检索结果-内蒙古大学图书馆

军事医学 2016年第4期40卷 299-303页

作者：梅兴沙王建郑惠珍田春艳广东医学院广东湛江524000 军事医学科学院放射与辐射医学研究所、蛋白质组学国家重点实验室、国家蛋白质科学研究中心(北京) 北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

目的利用CRISPR/Cas9慢病毒系统在人结肠癌细胞(HCT116细胞)中建立稳定及永久性Apak敲除细胞系,检测Apak敲除后细胞部分生物学活性、p53活性和凋亡水平的变化。方法构建lenti CRISPR v2-sgRNA Apak敲除质粒,进行慢病毒包装,感染HCT116细... 详细信息

目的利用CRISPR/Cas9慢病毒系统在人结肠癌细胞(HCT116细胞)中建立稳定及永久性Apak敲除细胞系,检测Apak敲除后细胞部分生物学活性、p53活性和凋亡水平的变化。方法构建lenti CRISPR v2-sgRNA Apak敲除质粒,进行慢病毒包装,感染HCT116细胞,嘌罗霉素筛选出阳性克隆。通过蛋白质免疫印迹检测Apak蛋白水平,筛选得到Apak稳定敲除细胞系。分别通过报告基因实验、流式细胞术和克隆形成实验测定Apak稳定敲除细胞系中p53活性、细胞凋亡率和克隆形成能力。结果通过测序证明lenti CRISPR v2-sgRNA Apak敲除质粒正确,蛋白质免疫印迹证实Apak敲除细胞系中Apak表达缺失。在Apak敲除细胞系中p53的转录活性增强,Apak敲除细胞凋亡增加、克隆形成能力降低。结论获得Apak稳定敲除细胞系,便于后期Apak功能的研究。

关键词：慢病毒属 Apak CRISPR/Cas9 敲除基因,p53 质粒凋亡克隆形成

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CDC42与癌症

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军事医学 2016年第3期40卷 256-260页

作者：徐永茹徐平徐锋李湘萍广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室南宁530005 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

细胞分裂周期蛋白42(cell division cycle 42,CDC42)是Rho蛋白鸟苷三磷酸酶(guanosine triphosphatase,GTPase)家族成员之一,在细胞增殖、迁移、转化等过程发挥重要作用。与大多数GTPase一样,CDC42的活性受到鸟嘌呤核苷酸转换因子(guani... 详细信息

细胞分裂周期蛋白42(cell division cycle 42,CDC42)是Rho蛋白鸟苷三磷酸酶(guanosine triphosphatase,GTPase)家族成员之一,在细胞增殖、迁移、转化等过程发挥重要作用。与大多数GTPase一样,CDC42的活性受到鸟嘌呤核苷酸转换因子(guanine nucleotide exchange factors,GEF)、GTP酶激活蛋白(GTPase activating proteins,GAP)和鸟苷酸解离抑制因子(guanine nucleotide-dissociation inhibitors,GDI)的调控。目前研究表明,CDC42在大多数人癌症组织中表达异常,对癌症的发生发展具有复杂而重要的调控作用。该文就CDC42自身活性变化、CDC42调节因子的变化及其下游效应因子的变化在癌症中的作用进行综述,旨在深入理解CDC42在人类癌症中的作用机制。

关键词： CDC42 癌症细胞恶性转化肿瘤

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基于质谱的定量蛋白质组学策略和方法研究进展

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中国科学：生命科学 2015年第5期45卷 425-438页

作者：常乘朱云平军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京100850 国家蛋白质科学中心(北京) 北京102206

定量蛋白质组学已经成为组学领域研究的热点之一.相关实验技术和计算方法的不断创新极大地促进了定量蛋白质组学的飞速发展.常用的定量蛋白质组学策略按照是否需要稳定同位素标记可以分为无标定量和有标定量两大类.每类策略又产生了众... 详细信息

定量蛋白质组学已经成为组学领域研究的热点之一.相关实验技术和计算方法的不断创新极大地促进了定量蛋白质组学的飞速发展.常用的定量蛋白质组学策略按照是否需要稳定同位素标记可以分为无标定量和有标定量两大类.每类策略又产生了众多定量方法和工具,它们一方面推动了定量蛋白质组学的深入发展;另一方面,也在实验策略与技术的发展过程中不断更新.因此对这些定量实验策略和方法进行系统总结和归纳将有助于定量蛋白质组学的研究.本文主要从方法学角度全面归纳了目前定量蛋白质组学研究的相关策略和算法,详述了无标定量和有标定量的具体算法流程并比较了各自特点,还对以研究蛋白质绝对丰度为目标的绝对定量算法进行了总结,列举了常用的定量软件和工具,最后概述了定量结果的质量控制方法,对定量蛋白质组学方法发展的前景进行了展望.

