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遗传 2014年第1期36卷 2-10页

作者：宋庆峰张红星马亦龙周钢桥广西医科大学附属肿瘤医院介入治疗科南宁530021 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组学研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 国家蛋白质科学中心(北京) 北京102206

以单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)为遗传标记,采用全基因组关联研究(Genome-wide association studies,GWAS)的策略,已经在660多种疾病(或性状)中发现了3800多个遗传易感基因区域。但是,其中最显著关联的遗传变异... 详细信息

以单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)为遗传标记,采用全基因组关联研究(Genome-wide association studies,GWAS)的策略,已经在660多种疾病(或性状)中发现了3800多个遗传易感基因区域。但是,其中最显著关联的遗传变异或致病性的遗传变异位点及其生物学功能并不完全清楚。这些位点的鉴定有助于阐明复杂疾病的生物学机制,以及发现新的疾病标记物。后GWAS时代的主要任务之一就是通过精细定位研究找到复杂疾病易感基因区域内最显著关联的易感位点或致病性的易感位点并阐明其生物学功能。针对常见变异,可通过推断或重测序增加SNP密度,寻找最显著关联的SNP位点,并通过功能元件分析、表达数量性状位点(Expression quantitative trait locus,eQTL)分析和单体型分析等方法寻找功能性的SNP位点和易感基因。针对罕见变异,则可采用重测序、罕见单体型分析、家系分析和负荷检验等方法进行精细定位。文章对这些策略和所面临的问题进行了综述。

关键词：全基因组关联研究精细定位遗传易感性单核苷酸多态性

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微RNA与非酒精性脂肪性肝病

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中华肝脏病杂志 2014年第6期22卷 -页

作者：徐会王赫周福祥杨俊涛 430071 武汉大学中南医院放化疗科湖北省肿瘤医学临床研究中心湖北省肿瘤生物学行为重点实验室北京蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心

关键词：微RNAs 脂肪肝炎症脂质合成脂质分解

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放线菌蛋白质组学研究进展

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生物工程学报 2014年第7期30卷 1044-1058页

作者：张瑶徐平李文均陶勇中国科学院微生物研究所北京100101 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 云南大学云南省微生物研究所西南微生物多样性教育部重点实验室云南昆明650091

蛋白质是生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,蛋白质组学旨在阐明生物体全部或部分蛋白质在生命活动中的作用和功能。随着组学理论基础和技术方法的逐渐成熟,蛋白质组学的研究被提高到了前所未有的高度。放线菌与人类的生产和生... 详细信息

蛋白质是生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,蛋白质组学旨在阐明生物体全部或部分蛋白质在生命活动中的作用和功能。随着组学理论基础和技术方法的逐渐成熟,蛋白质组学的研究被提高到了前所未有的高度。放线菌与人类的生产和生活关系极为紧密,是产生抗生素和酶制剂的主要来源。近130多年的放线菌系统学研究和2001年模式菌株的全基因组测序,为功能基因组研究奠定了基础。与先前的基因组学和转录组学相比,放线菌蛋白质组学能更直接、更准确地解释生命现象,得到了快速发展,并受到研究者的高度关注。近年来放线菌蛋白质组学的研究主要包括复杂形态分化和发育过程、非凡的环境适应能力、与植物共生固氮、代谢机理及特殊功能、病原放线菌致病性和筛查天然产物等几个方向,为进一步促进放线菌蛋白质组学发展奠定了基础。

关键词：放线菌蛋白质组学双向电泳质谱机理

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一个中国遗传性血色病家系致病基因的突变分析

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遗传 2014年第11期36卷 1152-1158页

作者：李元丰张红星张海涛彭晓波白丽丽贺福初邱泽武周钢桥中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 国家蛋白质科学中心(北京) 北京102206 中国人民解放军第三〇七医院中毒救治科北京100071

遗传性血色病(Hereditary hemochromatosis,HHC)是一种罕见的常染色体隐性遗传病。本课题组招募了一个HHC的近亲婚配家系,包括一名患HHC的先证者以及同一代的4名不患HHC的成员。通过对该HHC先证者进行全外显子组测序,在目前已知的与遗... 详细信息

