检索结果-内蒙古大学图书馆

植物遗传资源学报 2021年第2期22卷 304-308页

作者：潘莹程时锋岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心/农业部农业基因数据分析重点实验室/中国农业科学院农业基因组研究所深圳518120

燕麦具有较高的营养价值和保健功能,是一种可用于均衡营养、科学饮食的健康食品,正逐渐受到人们的青睐和认可。基因组学研究有助于燕麦重要农艺性状的定位和克隆,对开发利用燕麦优质种质资源具有重要意义。本文从以下几个方面对燕麦基... 详细信息

燕麦具有较高的营养价值和保健功能,是一种可用于均衡营养、科学饮食的健康食品,正逐渐受到人们的青睐和认可。基因组学研究有助于燕麦重要农艺性状的定位和克隆,对开发利用燕麦优质种质资源具有重要意义。本文从以下几个方面对燕麦基因组学研究进展进行综述:(1)燕麦属基因组类型、大小及染色体倍性研究;(2)基于多种分子标记手段构建燕麦基因组遗传图谱进展;(3)二倍体、六倍体燕麦基因组测序进展;(4)基于数量性状基因座定位和全基因组关联性分析手段对燕麦基因组功能基因的注释研究;(5)燕麦群体基因组/泛基因组学研究。同时对燕麦基因组学研究方向进行了探讨,以期为今后燕麦遗传育种提供参考信息。

关键词：燕麦基因组学功能基因群体基因组学

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基于酶介导双重指数扩增技术(EmDEA)的小火蚁快速检测方法的开发

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环境昆虫学报 2024年第5期46卷 1059-1067页

作者：韩蕊滕祎李献锋王临静魏霜张雍哲乔曦刘海军吴尧马骏万方浩刘聪辉钱万强青岛农业大学植物医学学院山东省环境友好型农业有害生物防治工程技术研究中心山东省生物入侵与生态安全高校特色实验室中澳农业与环境健康联合研究院山东青岛266109 岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业农村部农业基因数据分析重点实验室中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所广东深圳518120 广州海关技术中心广州510623 苏州晶睿科技有限公司江苏苏州215000

小火蚁Wasmannia auropunctata是危害性最严重的入侵蚂蚁之一,对动植物、生态、经济甚至是人类都容易造成严重影响,是我国的重大检疫害虫之一。本研究为实现小火蚁的现场快速精准检测,通过自研程序筛选出小火蚁全基因组中的特异性片段,... 详细信息

小火蚁Wasmannia auropunctata是危害性最严重的入侵蚂蚁之一,对动植物、生态、经济甚至是人类都容易造成严重影响,是我国的重大检疫害虫之一。本研究为实现小火蚁的现场快速精准检测,通过自研程序筛选出小火蚁全基因组中的特异性片段,具有更高的特异性,基于酶介导双重指数扩增技术(EmDEA)筛选了适用的引物、RNA探针,全部反应所需时间小于20 min,并验证了其特异性和灵敏度。结果显示这种方法可在短时间内达到极高检测灵敏度与特异性,最低检出限约为4 ng。这种方法极大程度降低对设备的依赖,简单、快速、特异,为小火蚁的基层检测与现场诊断提供技术支持。

关键词：小火蚁酶介导双重指数扩增技术(EmDEA) 特异性引物 RNA探针快速鉴定精准检测

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水稻内生成团泛菌YS19与菠萝泛菌YJ76共培养提高环境胁迫生存适应性

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微生物学杂志 2023年第6期43卷 12-17页

作者：孙远浩周心怡何新宇杨逸轩冯永君北京理工大学生命学院北京100081 岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业部农业基因数据分析重点实验室中国农业科学院农业基因组研究所广东深圳518120

成团泛菌(Pantoea agglomerans)YS19和菠萝泛菌(Pantoea ananatis)YJ76是从水稻(Oryza sativa)“越富”品种中分离得到的2株优势内生固氮细菌。利用YS19和YJ76共培养方式模拟菌体栖息微环境,探索潜在的种间生物效应,发现适量的YJ76能够... 详细信息

成团泛菌(Pantoea agglomerans)YS19和菠萝泛菌(Pantoea ananatis)YJ76是从水稻(Oryza sativa)“越富”品种中分离得到的2株优势内生固氮细菌。利用YS19和YJ76共培养方式模拟菌体栖息微环境,探索潜在的种间生物效应,发现适量的YJ76能够促进YS19共质体的形成并且YJ76细胞可以参与到YS19的共质体结构中,YS19 YJ76接种量比例为103时促进效果最为显著。相比之下,当使用吲哚产量显著下降的YJ76突变株Δzwf与YS19共培养时,上述促进效应均显著减弱。与单独培养相比,共培养显著提高了两个菌株对重金属Zn^(2+)、四环素、紫外线以及干燥的耐受能力,YS19分别提高了63.9%、56.0%、57.4%、72.0%,YJ76分别提高了147.9%、172.7%、266.3%、348.6%。结果表明水稻的两种主要内生菌YS19和YJ76在共栖息时表现为强烈的协同作用,而YJ76产生的吲哚信号分子在这个过程中起到重要调节作用。

