检索结果-内蒙古大学图书馆

生命科学 2016年第9期28卷 1054-1066页

作者：彭雪辉苏纳李宗桃徐平武汉大学药学院组合生物合成和药物开发教育部重点实验室北京蛋白质组研究中心蛋白质组国家大科学设施军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室

人类染色体蛋白质组计划(Chromosome-Centric Human Proteome Project,C-HPP)是由人类蛋白质组组织(Human Proteome Organization,HUPO)于2010年9月在悉尼召开的第九届国际蛋白质组学大会上正式提出的大型国际合作计划。与生理-病理驱... 详细信息

人类染色体蛋白质组计划(Chromosome-Centric Human Proteome Project,C-HPP)是由人类蛋白质组组织(Human Proteome Organization,HUPO)于2010年9月在悉尼召开的第九届国际蛋白质组学大会上正式提出的大型国际合作计划。与生理-病理驱动的人类蛋白质组计划(Biology/Disease-driven HPP,B/D-HPP)相同,C-HPP是人类蛋白质组计划(Human Proteome Project,HPP)的主要工作,将由中国、美国、澳大利亚、瑞士、意大利等17个国家的25个研究团队共同合作,旨在10年内(2012.09—2022.09)完成人类24条染色体和线粒体上蛋白质编码基因产物本身及其修饰产物的检测、验证和确认,注销可能过度注释的编码基因,绘制基因图谱并实现人类基因组的重注释。国内军事医学科学院的贺福初院士和徐平教授、复旦大学的杨芃原教授、华大基因的刘斯奇教授和暨南大学的何庆瑜教授,以及台湾地区的陈玉如教授分别领衔承担了人类第1号、8号、20号和第4号染色体上蛋白质编码基因的研究任务。综述了我国承担的C-HPP工作的策略和进展,并提出展望。

关键词：人类染色体蛋白质组计划 1号染色体 8号染色体 20号染色体 4号染色体

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18O/金属等重标记结合质谱的蛋白质组绝对定量新方法研究

18O/金属等重标记结合质谱的蛋白质组绝对定量新方法研究

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中国化学会第30届学术年会-第二十三分会：复杂样品分离分析

作者：张养军颜辉钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质学国家重点实验室

O/金属等重标记结合串联质谱蛋目标白质组绝对定量新方法的基本原理:通过金属标记肽段N-末端、O标记肽段C-端实现双重等重标记,使内标肽段与目标肽段在一级质谱分析时质荷比相同,而在串联质谱分析时达到同时分离和碎裂,并可基于内标肽... 详细信息

O/金属等重标记结合串联质谱蛋目标白质组绝对定量新方法的基本原理:通过金属标记肽段N-末端、O标记肽段C-端实现双重等重标记,使内标肽段与目标肽段在一级质谱分析时质荷比相同,而在串联质谱分析时达到同时分离和碎裂,并可基于内标肽段与目标肽段产生的相同质谱相应,但不同质荷比的b、y离子进行定量。实验结果表明选择O+Ho与Tm重等重标记都能对肽段实现高效标记并且7天内保持稳定,满足标记定量要求;两种标记肽段在色谱中保留时间完全一致,保证了在质谱碰撞池中同时碎裂;O+Ho与Tm标记肽段等量混合后,经二级质谱分析碎裂后的b、y离子以相差4Da和1:1信号强度比在质谱谱图中成对出现,说明定量的准确性高;最后选择腾冲嗜热菌全蛋白酶切肽段作为基质,采用多反应监测质谱分析目标肽段的b和y离子,其母子离子对在两个数量级范围内R均为0.999,定量限达到0.7 fmol/μL且RSD<10%,相对误差小于10%,表明该方法可以准确地用于目标蛋白质组的绝对定量分析。

关键词： 18O标记金属标记等重标记串联质谱白质组绝对定量

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基于电迁移的蛋白质制备技术和方法新进展

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色谱 2015年第12期33卷 1226-1233页

作者：郝斐然付斌张养军钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

基于电迁移的蛋白质制备技术是对一类分离和制备技术的统称,其特征是在电场的作用下对目标物质进行分离和纯化制备,这种技术在生物大分子和蛋白质组的研究中应用广泛。基于电迁移的制备技术主要包括制备型电泳、制备型电色谱、制备型等... 详细信息

