检索结果-内蒙古大学图书馆

中国水产科学 2018年第4期25卷 837-846页

作者：梁宏伟孟彦罗相忠李忠邹桂伟中国水产科学研究院长江水产研究所湖北武汉430223 农业农村部水生动物基因组学重点实验室湖北武汉430223

为研究我国主要养殖区域黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结... 详细信息

为研究我国主要养殖区域黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结果表明长度为646 bp的COI基因序列在6个群体的碱基含量基本相同,碱基T、C、A和G的平均含量分别为27.7%,30.7%,24.5%和17.1%,包括61个变异位点,其中单位点突变16个,简约信息位点45个,变异位点以C/T间的转换为主。6个群体中共检测到38种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.886,核苷酸多样性(π)为0.01094,群体整体遗传多样性高,湖北和山东群体遗传多样性都较高(Hd>0.8),湖南群体和江西群体的遗传多样性次之(Hd>0.5),而安徽和重庆两个群体的遗传多样性都较低(Hd<0.5)。6个群体间有显著的遗传分化,基因交流贫乏(Nm<1)。群体分子变异分析(AMOVA)显示,6个黄鳝地理种群群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异,其遗传变异主要发生在群体内部。遗传结构和系统发育树显示湖南群体与其他5个群体的遗传关系较远。重庆群体可能由单一或很少几个群体进化而来的,起源比较单一。就目前而言,黄鳝野生种质资源遗传多样性丰富,苗种频繁流动和人工养殖尚未对其种群结构造成较大影响,仍有较强的环境适应能力和良好的育种潜力。

关键词： COI基因黄鳝地理群体遗传多样性遗传分化

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基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究

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中国水产科学 2018年第4期25卷 891-901页

作者：孙明媛朱锐孙晓晴张研李尚琪王红伟李炯棠中国水产科学研究院农业农村部水生动物基因组学重点实验室北京100141 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因... 详细信息

本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。

关键词： DNA条形码 COI 16S rRNA 马珂蛤科帘蛤科遗传多样性

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基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

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中国水产科学 2018年第4期25卷 783-792页

作者：沙航罗相忠李忠邹桂伟梁宏伟中国水产科学研究院长江水产研究所湖北武汉430223 农业农村部水生动物基因组学重点实验室湖北武汉430223

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样... 详细信息

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。

关键词：鲢 COI 遗传结构遗传多样性

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线粒体COI基因条形码在鲿科鱼类物种鉴定中的应用

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中国水产科学 2018年第4期25卷 772-782页

作者：梁宏伟孟彦罗相忠李忠邹桂伟中国水产科学研究院长江水产研究所湖北武汉430223 农业农村部水生动物基因组学重点实验室湖北武汉430223

为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性,以及系统发育中的适用性,本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR扩增,获得48条线粒体COI基因序列,同时从Gen Bank筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI基因序列进行... 详细信息

为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性,以及系统发育中的适用性,本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR扩增,获得48条线粒体COI基因序列,同时从Gen Bank筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI基因序列进行分析。19种鲿科鱼类的COI基因序列特征显示:长度为674 bp的COI序列片段平均碱基组成为24.82%A,30.44%T,27.10%C和17.64%G,碱基组成呈现明显的AT偏倚性(55.26%),具有硬骨鱼类的线粒体COI基因的碱基组成的典型特征。核苷酸位点中有变异位点226个,简约信息位点195个,单一信息位点31个,转换颠换比为3.35。19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268,种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。在本研究中,鲿科鱼类所有的物种均形成单系,在物种鉴别上与形态学分类结果基本一致,然而鲿科的4个属中只有鱯属形成单系,黄颡鱼属、属和拟鲿属均未形成单系,其进化地位需要进一步研究。线粒体COI基因作为条形码可有效对鲿科鱼类进行物种鉴定,也为鲿科的系统发育提供了参考。

关键词：鲿科 DNA条形码 COI基因物种鉴定系统发育

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中国渔业生物DNA条形码信息平台构建及应用

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中国水产科学 2018年第4期25卷 705-713页

作者：李尚琪李炯棠张研孙晓晴柳淑芳庄志猛农业农村部水生动物基因组学重点实验室中国水产科学研究院北京100141 中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛266071

构建DNA条形码数据信息系统是规范管理DNA条形码数据和实现数据共享的有效解决方案。项目在采集我国重要渔业生物的凭证标本及相应DNA条形码的基础上,通过统一提交数据的规范格式,实现物种、凭证标本和DNA条形码的三级关联,构建了中国... 详细信息

构建DNA条形码数据信息系统是规范管理DNA条形码数据和实现数据共享的有效解决方案。项目在采集我国重要渔业生物的凭证标本及相应DNA条形码的基础上,通过统一提交数据的规范格式,实现物种、凭证标本和DNA条形码的三级关联,构建了中国渔业生物DNA条形码信息平台(http://***)。该平台数据信息由物种名录数据库、凭证标本数据库和DNA条形码数据库组成,涵盖6020种渔业生物的凭证信息和DNA条形码资源。平台能够提供方便的网络查询,实现未知渔业生物样本的DNA条形码物种鉴定。研究首次构建涵盖我国重要渔业生物的DNA条形码信息平台,通过平台实现国内外数据共享和合作交流,为渔业生物分类、种质资源利用、濒危物种保护和水产品物种物种鉴定提供重要数据资源。

