检索结果-内蒙古大学图书馆

海蜇(Rhopilema esculentum)even-skipped基因的克隆及生物信息学分析

基因组学与应用生物学 2021年第2期40卷 631-638页

作者：葛建龙陈晓辉陈立飞刘长琳边力陈四清中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266237 龙翔水产良种有限公司盐城224300

Even-skipped(eve)是一个含有同源框结构域的转录调控因子,在体节形成、神经分化、尾芽发育等过程中发挥着重要作用。为探究eve在钵水母变态发育中的作用,本研究以海蜇转录组测序获得的eve基因类似序列为基础,通过RACE技术获得了海蜇ev... 详细信息

Even-skipped(eve)是一个含有同源框结构域的转录调控因子,在体节形成、神经分化、尾芽发育等过程中发挥着重要作用。为探究eve在钵水母变态发育中的作用,本研究以海蜇转录组测序获得的eve基因类似序列为基础,通过RACE技术获得了海蜇eve基因(ReEve)的c DNA全长,并已提交GenBank数据库,登录号为MN836581。结果显示ReEve基因全长1566 bp,开放阅读框(ORF)为630 bp,所编码蛋白质含209个氨基酸,其分子量(MW)为24.29 kD,理论等电点(pI)为8.90。在二级结构上,无规则卷曲为ReEve蛋白最主要的结构形式。ReEve蛋白是一个亲水性蛋白质,不存在跨膜区域,不含信号肽。在第76~135位氨基酸之间具有eve相关基因家族特有的同源框结构域(homeodomain),与其他物种具有较高同源性。基于氨基酸序列获得的系统进化关系显示与传统分类结果一致。研究结果为进一步揭示其在海蜇等钵水母横裂生殖中的具体作用提供了一定基础。

关键词：海蜇横裂生殖 even-skipped 克隆生物信息学分析

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山东半岛南部海域渔业资源结构及关键种的年际变化

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水产学报 2021年第12期45卷 1983-1992页

作者：苏程程单秀娟杨涛中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室山东省渔业资源与生态环境重点实验室上海海洋大学海洋科学学院青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室山东长岛近海渔业资源国家野外科学观测研究站

为掌握大规模增殖放流背景下山东半岛海域渔业资源结构特征及其变动趋势,基于2016—2018年山东半岛南部海域渔业资源调查与渔业种类食性文献数据,以渔业资源群落关键种作为切入点,通过食物网拓扑结构与社会网络分析法,解析了山东半岛南... 详细信息

为掌握大规模增殖放流背景下山东半岛海域渔业资源结构特征及其变动趋势,基于2016—2018年山东半岛南部海域渔业资源调查与渔业种类食性文献数据,以渔业资源群落关键种作为切入点,通过食物网拓扑结构与社会网络分析法,解析了山东半岛南部海域渔业资源结构及关键种的年际变化。结果显示,2016—2018年山东半岛南部海域食物网包含物种20～22个,摄食关系数量59～65个,年际差异不大;基于优势度分析发现,伏季休渔延长后,2018年小黄鱼、带鱼、蓝点马鲛优势度明显增加;食物网拓扑结构密度范围为0.304 8～0.368 4,种间关联度为0.145 1～0.163 4;群落关键种均为鳀和黄鮟。鳀作为关键被捕食者,黄鮟作为关键捕食者,两者在2016—2018年均为优势种,但鳀优势度逐年下降,细纹狮子鱼从2017年开始成为优势种。山东半岛南部海域食物网结构较稳定,关键种稳定,但群落中能量流动和信息传递逐渐由高营养级种类演替到低营养级种类。

关键词：群落结构关键种食物网拓扑结构网络分析法山东半岛南部海域

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4个不同地理群体魁蚶主要可量性状特征分析

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海洋渔业 2021年第6期43卷 652-660页

作者：信炳龙吴彪周丽青杨增光孙秀俊田吉腾刘志鸿杨爱国农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071 青岛菲优特检测有限公司青岛266112

