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中国药理学会分析药理学专业委员会成立大会、第三届全国分析药理学学术大会暨贵州省药学会药学青年专业委员会成立大会

作者：周晖杨靖肖玉玲徐平洪学传病毒学国家重点实验室武汉大学药学院军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心西藏大学医学院

目的:建立快速可靠的靶向分子研究体系,鉴定特异的肝病潜在治疗靶点,用于指导临床治疗。方法:建立蛋白质组结合近红外二区成像的差异表达蛋白筛选及体内活性验证的研究体系。结果:微型染色体维持蛋白(MCM)是DNA复制的重要组成部分,可作... 详细信息

目的:建立快速可靠的靶向分子研究体系,鉴定特异的肝病潜在治疗靶点,用于指导临床治疗。方法:建立蛋白质组结合近红外二区成像的差异表达蛋白筛选及体内活性验证的研究体系。结果:微型染色体维持蛋白(MCM)是DNA复制的重要组成部分,可作为诊断癌症的新型生物标志物。通过蛋白质组鉴定到肝癌靶向分子微小染色体维持蛋白MCM2在肝癌组织中显著上调(>5倍癌/癌旁),MCM2与肝癌患者分期和生存期相关,抑制MCM2能显著影响肝癌细胞系增殖。在细胞水平研究表明,MCM2可能通过影响细胞周期蛋白CDKs 2/7,阻滞S期发展进而影响肝癌细胞增殖,揭示了MCM2与CDK2/7的复杂调控关系。我们开发了一种新型NIR-Ⅱ(第二近红外窗口,1000-1700 nn)小有机荧光染料(CH1055),这比传统的近红一区外成像更有优势。将CH1055与MCM2抗体结合后得到新型探针CH1055-MCM2,发现其在小鼠体内对肝癌具有很强的靶向性。讨论:MCM2是潜在的肝癌靶点,这种新型NIR-Ⅱ探针具有很大的潜力,可用于肝细胞癌的早期诊断和精确的图像引导肿瘤切除手术。

关键词：近红外二区肝癌 MC

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基于蛋白质组学和近红外Ⅱ区成像的肝病靶向分子研究

基于蛋白质组学和近红外Ⅱ区成像的肝病靶向分子研究

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中国药理学会分析药理学专业委员会成立大会、第三届全国分析药理学学术大会暨贵州省药学会药学青年专业委员会成立大会

作者：洪学传徐平肖玉玲徐福春病毒学国家重点实验室武汉大学药学院军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心西藏大学医学院

目的:建立快速可靠的靶向分子研究体系,鉴定特异的肝病潜在治疗靶点,用于指导临床治疗。方法:建立蛋白质组结合近红外二区成像的差异表达蛋白筛选及体内活性验证的研究体系。结果:通过蛋白质组鉴定到肝癌靶向分子微小染色体维持蛋白MCM... 详细信息

目的:建立快速可靠的靶向分子研究体系,鉴定特异的肝病潜在治疗靶点,用于指导临床治疗。方法:建立蛋白质组结合近红外二区成像的差异表达蛋白筛选及体内活性验证的研究体系。结果:通过蛋白质组鉴定到肝癌靶向分子微小染色体维持蛋白MCM2在肝癌组织中显著上调(>5倍癌/癌旁),并且结合肝癌小鼠模型的近红外二区体内荧光成像发现MCM2

关键词：靶向分子

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通过NIR-Ⅱ成像和蛋白质组学分析鉴定潜在的肿瘤生物标志物

通过NIR-Ⅱ成像和蛋白质组学分析鉴定潜在的肿瘤生物标志物

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中国药理学会分析药理学专业委员会成立大会暨第三届全国分析药理学学术大会

作者：周晖杨靖肖玉玲徐平洪学传病毒学国家重点实验室武汉大学药学院武汉430072 病毒学国家重点实验室武汉大学药学院武汉430072 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 病毒学国家重点实验室武汉大学药学院武汉430072 西藏大学医学院拉萨850000

目的：建立快速可靠的靶向分子研究体系，鉴定特异的肝病潜在治疗靶点，用于指导临床治疗。方法：建立蛋白质组结合近红外二区成像的差异表达蛋白筛选及体内活性验证的研究体系。结果：微型染色体维持蛋白(MCM)是DNA 复制的重要组成部... 详细信息

目的：建立快速可靠的靶向分子研究体系，鉴定特异的肝病潜在治疗靶点，用于指导临床治疗。方法：建立蛋白质组结合近红外二区成像的差异表达蛋白筛选及体内活性验证的研究体系。结果：微型染色体维持蛋白(MCM)是DNA 复制的重要组成部分，可作为诊断癌症的新型生物标志物。

关键词：近红外二区肝癌 MC

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MALDI-TOF质谱准内标法及其用于rhTPO复杂糖一致性研究

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分析测试学报 2017年第12期36卷 1458-1463页