基于电迁移的蛋白质制备技术是对一类分离和制备技术的统称,其特征是在电场的作用下对目标物质进行分离和纯化制备,这种技术在生物大分子和蛋白质组的研究中应用广泛。基于电迁移的制备技术主要包括制备型电泳、制备型电色谱、制备型等电聚焦和自由流电泳等。本文对每种制备型电迁移装置的设计、特点和基于该种装置的各种应用方法的优缺点进行了详细阐述,并列举了一些实例。另外,微量级制备型电泳因分离度高、回收率高以及高效快速的优点,在微量级生物样本分析中发挥着日益重要的作用,近年来备受关注,本文也着重关注了这方面的进展,并对基于电迁移的制备技术做了展望。

关键词：电迁移制备技术制备型电泳制备型电色谱制备型等电聚焦自由流电泳微量级制备型电泳蛋白质综述

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一种多通道匀浆装填毛细管色谱柱的新装置及应用

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色谱 2015年第11期33卷 1155-1162页

作者：吕雅瑶郝斐然王欢欢付斌钱小红张养军蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

针对目前毛细管色谱柱装柱效率低、不同批次装填的毛细管色谱柱之间性能差异大的问题,我们发展了一种多通道匀浆装填毛细管色谱柱的新装置。该装置以液相色谱泵提供压力、采用磁力搅拌保持匀浆液均匀分散,一次可装填多达6根毛细管色谱... 详细信息

针对目前毛细管色谱柱装柱效率低、不同批次装填的毛细管色谱柱之间性能差异大的问题,我们发展了一种多通道匀浆装填毛细管色谱柱的新装置。该装置以液相色谱泵提供压力、采用磁力搅拌保持匀浆液均匀分散,一次可装填多达6根毛细管色谱柱。以牛血清白蛋白(BSA)的胰蛋白酶酶切肽段混合物为样本,选择峰容量、蛋白覆盖率、3个特定离子的保留时间以及毛细管色谱柱柱压为指标,在毛细管液相色谱-质谱联用系统上对装填的反相毛细管色谱柱的性能进行了评价。分别考察了一次装填的6根毛细管色谱柱、两次装填的12根毛细管色谱柱以及一次装填1根与一次装填6根毛细管色谱柱的性能及稳定性。实验结果表明:同一批次装填的6根毛细管色谱柱的性能相近;不同批次装填的12根毛细管色谱柱的峰容量和覆盖率没有明显的区别,但保留时间和毛细管色谱柱柱压的稳定性较差;一次装填1根和一次装填6根毛细管色谱柱柱性能的稳定性与两次分别装填6根毛细管色谱柱的稳定性相近,即采用本装置可显著提高毛细管色谱柱的装填效率且每次装填毛细管色谱柱的数量不会对柱性能产生影响。

关键词：毛细管液相色谱-质谱联用毛细管色谱柱装柱装置多通道

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HBV 相关肝癌的基因组学研究

HBV 相关肝癌的基因组学研究

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2016遗传学与表观遗传学前沿暨第四届中国青年遗传学家论坛

作者：张红星李元丰周钢桥军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京 100850 蛋白质组学国家重点实验室北京 102206 北京蛋白质组研究中心北京 102206 国家蛋白质科学中心(北京) 北京 102206

为寻找HBV 相关肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的驱动基因,我们对HBV 相关HCC 的癌组织和配对的癌旁组织进行了全外显子组测序或全基因组测序.分析发现,含有突变的基因在轴突导向、钙离子、Wnt 和细胞周期等多个肿瘤相关通... 详细信息

为寻找HBV 相关肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的驱动基因,我们对HBV 相关HCC 的癌组织和配对的癌旁组织进行了全外显子组测序或全基因组测序.分析发现,含有突变的基因在轴突导向、钙离子、Wnt 和细胞周期等多个肿瘤相关通路中富集.通过对总共104 例HBV 相关HCC 进行突变、拷贝数变异和甲基化分析,我们发现TM*和ZNF*分别在52.9％和7.7％的HCC中发生异常改变.TM*突变绝大多数为截短型突变,且与TM*低表达相关.TM*表达降低将会导致RhoA 活性下降,继而引起上皮-间质转化和转移.ZNF*突变能够抑制DUSP 的转录,导致ERK/JNK 的活性增加,进而促进肿瘤发生.临床相关性分析发现,TM*低表达、ZNF*高表达和ZNF*突变与HCC 病人的较差预后相关.我们的研究首次报道了TM*和ZNF*在HBV 相关HCC 中起关键作用.

