检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：张养军颜辉钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质学国家重点实验室

O/金属等重标记结合串联质谱蛋目标白质组绝对定量新方法的基本原理:通过金属标记肽段N-末端、O标记肽段C-端实现双重等重标记,使内标肽段与目标肽段在一级质谱分析时质荷比相同,而在串联质谱分析时达到同时分离和碎裂,并可基于内标肽... 详细信息

O/金属等重标记结合串联质谱蛋目标白质组绝对定量新方法的基本原理:通过金属标记肽段N-末端、O标记肽段C-端实现双重等重标记,使内标肽段与目标肽段在一级质谱分析时质荷比相同,而在串联质谱分析时达到同时分离和碎裂,并可基于内标肽段与目标肽段产生的相同质谱相应,但不同质荷比的b、y离子进行定量。实验结果表明选择O+Ho与Tm重等重标记都能对肽段实现高效标记并且7天内保持稳定,满足标记定量要求;两种标记肽段在色谱中保留时间完全一致,保证了在质谱碰撞池中同时碎裂;O+Ho与Tm标记肽段等量混合后,经二级质谱分析碎裂后的b、y离子以相差4Da和1:1信号强度比在质谱谱图中成对出现,说明定量的准确性高;最后选择腾冲嗜热菌全蛋白酶切肽段作为基质,采用多反应监测质谱分析目标肽段的b和y离子,其母子离子对在两个数量级范围内R均为0.999,定量限达到0.7 fmol/μL且RSD<10%,相对误差小于10%,表明该方法可以准确地用于目标蛋白质组的绝对定量分析。

关键词： 18O标记金属标记等重标记串联质谱白质组绝对定量

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基于电迁移的蛋白质制备技术和方法新进展

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色谱 2015年第12期33卷 1226-1233页

作者：郝斐然付斌张养军钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

基于电迁移的蛋白质制备技术是对一类分离和制备技术的统称,其特征是在电场的作用下对目标物质进行分离和纯化制备,这种技术在生物大分子和蛋白质组的研究中应用广泛。基于电迁移的制备技术主要包括制备型电泳、制备型电色谱、制备型等... 详细信息

基于电迁移的蛋白质制备技术是对一类分离和制备技术的统称,其特征是在电场的作用下对目标物质进行分离和纯化制备,这种技术在生物大分子和蛋白质组的研究中应用广泛。基于电迁移的制备技术主要包括制备型电泳、制备型电色谱、制备型等电聚焦和自由流电泳等。本文对每种制备型电迁移装置的设计、特点和基于该种装置的各种应用方法的优缺点进行了详细阐述,并列举了一些实例。另外,微量级制备型电泳因分离度高、回收率高以及高效快速的优点,在微量级生物样本分析中发挥着日益重要的作用,近年来备受关注,本文也着重关注了这方面的进展,并对基于电迁移的制备技术做了展望。

关键词：电迁移制备技术制备型电泳制备型电色谱制备型等电聚焦自由流电泳微量级制备型电泳蛋白质综述

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一种多通道匀浆装填毛细管色谱柱的新装置及应用

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色谱 2015年第11期33卷 1155-1162页

作者：吕雅瑶郝斐然王欢欢付斌钱小红张养军蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

针对目前毛细管色谱柱装柱效率低、不同批次装填的毛细管色谱柱之间性能差异大的问题,我们发展了一种多通道匀浆装填毛细管色谱柱的新装置。该装置以液相色谱泵提供压力、采用磁力搅拌保持匀浆液均匀分散,一次可装填多达6根毛细管色谱... 详细信息

针对目前毛细管色谱柱装柱效率低、不同批次装填的毛细管色谱柱之间性能差异大的问题,我们发展了一种多通道匀浆装填毛细管色谱柱的新装置。该装置以液相色谱泵提供压力、采用磁力搅拌保持匀浆液均匀分散,一次可装填多达6根毛细管色谱柱。以牛血清白蛋白(BSA)的胰蛋白酶酶切肽段混合物为样本,选择峰容量、蛋白覆盖率、3个特定离子的保留时间以及毛细管色谱柱柱压为指标,在毛细管液相色谱-质谱联用系统上对装填的反相毛细管色谱柱的性能进行了评价。分别考察了一次装填的6根毛细管色谱柱、两次装填的12根毛细管色谱柱以及一次装填1根与一次装填6根毛细管色谱柱的性能及稳定性。实验结果表明:同一批次装填的6根毛细管色谱柱的性能相近;不同批次装填的12根毛细管色谱柱的峰容量和覆盖率没有明显的区别,但保留时间和毛细管色谱柱柱压的稳定性较差;一次装填1根和一次装填6根毛细管色谱柱柱性能的稳定性与两次分别装填6根毛细管色谱柱的稳定性相近,即采用本装置可显著提高毛细管色谱柱的装填效率且每次装填毛细管色谱柱的数量不会对柱性能产生影响。