关键词：渔业生物数据库 DNA条形码物种鉴定

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斑节对虾TRIAP1基因的克隆、表达分析以及调控其表达的miRNAs的筛选

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南方水产科学 2019年第4期15卷 88-98页

作者：刘恩瑞赵超王鹏飞范嗣刚闫路路邱丽华中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室广东广州510300 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 农业农村部水生动物基因组学重点实验室北京100141

凋亡抑制因子1 (tumor protein p53 regulated inhibitor of apoptosis 1, TRIAP1)可以通过抑制细胞凋亡参与生物体内应激反应。为探究TRIAP1 基因及调控其表达的miRNAs 在斑节对虾(Penaeus monodon)应对哈氏弧菌(Vibrio harveyi)刺激时的表达调控情况,该研究通过RACE 技术获得了斑节对虾TRIAP1 基因(PmTRIAP1)cDNA 全长序列,并利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术,对PmTRIAP1 在斑节对虾不同组织中的表达分布模式,以及哈氏弧菌刺激下PmTRIAP1 与相关miRNAs 的表达关联情况进行了探究。结果显示,PmTRIAP1cDNA 全长2 522 bp,包括11 bp 的5'非编码区(UTR)、2 289 bp 的3'UTR 和222 bp 的开放阅读框(ORF),共编码73 个氨基酸。PmTRIAP1 基因在各组织中均有表达,其中在血细胞中表达量最高;哈氏弧菌刺激下,PmTRIAP1表达量显著降低,而Pm-miR-145-3p 和Pm-miR-454-3p 表达量显著升高,表明PmTRIAP1 和Pm-miR-145-3p、Pm-miR-454-3p 的表达量呈负相关关系;双荧光素酶报告实验结果显示,Pm-miR-145-3p 和Pm-miR-454-3p 可通过结合PmTRIAP1 3'UTR 降低荧光素酶活性,表明Pm-miR-145-3p 和Pm-miR-454-3p 均可靶向调控PmTRIAP1 的表达。

关键词：斑节对虾 TRIAP1 Pm-miR-145-3p Pm-miR-454-3p 哈氏弧菌

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花鲈irak4基因cDNA的克隆与表达分析

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南方水产科学 2018年第5期14卷 70-79页

作者：李富祥王鹏飞闫路路邱丽华中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室广东广州510300 上海海洋大学水产与生命学院上海201306 农业农村部水生动物基因组学重点实验室北京100141

Toll样受体家族信号通路参与了机体特异性免疫和先天性免疫过程,白介素1受体相关激酶4 (IRAK4)是Toll样受体家族信号通路中的重要成员之一。该研究克隆了花鲈(Lateolabrax maculatus) lmirak4序列,并分析了其序列特征、表达模式及亚细... 详细信息

Toll样受体家族信号通路参与了机体特异性免疫和先天性免疫过程,白介素1受体相关激酶4 (IRAK4)是Toll样受体家族信号通路中的重要成员之一。该研究克隆了花鲈(Lateolabrax maculatus) lmirak4序列,并分析了其序列特征、表达模式及亚细胞定位。Lmirak4基因cDNA开放阅读框(ORF)全长942 bp,编码313个氨基酸,含有1个N端死亡结构域和1个中央蛋白激酶结构域。推导的Lmirak4氨基酸序列与其他鱼类Irak4氨基酸序列具有高度一致性。组织分布结果显示,lmirak4在各组织中表达具有差异性,在头肾中表达量最高。感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)与哈维弧菌(Vibrio harveyi)后,花鲈头肾、肝脏和脾脏中lmirak4 mRNA的表达水平显著增加。亚细胞定位显示,外源性Lmirak4主要分布于HEK-293T细胞质中,在花鲈头肾原代培养细胞中成功表达但无明显分布差异。

关键词：花鲈 irak4 无乳链球菌哈维弧菌细胞转染

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花鲈垂体和下丘脑中生物钟基因在3种光周期下的表达节律分析

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南方水产科学 2020年第6期16卷 39-46页

作者：袁满王鹏飞闫路路赵超范嗣刚陈祥邱丽华上海海洋大学/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 中国水产科学研究院南海水产研究所/广东省渔业生态环境重点实验室广东广州510300 农业农村部水生动物基因组学重点实验室北京100141

花鲈(Lateolabrax maculatus)是中国重要的水产养殖鱼类,其繁殖活动受光周期调控。文章研究了3种光周期[光(L)暗(D)比分别为16L∶8D、12L∶12D和8L∶16D]条件下,7个重要生物钟基因(Bmal2、Npas4、Per2、Cry1、Cry1a、Cry2及Timeless)在花鲈垂体和下丘脑中的昼夜表达规律。结果表明,在12L∶12D条件下垂体中Per2、Cry1、Cry2、Cry1a、Timeless表现出昼夜节律性,下丘脑中Per2、Cry2、Cry1、Timeless表现出昼夜节律性,相同基因在垂体和下丘脑两种组织中的昼夜节律不同,长光照或短光照会改变昼夜节律的震荡强弱,也会改变峰值相位,部分基因在长光照或短光照下会出现失去昼夜节律性的现象。

