检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2016年第8期38卷 724-735页

作者：程敏张文建邢天宇闫晓红李玉茂李辉王宁农业部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

miR-17-92基因簇(miR-17-92 cluster)在细胞增殖、分化、凋亡、动物发育以及肿瘤发生等过程中发挥重要作用。目前,人和小鼠等哺乳动物miR-17-92基因簇的转录调控已有深入研究,但该基因簇在鸡等鸟类中的转录调控研究还未见报道,主要原因... 详细信息

miR-17-92基因簇(miR-17-92 cluster)在细胞增殖、分化、凋亡、动物发育以及肿瘤发生等过程中发挥重要作用。目前,人和小鼠等哺乳动物miR-17-92基因簇的转录调控已有深入研究,但该基因簇在鸡等鸟类中的转录调控研究还未见报道,主要原因在于鸟类miR-17-92基因簇上游的基因组序列都存在一个gap,且该基因簇启动子的位置和序列也还不清楚。为此,本研究采用染色体步移的方法获得鸡miR-17-92基因簇上游gap区序列,并采用生物信息学分析和报告基因及截短突变技术开展该gap区的功能分析。染色体步移分析发现,鸡miR-17-92基因簇上游gap区全长1704 bp,GC含量达80.11%。生物信息学分析显示,鸡miR-17-92基因簇上游gap区内1段200 bp的序列与人、牛、小鼠等9种动物miR-17-92基因簇上游序列保守性较高,且该区域为人和小鼠等哺乳动物miR-17-92基因簇宿主基因的核心启动子区。将克隆的gap区序列插入pGL3 basic荧光素酶报告基因载体,构建成启动子荧光素酶报告基因载体pGL3-cMIR17HG(-4228/-2506)。荧光素酶报告基因活性分析表明,p GL3-c MIR17HG(-4228/-2506)报告基因的活性是pGL3 basic空载体活性的417倍,证明所克隆的gap区片段是鸡miR-17-92基因簇宿主基因的启动子。为进一步分析该启动子的结构和功能,构建gap区片段的5'端缺失突变(缺失448 bp)和3'端缺失突变(缺失894 bp)的荧光素酶报告基因载体。与pGL3-cMIR17HG(-4228/-2506)相比,5'端和3'端缺失突变分别使启动子报告基因活性降低19.82%和60.14%。这些数据提示,鸡miR-17-92基因簇宿主基因启动子的重要调控区位于-3400/-2506。本研究结果为进一步开展鸡miR-17-92基因簇的转录调控奠定了基础。

关键词：鸡 miR-17-92基因簇启动子转录调控

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大规模平行报告基因测定:一种分析基因表达调控的新技术

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遗传 2023年第10期45卷 859-873页

作者：袁萌李辉王守志农业农村部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

大规模平行报告基因测定(massively parallel reporter assay,MPRA)是一种可以同时研究基因组数千个调控元件活性的高通量分析方法。该方法在传统的荧光素酶报告基因载体上引入一段具有唯一标识的条形码,通过二代测序技术对转染前的DNA... 详细信息

大规模平行报告基因测定(massively parallel reporter assay,MPRA)是一种可以同时研究基因组数千个调控元件活性的高通量分析方法。该方法在传统的荧光素酶报告基因载体上引入一段具有唯一标识的条形码,通过二代测序技术对转染前的DNA条形码和转染后的mRNA条形码进行测序,用mRNA和DNA条形码读数的比值来分析顺式调控元件的活性。自MPRA提出以来,已被广泛应用于基因组顺式调控元件和功能性变异的鉴定、转录后调控对表型的影响等方面的研究。本文对MPRA的发展历程、基本原理、实验流程、统计分析方法以及在顺式调控元件和转录后调控方面的应用进行了综述,并对其发展前景进行了展望,以期为相关领域研究人员了解与应用MPRA提供有益参考。

关键词：大规模平行报告基因测定基因表达调控顺式调控元件转录后调控

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选择性多聚腺苷酸化的生物学效应及其调控机制研究进展

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遗传 2021年第1期43卷 4-15页

作者：徐海冬宁博林牟芳李辉王宁农业农村部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(al... 详细信息