遗传性血色病(Hereditary hemochromatosis,HHC)是一种罕见的常染色体隐性遗传病。本课题组招募了一个HHC的近亲婚配家系,包括一名患HHC的先证者以及同一代的4名不患HHC的成员。通过对该HHC先证者进行全外显子组测序,在目前已知的与遗传性血色病相关的5个基因(HAMP、HJV、TFR2、FPN和HFE)中,发现在铁调素调节蛋白(Hemojuvelin,HJV)的编码基因HJV上存在两个纯合突变(c.G18C和***962_963AA)。其中,前者能够引起HJV蛋白发生p.Q6H的改变,但该突变的危害性较小,可能与血色病的发病无关;后者能够引起HJV蛋白发生p.C321X的改变,从而翻译出缺失糖基磷脂肌醇锚定结构域的截短型HJV蛋白。除了HJV基因上的纯合突变外,该先证者还携带了其他12个纯合突变,但这些突变的危害性均不强且其所在基因的功能与铁代谢无关。本实验室内部测序数据显示,在一般中国人群中不存在p.C321X突变,提示HJV基因上的p.C321X纯合突变可能是该HHC患者的致病性突变。与此相一致的是,4名不患HHC的家系成员中该位点为野生型纯合子或杂合子,均非p.C321X纯合子。文章首次报道了HJV p.C321X纯合突变可导致HHC,该结果将有助于遗传性血色病的基因诊断和产前咨询。

关键词：遗传性血色病 HJV基因全外显子组测序

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大规模酵母双杂交技术的发展及其在蛋白质相互作用组学中的应用

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生命科学 2014年第4期26卷 423-429页

作者：刘禹辰贺福初王建军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室蛋白质药物国家工程研究中心

酵母双杂交技术作为研究蛋白质相互作用的主要方法,在规模化蛋白质相互作用研究中占据举足轻重的地位。虽然蛋白质相互作用的数据逐年递增,但是还远不能满足"大数据"的实际需求。为了使蛋白质相互作用组学研究更加高效、快捷... 详细信息

酵母双杂交技术作为研究蛋白质相互作用的主要方法,在规模化蛋白质相互作用研究中占据举足轻重的地位。虽然蛋白质相互作用的数据逐年递增,但是还远不能满足"大数据"的实际需求。为了使蛋白质相互作用组学研究更加高效、快捷、准确,以及使酵母双杂交适用于全基因组规模筛选和蛋白质相互作用数据高度覆盖的研究需求,近年来对酵母双杂交技术进行了一系列的改进和发展。综述了近年来在规模化蛋白质相互作用组学研究中,酵母双杂交技术的最新改进和发展。

关键词：大规模酵母双杂交蛋白质相互作用组学

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游离脂肪酸抑制TRAIL诱导的活化肝星状细胞凋亡

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肝脏 2014年第2期19卷 104-107页

作者：胡彬王赫徐会王钧毅赵娜杨俊涛蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

目的鉴定游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)对肝星状细胞(HSC)凋亡的影响。方法体外培养活化人HSC LX-2,加入FFA处理后,TRAIL诱导凋亡,通过流式细胞术检测细胞凋亡情况。通过caspase-3活性检测试剂盒检测细胞内caspase-3的活化情况,通过... 详细信息

目的鉴定游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)对肝星状细胞(HSC)凋亡的影响。方法体外培养活化人HSC LX-2,加入FFA处理后,TRAIL诱导凋亡,通过流式细胞术检测细胞凋亡情况。通过caspase-3活性检测试剂盒检测细胞内caspase-3的活化情况,通过Q-PCR检测细胞内凋亡相关基因的表达情况。结果 FFA能够抑制TRAIL诱导的活化LX-2细胞凋亡,降低细胞内caspase-3的活性,Q-PCR的分析表明,FFA能够影响细胞内凋亡相关基因BAX的表达,下调死亡受体TRAIL-R2和FAS的表达。结论体外FFA处理,能够抑制活化HSC的凋亡。

关键词：游离脂肪酸肝星形细胞肝纤维化

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高脂培养抑制LPS诱导的HSC-T6细胞活化

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现代生物医学进展 2014年第8期14卷 1420-1422页

作者：胡彬王赫晏贤春蒋芳王清明杨俊涛中南大学生物科学与技术学院湖南长沙410013 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

目的:鉴定高脂培养对肝星形细胞活化的影响。方法:培养HSC-T6细胞系,加入含有游离脂肪酸的高脂培养基处理,利用LPS处理活化,通过检测α-SMA的表达分析星形细胞的活化程度,通过Q-PCR分析HSCs细胞胶原的表达,通过Q-PCR实验分析LPS相关通... 详细信息

目的:鉴定高脂培养对肝星形细胞活化的影响。方法:培养HSC-T6细胞系,加入含有游离脂肪酸的高脂培养基处理,利用LPS处理活化,通过检测α-SMA的表达分析星形细胞的活化程度,通过Q-PCR分析HSCs细胞胶原的表达,通过Q-PCR实验分析LPS相关通路靶基因表达情况情况。结果:高脂培养能够抑制LPS诱导的HSC-T6细胞增殖,降低HSC-T6细胞α-SMA和胶原I和TIMP-1表达的水平,Q-PCR的分析表明,高脂培养能够抑制HSCs活化后的NF-κB通路下游靶基因MCP-1和IL-6的表达。结论:在体外培养实验中,高脂培养能够抑制LPS诱导的HSC-T6细胞活化。