关键词：水稻内生菌成团泛菌菠萝泛菌共培养共质体吲哚

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细菌转录因子与基因表达调控

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中国生物化学与分子生物学报 2021年第6期37卷 697-703页

作者：王雪莹孙泽敏冯永君北京理工大学生命学院北京100081 岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业部农业基因数据分析重点实验室中国农业科学院农业基因组研究所广东深圳518120

转录因子(transcription factor,TF)是在细胞中通过引导RNA聚合酶与特定的DNA序列相结合,从而调控基因表达的蛋白质。它可使生物体在面对不断变化的环境时迅速做出响应,更好地实现生存适应性。大多数细菌转录因子由DNA结合结构域和调节... 详细信息

转录因子(transcription factor,TF)是在细胞中通过引导RNA聚合酶与特定的DNA序列相结合,从而调控基因表达的蛋白质。它可使生物体在面对不断变化的环境时迅速做出响应,更好地实现生存适应性。大多数细菌转录因子由DNA结合结构域和调节结构域两部分组成,但也有一些转录因子只有1个DNA结合结构域。根据作用机制的不同可将其分为激活性转录因子与抑制性转录因子。细菌转录因子作为一个调控者不仅广泛调控菌体细胞内的基因表达,也受其他信号分子的调控,彼此形成复杂的调控网络,共同管理基因表达以应对生存环境的变化。鉴于细菌转录因子在基因表达调控中的重要功能,其一直是分子生物学研究的热点。本文总结了近年来相关研究的进展,重点介绍其结构、作用机制及其与菌体抗逆生存的关系,为系统了解其生理功能与应用提供帮助。

关键词：转录因子细菌抗逆性

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低成本基因组测序带来的食用真菌基因组育种机遇

低成本基因组测序带来的食用真菌基因组育种机遇

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中国菌物学会2023年学术年会

作者：常玉晓赵胜岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业农村部基因组数据分析重点实验室中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所

测序技术的快速发展缩小了众多物种与所谓"模式物种"的研究水平的差距,使得任意物种的遗传与育种研究都有可能像水稻一样具有良好的基因组数据基础和丰富的研究工具。基于单倍体诱导后再进行染色体加倍的双单倍体育种和基因... 详细信息

测序技术的快速发展缩小了众多物种与所谓"模式物种"的研究水平的差距,使得任意物种的遗传与育种研究都有可能像水稻一样具有良好的基因组数据基础和丰富的研究工具。基于单倍体诱导后再进行染色体加倍的双单倍体育种和基因组选择育种技术已经在玉米等作物上发挥了重要的作用。食用真菌天然具有单倍体发育阶段!非常适合进行基因组选择育种,然而,目前在农业样品上应用的固/液相芯片、多重PCR等全基因组基因型检测技术都借鉴于临床医学中的方法,虽然已经全部或部分实现了国产试剂的替代,但其价格仍然高达100元/样品以上,且继续下降的空间有限,限制了现代育种技术在不同物种上的广泛应用。我们注意到农业样品和医学样品对基因型检测文库构建成本和质量完全相反的要求,提出了育种样品的文库构建只有走"以质换价,以质换速"的新道路,才能将价格降低到10元/样品以内。在此理念下,我们开发了AIO (All-In-One)-seq (Zhao.,et al,Plant Methods,2020)和FBI-seq(Foreground and Background Integrated genotyping by sequencing,Zhao.,et al,J Integr Plant Biol,2023)等可以应用于任意物种的高通量、低成本基因分型技术,其中AIO-seq将传统方法文库扩增后的文库分选和定量这两个步骤,从"每个样品单独操作"的繁琐流程,优化为"多个样品混合操作"的简化流程。通过简化,可以实现一百多份样品混在一起只进行一次文库的分选和定量,比传统的文库构建方法降低了50%以上的试剂成本和2/3以上的人工成本。FBI-seq首次发现了PCR扩增过程中的非特异性扩增并非杂乱无章,而是有其产生的规律;在此基础上开发的FBI-seq通过增强而非抑制非特异性PCR扩增进行全基因组基因分型,对于任意物种,FBI-seq只需要设计一条引物可以检测前景基因位点和数万个背景位点的基因型,且性能优于固相DNA芯片和液相芯片,在食用真菌的基因组选择育种上具有重要的应用价值。

关键词：基因组育种基因分型基因组组装

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利用分子标记辅助选择改良‘长农粳1号’的稻瘟病抗性

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分子植物育种 2022年第13期20卷 4400-4406页

