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第十五次全国动物遗传育种学术讨论会

作者：梅瑰张勤丁向东张哲农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室中国农业大学动物科技学院广东省农业科学院畜牧研究所广东省动物育种与营养公共实验室

引言20世纪以来,奶牛的生产水平大幅度提高,其中由于育种所实现的群体遗传改良起到很大作用。但传统的选择方法进展较慢,如果能找到影响奶牛产奶性状的主效基因,并应用于标记辅助选择,将大大加快遗传

关键词：奶牛 BTA6 位置候选产奶性状关联分析

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猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测

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生物化学与生物物理进展 2008年第11期35卷 1291-1297页

作者：巩元芳卢昕王志鹏李珊邱小田张勤农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室中国农业大学动物科技学院北京100193 河北科技师范学院动物科学系昌黎066600

以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量... 详细信息

以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测.通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P<5%水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积.为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率(false discovery rate,FDR)的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR<5%显著水平,其中又有9个达到FDR<1%显著水平.

关键词：猪血常规指标数量性状基因座(QTL) 方差组分分析假检出率(FDR)

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Henna基因突-变是导致北京紫眼果蝇眼部蝶呤含量减少的重要原因

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中国科学（C辑） 2008年第8期38卷 742-750页

作者：王勤赵春江白丽华邓学梅吴常信中国农业大学动物科技学院农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室北京100193

苯丙氨酸羟化酶被认为参与黑腹果蝇眼部蝶呤代谢,但是始终都缺乏有力证据.Henna是苯丙氨酸羟化酶的编码基因,"北京紫眼"果蝇(Hnbp)是Henna基因的一个隐性突变体,Hnbp突变形成的原因是Henna基因的第二外显子上具有插入片段.在H... 详细信息

苯丙氨酸羟化酶被认为参与黑腹果蝇眼部蝶呤代谢,但是始终都缺乏有力证据.Henna是苯丙氨酸羟化酶的编码基因,"北京紫眼"果蝇(Hnbp)是Henna基因的一个隐性突变体,Hnbp突变形成的原因是Henna基因的第二外显子上具有插入片段.在Hnbp中,其编码产物的Biopterin-Hydroxyl功能域中增加了15个氨基酸残基.蛋白预测结果显示,插入的残基改变了原有的蛋白结构,这种变化很可能降低了苯丙氨酸羟化酶与四氢生物蝶呤结合的能力.为了恢复突变表型,利用UAS-GAL4转基因体系使野生型Henna基因在Hnbp的背景下表达.在双拷贝的转基因系GMR-GAL4 UAS-Henna/UAS-Henna;Hnbp/Hnbp中,突变表型得到完全恢复:果蝇的眼色由突变体的紫色恢复到野生型的红色,蝶呤含量也从突变体的30%升至98%,与野生型差异不显著(P>0.05).上述实验结果充分说明,Henna基因突变是导致Hnbp突变体眼部喋呤含量降低的重要原因,为苯丙氨酸羟化酶参与果蝇眼部蝶呤代谢提供了体内实验的直接证据.

关键词：黑腹果蝇 (Drosophila melanogaster) 果蝇蝶呤北京紫眼果蝇苯丙氨酸羟化酶 Henna基因

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一种用于一般系谱的零重组单倍型推断方法

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科学通报 2007年第1期52卷 80-84页

作者：王春考王志鹏邱小田张勤农业部畜禽遗传育种重点开放实验室农业生物技术国家重点实验室中国农业大学动物科技学院北京100094

大量单核苷酸多态标记(single nucleotide polymorphism,SNP)的出现,使以单个标记为中心的关联分析方法逐渐转变成以单倍型为主的关联分析方法.以单倍型为主的分析方法的首要问题是如何获取单倍型.通过实验手段获取单倍型成本较高,利用... 详细信息

大量单核苷酸多态标记(single nucleotide polymorphism,SNP)的出现,使以单个标记为中心的关联分析方法逐渐转变成以单倍型为主的关联分析方法.以单倍型为主的分析方法的首要问题是如何获取单倍型.通过实验手段获取单倍型成本较高,利用基因型数据通过单倍型推断获取单倍型是当前首选方法.针对一般系谱和紧密连锁的SNP标记,本研究提出了一种快速和准确的单倍型推断方法.该方法通过3步6条规则,利用亲子关系确定有序基因型,逐步剔除多余的单倍型,最后通过最大似然法确定单倍型组合.利用模拟数据验证在不同系谱大小、不同标记数目和不同标记基因型缺失率等参数组合条件下单倍型推断方法的效率和准确性,并与PEDPHASE程序作比较.结果表明我们的方法的运行速度和准确性都优于PEDPHASE.本方法的运行速度比PEDPHASE快10～15倍,准确性高4%～10%.同时结果还说明了本方法的准确性几乎不受系谱大小、标记数目和标记基因型缺失率的影响.

