检索结果-内蒙古大学图书馆

物理化学学报 2010年第7期26卷 1988-1997页

作者：白红军来鲁华北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态结构国家重点实验室北京分子科学国家实验室北京100871 北京大学理论生物学中心北京100871

蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互... 详细信息

蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互作用在蛋白质结合/解离中的角色和差异,以及上述知识在蛋白质相互作用设计中的应用.蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM-PBSA、统计平均势以及不同的相互作用自由能模型,可以在不同的精度上计算蛋白质相互作用自由能.利用蛋白质相互作用界面的特点,从不同的角度进行蛋白质相互作用对的设计与改造,近年来已经有了不少成功的例子,但还存在着很大的挑战.我们认为在今后的蛋白质相互作用设计中,考虑各种因素对蛋白质结合与解离的动力学过程的影响将有助于提高人类控制蛋白质相互作用的能力.

关键词：蛋白质相互作用界面性质界面结构特征结合自由能计算蛋白质相互作用设计蛋白质结合/解离

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最大熵法分析寡聚核苷酸链内碰撞的荧光相关光谱(英文)

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物理化学学报 2010年第4期26卷 1087-1092页

作者：尹延东周晓雪赵新生北京大学化学与分子工程学院化学生物学系分子动态与稳态结构国家重点实验室北京分子科学国家实验室北京100871

准确地由荧光相关光谱(FCS)的实验数据提取动力学信息一直是一个挑战.本文对比了三种主要的方法:依赖于模型的多指数函数法,经验的拓展指数函数法和不依赖于模型的最大熵法.多指数函数法的物理意义直接但在复杂体系中难以应用和解释.拓... 详细信息

准确地由荧光相关光谱(FCS)的实验数据提取动力学信息一直是一个挑战.本文对比了三种主要的方法:依赖于模型的多指数函数法,经验的拓展指数函数法和不依赖于模型的最大熵法.多指数函数法的物理意义直接但在复杂体系中难以应用和解释.拓展指数函数法简单易行但其物理意义含混不清.最大熵法不依赖于具体的物理模型但拟合结果对实验噪音很敏感.经研究我们发现一个好的选择是将最大熵法和多指数函数法结合在一起使用.对寡聚核苷酸链内碰撞荧光相关光谱的研究发现,在单链DNA中可以形成碱基对时,有两个并行的链内碰撞反应.以前的拓展指数函数法分析则不能提供这样的信息.我们建议在荧光相关光谱研究中审慎地使用最大熵法.

关键词：荧光相关光谱弛豫时间分布拓展指数函数最大熵法寡聚核苷酸光致电子转移

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SARS 3CL蛋白酶同源二聚化与底物结合互为别构调控因素

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物理化学学报 2010年第4期26卷 1093-1098页

作者：魏平李春梅周璐刘莹来鲁华北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态国家重点实验室北京分子科学国家实验室北京100871 北京大学理论生物学中心北京100871

研究了严重急性呼吸系统综合症(SARS)冠状病毒3C-Like蛋白酶(3CLpro)在存在底物或抑制剂时的二聚体形成情况.通过测定酶活性随酶浓度的变化,拟合出在底物存在下酶二聚体的解离常数约为0.94μmol·L-1,小于纯蛋白酶的二聚体解离常数(... 详细信息

研究了严重急性呼吸系统综合症(SARS)冠状病毒3C-Like蛋白酶(3CLpro)在存在底物或抑制剂时的二聚体形成情况.通过测定酶活性随酶浓度的变化,拟合出在底物存在下酶二聚体的解离常数约为0.94μmol·L-1,小于纯蛋白酶的二聚体解离常数(14.0μmol·L-1),表明底物对二聚体的形成具有增强作用.选用与底物具有类似结合方式的靛红类抑制剂N-萘甲基靛红-5-甲酰胺(5f),利用超速离心沉降速率方法定量测定了SARS 3CL蛋白酶单体和二聚体在不同浓度5f时的含量,发现5f同样具有诱导二聚体形成的能力.在3μmol·L-1蛋白酶浓度下测定得到诱导二聚的EC50值(半数有效浓度)约为1μmol·L-1,说明二聚体中只有一个单体与抑制剂结合.研究结果表明,随着底物浓度的升高,SARS 3CL蛋白酶会形成更多的二聚体,而二聚体含量的提高又反过来提高酶的活性,这种双向别构调控机制有可能是病毒用来调控多聚蛋白水解速率和组装时机的一种方法.