作者：曾晓强胡慧高若愚何丽萍田雨徐俊英杨隆维常玉晓徐建龙邱先进长江大学农学院主要粮食作物产业化湖北省协同创新中心荆州434025 湖北省宜昌市农科院宜昌443004 中国农业科学院深圳农业基因组研究所岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业部农业基因数据分析重点实验室深圳518120 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

稻瘟病是水稻(Oryza sativa L.)生产中最重要的病害之一,选育抗稻瘟病的水稻品种是防治稻瘟病最经济有效的方法。本研究通过连续回交结合分子标记辅助选择,将抗稻瘟病基因Pi2导入到高产优质晚粳品种‘长农粳1号’中,改良‘长农粳1号’... 详细信息

稻瘟病是水稻(Oryza sativa L.)生产中最重要的病害之一,选育抗稻瘟病的水稻品种是防治稻瘟病最经济有效的方法。本研究通过连续回交结合分子标记辅助选择,将抗稻瘟病基因Pi2导入到高产优质晚粳品种‘长农粳1号’中,改良‘长农粳1号’的稻瘟病抗性。改良系的背景回复率为94.36%,仅在第6染色体有一个导入片段。‘长农粳1号’改良系的稻瘟病抗性为中感,显著优于‘长农粳1号’。此外,‘长农粳1号’改良系的生育期显著缩短,产量显著下降,品质显著改变。研究结果将为利用分子标记辅助选择改良粳稻的稻瘟病抗性提供科学依据和种质资源。

关键词：粳稻稻瘟病分子标记辅助选择产量品质

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植物细胞器基因编辑研究进展

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广西植物 2021年第10期41卷 1654-1664页

作者：武志强周家伟岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业农村部农业基因数据分析重点实验室中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所广东深圳518120 华中农业大学植物科学技术学院武汉430070

基因编辑(gene editing),又称基因组编辑或基因组工程,是一种以插入、删除或碱基替换的形式引起DNA序列突变的技术。基因编辑技术有多种类型,如锌指核酸酶技术(zinc-finger nucleases,ZFNs)、转录激活因子样效应物核酸酶技术(transcript... 详细信息

基因编辑(gene editing),又称基因组编辑或基因组工程,是一种以插入、删除或碱基替换的形式引起DNA序列突变的技术。基因编辑技术有多种类型,如锌指核酸酶技术(zinc-finger nucleases,ZFNs)、转录激活因子样效应物核酸酶技术(transcription activator-like effector nucleases,TALENs),以及近几年迅速发展起来的规律成簇短回文重复序列及其核酸酶9技术(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated nuclease 9,CRISPR/Cas9)。基因编辑技术的出现加速了植物功能基因组学的发展,并将在作物精准育种方面具有巨大的开发潜力。植物细胞器基因编辑主要是指对植物线粒体和叶绿体基因组的编辑。植物线粒体和叶绿体分别被称为细胞的“动力工厂”和“生产车间”,对于细胞及整个植株的生长发育及各种生命活动具有非常重要的作用。对线粒体和叶绿体基因组进行编辑将有利于了解其遗传规律从而开发它们在作物改良和工业生产上的应用。目前,细胞器基因编辑技术已经开始崭露头角,具有非常广阔的应用前景。该文将从基因编辑技术的发展、植物细胞器基因组的结构和特点、线粒体基因编辑和叶绿体遗传转化等方面进行总结,并对植物细胞器基因编辑的研究前景进行展望。

关键词：基因编辑 TALENs 细胞器基因组线粒体基因编辑叶绿体遗传转化

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不同营养条件下甜菜夜蛾幼虫感染核型多角体病毒的敏感性及取食趋性

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环境昆虫学报 2021年第5期43卷 1122-1128页

作者：乔风娇邢龙生李长友郑桂玲张彬青岛农业大学植物医学学院山东省植物病虫害综合防控重点实验室中澳农业与环境健康联合研究院山东青岛266109 岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业农村部农业基因数据分析重点实验室中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所深圳518120

为探讨不同营养条件下甜菜夜蛾Spodoptera exigua对甜菜夜蛾核型多角体病毒(Spodoptera exigua multiple nucleopolyhedrovirus,SeMNPV)的敏感性及取食行为响应,本研究通过改变甜菜夜蛾人工饲料配方建立高蛋白低糖(简称高蛋白)、中蛋白... 详细信息

