检索结果-内蒙古大学图书馆

化学学报 2014年第3期72卷 277-288页

作者：林源为郭雪峰北京大学前沿交叉学科研究院纳米科学与技术研究中心北京100871 北京大学纳米化学研究中心北京分子科学国家实验室分子动态与稳态国家重点实验室化学与分子工程学院北京100871 北京大学工学院材料科学与工程系北京100871

石墨烯属于碳纳米材料家族中的一员,是一种单层的二维原子晶体,具有高硬度、高导热性、高载流子迁移率等诸多优良特性,被认为是新一代电子学器件的重要基础材料.近年来我们课题组利用石墨烯的这些优良特性在其表界面化学修饰及其功能调... 详细信息

石墨烯属于碳纳米材料家族中的一员,是一种单层的二维原子晶体,具有高硬度、高导热性、高载流子迁移率等诸多优良特性,被认为是新一代电子学器件的重要基础材料.近年来我们课题组利用石墨烯的这些优良特性在其表界面化学修饰及其功能调控方面开展了一系列研究工作.我们对石墨烯表界面进行了共价或非共价化学修饰,在一定程度上打开了石墨烯的带隙,并发展了具有传感功能的石墨烯器件.我们还制备了基于石墨烯的纳米电极,发展了新一代分子电子器件的普适性制备方法,实现了单分子器件的功能化.展望未来,以石墨烯为代表的碳基纳米材料将继续在纳电子器件研究领域发挥重要作用.

关键词：石墨烯化学修饰功能调控纳米电极分子电子器件

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基于深度学习技术预测药物引起的肝损伤

基于深度学习技术预测药物引起的肝损伤

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第十三届全国计算机化学学会会议

作者：徐优俊戴紫薇陈芳进高帅师裴剑锋来鲁华北京大学前沿交叉科学研究院定量生物学中心北京100871 北京大学前沿交叉科学研究院定量生物学中心北京100871 北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100871 北京大学北大清华生命科学联合中心北京100871

药物引起的肝损伤(DILI)是近50年来导致药物撤市的最主要原因,因此建立准确的计算机DILI预测模型具有重要的应用价值.最近几年,深度学习被证明具有强大的自动学习能力,已经成功地被应用到多个领域.在本研究中,我们用深度学习技术发展了... 详细信息

药物引起的肝损伤(DILI)是近50年来导致药物撤市的最主要原因,因此建立准确的计算机DILI预测模型具有重要的应用价值.最近几年,深度学习被证明具有强大的自动学习能力,已经成功地被应用到多个领域.在本研究中,我们用深度学习技术发展了两个DILI预测模型,其中一个通过训练475个药物分子得到的模型,在预测198个外部药物分子时,得到了86.9％的准确率,82.5％的敏感性,以及92.9％的特异性,ROC曲线线下面积0.955,这个结果显著优于现有的其他DILI预测模型.

关键词：药物引起的肝损伤深度学习

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干细胞编程与重编程中表观遗传调控的分子机制和结构基础

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中国基础科学 2015年第4期17卷 24-29页

作者：钟琛汤富酬李国红丁建平国家蛋白质科学研究中心分子生物学国家重点实验室(中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所)上海200031 北京大学生命科学学院北京大学生物动态光学成像中心生物大分子国家重点实验室(中国科学院生物物理研究所) 北京100871

干细胞研究因其重要的理论意义和广泛的应用前景而成为近年来生命科学研究的热点领域。目前人们在胚胎干细胞的定向分化和诱导多能干细胞细胞系的建立方面取得了重大突破,但对相关生物学过程的调控机制所知十分有限,干细胞应用仍然面临... 详细信息