关键词：花鲈生物钟基因光周期昼夜节律

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花鲈ISG15基因cDNA序列的克隆及传染性脾肾坏死病毒胁迫下表达谱分析

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中国水产科学 2021年第11期28卷 1447-1456页

作者：刘勇闫路路文国樑范嗣刚张雅晴赵超王鹏飞邱丽华乔秀亭上海海洋大学水产与生命学院上海201306 中国水产科学研究院南海水产研究所广东省渔业生态环境重点实验室广东广州510300 农业农村部水生动物基因组学重点实验室北京100141 天津农学院水产学院天津300000

为探究花鲈(Lateolabrax maculatus)干扰素刺激基因15(Interferon-stimulated gene 15,ISG15)在抵抗病毒过程的免疫应答反应,本研究克隆、鉴定了花鲈ISG15基因(LmISG15),并对其进行生物信息学分析,获得了LmISG15在各组织中的表达特征及... 详细信息

为探究花鲈(Lateolabrax maculatus)干扰素刺激基因15(Interferon-stimulated gene 15,ISG15)在抵抗病毒过程的免疫应答反应,本研究克隆、鉴定了花鲈ISG15基因(LmISG15),并对其进行生物信息学分析,获得了LmISG15在各组织中的表达特征及其在受到传染性脾肾坏死病毒(infectious spleen and kidney necrosis virus,ISKNV)感染后的时空表达特征。结果显示,该基因全长1625 bp,ORF为480 bp,编码160个氨基酸,分子质量为17.5 kD,理论等电点为9.41。LmISG15的氨基酸序列较为保守,与眼斑拟石首鱼(Sciaenopsocellatus)和条石鲷(Oplegnathus fasciatus)相似度分别为74.07%和71.88%。LmISG15在花鲈10种组织中均有表达,在心脏中表达量最高,其次在脑、中肾和鳃中的表达量较高,在肌肉中表达量最低。注射ISKNV后,花鲈头肾组织中病毒拷贝数升高,同时LmISG15在花鲈肝脏、头肾和鳃中的表达量显著上调(P<0.05)。研究表明,LmISG15参与了抵抗病毒刺激的免疫应答过程。

关键词：花鲈 ISG15 克隆表达 ISKNV 干扰素

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利用CRISPR/Cas9技术构建表达鲤长链脂肪酸延长酶5基因(Elovl5)的转基因斑马鱼

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农业生物技术学报 2020年第7期28卷 1165-1176页

作者：王雅欣杨晨茹赵宇杰孙晓晴李尚琪张研刘英杰李炯棠上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心中国水产科学研究院生物技术研究中心/农业农村部水生动物基因组学重点实验室/北京市渔业生物技术重点实验室

CRISPR/Cas9技术广泛应用于基因敲除,利用敲入包含荧光蛋白和目标基因的片段,有助于早期筛选实验动物。长链脂肪酸延长酶5 (elongation of very long chain fatty acids 5, Elovl5)是鱼类调控高不饱和脂肪酸合成的关键酶之一。为在斑马... 详细信息

CRISPR/Cas9技术广泛应用于基因敲除,利用敲入包含荧光蛋白和目标基因的片段,有助于早期筛选实验动物。长链脂肪酸延长酶5 (elongation of very long chain fatty acids 5, Elovl5)是鱼类调控高不饱和脂肪酸合成的关键酶之一。为在斑马鱼(Danio rerio)研究鲤(Cyprinus carpio) Elovl5活性,本研究构建包含Tol2序列、斑马鱼短链肌球蛋白2基因(myosin light chain 2, Mylz2)启动子、红色荧光蛋白基因(red fluorescence gene, DsRed2)、斑马鱼Elovl5启动子、鲤Elovl5基因、2A剪切肽和绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescent protein, EGFP)的载体,扩增获得一段长7.5 kb的片段。利用CRISPR/Cas9方法,将此片段敲入斑马鱼基因组。敲入成功的斑马鱼在受精72 h后开始于肌肉显红色荧光。对利用红色荧光筛选敲入成功的斑马鱼,进一步用PCR扩增DsRed2予以确证。在存活斑马鱼中,基因敲入阳性率为28.7%。相比对照组,仅在实验组观察到鲤Elovl5表达。实验组的18碳不饱和脂肪酸含量下降18.6%,20碳和22碳不饱和脂肪酸含量提高31.8%,其中20:4n-3不饱和脂肪酸含量是对照组的2.4倍(P<0.05)。本研究采用CRISPR/Cas9技术,构建转鲤Elovl5斑马鱼,提高了斑马鱼高不饱和脂肪酸含量,为进一步研究鲤不饱和脂肪酸合成的遗传机制提供基础。

关键词：长链脂肪酸延长酶5(Elovl5) CRISPR/Cas9 基因敲入鲤高不饱和脂肪酸

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