关键词：游离脂肪酸肝星形细胞 LPS 肝纤维化

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DNMT1基因多态性与HBV感染慢性化的关联研究

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安徽医科大学学报 2013年第9期48卷 1079-1082页

作者：任倩张红星周钢桥安徽医科大学研究生院合肥230032 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组学研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 蛋白质药物国家工程研究中心北京102206 国家蛋白质科学中心(北京) 北京102206

目的探讨中国广西汉族人群中DNMT1多态性与乙型肝炎病毒(HBV)感染慢性化易感性的相关性。方法在广西分别收集1 010例HBV感染慢性化患者(病例组)和1 032例自限恢复者(对照组),应用Sequenom MassArray质谱阵列技术对DNMT1基因的单核苷酸... 详细信息

目的探讨中国广西汉族人群中DNMT1多态性与乙型肝炎病毒(HBV)感染慢性化易感性的相关性。方法在广西分别收集1 010例HBV感染慢性化患者(病例组)和1 032例自限恢复者(对照组),应用Sequenom MassArray质谱阵列技术对DNMT1基因的单核苷酸多态性位点rs4804490进行基因分型,用Logistic回归分析计算OR和95%CI,并校正性别和年龄。结果 rs4804490与HBV感染慢性化易感性无显著相关性(OR=1.13,95%CI=0.95～1.36,P=0.16)。对人群进行性别、年龄分层分析仍未发现显著相关性。结论 DNMT1基因单核苷酸多态性位点rs4804490可能与中国广西汉族人群HBV感染慢性化的易感性无关。

关键词： DNMT1基因 HBV感染慢性化单核苷酸多态性遗传易感性

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大规模蛋白质相互作用组实验技术及其应用

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生命的化学 2013年第5期33卷 497-502页

作者：商立民贺福初王建军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室蛋白质药物国家工程研究中心北京102206

大规模蛋白质相互作用研究的主要实验技术包括酵母双杂交技术、串联亲和纯化技术和蛋白质芯片技术,随着这些技术的不断发展和完善,科学家们在模式生物、哺乳动物、病原微生物中展开了大规模的蛋白质相互作用组研究,并进行了药物研发方... 详细信息

大规模蛋白质相互作用研究的主要实验技术包括酵母双杂交技术、串联亲和纯化技术和蛋白质芯片技术,随着这些技术的不断发展和完善,科学家们在模式生物、哺乳动物、病原微生物中展开了大规模的蛋白质相互作用组研究,并进行了药物研发方面的研究,绘制了多种生物的蛋白质相互作用连锁图,揭示了多种蛋白质的新功能,为全面研究蛋白质(群)的分子作用机制、药物研发和疾病的临床预防与治疗等提供了崭新的线索。

关键词：大规模蛋白质相互作用实验技术连锁图

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游离脂肪酸诱导小鼠肝实质细胞体外脂肪化并加速细胞凋亡

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肝脏 2013年第5期18卷 306-309页

作者：晏贤春胡彬王赫杨俊涛第四军医大学遗传与发育教研室西安710032 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质药物国家工程研究中心

目的建立小鼠非酒精性脂肪肝病(Non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)体外细胞模型,为进一步体外药物高通量的筛选以及深入探讨NAFLD发生发展的分子机制奠定基础。方法胶原酶灌注分离并培养小鼠原代肝实质细胞,随后给予不同浓度的... 详细信息

目的建立小鼠非酒精性脂肪肝病(Non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)体外细胞模型,为进一步体外药物高通量的筛选以及深入探讨NAFLD发生发展的分子机制奠定基础。方法胶原酶灌注分离并培养小鼠原代肝实质细胞,随后给予不同浓度的游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)刺激,进行油红染色以及三酰甘油测定;通过MTS法以及流式细胞术分析游离脂肪酸对肝实质细胞增殖以及细胞凋亡的影响,使用Western印迹法检测肝实质细胞内的MAPK相关信号通路的变化,实时定量PCR检测细胞中bim与fas的表达。结果肝实质细胞内的脂质累积程度随加入的FFA浓度上升而呈明显增加(P<0.05);肝实质细胞的细胞增殖受到明显抑制,细胞凋亡明显增加,肝实质细胞内JNK信号通路随刺激时间延长强度增加,ERK信号通路随刺激时间延长强度减弱,细胞内bim和fas的表达量上升。结论成功建立了非酒精性脂肪肝病的体外细胞模型,能够很好地模拟体内肝实质细胞内脂肪累积以及细胞凋亡现象。

关键词：非酒精性脂肪性肝病体外模型肝实质细胞

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