关键词：毛细管液相色谱-质谱联用毛细管色谱柱装柱装置多通道

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HBV 相关肝癌的基因组学研究

HBV 相关肝癌的基因组学研究

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2016遗传学与表观遗传学前沿暨第四届中国青年遗传学家论坛

作者：张红星李元丰周钢桥军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京 100850 蛋白质组学国家重点实验室北京 102206 北京蛋白质组研究中心北京 102206 国家蛋白质科学中心(北京) 北京 102206

为寻找HBV 相关肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的驱动基因,我们对HBV 相关HCC 的癌组织和配对的癌旁组织进行了全外显子组测序或全基因组测序.分析发现,含有突变的基因在轴突导向、钙离子、Wnt 和细胞周期等多个肿瘤相关通... 详细信息

为寻找HBV 相关肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的驱动基因,我们对HBV 相关HCC 的癌组织和配对的癌旁组织进行了全外显子组测序或全基因组测序.分析发现,含有突变的基因在轴突导向、钙离子、Wnt 和细胞周期等多个肿瘤相关通路中富集.通过对总共104 例HBV 相关HCC 进行突变、拷贝数变异和甲基化分析,我们发现TM*和ZNF*分别在52.9％和7.7％的HCC中发生异常改变.TM*突变绝大多数为截短型突变,且与TM*低表达相关.TM*表达降低将会导致RhoA 活性下降,继而引起上皮-间质转化和转移.ZNF*突变能够抑制DUSP 的转录,导致ERK/JNK 的活性增加,进而促进肿瘤发生.临床相关性分析发现,TM*低表达、ZNF*高表达和ZNF*突变与HCC 病人的较差预后相关.我们的研究首次报道了TM*和ZNF*在HBV 相关HCC 中起关键作用.

关键词：肝细胞肝癌深度测序 TM ZNF

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基质辅助激光解析电离质谱和电喷雾质谱共同快速确证达托霉素结构

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分析化学 2015年第1期43卷 63-68页

作者：黄亚娟张拓韩治国孟晓光宋纯艳刘曙晨郑俊杰魏开华北京正旦国际科技有限责任公司北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京) 军事医学科学院放射与辐射医学研究所

运用基质辅助激光解析电离-飞行时间串联质谱(MALDI-TOF/TOF MS)和电喷雾-四级杆-飞行时间质谱(ESI-Q-TOF MS)快速确证环脂肽达托霉素的结构。首先,ESI检测达托霉素相对分子量为1619.7107,与理论值偏差0.0007。选择其双电荷峰m/z 809.84... 详细信息

运用基质辅助激光解析电离-飞行时间串联质谱(MALDI-TOF/TOF MS)和电喷雾-四级杆-飞行时间质谱(ESI-Q-TOF MS)快速确证环脂肽达托霉素的结构。首先,ESI检测达托霉素相对分子量为1619.7107,与理论值偏差0.0007。选择其双电荷峰m/z 809.848作为母离子进行ESI串联质谱(MS/MS)测定,成功匹配了达托霉素环外氨基酸序列C9H19CO-Trp-Asn-Asp。其次,优化Li OH裂解达托霉素的实验条件,以MALDITOF/TOF MS监测开环效果,获得95%以上的开环样本后,分别运用MALDI和ESI进行MS/MS测定,达托霉素开环产物的b+和y+全部被匹配,达托霉素全部氨基酸序列得到确证。最后,对开环产物的ESI-MS/MS条件进一步优化,获得了丰富的低端碎片离子,解析了脂肪酸链结构,并绘制了脂肪酸链的裂解图。本方法快速、简便、准确,是确证环脂肽类化合物结构的可靠方法。