干细胞研究因其重要的理论意义和广泛的应用前景而成为近年来生命科学研究的热点领域。目前人们在胚胎干细胞的定向分化和诱导多能干细胞细胞系的建立方面取得了重大突破,但对相关生物学过程的调控机制所知十分有限,干细胞应用仍然面临许多难题。表观遗传调控作为整合细胞内外环境因素与基因组遗传信息的媒介,直接参与控制基因表达,决定细胞分化与功能特异化,在干细胞的自我维持和定向分化以及体细胞重编程过程中发挥了非常重要的作用。"干细胞编程与重编程中表观遗传调控的分子机制和结构基础"国家重大科学研究计划项目围绕干细胞编程与重编程过程中的表观遗传调控所涉及的关键科学问题,利用多学科的研究方法和手段开展研究,目前已经取得了一批具有重大国际影响的突破性成果。例如,在国际上首次通过单细胞基因组学分析方法,实现了对人早期胚胎的DNA甲基化调控网络的系统分析;又如,利用染色质体外组装体系和冷冻电镜三维重构方法,在国际上首次解析了30 nm染色质纤维的高分辨率结构,在染色质高级结构这一重大科学问题上取得了突破性的进展。这些研究成果有助于深入理解人类胚胎干细胞及i PS细胞自我维持、定向分化、重编程等各个环节的表观遗传调控机制,将有力地推动基于干细胞的各种再生医疗技术和手段的应用进程。

关键词：干细胞命运决定表观遗传调控染色质修饰 DNA甲基化染色质高级结构

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荧光自旋捕获探针的合成及ESR捕获研究

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高等学校化学学报 2014年第11期35卷 2366-2369页

作者：王兵杜立波刘阳平周建威刘扬贵州师范大学化学与材料科学学院贵阳550001 中国科学院化学研究所分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100190 天津医科大学药学院天津300070

设计合成了具有荧光基团的新型硝酮类自由基捕获探针并对其结构进行了表征.自由基捕获实验结果表明,该探针能实现对超氧阴离子自由基与碳中心自由基的捕获.此外,该自由基捕获探针反应产物的荧光强度与被捕获自由基浓度之间存在相关性,... 详细信息

设计合成了具有荧光基团的新型硝酮类自由基捕获探针并对其结构进行了表征.自由基捕获实验结果表明,该探针能实现对超氧阴离子自由基与碳中心自由基的捕获.此外,该自由基捕获探针反应产物的荧光强度与被捕获自由基浓度之间存在相关性,有望建立依据荧光强度分析被捕获自由基浓度的新方法.

关键词：自由基硝酮自旋捕获荧光超氧阴离子

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强激光场驱动下光电子动力学中的长程库仑势效应

强激光场驱动下光电子动力学中的长程库仑势效应

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第十八届全国原子与分子物理学术会议

作者：全威郝小雷陈永菊余少刚许松坡王艳兰孙仁平赖炫扬吴成印龚旗煌贺贤土柳晓军陈京中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室武汉 430071中国 HEDPS 北京大学应用物理与技术研究中心北京 100084中国北京应用物理与计算数学研究所北京 100088中国中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室武汉 430071中国中国科学院大学北京100080中国北京大学人工微结构和介观物理重点实验室北京100871中国北京大学量子物质科学协同创新中心北京100871中国

本文从实验和理论两个方面研究了中红外飞秒强激光场中光电子动力学的长程库仑势效应.实验测量得到的Xe原子光电子动量分布中出现了一个零能结构(ZES),该结构随着激光光强和波长的演化规律可以定性地用一个半经典理论模型进行解释.理论...

本文从实验和理论两个方面研究了中红外飞秒强激光场中光电子动力学的长程库仑势效应.实验测量得到的Xe原子光电子动量分布中出现了一个零能结构(ZES),该结构随着激光光强和波长的演化规律可以定性地用一个半经典理论模型进行解释.理论分析表明长程库仑势在ZES的形成过程中扮演了非常重要的角色.

