏象学说”可以说是中医的灵魂，然而却一直难以为现代医学所理解，从而难以促进中医现代化的实现。结合国际上关于肠道菌群的相关研究，以及我们实验室的大量实证性研究工作，我们意外发现有可能可以从人体与人体共生微生物菌群角度... 详细信息

“藏象学说”可以说是中医的灵魂，然而却一直难以为现代医学所理解，从而难以促进中医现代化的实现。结合国际上关于肠道菌群的相关研究，以及我们实验室的大量实证性研究工作，我们意外发现有可能可以从人体与人体共生微生物菌群角度揭示中医“藏象学说”的物质基础，认为中医的“藏”可能对应于人体共生菌群尤其是肠道菌群、而中医的“象”则可能对应于人体本身，因此，中医“藏象学说”可以被理解为从人体和肠道菌群平衡的角度对于人体结构与功能进行合理解释的一种学说，在此基础上我们提出了“菌心说”学说，不仅支持中医“藏象学说”的学术观点，而且认为人体肠道菌群赋予人体饥饿感、驱动人体产生吃饭的动机，并影响甚至主导人的情感和欲望等情商相关问题，而人脑则主导人的智商。因而，从这个角度可以比较容易理解中医的“脏腑理论”中的几个关键问题，包括“脾胃不和”、“心与小肠相表里”、“肺与大肠相表里”等，结合“菌心说”学说来看，中医的“脾”、“心”、“肺”可能指的是胃、小肠、大肠中的人体共生微生物菌群，构成了“脏腑理论”中“脏”的部分内容，而“腑”的相应内容则分别与西医解剖结构“胃”、“小肠”、“大肠”相一致。在此基础上，可以合理推测穴位以及经络等中医的概念，有可能是中医的“藏”即西医的微生物群体通过人体的相应组织形成的特殊结构，既与神经系统相密切关联，同时又有其特殊的存在和运行通路即经络和脉络体系。一个健康的人体必须确保人体与人体共生微生物菌群的平衡，否则就会表现出亚健康和慢病等症状。为此，基于“菌心说”学说，从人菌平衡角度，有可能揭示中医“藏象学说”的物质基础，将为中医现代化找到关键的科学支点，也将为针灸、经络、穴位以及中药的研发与评价提供新的线索。

关键词：藏象学说菌心说人菌平衡针灸经络穴位肠道菌群中医西医生物学微生物学

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18O/金属等重标记结合质谱的蛋白质组绝对定量新方法研究

18O/金属等重标记结合质谱的蛋白质组绝对定量新方法研究

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中国化学会第30届学术年会

作者：张养军颜辉钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质学国家重点实验室北京市中关村生命科学园路38号102206

18O/金属等重标记结合串联质谱蛋目标白质组绝对定量新方法的基本原理1,2：通过金属标记肽段N-末端、18O标记肽段C-端实现双重等重标记,使内标肽段与目标肽段在一级质谱分析时质荷比相同,而在串联质谱分析时达到同时分离和碎裂,并可基... 详细信息

18O/金属等重标记结合串联质谱蛋目标白质组绝对定量新方法的基本原理1,2：通过金属标记肽段N-末端、18O标记肽段C-端实现双重等重标记,使内标肽段与目标肽段在一级质谱分析时质荷比相同,而在串联质谱分析时达到同时分离和碎裂,并可基于内标肽段与目标肽段产生的相同质谱相应,但不同质荷比的b、y离子进行定量。

关键词： 18O标记金属标记等重标记串联质谱白质组绝对定量

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基于质谱的定量蛋白质组学策略和方法研究进展

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中国科学：生命科学 2015年第5期45卷 425-438页

作者：常乘朱云平军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京100850 国家蛋白质科学中心(北京) 北京102206

定量蛋白质组学已经成为组学领域研究的热点之一.相关实验技术和计算方法的不断创新极大地促进了定量蛋白质组学的飞速发展.常用的定量蛋白质组学策略按照是否需要稳定同位素标记可以分为无标定量和有标定量两大类.每类策略又产生了众... 详细信息

定量蛋白质组学已经成为组学领域研究的热点之一.相关实验技术和计算方法的不断创新极大地促进了定量蛋白质组学的飞速发展.常用的定量蛋白质组学策略按照是否需要稳定同位素标记可以分为无标定量和有标定量两大类.每类策略又产生了众多定量方法和工具,它们一方面推动了定量蛋白质组学的深入发展;另一方面,也在实验策略与技术的发展过程中不断更新.因此对这些定量实验策略和方法进行系统总结和归纳将有助于定量蛋白质组学的研究.本文主要从方法学角度全面归纳了目前定量蛋白质组学研究的相关策略和算法,详述了无标定量和有标定量的具体算法流程并比较了各自特点,还对以研究蛋白质绝对丰度为目标的绝对定量算法进行了总结,列举了常用的定量软件和工具,最后概述了定量结果的质量控制方法,对定量蛋白质组学方法发展的前景进行了展望.