关键词：单倍型推断规则算法一般系谱零重组 SNP(single nudeotide polymorphism)

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cDNA芯片差异表达基因检测的非转换方法(英文)

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Acta Genetica Sinica 2006年第1期33卷 80-88页

作者：张纪刚殷宗俊张勤中国农业大学动物科技学院农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室北京100094

cDNA微阵列数据中包含许多变异因素,用于检测差异表达基因和其它统计分析前,必须将这些“噪音”剔除。对数比法(背景校正、对数比转换和数据标准化)已经被广泛应用于cDNA微阵列数据分析中,然而这种方法却存在着一些亟待解决的缺陷。对... 详细信息

cDNA微阵列数据中包含许多变异因素,用于检测差异表达基因和其它统计分析前,必须将这些“噪音”剔除。对数比法(背景校正、对数比转换和数据标准化)已经被广泛应用于cDNA微阵列数据分析中,然而这种方法却存在着一些亟待解决的缺陷。对此,该文提出一种非转换方法,它可免去对数比的转化过程,直接在背景校正后进行数据标准化,可以有效剔除实验“噪音”。研究结果表明:在检测差异表达基因的效率方面,非转换方法比常规的对数比法具有更好的稳健性和更高的检测功效,基因检出率和准确性大大提高。

关键词： cDNA芯片差异表达基因对数比转换非转换方法标准化

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牦牛乳上皮粘蛋白MUC1的遗传多态性研究

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自然科学进展 2006年第5期16卷 629-632页

作者：郑玉才赵兴波金素钰彭先文白文林李宁吴常信西南民族大学生命科学与技术学院成都610041 中国农业大学农业生物技术国家重点实验室北京100094 中国农业大学动物科技学院农业部畜禽遗传育种重点开放实验室北京100094

采用凝胶电泳方法分离牦牛乳上皮粘蛋白MUC1,通过比较乳MUC1的多态性发现麦洼牦牛、九龙牦牛、天祝白牦牛、青海牦牛和西藏牦牛共5个牦牛群427头泌乳牦牛乳MUC1存在 9种MUC1类型,蛋白质分子质量范围为163～208 ku,普遍大于普通乳牛;群... 详细信息

采用凝胶电泳方法分离牦牛乳上皮粘蛋白MUC1,通过比较乳MUC1的多态性发现麦洼牦牛、九龙牦牛、天祝白牦牛、青海牦牛和西藏牦牛共5个牦牛群427头泌乳牦牛乳MUC1存在 9种MUC1类型,蛋白质分子质量范围为163～208 ku,普遍大于普通乳牛;群体遗传变异分析表明牦牛乳MUC1的基因频率、基因型频率存在品种间差异,基因杂合度较大,根据乳MUC1基因频率可将5个牦牛品种明显地聚为两类,提示牦牛乳MUC1存在地方类群的特异性．

关键词：牦牛乳遗传多态性 MUC1

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猪UCP3基因多态的发现与单倍型分析

猪UCP3基因多态的发现与单倍型分析

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第十次全国畜禽遗传标记研讨会

作者：李艳华赵兴波王小花李宁吴常信北京奶牛中心中国农业大学农业生物技术国家重点实验室中国农业大学动物科技学院农业部畜禽遗传育种重点开放实验室中国农业大学农业生物技术国家重点实验室中国农业大学动物科技学院农业部畜禽遗传育种重点开放实验室

解耦联蛋白家族(uncoupling proteins,UCPs),是线粒体内膜的转运蛋白,具有解离氧化磷酸化耦联的功能,影响机体能量代谢。本研究通过PCR和PCR-SSCP等方法, 对UCP3基因进行多态性扫描并进行测序验证,在UCP3基因所扫描的区段中共发现并验证... 详细信息

解耦联蛋白家族(uncoupling proteins,UCPs),是线粒体内膜的转运蛋白,具有解离氧化磷酸化耦联的功能,影响机体能量代谢。本研究通过PCR和PCR-SSCP等方法, 对UCP3基因进行多态性扫描并进行测序验证,在UCP3基因所扫描的区段中共发现并验证了6个多态性位点,然后对这6个多态性位点进行转录因子结合位点预测,结果表明,有 4个突变位点改变了转录因子结合方式,对这4个多态性位点进行单倍型分析,聚类结果表明,这几个突变位点所引起的转录因子结合位点的改变对UCP3基因的转录和调控将产生影响,从而影响猪的生产性能。

关键词：猪解耦联蛋白3 多态性单倍型

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不同猪种TGF-β1基因单核苷酸多态性分析

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中国畜牧杂志 2005年第4期41卷 11-13页

作者：武艳萍傅金恋李宁王晓凤卢纪和王爱国中国农业大学动物科技学院农业部畜禽遗传育种重点开放实验室北京100094 中国农业大学农业生物技术国家重点实验室北京100094 北京养猪育种中心北京100085

以二花脸猪、大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪共计861 头为研究材料,采用PCR-SSCP技术,对猪TGF β1基因6 7外显子区的1156 bp序列进行多态性分析,发现一个多态位点。经克隆测序分析,位于第6内含子区内存在C→T突变,该突变位点为第7... 详细信息

以二花脸猪、大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪共计861 头为研究材料,采用PCR-SSCP技术,对猪TGF β1基因6 7外显子区的1156 bp序列进行多态性分析,发现一个多态位点。经克隆测序分析,位于第6内含子区内存在C→T突变,该突变位点为第7外显子上游的第9位碱基(序列:AJ621785中的第1043位点)。对不同猪群的基因型和基因频率统计结果表明,二花脸猪以等位基因T为主,而大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪则以等位基因C为主,且各猪群均处于Hardy Weinberg平衡。

关键词：畜牧医科学基础学科 TGF-β1 PCR-SCP SNP 猪

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