关键词：

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强激光场驱动下光电子动力学中的长程库仑势效应

强激光场驱动下光电子动力学中的长程库仑势效应

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中国物理学会2015年秋季会议

作者：全威郝小雷陈永菊余少刚许松坡王艳兰孙仁平赖炫扬吴成印龚旗煌贺贤土柳晓军陈京中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室武汉 430071中国 HEDPS 北京大学应用物理与技术研究中心北京100084中国北京应用物理与计算数学研究所 8009邮箱北京100088中国中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室武汉 430071中国中国科学院大学北京100080中国北京大学人工微结构和介观物理重点实验室北京100871中国北京大学量子物质科学协同创新中心北京100871中国

长程库仑作用广泛存在于自然界中,它对于我们理解原子结构和动力学过程具有重要意义。然而,在强场原子分子物理领域,长程库仑相互作用却因为实验上无法观测到而没有引起人们的重视[1,2]。本文报道了中红外激光场中Xe原子光电子动量分布... 详细信息

长程库仑作用广泛存在于自然界中,它对于我们理解原子结构和动力学过程具有重要意义。然而,在强场原子分子物理领域,长程库仑相互作用却因为实验上无法观测到而没有引起人们的重视[1,2]。本文报道了中红外激光场中Xe原子光电子动量分布中长程库仑作用的实验证据。

关键词：长程库仑势强激光场电离中红外激光场

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新型磷酸甘油酸脱氢酶别构抑制剂的研究

新型磷酸甘油酸脱氢酶别构抑制剂的研究

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中国化学会第29届学术年会

作者：刘培王倩刘莹来鲁华北京分子科学国家实验室分子动态与稳态结构国家重点实验室北京大学化学与分子工程学院

癌细胞为了满足快速增殖的需求,其代谢过程不同于正常细胞,更倾向于通过糖酵解途径进行代谢。磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)是催化生物体内合成丝氨酸第一步反应的关键酶,在人的黑色素瘤1和乳腺癌细胞2中均被发现有过表达,并且PHGDH对于这些... 详细信息

癌细胞为了满足快速增殖的需求,其代谢过程不同于正常细胞,更倾向于通过糖酵解途径进行代谢。磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)是催化生物体内合成丝氨酸第一步反应的关键酶,在人的黑色素瘤1和乳腺癌细胞2中均被发现有过表达,并且PHGDH对于这些细胞的生长和生存必不可少。因此,以PHGDH作为靶标设计抑制剂有望成为治疗癌症的一种新策略。别构抑制剂在提供新的结合位点、提高选择性、改善耐药突变的影响等方面优于底物竞争型抑制剂。本文通过结合位点探测程序Cavity以及人工挑选,预测了PHGDH的潜在别构口袋,分别针对这些口袋进行虚拟筛选,购买化合物进行酶活测定,初步得到作用于5个不同别构口袋的先导化合物,其中对III号口袋活性最好的化合物(5-1)的半数抑制常数IC50为3.0.M。我们对此化合物进行了结构修饰,合成了29个新化合物以探索结构与活性关系,深入研究正在进行之中。

关键词：磷酸甘油酸脱氢酶别构抑制剂虚拟筛选酶活测定合成

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功能蛋白质设计

功能蛋白质设计

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中国化学会第29届学术年会

作者：来鲁华北京大学化学与分子工程学院北京分子动态与稳态国家重点实验室分子科学国家实验室

设计具有特定结构或功能的蛋白质一方面可以揭示蛋白质结构与功能关系的规律,另一方面可以创造具有潜在应用价值的蛋白质。蛋白质-蛋白质相互作用在生命过程中发挥了重要作用,许多蛋白质相互作用被认为是重要的药物设计靶标,针对这些关... 详细信息

设计具有特定结构或功能的蛋白质一方面可以揭示蛋白质结构与功能关系的规律,另一方面可以创造具有潜在应用价值的蛋白质。蛋白质-蛋白质相互作用在生命过程中发挥了重要作用,许多蛋白质相互作用被认为是重要的药物设计靶标,针对这些关键作用的蛋白质药物研发近年了受到很多关注,也是发展最快的药物类型。我们致力于发展创造自然界中不存在的新型蛋白质相互作用对的设计方法,主要包括基于关键作用残基的嫁接方法、基于靶蛋白质结构的结合蛋白全新设计方法和基于蛋白质-蛋白质对接计算的虚拟筛选方法,相关设计方法在一些重要生物体系的蛋白质设计中得到了成功应用。我们还将相关的设计策略应用到金属结合蛋白质的设计中,成功地设计得到了与铀酰离子具有超强结合活性的蛋白质、与锌离子结合的蛋白质等。相关设计方法有望在更多的功能蛋白质设计中得到应用。

