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中国化学会第29届学术年会

作者：李佟清尹宁刘红博裴剑锋来鲁华北京大学定量生物学中心北京大学-清华大学联合中心北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态国家重点实验室

药物耐受性严重影响人类健康。耐药菌是导致多药耐药菌形成的重要因素。不同于抗药突变菌,耐药菌的基因型与野生型相同。这类细菌对抗生素具有抵抗,给治疗感染带来极大挑战。耐药菌的形成与毒力抗毒力系统有关[1]。高耐药基因A（HipA）... 详细信息

药物耐受性严重影响人类健康。耐药菌是导致多药耐药菌形成的重要因素。不同于抗药突变菌,耐药菌的基因型与野生型相同。这类细菌对抗生素具有抵抗,给治疗感染带来极大挑战。耐药菌的形成与毒力抗毒力系统有关[1]。高耐药基因A（HipA）是首个被发现与大肠杆菌耐药性相关的毒力蛋白[2]。发展HipA的抑制剂,有望抑制耐药菌的形成,增强抗生素的作用效果。本文基于HipA的晶体结构[3]进行新型抑制剂的筛选,从虚拟筛选结果中挑选出190个分子,利用表面等离子共振技术剔除与HipA无结合的分子,对剩余30个分子进行耐药菌抑制实验,最终获得了可以显著降低耐药菌含量的四个分子。其中与HipA结合能力最强化合物的解离常数为267±96 nM,对耐药菌的抑制作用也最强,半数抑制浓度为45.7±2.4μM。这些小分子对耐药菌的抑制作用与所使用的抗生素无关。这些针对毒力蛋白设计的抑制剂可以有效降低耐药菌的含量,为治疗耐药菌提供了新的策略。

关键词：耐药菌毒力-抗毒力系统高耐药基因A（HipA）

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油脂和木质纤维素催化转化制备生物液体燃料

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化学进展 2013年第2期25卷 192-208页

作者：张家仁邓甜音刘海超北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态国家重点实验室北京分子科学国家实验室北京100871

世界范围能源短缺和环境恶化的双重压力促使可再生生物质资源的能源化利用成为当前研究的一个重要方向。生物质种类多样,但考虑到粮食安全等因素,其中油脂和木质纤维素适合替代化石资源用于制备液体燃料。本文概述了油脂和木质纤维素通... 详细信息

世界范围能源短缺和环境恶化的双重压力促使可再生生物质资源的能源化利用成为当前研究的一个重要方向。生物质种类多样,但考虑到粮食安全等因素,其中油脂和木质纤维素适合替代化石资源用于制备液体燃料。本文概述了油脂和木质纤维素通过不同催化转化途径制备液体燃料的一些研究进展。油脂可以通过催化热裂解、加氢和酯交换方法制备生物液体燃料,而木质纤维素制备液体燃料的可行途径包括气化-费托合成、液化-精炼和经历平台化合物的选择性合成。在介绍这些催化途径的同时,特别讨论了其中所使用的催化剂和工艺等方面的研究进展,分析了存在的问题和可能的解决措施,以期能为生物质能源化利用的研究提供参考。

关键词：生物质液体生物燃料油脂木质纤维素催化

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自组装分子聚集体中能量和电荷转移过程的理论研究

自组装分子聚集体中能量和电荷转移过程的理论研究

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国家自然科学基金委员会“可控自组装体系及其功能化”重大研究计划年度交流暨研讨会

作者：史强朱莉莉白书明谢伟伟宋林泽中国科学院化学研究所分子动态与稳态结果国家重点实验室北京市海淀区中关村北一街2号 100190

本项目通过理论和计算机模拟相结合的方法研究自组装分子聚集体中的能量和电荷传递过程.项目实施以来在如下方面取得进展，在理论与计算方法的发展方面,揭示了级联量子主方程方法中辅助密度矩阵的物理意义并推导了用它们计算系统-环境... 详细信息

本项目通过理论和计算机模拟相结合的方法研究自组装分子聚集体中的能量和电荷传递过程.项目实施以来在如下方面取得进展，在理论与计算方法的发展方面,揭示了级联量子主方程方法中辅助密度矩阵的物理意义并推导了用它们计算系统-环境关联的相关公式;发展了简便有效的随机算法,以及可以处理任意谱密度下量子动力学的方法.在分子聚集体光谱和能量转移方面，利用量子级联主方程方法，实现了FMO色素一蛋白复合体二维电子光谱的非微扰计算，揭示了相干能量转移与二维光谱非对角峰随时间振荡的关系。还开展了利用量子化学和分子动力学模拟紫细菌光合作用反应中心电子-振动耦合的研究工作，揭示了QY激发态与分子内振动模式和分子间运动的耦合。在分子聚集体激发态平衡态性质和发射光谱研究中，有效地解决了在非微扰的条件下进行平衡态和动力学同时计算的问题，并计算了紫细菌中的捕光体系B850带发射光谱。在电荷转移研究方面，探索了利用采用虚时路径积分方法计算非微扰条件下的分子间电荷转移速率，以及利用随机刘维尔方程计算有机分子聚集体电荷和激子迁移率的方法，并开展了杂原子的引入对四硫富瓦烯类化合物导电性能的影响的研究。

关键词：分子聚集体自组装结构能量转移电荷转移

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Self-promoted dehydrogenation: Mechanistic insights into the production of H2 from alcohols catalyzed by Ru and Fe complexes

Self-promoted dehydrogenation: Mechanistic insights into the...