作者：刘悦玫侯利平杨梅孟晓光魏开华安徽医科大学研究生院安徽合肥230032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 蛋白质药物国家工程研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京正旦国际科技有限责任公司北京102206

采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)准内标法准确测定重组人血小板生成素(rhTPO)仿制药和原研药中4类糖修饰的相对含量,并进行样本间和批间一致性比较。结合多种切糖酶逐步切除rhTPO的N-糖、唾液酸和O-糖;以牛血清白蛋... 详细信息

采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)准内标法准确测定重组人血小板生成素(rhTPO)仿制药和原研药中4类糖修饰的相对含量,并进行样本间和批间一致性比较。结合多种切糖酶逐步切除rhTPO的N-糖、唾液酸和O-糖;以牛血清白蛋白(BSA)为标准品,与样本非混合点靶;采用MALDI-TOF质谱准内标法检测,分别获得各样本完整含糖分子量及不同层次切糖后分子量;通过分子量差值计算4类糖修饰的相对含量;最后比较仿制药与原研药样本间和批间一致性。以BSA多电荷峰对rhTPO切糖前后的MALDI-TOF质谱测定值进行准内标法校正,BSA多电荷峰之间相对标准偏差(RSD)均≤0.075%,批间RSD为0.001%~0.004%,方法误差均<0.01%。rhTPO仿制药N-糖、O-糖唾液酸、O-糖和糖化糖的相对含量分别约为24.6%、2.9%、9.0%和5.1%,批间一致性良好,且总糖含量与文献值一致;rhTPO原研药N-糖、O-糖唾液酸、O-糖和糖化糖的相对含量分别约为25.6%、2.9%、7.9%和3.5%,总糖含量较文献值偏低。与rhTPO原研药相比,仿制药糖基化糖相对含量基本一致,糖化糖含量有差异。rhTPO糖化糖研究未见文献报道,其差异是不同厂家rhTPO之间差异的重要因素,主要由发酵工艺差异导致。

关键词：重组人血小板生成素(rhTPO) 基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 准内标法糖含量糖化

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肝癌细胞系Hep3B的泛素化蛋白质组学

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生物工程学报 2016年第10期32卷 1443-1454页

作者：齐英姿邓晨苏纳张令强徐平军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

泛素化修饰是细胞内最重要的翻译后修饰形式之一,对细胞内蛋白质的稳定、降解、定位以及生物活性的调节起到重要作用。但因其在细胞内丰度低、降解周期短等特点而很难被检测。本研究中,制备的泛素结合结构域蛋白(Ubiquitin-binding doma... 详细信息

泛素化修饰是细胞内最重要的翻译后修饰形式之一,对细胞内蛋白质的稳定、降解、定位以及生物活性的调节起到重要作用。但因其在细胞内丰度低、降解周期短等特点而很难被检测。本研究中,制备的泛素结合结构域蛋白(Ubiquitin-binding domains,UBDs)用于富集肝癌细胞系Hep3B中的泛素化蛋白,并通过液相色谱-串联质谱联用的方法对富集的泛素化蛋白进行鉴定。实验共鉴定到1 900个潜在的泛素化蛋白和158个泛素化位点,这些被鉴定到的泛素化位点分属于102个蛋白。生物信息学分析发现泛素化蛋白显著富集的相关通路与肿瘤的发生发展密切相关,此结果暗示肿瘤细胞内泛素化-蛋白酶体的失调与肿瘤细胞的信号传导及细胞外基质的变化等具有较高的关联性。

关键词： Hep3B 蛋白质组学泛素化 ThUBDs

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目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展

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生物化学与生物物理进展 2016年第7期43卷 661-672页

作者：冯晓东马洁常乘白明泽朱云平舒坤贤重庆邮电大学生物信息学研究所重庆400065 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京102206

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的... 详细信息

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法.本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望.

关键词：串联质谱蛋白质鉴定目标-诱饵质量控制

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KRAB型锌指蛋白的进化及在物种演化中的功能

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遗传 2016年第11期38卷 971-978页

作者：王进龙王建田春艳军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心(北京)国家蛋白质组学重点实验室蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

C2H2型锌指蛋白家族是目前发现的哺乳动物中最大的转录/转录调控因子家族,由一小群古老的含有真核锌指结构的转录因子经过多次基因复制和功能分化演化而来。KRAB型锌指蛋白(*** zinc finger proteins,KRAB-ZFPs)作为C2H2型锌指蛋白家族... 详细信息