关键词：质谱定量蛋白质组学定量算法无标定量有标定量绝对定量

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炎症小体的研究进展概述

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生命的化学 2015年第5期35卷 622-626页

作者：张跃辉贺福初田春艳王建军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

炎症小体(inflammasome)是一种多蛋白质复合物,它的组装可以导致Caspase-1的激活,并促进炎性细胞因子白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)和白介素-18(interleukin-18,IL-18)的成熟与释放;同时,激活的Caspase-1还可以引发细胞焦亡(pyroptosis)。炎症小体在应答病原体相关分子模式(pathogenassociated molecular pattern,PAMP)或者危险相关分子模式(danger-associated molecular pattern,DAMP)的刺激中扮演着重要角色。炎症小体的异常会导致多种自发炎症及自身免疫性疾病的发生,但是关于其调控活化机制仍有诸多不明,相关研究有待进一步深入。

关键词：炎症小体炎症细胞焦亡病原体相关分子模式危险相关分子模式

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苦参碱抑制游离脂肪酸诱导小鼠肝实质细胞脂肪变性

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肝脏 2015年第5期20卷 352-355页

作者：赵娜王赫徐会王钧毅齐杜宁杨俊涛兰州大学基础医学院 730030 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京) 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心

目的探讨苦参碱对游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法Ⅳ型胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并进行体外培养。实验分对照组(CG),高脂组(FG)及苦参碱组(MG)。通过体外测定细胞内三酰甘油... 详细信息

目的探讨苦参碱对游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法Ⅳ型胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并进行体外培养。实验分对照组(CG),高脂组(FG)及苦参碱组(MG)。通过体外测定细胞内三酰甘油的含量。用油红染色的方法观察肝实质细胞的脂肪样变性。Western印迹检测细胞内MAPK相关信号通路磷酸化的变化。实时定量PCR检测细胞中与脂肪化密切相关的miR-122的表达和相关靶基因的表达改变。结果与高脂组比较,苦参碱组肝实质细胞内三酰甘油含量显著降低,脂肪颗粒明显减少,脂肪变性得到改善,表明苦参碱能够抑制FFAs诱导的JNK、p38通路磷酸化。Q-PCR结果表明苦参碱能促进肝实质细胞内miR-122的表达,并降低脂肪化相关基因Fas、Acc1的表达。结论苦参碱能显著改善高脂诱发的肝细胞脂肪样变性,并抑制JNK、P38通路磷酸化,其机制可能同miR-122通路相关。

关键词：苦参碱游离脂肪酸肝实质细胞脂肪变性 MAPK通路 miR-122通路

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小蘖碱抑制游离脂肪酸诱导小鼠肝实质细胞脂肪变性

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现代生物医学进展 2015年第1期15卷 14-17,32页

作者：赵娜徐会王赫王钧毅齐社宁杨俊涛兰州大学基础医学院甘肃兰州730030 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京) 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

目的:探讨小蘖碱(Berberine)对游离脂肪酸(free fatty acids,FFAs)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法:胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并体外培养。分对照组,高脂组,高脂加小蘖碱处理组。体外测定细胞内甘油三酯的含量... 详细信息

目的:探讨小蘖碱(Berberine)对游离脂肪酸(free fatty acids,FFAs)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法:胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并体外培养。分对照组,高脂组,高脂加小蘖碱处理组。体外测定细胞内甘油三酯的含量。利用油红染色观察细胞的脂肪样变性。通过Western印迹法检测肝实质细胞内MAPK相关信号通路磷酸化的变化。实时定量PCR检测肝实质细胞中与脂肪化密切相关的mi R-122的表达和相关靶基因的表达改变。结果:与高脂组比较,小蘖碱处理组肝实质细胞内甘油三酯含量降低,脂肪颗粒减少,脂肪变性明显改善,并具有明显的剂量效应,小蘖碱能够抑制FFAs诱导的JNK通路磷酸化。Q-PCR结果表明小蘖碱能够促进肝实质细胞内mi R-122的表达,并降低脂肪化相关基因Dgat2的表达。结论:小蘖碱能够显著改善高脂诱发的肝脂肪变性,抑制JNK通路磷酸化,其机制可能同mi R-122通路相关。

关键词：小蘖碱游离脂肪酸肝实质细胞脂肪变性

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原核生物蛋白质基因组学研究进展

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生物工程学报 2014年第7期30卷 1026-1035页

作者：张成普徐平朱云平军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

随着基因组测序技术的不断发展,大量微生物基因组序列可以在短时间内得以准确鉴定。为了进一步探究基因组的结构与功能,基于序列特征与同源特征的基因组注释算法广泛应用于新测序物种。然而受基因组测序质量以及算法本身准确性偏低等问... 详细信息