真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(alternative cleavage and polyadenylation, APA)是指具有多个PAS的基因,在其mRNA3'端成熟过程中,由于选择不同的PAS,导致产生出多个3'UTR长度和序列组成不同的转录异构体。3'UTR长度和序列的不同会影响mRNA的稳定性、翻译效率、运输和细胞定位等,因此APA是真核生物的一个重要转录后调控方式。近年来,对大量动物、植物及酵母的基因组测序分析发现,APA在真核生物广泛存在,针对APA的生物学效应和调控机制开展了一系列研究。目前已鉴定出许多APA调控的顺式调控元件和反式作用因子。本文重点介绍了APA生物学效应和调控机制的最新研究进展,并探讨了未来APA调控的研究方向。

关键词：基因表达调控选择性多聚腺苷酸化多聚腺苷酸化信号顺式调控元件反式作用因子

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鸡FBXO38转录剪接体1的克隆、表达和功能分析

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生物化学与生物物理进展 2013年第9期40卷 845-858页

作者：张志威孙婴宁荣恩光李辉王宁农业部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030 齐齐哈尔大学生命科学与农林学院齐齐哈尔161006

F-box蛋白（F-box proteins）广泛存在于真核生物，并且成员众多，功能多样．FBXO蛋白是一类C端没有亮氨酸重复序列（leucine-rich repeats，LRRs）和WD重复序列（WD repeats）的F-box蛋白．本研究利用PCR和克隆测序的方法从鸡腹部脂肪... 详细信息

F-box蛋白（F-box proteins）广泛存在于真核生物，并且成员众多，功能多样．FBXO蛋白是一类C端没有亮氨酸重复序列（leucine-rich repeats，LRRs）和WD重复序列（WD repeats）的F-box蛋白．本研究利用PCR和克隆测序的方法从鸡腹部脂肪组织获得一个未知全长编码区序列（coding sequence，CDS），序列分析显示，该序列是鸡FBXO38的一个转录体，本研究将其命名为鸡FBXO38基因转录本1（gallus gallus FBXO38 transcript variant 1，gFBXO38t1）．Real-time reverse transcriptase-PCR分析显示，gFBXO38t1广泛表达于肉鸡多种组织，其中胰腺、回肠和腹部脂肪组织中表达水平较高．进一步分析发现，gFBXO38t1在高、低脂系1～12周龄肉鸡腹部脂肪组织中均有表达，并且在3和4周龄时，低脂肉鸡腹部脂肪组织中gFBXO38t1的表达水平显著高于高脂肉鸡（P 〈 0.05），其余时间点两系间没有显著差异（P 〉 0.05）．在鸡前脂肪细胞（stromal- vascular cells，SV）诱导分化过程中，gFBXO38t1的表达量随着脂肪细胞分化而呈现下降趋势，此外，gFBXO38t1在前脂肪细胞中的表达量明显高于成熟脂肪细胞（fat cells，FC；P 〈 0.05），暗示gFBXO38t1可能是鸡脂肪组织形成的负调控因子．报告基因分析显示，过表达gFBXO38t1抑制CCAAT增强子结合蛋白α（CCAAT/enhancer-binding protein α，C/EBPα）、脂蛋白脂酶（lipoprotein lipase，LPL）、脂肪酸合成酶（fatty acid synthase，FASN）和脂肪酸结合蛋白4（fatty acid-binding protein 4，FABP4）基因的启动子活性（P 〈 0.05），从另一个角度提示了gFBXO38t1对鸡脂肪组织形成具有抑制作用．同时过表达鸡KLF7和gFBXO38t1并不能显著增强过表达gFBXO38t1对鸡LPL、FASN和FABP4基因启动子活性的调控作用，暗示gFBXO38t1对这些基因的调控不完全依赖于鸡转录因子KLF7．本研究为进一步研究鸡脂肪细胞分化和FBXO38的生物学功能提供参考．

关键词： F—box蛋白 KLF7 鸡脂肪组织转录调控

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鸡IGFBP2基因3′UTR区1196C>A单核苷酸多态性的功能性鉴定及分析