C2H2型锌指蛋白家族是目前发现的哺乳动物中最大的转录/转录调控因子家族,由一小群古老的含有真核锌指结构的转录因子经过多次基因复制和功能分化演化而来。KRAB型锌指蛋白(*** zinc finger proteins,KRAB-ZFPs)作为C2H2型锌指蛋白家族中最大的亚家族,最早出现在四足脊椎动物,并随物种的进化数量快速增长,在人类中占据C2H2型锌指蛋白的60%左右。在物种演化中,进化压力主要改变KRAB-ZFPs的DNA结合能力,而KRAB-ZFPs介导的转录抑制能力则稳定存在。同时,多种KRAB-ZFPs能够与KRAB相关蛋白1(KRAB-associated protein 1,KAP1)协同作用沉默哺乳动物中反转录元件的活性,并与之协同进化,严格限制反转录原件的跳跃能力。本文综述了KRAB-ZFPs的数量倍增、锌指结构的灵活多变、KRAB-ZFPs/KAP1的转录抑制能力和反转录元件的跳跃性在促进哺乳动物调控网络的差异、基因组稳定性的变化和物种进化中的作用,旨在进一步揭示KRAB-ZFPs在推动物种稳定演化中的特点和功能。

关键词： KRAB 锌指 KRAB-ZFPs 进化 KAP1 转座子

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蛋白质水解酶和样品预处理优化技术在蛋白质组学研究中的应用

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生物工程学报 2016年第3期32卷 306-316页

作者：吴飞林赵明治张瑶熊智徐平西南林业大学生命科学学院云南昆明650224 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 中国科学院微生物研究所北京100101

蛋白质组学是全景式鉴定、定量蛋白质,并研究蛋白质功能的学科。基于高分辨质谱的鸟枪法蛋白组学研究技术首先利用不同的位点特异性蛋白酶对复杂蛋白质样品进行酶解,进而利用质谱获得蛋白质相关的定性和定量信息。为了获得高质量的质谱... 详细信息

蛋白质组学是全景式鉴定、定量蛋白质,并研究蛋白质功能的学科。基于高分辨质谱的鸟枪法蛋白组学研究技术首先利用不同的位点特异性蛋白酶对复杂蛋白质样品进行酶解,进而利用质谱获得蛋白质相关的定性和定量信息。为了获得高质量的质谱信息,前期的样品处理和质谱数据采集同样重要。本文对蛋白组学中常用的Trypsin、Lys-C、Glu-C等位点特异性蛋白酶的酶切特点进行了总结,并综述了目前常用的几种酶切组合策略和样本预处理技术在提高蛋白质组学研究效率中的作用。

关键词：蛋白质组学蛋白质水解酶多种酶组合技术过滤器辅助样品制备技术

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蛋白质N末端组学研究进展

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生物工程学报 2016年第8期32卷 1001-1009页

作者：王志强张瑶洪学传徐平武汉大学药学院组合生物合成与新药发现教育部重点实验室湖北武汉430072 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 中国科学院微生物研究所北京100101

蛋白质的N末端作为合成的起始,其氨基酸序列组成及翻译后修饰直接影响着蛋白质的活性、稳定性和细胞内定位,调控着细胞内的信号转导,甚至决定了这些蛋白质的命运。对蛋白质N末端组学的系统研究不仅可以揭示N末端区域对整个蛋白质的重要... 详细信息

蛋白质的N末端作为合成的起始,其氨基酸序列组成及翻译后修饰直接影响着蛋白质的活性、稳定性和细胞内定位,调控着细胞内的信号转导,甚至决定了这些蛋白质的命运。对蛋白质N末端组学的系统研究不仅可以揭示N末端区域对整个蛋白质的重要作用,有助于我们深入地了解蛋白质在各种生命活动中所扮演的角色,同时在实现蛋白质组高覆盖、基因组重注释等方面也有着重要的价值。本文结合我们的现有工作,综述了近年来蛋白质N末端组学的研究进展,尤其是一些重要的基于质谱的N末端富集技术和方法。

关键词：蛋白质组学蛋白质N末端质谱富集

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CDC42在HBx介导肝细胞恶性转化中作用的定量蛋白质组学研究

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军事医学 2016年第9期40卷 697-702页

作者：徐永茹齐英姿徐平李湘萍徐锋广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室南宁530005 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

目的寻找在乙肝病毒X蛋白(HBx)诱发肝细胞恶性转化过程中CDC42信号通路发挥作用的介导因子。方法利用基于质量亏损的准等重二甲基标记(p IDL)的定量蛋白质组学方法,检测CDC42基因敲除前后HBx转基因细胞蛋白质组的差异。筛选差异蛋白并... 详细信息

目的寻找在乙肝病毒X蛋白(HBx)诱发肝细胞恶性转化过程中CDC42信号通路发挥作用的介导因子。方法利用基于质量亏损的准等重二甲基标记(p IDL)的定量蛋白质组学方法,检测CDC42基因敲除前后HBx转基因细胞蛋白质组的差异。筛选差异蛋白并对差异蛋白进行基因本体(gene ontology,GO)功能分析。结果与结论共定量到3409个蛋白,筛选出220个差异蛋白,通过GO分析发现与细胞骨架组织相关的palladin、成蛋白样亚家族1(formin-like 1,FMNL1)和角蛋白-19均发生显著下调。该研究为CDC42在HBx介导Huh7细胞恶性转化的机制研究提供了候选基因和蛋白。

关键词：定量蛋白质组学细胞骨架肝细胞癌 CDC42 基因缺失

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