关键词：肝细胞肝癌深度测序 TM ZNF

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基质辅助激光解析电离质谱和电喷雾质谱共同快速确证达托霉素结构

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分析化学 2015年第1期43卷 63-68页

作者：黄亚娟张拓韩治国孟晓光宋纯艳刘曙晨郑俊杰魏开华北京正旦国际科技有限责任公司北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京) 军事医学科学院放射与辐射医学研究所

运用基质辅助激光解析电离-飞行时间串联质谱(MALDI-TOF/TOF MS)和电喷雾-四级杆-飞行时间质谱(ESI-Q-TOF MS)快速确证环脂肽达托霉素的结构。首先,ESI检测达托霉素相对分子量为1619.7107,与理论值偏差0.0007。选择其双电荷峰m/z 809.84... 详细信息

运用基质辅助激光解析电离-飞行时间串联质谱(MALDI-TOF/TOF MS)和电喷雾-四级杆-飞行时间质谱(ESI-Q-TOF MS)快速确证环脂肽达托霉素的结构。首先,ESI检测达托霉素相对分子量为1619.7107,与理论值偏差0.0007。选择其双电荷峰m/z 809.848作为母离子进行ESI串联质谱(MS/MS)测定,成功匹配了达托霉素环外氨基酸序列C9H19CO-Trp-Asn-Asp。其次,优化Li OH裂解达托霉素的实验条件,以MALDITOF/TOF MS监测开环效果,获得95%以上的开环样本后,分别运用MALDI和ESI进行MS/MS测定,达托霉素开环产物的b+和y+全部被匹配,达托霉素全部氨基酸序列得到确证。最后,对开环产物的ESI-MS/MS条件进一步优化,获得了丰富的低端碎片离子,解析了脂肪酸链结构,并绘制了脂肪酸链的裂解图。本方法快速、简便、准确,是确证环脂肽类化合物结构的可靠方法。

关键词：达托霉素环脂肽串联质谱电喷雾质谱

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酶切型稳定同位素标记肽段为内标用于药物代谢酶的绝对定量分析

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分析化学 2015年第10期43卷 1551-1557页

作者：刘喜东丛宇婷胡良海张养军顾景凯钱小红吉林大学生命科学学院蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所

利用带有酶切位点的稳定同位素标记肽段作内标,采取3种方式处理样品,考察了不同的样品处理过程对实验结果准确性的影响。首先合成不同长度的带有酶切位点的肽段,考察其酶解过程,实验结果表明,胰蛋白酶的活性位点具有一定的选择性,最终... 详细信息

利用带有酶切位点的稳定同位素标记肽段作内标,采取3种方式处理样品,考察了不同的样品处理过程对实验结果准确性的影响。首先合成不同长度的带有酶切位点的肽段,考察其酶解过程,实验结果表明,胰蛋白酶的活性位点具有一定的选择性,最终确定目标肽段两端分别加入3个氨基酸所形成的肽段为内标。分别采用在酶解前加入带酶切位点的稳定同位素标记肽段、不带酶切位点的稳定同位素标记肽段以及在酶解过程后、质谱检测前加入不带酶切位点的稳定同位素标记肽段3种方式处理样品。结果表明,采取第一种方式处理样品的测定结果更接近真实值,相对偏差范围更小,可减小蛋白质绝对定量分析的误差,提高分析结果的重现性。

关键词：稳定同位素标记肽段绝对定量酶切位点药物代谢酶

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基于质谱的甲胎蛋白完整糖肽定量方法研究

基于质谱的甲胎蛋白完整糖肽定量方法研究

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第34届(2016)中国质谱学会学术年会

作者：应万涛王继峰钱小红蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京市昌平区生命园路38号102206

AFP是一种公认的广泛使用的肝癌诊断标志物,但是其特异性并不理想。而带有特定糖型的AFP(AFP-L3)已经被证明可以作为肝癌的肿瘤标志物,用于提高诊断的特异性。本研究通过对良性肝病及肝癌患者血清中AFP的全面的糖型分析,寻找差异表达的... 详细信息

AFP是一种公认的广泛使用的肝癌诊断标志物,但是其特异性并不理想。而带有特定糖型的AFP(AFP-L3)已经被证明可以作为肝癌的肿瘤标志物,用于提高诊断的特异性。本研究通过对良性肝病及肝癌患者血清中AFP的全面的糖型分析,寻找差异表达的特异糖型,并进一步探讨其作为肝癌诊断标志物的可能性。首先通过对脐带血来源AFP的糖肽分析,获得AFP的糖基化修饰类型,共鉴定到糖型16种。采用16种完整糖肽质量数,优化并构建靶向SRM质谱分析方法。采用免疫亲和的方法从肝癌及肝硬化患者的血清中富集AFP,并采用所建立的SRM方法,在糖链和完整糖肽水平分别对其糖型进行定性定量分析。并对与肿瘤相关的特异糖型如唾液酸,核心岩藻糖以及多天线的分布进行了详细的比较分析。结果表明AFP糖链中G3,G6,G13与特定内源非糖肽的比值在肝癌与肝硬化病人血清中差异显著,可以作为新型的区分肝硬化和肝癌的候选糖链标志物。