关键词：别构效应 SARS 3CL蛋白酶分析型超速离心底物增强的酶二聚化

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小热休克蛋白MjHSP16.5对多肽纤维生长的抑制及对成熟纤维的解聚作用

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物理化学学报 2010年第7期26卷 2015-2020页

作者：曹傲能汪蔚学宇文泰然邓巍来鲁华上海大学纳米化学与生物学研究所上海200444 北京大学化学与分子工程学院、分子动态与稳态结构国家重点实验室、北京分子科学国家实验室北京100871

包括老年痴呆症在内的许多疾病与蛋白质或多肽的淀粉样聚集(纤维化)有关.由于这类疾病的机制尚不清楚,因此还没有有效的预防和治疗手段.研究各种因素如小热休克蛋白对蛋白质或多肽淀粉样聚集的影响对开发防治相关疾病的药物具有重要意义... 详细信息

包括老年痴呆症在内的许多疾病与蛋白质或多肽的淀粉样聚集(纤维化)有关.由于这类疾病的机制尚不清楚,因此还没有有效的预防和治疗手段.研究各种因素如小热休克蛋白对蛋白质或多肽淀粉样聚集的影响对开发防治相关疾病的药物具有重要意义.甲状腺素运载蛋白(TTR)及其突变体很容易形成淀粉样纤维,并与多种疾病相关.Mj HSP16.5是一种来源于嗜热古细菌Methanococcus jannaschii的小热休克蛋白,它在酸性条件下具有非常高的分子伴侣活性.本文研究了Mj HSP16.5对WTTR肽(在N端添加了色氨酸的TTR105-115片段,序列为WYTIAALLSPYS)纤维化的影响,发现Mj HSP16.5能够显著地抑制WTTR肽纤维的生长,且在Mj HSP16.5存在下,WTTR肽形成的纤维比正常条件下形成的要显著细小.尤其是Mj HSP16.5还可以使已经成熟的WTTR肽纤维解离.结果表明,Mj HSP16.5抑制多肽纤维的机理可能在于其能够与多肽纤维及纤维种子结合.

关键词：淀粉样纤维抑制解聚小热休克蛋白 MjHSP16.5

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CuInS2中间带吸收材料调控及宽光谱吸收

CuInS2中间带吸收材料调控及宽光谱吸收

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中国化学会第八届全国无机化学学术会议

作者：秦明升陈平杨重寅黄富强中科院上海硅酸盐研究所高性能陶瓷及超细微结构国家重点实验室上海200050 北京大学化学与分子工程学院北京100871

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双钙钛矿型LED用荧光材料Ca2LaMO6:Eu(M=Sb,Nb,Ta)

双钙钛矿型LED用荧光材料Ca2LaMO6:Eu(M=Sb,Nb,Ta)

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中国化学会第八届全国无机化学学术会议

作者：殷鑫王耀明夏玉娟万冬云黄富强姚吉勇中科院上海硅酸盐研究所高性能陶瓷和超微结构国家重点实验室上海 200050 北京大学化学与分子工程学院北京100871

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碳/氧化物复合物中碳层对氧化物相变的影响

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物理化学学报 2010年第7期26卷 1887-1892页

作者：郭颖王培隗罡王羽朱月香谢有畅北京大学化学与分子工程学院、分子动态与稳态结构国家重点实验室、北京分子科学国家实验室北京100871 中国工程物理研究院、化工材料研究所四川绵阳621900

碳/氧化铝(氧化钛)复合物具有独特的物理化学性质,在吸附和催化过程中有广泛应用.复合物中碳层对氧化物的相变有重要影响.在高温下通氧气焙烧碳/γ-Al2O3复合物可使γ-Al2O3迅速转变为α-Al2O3;而在惰性气氛中,碳层可显著抑制氧化铝的... 详细信息

碳/氧化铝(氧化钛)复合物具有独特的物理化学性质,在吸附和催化过程中有广泛应用.复合物中碳层对氧化物的相变有重要影响.在高温下通氧气焙烧碳/γ-Al2O3复合物可使γ-Al2O3迅速转变为α-Al2O3;而在惰性气氛中,碳层可显著抑制氧化铝的相变与烧结.碳/氧化钛体系中,碳层可明显提高氧化钛在惰性气氛中的热稳定性,在800℃以下碳层能有效阻止锐钛矿相向金红石相的转变;在含氧气氛中控制焙烧条件可将碳层完全除去而基本不影响氧化钛的物相组成及织构.因此,碳层可作为一种特殊的表面修饰剂,既可在高温下抑制氧化物的相变,又可避免在氧化物中引入掺杂元素.