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生物化学与生物物理进展 2014年第11期41卷 1163-1172页

作者：于莹莹乔书培孙婴宁宋鹤张潇飞闫晓红李辉王宁农业部鸡遗传育种重点实验室黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030 齐齐哈尔大学生命科学与农林学院齐齐哈尔161006

鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196C>A单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SN... 详细信息

鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196C>A单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SNP位点可能影响gga-mi R-456-3p对IGFBP2基因表达的调控作用.为鉴定SNP 1196C>A是否为功能性SNP,本研究分别构建了包含该SNP位点C或A等位基因的双荧光素酶报告基因载体,比较分析这两个等位基因在鸡胚成纤维细胞系(DF1)和鸡前脂肪细胞中对报告基因活性和表达的影响;利用mi RNA mimics和inhibitor分析gga-mi R-456-3p对不同等位基因报告基因活性以及内源性IGFBP2表达的影响.结果发现,在DF1细胞和鸡前脂肪细胞中,A等位基因的报告基因活性和表达均显著高于C等位基因(P<0.05);gga-mi R-456-3p仅影响C等位基因的报告基因活性和表达,而对A等位基因的报告基因活性没有明显影响;gga-mi R-456-3p调控细胞内源性IGFBP2基因的m RNA和蛋白质表达.本研究证实IGFBP2基因是gga-mi R-456-3p的靶基因,其3′UTR区SNP 1196C>A是一个功能性SNP,它影响gga-mi R-456-3p对鸡IGFBP2基因的表达调控作用.本研究结果对于鸡的分子辅助选择育种及IGFBP2基因在脂肪沉积中调控机制的阐明具有重要意义.

关键词：鸡 IGFBP2基因单核苷酸多态性 3′非编码区 gga-mi R-456-3p

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C/EBPα通过结合鸡神经调节蛋白4基因外显子2正调控其表达

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第11期40卷 1608-1617页

作者：罗昊玉黄佳新高帆闫晓红牟芳王宁农业农村部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院动物遗传育种与繁殖系哈尔滨150030

神经调节蛋白4(NRG4)是一个新发现的脂肪细胞因子,它在机体能量平衡、糖脂代谢等许多生理过程中发挥重要调控作用。目前,NRG 4基因的转录调控机制尚不清楚。我们前期的5′RACE分析显示,鸡NRG 4基因转录起始位点(TSS)弥散分布于一段约200... 详细信息

神经调节蛋白4(NRG4)是一个新发现的脂肪细胞因子,它在机体能量平衡、糖脂代谢等许多生理过程中发挥重要调控作用。目前,NRG 4基因的转录调控机制尚不清楚。我们前期的5′RACE分析显示,鸡NRG 4基因转录起始位点(TSS)弥散分布于一段约200 bp的区域,提示鸡NRG 4基因的启动子为分散型启动子(dispersed promoter)。本研究开展了鸡NRG 4基因近端外显子和内含子的启动子活性分析,报告基因分析显示,包含NRG 4基因外显子1、内含子1和外显子2的基因组片段(-122/+452)具有很强的双向启动子活性。生物信息学分析显示,鸡NRG 4基因外显子2上存在1个转录因子CCAAT增强子结合蛋白α(C/EBPα)的潜在结合位点;报告基因分析发现,删除或突变C/EBPα结合位点会导致C/EBPα丧失对NRG 4基因片段(-122/+452)启动子活性的调控作用。基因表达相关性分析显示,鸡脂肪组织中C/EBPα和NRG 4基因的mRNA表达存在显著正相关(P<0.01)。进一步的脂肪组织ChIP-qPCR分析显示,C/EBPα直接结合鸡NRG 4基因的外显子2。本研究发现,鸡NRG 4基因的近端外显子和内含子具有双向启动子活性,C/EBPα通过直接结合外显子2调控鸡脂肪组织NRG 4基因的表达。

关键词：神经调节蛋白4 近端外显子和内含子启动子活性转录调控 CCAAT增强子结合蛋白α(C/EBPα)