关键词：质谱选择性反应监测(SRM) 糖基化修饰甲胎蛋白亲和富集

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线性泛素化修饰研究进展

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遗传 2015年第9期37卷 911-917页

作者：何珊张令强军事医学科学院放射辐射与医学研究所、京蛋白质组研究中心、白质组学国家重点实验室北京100850

蛋白质泛素化修饰过程在调节各种细胞生物学功能的过程中发挥了非常重要的作用,如细胞周期进程、DNA损伤修复、信号转导和各种蛋白质膜定位等。泛素化修饰可分为多聚泛素化修饰和单泛素化修饰。多聚泛素化修饰系统可以通过对底物连接不... 详细信息

蛋白质泛素化修饰过程在调节各种细胞生物学功能的过程中发挥了非常重要的作用,如细胞周期进程、DNA损伤修复、信号转导和各种蛋白质膜定位等。泛素化修饰可分为多聚泛素化修饰和单泛素化修饰。多聚泛素化修饰系统可以通过对底物连接不同类型的多泛素化链调节蛋白质的功能。多聚泛素化修饰中已知7种泛素链连接方式均为泛素内赖氨酸连接方式。近几年发现了第8种类型的泛素链连接形式即线性泛素化,其泛素链的连接方式是由泛素甲硫氨酸的氨基基团与另一泛素甘氨酸的羧基基团相连形成泛素链标记。目前研究表明线性泛素化修饰在先天性免疫和炎症反应等多个过程中发挥着非常重要的作用。募集线性泛素链的泛素连接酶E3被称为LUBAC复合体,其组成底物以及其活性调控机制和功能所知甚少。本文综述了募集线性泛素化链的泛素连接酶、去泛素化酶、底物等活性调控机制及其在先天性免疫等多个领域中的功能,分析了后续研究方向,以期为相关研究提供参考。

关键词：线性泛素化修饰 LUBAC复合体 NF-κB信号通路 HOIP

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白介素33基因多态性与脓毒症的关联研究

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中华急诊医学杂志 2016年第2期25卷 160-166页

作者：张腾飞周钢桥岳茂兴王志富郑琦涵翟芸史卫海冯凯安徽医科大学解放军第306临床学院北京100101 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京100101 解放军第306医院特种医学实验中心北京100101 江苏大学附属常州市武进人民医院急诊科江苏省常州213002 江苏大学附属常州市武进人民医院普外科江苏省常州213002

目的探讨中国汉族人群中白介素33（IL-33，interleukin-33）基因单核苷酸多态性（SNP,single nucleotide polymorphism）与脓毒症发生风险及疾病严重程度的相关性。方法采用病例-对照研究设计，标签SNP（tagging SNP，tagSNP）策略，... 详细信息

目的探讨中国汉族人群中白介素33（IL-33，interleukin-33）基因单核苷酸多态性（SNP,single nucleotide polymorphism）与脓毒症发生风险及疾病严重程度的相关性。方法采用病例-对照研究设计，标签SNP（tagging SNP，tagSNP）策略，应用Sequenom MassARRAY？SNP检测技术完成对IL-33基因的标签SNPs分型。采用非条件Logistic 回归分析，并对性别、年龄、吸烟和饮酒、APACHEⅡ评分、慢性病状态等混杂因素进行校正后，评估IL-33单核苷酸多态性与脓毒症易感性的关系，以及脓毒症继发的严重脓毒症、脓毒症休克、死亡等表型的相关性。结果在所选的7个IL-33标签SNPs（rs10118795 C/T，rs16924159 G/A，rs1891385 A/C，rs2210463 A/G，rs72614079 A/G，rs76864631 G/A，rs7849201 C/T）中，rs76864631不符合Hardy-Weinberg平衡定律，其余6个多态位点及单体型与脓毒症的发生风险和疾病的严重程度均无明显相关性。结论 IL-33基因多态性可能与中国汉族人群脓毒症的发生、发展和病程转归无关。

关键词：白介素33 脓毒症严重脓毒症脓毒症休克多器官功能障碍综合征单核苷酸多态性单体型遗传易感性

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