运用多变量形态度量学分析方法对我国大连、荣成、秦皇岛和韩国统营4个野生魁蚶(Scapharca broughtonii)群体的壳长、壳高、壳宽、体质量和软体质量等可量性状特征进行了分析,同时根据软体质量和体质量计算得到出肉率。结果显示,韩国统... 详细信息

运用多变量形态度量学分析方法对我国大连、荣成、秦皇岛和韩国统营4个野生魁蚶(Scapharca broughtonii)群体的壳长、壳高、壳宽、体质量和软体质量等可量性状特征进行了分析,同时根据软体质量和体质量计算得到出肉率。结果显示,韩国统营群体出肉率最高,为62.4%,极显著高于其他群体(P<0.01)。相关性分析表明,大连群体各性状间相关性极显著(P<0.01),荣成群体、韩国统营群体除壳宽与其他性状相关性不显著外(P>0.05),其他性状之间均极显著相关(P<0.01),而秦皇岛群体壳长、壳高、壳宽之间以及体质量与软体质量之间相关性达到了显著水平(P<0.05)。各形态性状对软体质量的通径分析表明,大连、荣成和秦皇岛群体的壳长对软体质量直接效应最大,而韩国统营群体壳高对软体质量的直接效应最大。以软体质量为因变量,壳长、壳高、壳宽为自变量建立了4个魁蚶群体软体质量的最优回归方程。聚类分析结果表明,大连群体与荣成群体亲缘关系较近,与韩国统营群体亲缘关系最远。研究结果明确了不同地理群体魁蚶的可量性状特征以及根据形态特征区分不同地理群体魁蚶的方法,对于指导魁蚶苗种繁育过程中经济性状的选择具有重要参考价值。同时,可为魁蚶种质资源的开发利用提供理论基础。

关键词：魁蚶通径分析回归方程聚类分析

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刺参“参优1号”苗种在不同pH条件下的代谢特征和适应性研究

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渔业科学进展 2021年第3期42卷 116-124页

作者：荣小军李彬廖梅杰王印庚王治平王锦锦于永翔张正范瑞用农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071 青岛瑞滋集团有限公司青岛266408

为研究刺参(Apostichopus japonicus)"参优1号"苗种的适宜pH及耐受范围并解析其对水体的酸碱性适应机制,本研究测定了pH 6.5~10.0条件下该良种苗种的生长、存活、呼吸代谢以及非特异性免疫酶活性的差异。结果显示,在pH 6.5~9.... 详细信息

为研究刺参(Apostichopus japonicus)"参优1号"苗种的适宜pH及耐受范围并解析其对水体的酸碱性适应机制,本研究测定了pH 6.5~10.0条件下该良种苗种的生长、存活、呼吸代谢以及非特异性免疫酶活性的差异。结果显示,在pH 6.5~9.5范围内,30 d实验周期内苗种的存活率均为100%,而在pH 10.0条件下苗种全部死亡。在pH 7.5~8.5范围内,苗种特定生长率(SGR)为正值,且在pH为8.0时SGR最高,达到0.541%/d,而在pH低于7.0和高于9.0时,SGR为负值,苗种为负生长。对不同pH条件下的耗氧率(R_O)和排氨率(R_N)的测定结果显示,随pH的变化,R_O和R_N均呈现以pH 8.0为波谷的"V"型变化,在pH 8.0条件下的R_O和R_N分别为19.07和1.34μg/(g·h)。不同pH实验组刺参苗种的氧氮比(O/N)均在11左右,O/N随pH变化无显著差异(P>0.05)。pH的升高和降低会引起刺参体腔液中酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、溶菌酶和超氧化物歧化酶的活性显著升高(P<0.05),在苗种适应pH胁迫过程中,各pH组超氧化物歧化酶活性的峰值一般在第0天出现,而溶菌酶的活性峰值在第10天出现。研究表明,刺参"参优1号"可存活的pH范围为6.5~9.5,适宜生长的pH范围为7.5~8.5,pH变化会导致苗种呼吸代谢和免疫酶活性的改变。本研究结果将为刺参"参优1号"苗种的科学化推广提供依据。