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鸡Perilipin1基因启动子的克隆及分析

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畜牧兽医学报 2016年第2期47卷 249-259页

作者：周纬男史铭欣乔书培史洪岩王宇祥东北农业大学动物科学技术学院农业部鸡遗传育种重点实验室黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030

旨在研究鸡脂滴包被蛋白基因(Perilipin1,Plin)启动子的结构及特征。本研究采用PCR方法扩增了鸡Perilipin1基因5′侧翼区约2kb的DNA片段,并对其进行了克隆、测序及生物信息学分析;同时,构建了其全长及系列截短突变的报告基因表达载体,... 详细信息

旨在研究鸡脂滴包被蛋白基因(Perilipin1,Plin)启动子的结构及特征。本研究采用PCR方法扩增了鸡Perilipin1基因5′侧翼区约2kb的DNA片段,并对其进行了克隆、测序及生物信息学分析;同时,构建了其全长及系列截短突变的报告基因表达载体,瞬时转染鸡胚成纤维细胞系(DF-1),用双荧光素酶报告基因系统测定了荧光素酶活性,确定了该基因的核心启动子区域。生物信息学分析结果表明,鸡Perilipin1基因的启动子区不存在典型的TATA box结构和CpG岛,但可能存在TFIID、Sp1、AP2、PPAR、RXR、SREBP1、C/EBP、GATA、ER、KLF5等多个转录因子结合位点;报告基因分析结果表明,本研究克隆的鸡Perilipin1基因启动子能够极显著地启动报告基因的表达(P<0.01),并且随着启动子片段由5′端逐渐截短,报告基因活性表现出逐渐增强的趋势,其中-360/-11片段具有最强的报告基因活性。综上表明,鸡Perilipin1基因-360/-11区域的启动子片段具有最强的转录活性,包含该基因的核心启动子序列。

关键词：鸡脂滴包被蛋白启动子克隆分析

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高、低脂系肉鸡肌肉品质的比较

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动物营养学报 2017年第8期29卷 2977-2987页

作者：安荣荣冷丽龚朋飞汪礼建李辉王宇祥农业部鸡遗传育种重点实验室黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

本文旨在比较分析高、低脂系肉鸡肌肉品质的差异。以东北农业大学培育的高、低脂系第20世代肉鸡为试验动物,采用常规肉品质检测方法,测定肌肉的物理性状、化学性状、组织学特性以及风味物质,并比较这些性状在两系间的差异。结果表明:1)... 详细信息

本文旨在比较分析高、低脂系肉鸡肌肉品质的差异。以东北农业大学培育的高、低脂系第20世代肉鸡为试验动物,采用常规肉品质检测方法,测定肌肉的物理性状、化学性状、组织学特性以及风味物质,并比较这些性状在两系间的差异。结果表明:1)物理性状方面,高脂系肉鸡胸肌的蒸煮损失和滴水损失显著或极显著高于低脂系肉鸡(P<0.05或P<0.01),而胸肌的肉色亮度值(45 min)和黄度值(45 min和24 h)、pH_(24 h)、失水率和剪切力显著或极显著低于低脂系肉鸡(P<0.05或P<0.01);高脂系肉鸡腿肌的pH_(24 h)、滴水损失、蒸煮损失和剪切力极显著高于低脂系肉鸡(P<0.01),而腿肌的肉色亮度值(45 min)和黄度值(45 min和24 h)、pH_(45 min)和失水率显著或极显著低于低脂系肉鸡(P<0.05或P<0.01)。2)化学性状方面,高脂系肉鸡胸肌和腿肌的水分和粗蛋白质含量显著或极显著高于低脂系肉鸡(P<0.05或P<0.01),而粗脂肪含量极显著低于低脂系肉鸡(P<0.01)。3)组织学特性方面,高脂系肉鸡胸肌的肌纤维直径显著高于低脂系肉鸡(P<0.05),腿肌的肌纤维密度极显著高于低脂系肉鸡(P<0.01)。4)风味物质方面,高脂系肉鸡胸肌的甜鲜味氨基酸、必需氨基酸和总氨基酸含量显著或极显著高于低脂系肉鸡(P<0.05或P<0.01);高脂系肉鸡胸肌和腿肌的多不饱和脂肪酸和必需脂肪酸含量极显著低于低脂系肉鸡(P<0.01)。总体而言,高、低脂系肉鸡肌肉的理化性状、组织学特性和风味物质含量差异显著,说明长期对腹脂性状的双向选择会在一定程度上影响肉鸡的肌肉品质。