随着基因组测序技术的不断发展,大量微生物基因组序列可以在短时间内得以准确鉴定。为了进一步探究基因组的结构与功能,基于序列特征与同源特征的基因组注释算法广泛应用于新测序物种。然而受基因组测序质量以及算法本身准确性偏低等问题的影响,现有的基因组注释存在着相当比例的假基因以及注释错误,尤其是蛋白质N端的注释错误。为了弥补基因组注释的不足,以基因芯片或RNA-seq为核心的转录组测序技术和以串联质谱为核心的蛋白质组测序技术可以高通量地对基因的转录和翻译产物进行精确测定,进而实现预测基因结构的实验验证。然而,原核生物细胞中存在的大量非编码RNA给转录组测序技术引入了污染数据,限制了其对基因组注释的应用。相对而言,以串联质谱技术为核心的蛋白质组学测序可以在短时间内鉴定到生物体内大量的蛋白质,实现注释基因的验证甚至校准。已成为基因组注释和重注释的重要依据,并因而衍生了"蛋白质基因组学"的新研究方向。文中首先介绍传统的基于序列预测和同源比对的基因组注释算法,指出其中存在的不足。在此基础上,结合转录组学与蛋白质组学的技术特点,分析蛋白质组学对于原核生物基因组注释的优势,总结现阶段大规模蛋白质基因组学研究的进展情况。最后从信息学角度指出当前蛋白质组数据进行基因组重注释存在的问题与相应的解决方案,进而探讨未来蛋白质基因组学的发展方向。

关键词：蛋白质基因组学原核生物基因组注释质谱

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Meta-analysis在多种组学领域的应用

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生物工程学报 2014年第7期30卷 1094-1104页

作者：韩明飞朱云平军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

Meta-analysis作为一种整合多特征、多数据的统计方法,上世纪90年代被引入生命科学领域。随着高通量测序技术的快速发展,以基因组学、转录组学和蛋白质组学为核心的生命组学逐渐成为生命科学研究的新热点。海量数据的快速产出推动了组... 详细信息

Meta-analysis作为一种整合多特征、多数据的统计方法,上世纪90年代被引入生命科学领域。随着高通量测序技术的快速发展,以基因组学、转录组学和蛋白质组学为核心的生命组学逐渐成为生命科学研究的新热点。海量数据的快速产出推动了组学研究的发展,也引发了数据规模过大、难以系统整合等问题。针对上述情况,meta-analysis被广泛地应用于分析各组学数据,方法也不断得到改进。本文系统总结了有代表性的meta-analysis方法,考察了目前meta-analysis在多个组学领域的应用现状,最后讨论了meta-analysis尚待解决的问题并展望未来的发展方向。

关键词： meta-analysis 基因组学转录组学蛋白质组学

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中国蛋白质组学研究进展——以人类肝脏蛋白质组计划和蛋白质组学技术发展为主题

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中国科学：生命科学 2014年第12期44卷 1099-1112页

作者：李衍常李宁徐忠伟翟琳辉樊锋旭常乘张成普郑俊杰徐平贺福初中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 安徽医科大学研究生学院合肥230032

蛋白质组学是对细胞或生物体全部蛋白质的系统鉴定、定量并阐释其生物学功能的学科.自21世纪初期开始,随着高精度、高灵敏度和快速扫描质谱仪的出现和快速发展以及微量蛋白质组样品高效分离技术的进步,蛋白质组学获得了快速发展,并在生... 详细信息

蛋白质组学是对细胞或生物体全部蛋白质的系统鉴定、定量并阐释其生物学功能的学科.自21世纪初期开始,随着高精度、高灵敏度和快速扫描质谱仪的出现和快速发展以及微量蛋白质组样品高效分离技术的进步,蛋白质组学获得了快速发展,并在生理过程与病理机制研究等几乎所有生命科学研究领域得到了广泛的应用.过去10年,中国蛋白质组学研究在政府的支持和广大蛋白质组学研究人员的努力下呈现出腾飞式的发展态势.本文综述了人类肝脏蛋白质组计划和2010-2013年中国蛋白质组学技术的发展.

关键词：蛋白质组学人类肝脏蛋白质组计划蛋白质相互作用蛋白质翻译后修饰生物信息学

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蛋白质组学在去泛素化酶研究中的应用

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生物工程学报 2014年第9期30卷 1341-1350页

作者：李衍常高媛徐忠伟兰秋艳徐平军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 武汉大学药学院组合生物合成与新药发现教育部重点实验室湖北武汉430072

泛素-蛋白酶体系统是细胞内蛋白质特异性降解的主要途径,参与并调控细胞周期、免疫应答、信号传递和DNA修复等真核生物体内几乎所有的生命活动。去泛素酶的存在使泛素化修饰成为可逆过程,保证了泛素系统及其相关生理过程的动态平衡,其... 详细信息

泛素-蛋白酶体系统是细胞内蛋白质特异性降解的主要途径,参与并调控细胞周期、免疫应答、信号传递和DNA修复等真核生物体内几乎所有的生命活动。去泛素酶的存在使泛素化修饰成为可逆过程,保证了泛素系统及其相关生理过程的动态平衡,其表达紊乱也是诱发多种疾病的主要原因。对去泛素化酶进行系统、全面的研究是理解其作用机制并将其作为治疗药物靶点的前提。蛋白质组学技术的快速发展为系统深入研究去泛素化酶提供了条件,特别是在去泛素化酶的相互作用网络和底物特异性研究等方面发挥了独特的作用。因此,文中结合课题组研究工作,对去泛素化酶的分类及功能进行介绍并总结了蛋白质组学在去泛素化酶研究中的应用进展。

关键词：泛素-蛋白酶体系统去泛素化酶蛋白质组学蛋白质相互作用质谱

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