为探讨不同营养条件下甜菜夜蛾Spodoptera exigua对甜菜夜蛾核型多角体病毒(Spodoptera exigua multiple nucleopolyhedrovirus,SeMNPV)的敏感性及取食行为响应,本研究通过改变甜菜夜蛾人工饲料配方建立高蛋白低糖(简称高蛋白)、中蛋白中糖(简称中蛋白)、低蛋白高糖(简称低蛋白)3种营养品系,观察不同营养品系幼虫对SeMNPV的敏感性,以及染毒前后对不同营养饲料的取食趋性。结果显示,高蛋白、中蛋白、低蛋白3种营养品系中,SeMNPV对甜菜夜蛾初孵幼虫的半数致死浓度(LC_(50))分别是1.76×10^(5)PIB/mL、2.85×10^(5)PIB/mL和2.10×10^(4)PIB/mL。统计分析显示,中蛋白品系的LC_(50)显著高于低蛋白品系,高蛋白品系的LC_(50)同其余两种品系相比无显著性差异。以8×10^(5)PIB/mL浓度的病毒饲喂甜菜夜蛾初孵幼虫,3种营养品系的半数致死时间(LT 50)分别是6.07 d、6.85 d和5.20 d,中蛋白品系的存活时间显著长于低蛋白品系,高蛋白品系的LT 50同其余两种品系相比无显著性差异。未染毒状态下,低龄幼虫偏向蛋白质含量较高的饲料,而高龄幼虫则偏向于高糖的饲料;染毒状态下,甜菜夜蛾各龄期幼虫都偏向于取食蛋白质含量较高的饲料。以上研究结果表明,营养条件的变化可以显著影响甜菜夜蛾幼虫对SeMNPV的敏感性,染毒后幼虫明显偏向于蛋白质含量高的饲料,推测蛋白质可能有助于提高甜菜夜蛾幼虫对SeMNPV的抵抗力。

关键词：营养核型多角体病毒甜菜夜蛾毒力取食趋性

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anti-CRISPR的起源、发展和应用

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微生物学通报 2021年第9期48卷 3353-3367页

作者：裴晨辰李英俊华中农业大学生命科学技术学院农业微生物学国家重点实验室湖北武汉430070 华中农业大学深圳营养与健康研究院广东深圳518000 中国农业科学院深圳农业基因组研究所岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业农村部农业基因数据分析重点实验室广东深圳518120

细菌和古菌等微生物与病毒(噬菌体)之间的生存之战是一场"军备竞赛"。细菌和古菌已经进化出多种先天和适应性的免疫系统来抵御噬菌体的入侵。噬菌体则利用不同的对抗策略来躲避这些噬菌体防御机制。CRISPR-Cas(Clustered Regu... 详细信息

细菌和古菌等微生物与病毒(噬菌体)之间的生存之战是一场"军备竞赛"。细菌和古菌已经进化出多种先天和适应性的免疫系统来抵御噬菌体的入侵。噬菌体则利用不同的对抗策略来躲避这些噬菌体防御机制。CRISPR-Cas(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-Associated)系统就是细菌和古菌广泛编码的一种抵御噬菌体等外源遗传元件的获得性免疫系统,与此同时,噬菌体也进化出特异性的anti-CRISPR来抵抗CRISPR-Cas系统的免疫。本文系统综述了anti-CRISPR的发现过程、分类和作用机制,并展望了其潜在的应用。

关键词： CRISPR-Cas anti-CRISPRs 获得性免疫核酸切割

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陆地植物起源研究的新进展

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自然杂志 2021年第3期43卷 225-231页

作者：吴珍程时锋中国农业科学院农业基因组研究所岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心农业农村部农业基因数据分析重点实验室广东深圳518120

植物祖先从水生到陆生的演化是植物进化生物学研究的重要课题,也是改变地球陆地生态系统的关键事件,而目前植物陆地化的进化转变机制尚不明了。最近,对几种链型绿藻和一种角苔植物的高质量基因组解析为这一事件提供了线索。研究得出如... 详细信息

植物祖先从水生到陆生的演化是植物进化生物学研究的重要课题,也是改变地球陆地生态系统的关键事件,而目前植物陆地化的进化转变机制尚不明了。最近,对几种链型绿藻和一种角苔植物的高质量基因组解析为这一事件提供了线索。研究得出如下结论:①双星藻纲(Zygnematophyceae)是现存与陆地植物共同祖先最近的姐妹群系;②两类主调控因子(GRAS和PYL)的土壤细菌水平基因转移在驱动植物祖先陆地化的进程中起着重要作用;③植物祖先陆地化是渐进性演化,遗传物质经历了一系列的“预适应”,很多长期被认为陆地植物特有的基因家族在更原始的绿藻中就已存在;④基因组学是研究植物陆地化及其可逆性过程(如一些水生被子植物)的重要手段。分子机制依然是研究植物陆地化适应性进程的热点之一,包括人工设计的“实验进化”和在植物进化及适应性进程中扮演重要角色的水平基因转移这一自然的转基因工程事件。

关键词：植物陆地化链型绿藻角苔植物基因组学

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