关键词：高、低脂系肉鸡肌肉品质组织学特性风味物质

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鸡miR-19a、miR-19b通过靶向抑制LIN9促进前脂肪细胞增殖

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中国生物化学与分子生物学报 2016年第8期32卷 943-952页

作者：宋鹤张潇飞褚衍凯邢天宇闫晓红李辉王宁农业部鸡遗传育种重点实验室黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

miR-17-92基因簇编码包括miR-19a、miR-19b在内的至少6个miRNA,在鸡细胞的增殖、分化、凋亡及发育等多种生物学过程中发挥重要作用,但其作用机制尚不清楚。生物信息学分析显示,细胞周期调控子LIN9是miR-17-92基因簇成员miR-19a和miR-19... 详细信息

miR-17-92基因簇编码包括miR-19a、miR-19b在内的至少6个miRNA,在鸡细胞的增殖、分化、凋亡及发育等多种生物学过程中发挥重要作用,但其作用机制尚不清楚。生物信息学分析显示,细胞周期调控子LIN9是miR-17-92基因簇成员miR-19a和miR-19b的潜在靶点。为验证这一预测,构建含野生型LIN9 3'-UTR荧光素酶报告基因载体(psi-CHECK2-LIN9-3'-UTR-WT)及突变型报告基因载体(psi-CHECK2-LIN9-3'-UTR-MUT),开展靶标LIN9的鉴定。复合转染结合报告基因酶活性测定结果表明,过表达miR-19a和miR-19b能显著抑制含野生型LIN9 3'-UTR的报告基因表达,而过表达miR-19a和miR-19b抑制剂显著提高野生型LIN9 3'-UTR报告基因的表达。实时定量PCR(RT-q PCR)证明,miR-19a和miR-19b抑制剂对内源性LIN9 mRNA的表达没有影响,提示miR-19a和miR-19b可能不是通过降解mRNA调控LIN9表达。转染结合CCK-8细胞增殖分析显示,在鸡前脂肪细胞过表达LIN9明显抑制细胞增殖。与此相一致的是,细胞增殖标志分子Cyclin D1、c-Myc、PCNA、Ki67的mRNA表达量明显降低。本研究证实,LIN9是miR-17-92基因簇成员miR-19a和miR-19b的靶标,同时证实,LIN9抑制鸡前脂肪细胞的增殖。是否miR-17-92基因簇编码的其它mi-RNA成员也以LIN9为靶标尚不得而知,我室正在研究中。

关键词： miR-17-92基因簇 LIN9 细胞增殖鸡前脂肪细胞

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DNA与蛋白质的相互作用及其生物学研究方法

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生命科学 2018年第5期30卷 585-592页

作者：孙宇航王宇祥东北农业大学动物科学技术学院农业部鸡遗传育种重点实验室黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030

DNA和蛋白质是构成生物体最为重要的两类生物大分子,两者特异性或非特异性识别及相互作用在整个基因组表达调控过程中发挥着重要的作用,是了解生命活动基本过程的分子基础。为此,从DNA与蛋白质相互作用的概述及其作用形式入手,对目前应... 详细信息

DNA和蛋白质是构成生物体最为重要的两类生物大分子,两者特异性或非特异性识别及相互作用在整个基因组表达调控过程中发挥着重要的作用,是了解生命活动基本过程的分子基础。为此,从DNA与蛋白质相互作用的概述及其作用形式入手,对目前应用较多的几种分子生物学检测方法,如电泳迁移率变动分析(EMSA)、DNase I足迹法(DNase I footprinting)、酵母单杂交技术(Y1H)以及染色质免疫沉淀技术(Ch IP)的原理、优缺点、优化方法及其最新应用等进行了综述。

关键词： DNA 蛋白质相互作用

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