关键词：达托霉素环脂肽串联质谱电喷雾质谱

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酶切型稳定同位素标记肽段为内标用于药物代谢酶的绝对定量分析

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分析化学 2015年第10期43卷 1551-1557页

作者：刘喜东丛宇婷胡良海张养军顾景凯钱小红吉林大学生命科学学院蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所

利用带有酶切位点的稳定同位素标记肽段作内标,采取3种方式处理样品,考察了不同的样品处理过程对实验结果准确性的影响。首先合成不同长度的带有酶切位点的肽段,考察其酶解过程,实验结果表明,胰蛋白酶的活性位点具有一定的选择性,最终... 详细信息

利用带有酶切位点的稳定同位素标记肽段作内标,采取3种方式处理样品,考察了不同的样品处理过程对实验结果准确性的影响。首先合成不同长度的带有酶切位点的肽段,考察其酶解过程,实验结果表明,胰蛋白酶的活性位点具有一定的选择性,最终确定目标肽段两端分别加入3个氨基酸所形成的肽段为内标。分别采用在酶解前加入带酶切位点的稳定同位素标记肽段、不带酶切位点的稳定同位素标记肽段以及在酶解过程后、质谱检测前加入不带酶切位点的稳定同位素标记肽段3种方式处理样品。结果表明,采取第一种方式处理样品的测定结果更接近真实值,相对偏差范围更小,可减小蛋白质绝对定量分析的误差,提高分析结果的重现性。

关键词：稳定同位素标记肽段绝对定量酶切位点药物代谢酶

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基于质谱的甲胎蛋白完整糖肽定量方法研究

基于质谱的甲胎蛋白完整糖肽定量方法研究

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第34届(2016)中国质谱学会学术年会

作者：应万涛王继峰钱小红蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京市昌平区生命园路38号102206

AFP是一种公认的广泛使用的肝癌诊断标志物,但是其特异性并不理想。而带有特定糖型的AFP(AFP-L3)已经被证明可以作为肝癌的肿瘤标志物,用于提高诊断的特异性。本研究通过对良性肝病及肝癌患者血清中AFP的全面的糖型分析,寻找差异表达的... 详细信息

AFP是一种公认的广泛使用的肝癌诊断标志物,但是其特异性并不理想。而带有特定糖型的AFP(AFP-L3)已经被证明可以作为肝癌的肿瘤标志物,用于提高诊断的特异性。本研究通过对良性肝病及肝癌患者血清中AFP的全面的糖型分析,寻找差异表达的特异糖型,并进一步探讨其作为肝癌诊断标志物的可能性。首先通过对脐带血来源AFP的糖肽分析,获得AFP的糖基化修饰类型,共鉴定到糖型16种。采用16种完整糖肽质量数,优化并构建靶向SRM质谱分析方法。采用免疫亲和的方法从肝癌及肝硬化患者的血清中富集AFP,并采用所建立的SRM方法,在糖链和完整糖肽水平分别对其糖型进行定性定量分析。并对与肿瘤相关的特异糖型如唾液酸,核心岩藻糖以及多天线的分布进行了详细的比较分析。结果表明AFP糖链中G3,G6,G13与特定内源非糖肽的比值在肝癌与肝硬化病人血清中差异显著,可以作为新型的区分肝硬化和肝癌的候选糖链标志物。

关键词：质谱选择性反应监测(SRM) 糖基化修饰甲胎蛋白亲和富集

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无序蛋白质的判定及其结构、功能和进化特征

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生物化学与生物物理进展 2015年第1期42卷 16-24页

作者：马冲杨冬姜颖钟儒刚贺福初北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100022 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

固有无序蛋白质(intrinsically disordered proteins,IDPs)是天然条件下自身不能折叠为明确唯一的空间结构,却具有生物学功能的一类新发现的蛋白质.这类蛋白质的发现是对传统的"结构-功能"关系认识模式的挑战.本文首先总结了... 详细信息

固有无序蛋白质(intrinsically disordered proteins,IDPs)是天然条件下自身不能折叠为明确唯一的空间结构,却具有生物学功能的一类新发现的蛋白质.这类蛋白质的发现是对传统的"结构-功能"关系认识模式的挑战.本文首先总结了无序蛋白质的实验鉴定手段、预测方法、数据库;并介绍了无序蛋白质结构(包括一级结构、二级结构、结构域无序性及变构效应)和功能特征;然后重点总结了无序蛋白质在进化角度研究的进展,包括无序区域产生的进化机制、进化速率,蛋白无序性的进化在蛋白质功能进化及生物学复杂性增加等方面的重要作用;最后展望了无序蛋白质在医药方面的应用前景.本文对于深入认识无序蛋白质的形成机制、结构和功能特征及其潜在的临床应用前景具有重要意义.