关键词：质谱定量蛋白质组学定量算法无标定量有标定量绝对定量

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氧化石墨烯固定化凝集素的制备及在糖蛋白/糖肽富集中的应用

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色谱 2015年第2期33卷 116-122页

作者：时照梅范超黄俊杰白海红秦伟捷蔡耘钱小红安徽医科大学研究生学院安徽合肥230032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

生物体内蛋白质的糖基化修饰调控着细胞识别、细胞黏附和迁移以及免疫应答等多种生理过程,并与多种人类重大疾病的发生、发展密切相关。因此对蛋白质糖基化修饰的鉴定,不仅能够为生物学机理研究提供重要信息,对疾病诊断标志物和治疗靶... 详细信息

生物体内蛋白质的糖基化修饰调控着细胞识别、细胞黏附和迁移以及免疫应答等多种生理过程,并与多种人类重大疾病的发生、发展密切相关。因此对蛋白质糖基化修饰的鉴定,不仅能够为生物学机理研究提供重要信息,对疾病诊断标志物和治疗靶标的发现也至关重要。然而在复杂生物体系中,大多数糖蛋白为低丰度蛋白质,其含量与现有质谱仪器的检测灵敏度之间存在较大差距,所以对含有不同糖型结构的糖蛋白进行全面/高效的富集,是实现高灵敏度糖蛋白鉴定的必由之路。凝集素富集作为一种有效的糖蛋白富集方法,已在糖蛋白质组学研究中得到了广泛的应用。针对现有凝集素功能化材料存在负载量偏低以及富集效率有限等问题,我们制备了两种以氧化石墨烯(GO)为载体的新型固定化凝集素,利用GO比表面积大,功能基团含量高,分散性、化学稳定性好等特点,实现了高负载量的凝集素固定(GO-ConA 2.073 mg/mg,RSD=1.0%;GO-WGA 1.908 mg/mg,RSD=0.14%)。同时考察了材料的可重复使用性与稳定性:每隔3天测一次同一GO-lectin材料对对应糖蛋白的富集效果,可以看出材料合成两周内富集效果都>200μg/mg。将该GO-lectin成功应用于糖蛋白、糖肽的选择性富集,在糖蛋白质组学研究中体现出良好的应用潜力。

关键词：凝集素氧化石墨烯富集糖蛋白糖肽

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Kupffer细胞在非酒精性脂肪性肝病中的作用

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细胞与分子免疫学杂志 2015年第3期31卷 412-415页

作者：董庆洋唐丽军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组国家重点实验室北京蛋白质组研究中心北京102206

众所周知,巨噬细胞在先天免疫应答中发挥着重要的作用。在肥胖和经常饮酒的人群中,肝脏会出现不同程度的损伤,并且随着生活条件的改善,上述肝损伤在人群中出现的比例逐年上升。在这种肝损伤中,发挥主要作用的先天免疫细胞就是定居在肝脏... 详细信息

众所周知,巨噬细胞在先天免疫应答中发挥着重要的作用。在肥胖和经常饮酒的人群中,肝脏会出现不同程度的损伤,并且随着生活条件的改善,上述肝损伤在人群中出现的比例逐年上升。在这种肝损伤中,发挥主要作用的先天免疫细胞就是定居在肝脏的Kupffer细胞,Kupffer细胞可表现出不同的极化状态,所发挥的功能也有所不同,所以针对Kupffer细胞在肥胖或者酒精导致的肝损伤中功能的研究为近年的研究热点。本文主要介绍了Kupffer细胞在不同因素导致的肝损伤中所发挥的功能,重点关注酒精性肝病和非酒精性脂肪性肝病。通过对Kupffer细胞在上述肝损伤中发挥的功能的研究,有助于我们设计解决相关肝脏疾病的治疗策略。

关键词： Kupffer细胞酒精性肝病非酒精性脂肪肝病综述

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泛素连接酶-底物选择关系的研究进展

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生物技术通报 2015年第1期31卷 11-20页

作者：李杨李栋军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

泛素是一种包含76个氨基酸的小分子蛋白。泛素共价结合到底物的过程称为泛素化修饰。泛素化修饰过程是一个由级联的泛素激活酶、泛素结合酶和泛素连接酶所介导的复杂过程,泛素化修饰具有高效、ATP依赖、高度特异的特点。泛素化修饰与细... 详细信息

泛素是一种包含76个氨基酸的小分子蛋白。泛素共价结合到底物的过程称为泛素化修饰。泛素化修饰过程是一个由级联的泛素激活酶、泛素结合酶和泛素连接酶所介导的复杂过程,泛素化修饰具有高效、ATP依赖、高度特异的特点。泛素化修饰与细胞周期调控、细胞凋亡、转录调控、DNA损伤修复等一系列生物学过程密切相关。在泛素化修饰过程中,泛素连接酶对底物的识别,是决定泛素化修饰特异性的关键环节。泛素连接酶底物识别的相关机制研究不断被报道,鉴定泛素连接酶底物的高通量方法也在不断的改进和发展。随着实验研究的不断深入,实验数据的不断产出,利用生物信息学进行泛素连接酶底物的研究也开始受到关注。对泛素连接酶识别底物的相关机制、高通量泛素连接酶底物的鉴定方法、泛素连接酶底物的生物信息学研究和生物信息学在泛素连接酶底物研究中的发展方向进行讨论。

关键词：泛素化修饰泛素连接酶底物生物信息学

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