关键词：刺参“参优1号” 酸碱度适应生长与存活呼吸代谢非特异性免疫酶活性

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基于SSR标记的刺参不同地理群体的遗传结构分析及指纹图谱构建

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渔业科学进展 2021年第1期42卷 165-176页

作者：廖梅杰王锦锦李彬王印庚荣小军张正范瑞用中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071 青岛瑞滋集团有限公司青岛266400

为分析中、韩、俄沿海刺参(Apostichopus japonicus)种质遗传结构,本研究采用SSR指纹图谱技术对中国青岛、烟台,韩国浦项、群山、木浦,俄罗斯符拉迪沃斯托克的不同刺参群体进行遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果显示,13个微卫星座位... 详细信息

为分析中、韩、俄沿海刺参(Apostichopus japonicus)种质遗传结构,本研究采用SSR指纹图谱技术对中国青岛、烟台,韩国浦项、群山、木浦,俄罗斯符拉迪沃斯托克的不同刺参群体进行遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果显示,13个微卫星座位的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别为0.47和0.80。13个位点的多态信息含量(PIC)为0.465(AJ06)~0.909(AJ09),除AJ06为中度多态性(0.250.50)。单个位点的等位基因数(A)为10(AJ06)~34(AJ07),平均等位基因数为19.4个。各位点的有效等位基因共83.8个,各位点的有效等位基因数(Ne)为1.7(AJ06)~11.8(AJ09),平均有效等位基因数为6.5。各群体遗传多样性分析结果显示,8个群体的PIC指数为0.6392(韩国木浦)~0.7122(中国青岛),说明相应群体均具有较高的遗传多样性。构建的DNA指纹图谱可将所采集的8个群体区分开。遗传结构分析结果显示,8个刺参群体分配到3个自由交配群中,与UPGMA聚类分析结果相一致。UPGMA聚类分析结果显示,中国青岛、烟台群体与韩国木浦黑参群体聚为一支,俄罗斯刺参群体、韩国浦项黄参群体、韩国群山黑参群体和韩国浦项黑参群体聚为一支,而韩国浦项红参群体作为外群,单独聚为一支。刺参分群及聚类分析表明,不同群体的遗传结构及遗传分化情况不仅与地理位置相关,还与刺参体色有一定的相关性。本研究结果可为刺参种质资源保护及不同地理种群刺参的鉴别提供技术支撑。

关键词：刺参 SSR标记遗传多样性指纹图谱

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三疣梭子蟹几丁质酶基因1的克隆及功能鉴定

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渔业科学进展 2021年第1期42卷 144-153页

作者：宋柳张凤吕建建刘萍高保全李健中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306

为丰富三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)几丁质酶基因家族的组成,进行了几丁质酶基因1(PtCht1)的研究。PtCht1基因cDNA全长为2220 bp,编码583个氨基酸。结构域比对发现,PtCht1含有甲壳动物几丁质酶GH18家族基因的基本结构及保守序... 详细信息

为丰富三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)几丁质酶基因家族的组成,进行了几丁质酶基因1(PtCht1)的研究。PtCht1基因cDNA全长为2220 bp,编码583个氨基酸。结构域比对发现,PtCht1含有甲壳动物几丁质酶GH18家族基因的基本结构及保守序列,且进化树显示,三疣梭子蟹Cht1与拟穴青蟹(Scylla serrata)等物种的Cht1聚为一类,同源性最高,达92.80%。由此确定,PtCht1为甲壳动物GH18家族Group1基因,也是三疣梭子蟹该分类下的首个基因。此外,全组织表达分析结果显示,PtCht1在肝胰腺中较特异性高表达,且在蜕皮间期的肝胰腺中的表达量显著高于前期和后期(P<0.05)。低盐度胁迫处理后,在肝胰腺中,PtCht1基因的表达量在3 h快速升至峰值,为对照组的2.72倍;在鳃中,除12 h外,PtCht1基因的表达量均呈显著上调表达(P<0.05),最高上调9.96倍。结果表明,PtCht1基因能够参与机体对几丁质类食物的消化过程,并且在渗透压的调控等方面发挥重要作用。本研究可为三疣梭子蟹几丁质酶GH18家族Group1基因的研究奠定基础,为解析盐度影响三疣梭子蟹生长提供参考。