关键词：固有无序蛋白质序列结构功能进化

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竞争性内源RNA在转录后水平调控基因表达

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生物物理学报 2015年第3期31卷 186-195页

作者：李海北宋瑾曹鹏博周钢桥军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京100850

竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)假说提出了一种RNA在转录后水平调控基因表达的机制,即信使RNA(message RNA,m RNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)、假基因(pseudogene)转录物及环状RNA(circular RNA,circ RNA)通过竞争结合相同的微小RNA(micro RNA,mi RNA)来影响靶基因RNA的稳定性或翻译活性,实现转录后水平的基因表达调节。这一全新的基因表达调控机制目前已在肌肉的分化、胚胎干细胞的分化、中脑的发育及癌症的转移等多个研究领域被发现,并且被证实参与多个生物学过程的调控。ce RNA这种以mi RNA为媒介实现RNA与RNA相互调控的机制,使得编码基因和非编码基因在全转录组范围内形成了一个庞大而精细的调控网络,增加了基因调控网络的复杂性。文章就ce RNA的分子类型、ce RNA机制所涉及的生物学功能、影响ce RNA机制的重要因素及ce RNA调控网络预测这几个方面进行综述。

关键词：竞争性内源RNA 转录后调控转录组

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抑癌基因PTEN转基因小鼠的构建及表型初步分析

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中国生物工程杂志 2015年第8期35卷 1-8页

作者：李洪昌袁林张令强军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京100850

目的:构建抑癌基因PTEN(phosphatase and tensin homolog deleted on chromosome ten)的转基因小鼠模型并对其表型进行初步分析。方法:细菌人工染色体(BAC)载体系统构建打靶载体创建PTEN转基因小鼠模型;利用对鼠尾DNA进行PCR检测的方法... 详细信息

目的:构建抑癌基因PTEN(phosphatase and tensin homolog deleted on chromosome ten)的转基因小鼠模型并对其表型进行初步分析。方法:细菌人工染色体(BAC)载体系统构建打靶载体创建PTEN转基因小鼠模型;利用对鼠尾DNA进行PCR检测的方法对出生的F0代小鼠进行基因型鉴定,将阳性F_0代小鼠与野生型小鼠交配繁殖筛选稳定遗传的转基因系。分离并培养小鼠胚胎成纤维细胞(mouse embryo fibroblast,MEF),利用Western blotting检测比较转基因阳性小鼠与同窝野生型小鼠MEF细胞中PTEN的蛋白表达水平,并通过克隆形成实验对比PTEN转基因小鼠与野生型小鼠MEF细胞的增殖能力;取成年小鼠主要组织器官提取蛋白,Western blotting检测PTEN转基因小鼠主要组织的PTEN蛋白表达情况;从小鼠出生后第三周开始统计、分析并制作小鼠的体重生长曲线;此外,还对比了PTEN转基因小鼠与野生型小鼠肺、肝、脾脏的细胞大小与腹腔内的脂肪含量。结论:PTEN转基因小鼠能够存活并稳定遗传;Western blotting结果表明,不论在胚胎期还是成年期,PTEN转基因小鼠体内的PTEN蛋白水平均高于同窝的野生型小鼠,转基因小鼠的PTEN表达水平接近野生型水平的3倍;对PTEN转基因小鼠的整体表型进行初步分析,发现Pten基因在体内过表达后,小鼠的体型显著变小,而细胞大小不变;腹腔内的脂肪含量显著减少。结论:成功构建了PTEN转基因小鼠模型,并获得了生理条件下PTEN过表达的原代细胞系,为研究抑癌基因PTEN的体内生理功能提供了重要的动物模型。

关键词：肿瘤小鼠转基因技术 PTEN 抑癌基因

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