关键词：蛋白质设计蛋白质结构与功能蛋白质-蛋白质相互作用金属结合蛋白质设计

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D-3-磷酸甘油酸脱氢酶的新型别构调控分子

D-3-磷酸甘油酸脱氢酶的新型别构调控分子

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中国化学会第29届学术年会

作者：王倩戚逸飞尹宁来鲁华北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态结构国家重点实验室北京大学定量生物学中心

大肠杆菌中的D-3-磷酸甘油酸脱氢酶(PGDH)催化丝氨酸合成第一步[1],并能被丝氨酸所别构调控[2]。在此前的研究工作中,我们发展了二态Gō模型结合微扰的方法从理论上预先对蛋白的别构位点进行预测[3]。对大肠杆菌中的PGDH,我们总共预测... 详细信息

大肠杆菌中的D-3-磷酸甘油酸脱氢酶(PGDH)催化丝氨酸合成第一步[1],并能被丝氨酸所别构调控[2]。在此前的研究工作中,我们发展了二态Gō模型结合微扰的方法从理论上预先对蛋白的别构位点进行预测[3]。对大肠杆菌中的PGDH,我们总共预测到了两个潜在的别构位点,一个位于活性位点附近(位点I),一个位于别构位点附近(位点II)。在本次研究工作中[4],通过虚拟筛选结合实验验证的方法,我们发现了结合在位点I的别构激活剂和抑制剂。化合物1和2呈现出低浓度激活高浓度抑制的现象,体外酶活测定化合物1和2的IC50值分别为34.8和58.0μM,化合物2的AC50值为34.7 nM。竞争实验表明化合物1和2不与丝氨酸和底物结合位点相互作用,动力学研究表明化合物1和2是通过影响动力学参数Km,kcat和kcat/Km来影响酶活的。所发现的新型PGDH别构分子可用于大肠杆菌以及人体中的氨基酸合成途径调控。该方法所发现的别构位点为药物设计、代谢网络调控等研究提供了新的可能。

关键词： D-3-磷酸甘油酸脱氢酶大肠杆菌别构分子别构调控

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Ru/C催化5-羟甲基糠醛选择氧化高效合成2,5-呋喃二甲醛

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催化学报 2013年第5期34卷 871-875页

作者：聂俊芳解佳翰刘海超北京大学化学与分子工程学院北京分子科学国家实验室/分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100871

在活性炭负载金属钌(Ru/C)催化剂上实现了5-羟甲基糠醛的高效选择氧化.以甲苯为反应溶剂,在383K和2.0MPaO2的反应条件下,2,5-呋喃二甲醛(DFF)收率高达95.8%.与活性炭负载的具有相似粒径的Pt,Rh,Pd,Au等其它贵金属催化剂相比,Ru/C具有更... 详细信息

在活性炭负载金属钌(Ru/C)催化剂上实现了5-羟甲基糠醛的高效选择氧化.以甲苯为反应溶剂,在383K和2.0MPaO2的反应条件下,2,5-呋喃二甲醛(DFF)收率高达95.8%.与活性炭负载的具有相似粒径的Pt,Rh,Pd,Au等其它贵金属催化剂相比,Ru/C具有更加优良的活性和DFF选择性.同时Ru/C催化剂结构稳定,具有良好的重复使用性能.在相似的反应条件下,采用水代替甲苯作为溶剂,同时添加少量水滑石固体碱,可便捷地将主要产物从DFF调变为5-甲酰基-2-呋喃甲酸或2,5-呋喃二甲酸,显示出Ru/C催化剂在控制5-羟甲基糠醛选择氧化反应产物方面的优异性能.

关键词：生物质 5-羟甲基糠醛 2,5-呋喃二甲醛选择氧化钌催化剂

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