关键词：三疣梭子蟹几丁质酶基因克隆蜕皮低盐胁迫

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脊尾白虾耐盐碱性状遗传力和遗传相关的估计

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渔业科学进展 2021年第1期42卷 117-123页

作者：李明栋李吉涛史鲲鹏何玉英高保全刘萍李健上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071

应用数量遗传学原理和全同胞组内相关法估计50日龄脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)耐盐碱性状的遗传力和遗传相关。采用定向交尾方式构建脊尾白虾50个全同胞家系(包括42个半同胞家系),利用SPSS软件的一般线性模型(GLM)对各家系盐碱... 详细信息

应用数量遗传学原理和全同胞组内相关法估计50日龄脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)耐盐碱性状的遗传力和遗传相关。采用定向交尾方式构建脊尾白虾50个全同胞家系(包括42个半同胞家系),利用SPSS软件的一般线性模型(GLM)对各家系盐碱胁迫的存活时间进行方差分析,估计脊尾白虾耐盐碱性状的遗传力和遗传相关。结果显示,脊尾白虾耐盐碱性状的遗传力为0.18~0.60,其估计值未达到显著水平,属于中等遗传力;50日龄脊尾白虾耐盐碱性状与体长的遗传相关和表型相关分别为-0.401和0.127,耐盐碱性状和体重的遗传相关和表型相关分别为-0.196和0.033,耐盐碱性状与体长、体重的相关程度较低。本研究表明,选择育种对于脊尾白虾耐盐碱性状的改良具有较大潜力,且以耐盐碱性状为选育指标,不会对脊尾白虾体长和体重产生显著影响。

关键词：脊尾白虾耐盐碱性状遗传力遗传相关

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三疣梭子蟹14-3-3基因的克隆及其在低盐和病原胁迫后的表达分析

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渔业科学进展 2021年第1期42卷 134-143页

作者：题兴斌吕建建宋柳阎德平孙东方刘萍上海海洋大学水产与生命学院上海201306 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071

本研究利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)14-3-3基因(Pt14-3-3)。Pt14-3-3基因cDNA序列全长为2510 bp,包含开放阅读框741 bp,编码由247个氨基酸组成的蛋白,分子量为27.98 kDa。序列比对结果显示,Pt14-3-3基因与中华绒螯蟹14-3-3基因同源性最高(100%)。系统进化树分析表明,Pt14-3-3氨基酸序列与中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)紧密聚为一支。组织表达分析显示,Pt14-3-3基因在肝胰腺、肌肉、鳃、心脏、眼柄、血淋巴中均有表达,其中,在肝胰腺中的表达量最高。低盐胁迫后,Pt14-3-3基因在鳃和肝胰腺中的表达量分别于48 h和12 h显著上调并达到最大值,分别为对照组的1.34倍(P<0.05)和7.54倍(P<0.05)。人工感染副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和白斑综合征病毒(WSSV)后,Pt14-3-3基因在肝胰腺和血细胞中整体均呈显著上调表达,最高上调17.52倍(P<0.05)。本研究结果表明,Pt14-3-3基因可能在三疣梭子蟹低盐适应和免疫反应中发挥重要作用。

关键词：三疣梭子蟹 14-3-3基因盐度副溶血弧菌白斑综合征病毒(WSSV)

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基于转录组分析对中国对虾Myostatin基因调控的肌肉生长相关基因的筛选