关键词：碳氧化铝氧化钛相变锐钛矿金红石

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检测痕量Hg^2＋的DNA电化学生物传感器

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物理化学学报 2010年第7期26卷 1779-1783页

作者：戈芳曹瑞国朱斌李经建徐东升北京大学化学与分子工程学院、分子动态与稳态结构国家重点实验室、北京分子科学国家实验室北京100871 三明学院化学与生物工程系福建三明365004

通过自组装方法将修饰有二茂铁基团的富T序列DNA分子(DNA-Fc)固定在金电极表面,得到了一种基于DNA修饰电极的电化学汞离子(Hg2+)传感器.当溶液中有Hg2+存在时,Hg2+可与修饰电极上DNA的T碱基发生较强的特异结合,形成T-Hg2+-T发卡结构,使... 详细信息

通过自组装方法将修饰有二茂铁基团的富T序列DNA分子(DNA-Fc)固定在金电极表面,得到了一种基于DNA修饰电极的电化学汞离子(Hg2+)传感器.当溶液中有Hg2+存在时,Hg2+可与修饰电极上DNA的T碱基发生较强的特异结合,形成T-Hg2+-T发卡结构,使DNA分子构象发生改变,其末端具有电化学活性的二茂铁基团远离电极表面,电化学响应随之发生变化.示差脉冲伏安法(DPV)结果显示:DNA末端二茂铁基团的还原峰在0.26V(vs饱和甘汞电极(SCE))附近,峰电流随溶液中Hg2+浓度的增加而降低;Hg2+浓度范围在0.1nmol·L-1-1μmol·L-1时,电流相对变化率与Hg2+浓度的对数呈现良好的线性关系.该修饰电极对Hg2+的检测限为0.1nmol·L-1,可作为痕量Hg2+检测的电化学生物传感器.干扰实验也表明,该传感器对Hg2+具有良好的特异性与灵敏度.

关键词：生物传感器 Hg2+ DNA 构象变化示差脉冲伏安法电化学阻抗谱

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低温加氢催化剂的设计：理论与实践(英文)

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物理化学学报 2010年第4期26卷 869-876页

作者：陈经广齐随涛 HUMBERT Michael P MENNING Carl A 朱月香 Department of Chemical Engineering Center for Catalytic Science and Technology(CCST)University of DelawareNewarkDE 19716USA 西安交通大学化工系西安710049 北京大学化学与分子工程学院北京分子科学国家实验室分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100871

简要总结了我们在C=C及C=O双键低温加氢双金属催化剂方面的最新研究成果.首先,我们以环己烯加氢为探针反应,证明了平行使用多种研究手段的重要性,包括单晶表面的基础研究与DFT计算,多晶表面的合成与表征,负载型催化剂的制备与性能测试等... 详细信息

简要总结了我们在C=C及C=O双键低温加氢双金属催化剂方面的最新研究成果.首先,我们以环己烯加氢为探针反应,证明了平行使用多种研究手段的重要性,包括单晶表面的基础研究与DFT计算,多晶表面的合成与表征,负载型催化剂的制备与性能测试等.其次,总结了双金属催化剂在其他加氢反应,如丙烯醛C=O双键的选择性加氢,苯的低温加氢,以及乙炔的选择性加氢等反应中的应用.最后,讨论了利用金属碳化物代替贵金属Pt以减少双金属催化剂中Pt用量的可能性.

关键词：加氢双金属催化剂金属碳化物 DFT计算

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基于药效团模型的DHODH抑制剂构效关系研究

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高等学校化学学报 2010年第5期31卷 938-946页

作者：鲍红娟唐亚林徐筱杰向俊锋郑智慧路新华中国科学院化学研究所分子动态与稳态国家重点实验室北京分子科学国家重点实验室北京100190 北京大学化学与分子工程学院北京100871 华北制药集团新药研究开发有限责任公司石家庄050015

利用药效团模型研究二氢乳清酸脱氢酶（Dihydroorotate dehydrogenase,DHODH）抑制剂的构效关系,为DHODH抑制剂的虚拟筛选提供新的方法.以31个具有DHODH抑制活性的化合物为训练集化合物,半数抑制浓度（IC50）范围为7~63000 nmol/L,利用C... 详细信息

利用药效团模型研究二氢乳清酸脱氢酶（Dihydroorotate dehydrogenase,DHODH）抑制剂的构效关系,为DHODH抑制剂的虚拟筛选提供新的方法.以31个具有DHODH抑制活性的化合物为训练集化合物,半数抑制浓度（IC50）范围为7~63000 nmol/L,利用Catalyst/HypoGen算法构建DHODH抑制剂药效团模型,通过对训练集化合物多个构象进行叠合,提取药效团特征及三维空间限制构建药效团模型.利用基于CatScramble的交叉验证方法及评价模型对已知活性化合物的活性预测能力,确定较优药效团模型.模型包含1个氢键受体、3个疏水中心,表征了受体配体相互作用时可能发生的氢键相互作用、疏水相互作用和π-π相互作用,4个药效特征在三维空间的排列概括了DHODH抑制剂产生活性的结构特点.所得较优模型对训练集化合物及测试集化合物的计算活性值与实验活性值的相关系数分别为0.8405和0.8788.利用药效团模型对来源于微生物的系列化合物进行虚拟筛选,筛选出59个预测活性较好的化合物,可作为进一步药物研发的候选化合物.

关键词： DHODH抑制剂构效关系药效团模型虚拟筛选

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