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渔业科学进展 2021年第4期42卷 55-63页

作者：闫允君卢霞孟宪红栾生陈宝龙孔杰南京农业大学无锡渔业学院江苏无锡214081 中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业资源可持续发展重点实验室青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室山东青岛266071

Myostatin(Mstn)即肌肉生长抑制素,在脊椎动物中是胚胎期肌肉形成和成体肌肉生长的主要调控因子之一,通过抑制肌细胞的扩增和分化而抑制肌肉的生长和发育。为了筛选在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中Mstn调控的肌肉生长相关的基因... 详细信息

Myostatin(Mstn)即肌肉生长抑制素,在脊椎动物中是胚胎期肌肉形成和成体肌肉生长的主要调控因子之一,通过抑制肌细胞的扩增和分化而抑制肌肉的生长和发育。为了筛选在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中Mstn调控的肌肉生长相关的基因,为肌肉生长调控机理奠定基础,本研究利用RNA-Seq技术对PBS对照组和Mstn表达抑制组进行了测序分析。结果显示,Mstn表达被抑制后,共筛选到1657个差异表达基因,其中,805个显著上调,852个显著下调。参考脊椎动物Mstn调控的肌肉生长经典信号通路TGF-β/Smad和MAPK通路及差异基因功能已有报道,初步筛选出29个Mstn调控的与肌肉生长相关的基因。在涉及TGF-β/Smad和MAPK通路的16个基因中,除ActRI被检测到略微上调外,其他基因均表现出不同程度的下调;在另外13个涉及蜕皮、肌肉生长等过程的基因中,促进肌肉生长的基因显示为上调。前期的研究表明,Mstn可能同脊椎动物功能类似,在中国对虾中负向调控肌肉生长,而本研究结果提供了进一步的证据,为阐明对虾的肌肉发育调控机制提供了重要基础。

关键词： Mstn 转录组基因筛选信号通路肌肉生长发育

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锦绣龙虾全长转录组测序分析

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海洋渔业 2021年第5期43卷 542-552页

作者：周钱森任宪云史鲲鹏于振兴刘萍李健水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学) 上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛266071 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071

为了获得锦绣龙虾(Panulirus ornatus)丰富的转录组信息和功能基因,采用PacBio平台的Single Molecule Real-Time测序技术,对锦绣龙虾鳃、肝胰脏、肌肉、胃、肠、脑和心脏混合组织进行全长转录组测序,首次获得锦绣龙虾的全长转录本文库... 详细信息

为了获得锦绣龙虾(Panulirus ornatus)丰富的转录组信息和功能基因,采用PacBio平台的Single Molecule Real-Time测序技术,对锦绣龙虾鳃、肝胰脏、肌肉、胃、肠、脑和心脏混合组织进行全长转录组测序,首次获得锦绣龙虾的全长转录本文库。通过测序拼接和去冗余后共获得13297条Unigene,平均长度为2627 bp,获得12660个蛋白编码区和6315条长链非编码RNA序列。采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,共检测出14277个SSR位点,分布在8813条Unigene中。利用NCBI非冗余蛋白序列数据库(non-redundant protein sequences,NR)、基因功能描述分类系统(gene ontology,GO)、蛋白质真核同源数据库(eukaryotic orthologous groups,KOG)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等数据库对全长序列进行功能注释,其中11806条序列得到NR数据库注释,分别比对到424个物种,其中与钩虾(Hyalella azteca)基因相似的序列最多,为3907条;将获得的锦绣龙虾单基因簇与GO数据库进行匹配,划分为细胞组分、分子功能、生物学过程3大类;KOG功能注释将9433条单基因簇分为26个功能组分,其中一般功能预测的最多,为1413条;KEGG注释结果发现,与信号转导通路以及转运、分解代谢通路中注释的基因较多。通过全长转录组测序数据分析及功能注释,可为进一步了解锦绣龙虾的生物学特性、基因功能、相关代谢途径和信号通路等提供理论基础。

关键词：锦绣龙虾全长转录组三代测序功能注释

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