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中国化学会第十二届全国量子化学会议

作者：杨新征中国科学院化学研究所分子动态与稳态结构国家重点实验室

Our density functional theory study reveals that the dehydrogenation of ethanol catalyzed by an aliphatic PNP pincer Ru complex,(PNP)Ru(H)CO{1Ru,PNP=bis[2-(diisopropylphosphino)-ethyl]amino},and its Fe analogue,(PNP)Fe(H)CO(1Fe),proceed via a self-promotion mechanism that features an ethanol molecule acting as a bridge to assist the transfer of a proton from ligand nitrogen to the metal center for the formation of *** calculated total free energy barrier of ethanol dehydrogenation catalyzed by 1Fe is only 22.1 kcal/mol,which is even 0.7 kcal/mol lower than the calculated total free energy barrier of the reaction catalyzed by 1Ru(Figure 1).Therefore,the potential of 1Fe as a low-cost and high-efficiency catalyst for the production of hydrogen from ethanol is promising.1 A recent experimental study of Beller and co-workers has confirmed 1Fe is an active catalyst for the dehydrogenation of methanol under mild condition.2 In addition to the finding of above self-promoted dehydrogenation mechanism for the aliphatic pincer complexes,the very different catalytic properties between the in ruthenium complexes with aromatic and aliphatic pincer ligands are analyzed based on our calculation results.

关键词： Mechanistic insights into the production of H2 from alcohols catalyzed by Ru and Fe complexes Self-promoted dehydrogenation

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Self-promoted dehydrogenation: Mechanistic insights into the production of H2from alcohols catalyzed by Ru and Fe complexes

Self-promoted dehydrogenation: Mechanistic insights into the...

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第十二届全国量子化学会议

作者：杨新征中国科学院化学研究所分子动态与稳态结构国家重点实验室

Our density functional theory study reveals that the dehydrogenation of ethanol catalyzed by an aliphatic PNP pincer Ru complex,(PNP)Ru(H)CO {1Ru,PNP = bis[2-(diisopropylphosphino)-ethyl]amino},and its Fe analogue,(PNP)Fe(H)CO(1Fe),proceed via a self-promotion mechanism that features an ethanol molecule acting as a bridge to assist the transfer of a proton from ligand nitrogen to the metal center for the formation of *** calculated total free energy barrier of ethanol dehydrogenation catalyzed by 1Fe is only 22.1 kcal/mol,which is even 0.7 kcal/mol lower than the calculated total free energy barrier of the reaction catalyzed by 1Ru(Figure 1).Therefore,the potential of 1Fe as a low-cost and high-efficiency catalyst for the production of hydrogen from ethanol is promising.1 A recent experimental study of Beller and co-workers has confirmed 1Fe is an active catalyst for the dehydrogenation of methanol under mild condition.2 In addition to the finding of above self-promoted dehydrogenation mechanism for the aliphatic pincer complexes,the very different catalytic properties between the in ruthenium complexes with aromatic and aliphatic pincer ligands are analyzed based on our calculation results.

关键词：

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Computational Design of D-Peptides targeting TNF

Computational Design of D-Peptides targeting TNF

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：杨为张长胜来鲁华北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态国家重点实验室北京100871 北京大学-清华大学联合中心北京100871

Background: The Tumor necrosis factor (TNF) is an established therapeutic target for rheumatoid arthritis and other autoimmune *** 5 TNF antagonists available on market now are all protein therapeutics.A major problem limiting development of protein therapeutics is their sensitivity to proteases and delivery challenges.D-Peptides are highly resistant to natural proteases because of the stereospecificity.

关键词： TNF protein design D-amino acid

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磁性分子自旋态检测与调控的STM研究

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中国科学：化学 2013年第12期43卷 1798-1805页

作者：张雪王永锋吴凯纳米器件物理与化学教育部重点实验室北京大学信息科学技术学院电子系物理电子研究所北京100871 北京分子科学国家实验室分子动态与稳态结构国家重点实验室北京大学化学与分子工程学院物理化学研究所北京100871

单分子自旋态检测与可逆调控是目前物理、化学及信息技术等领域的研究热点.本文综述了扫描隧道显微镜在该领域的研究进展,着重论述了酞菁类磁性分子在金属单晶表面或绝缘层薄膜上磁性的检测;自旋交叉配合物分子自旋双稳态的检测与可逆调... 详细信息

单分子自旋态检测与可逆调控是目前物理、化学及信息技术等领域的研究热点.本文综述了扫描隧道显微镜在该领域的研究进展,着重论述了酞菁类磁性分子在金属单晶表面或绝缘层薄膜上磁性的检测;自旋交叉配合物分子自旋双稳态的检测与可逆调控;单分子磁体的表面制备及输运性质的检测.

关键词：磁性分子自旋交叉配合物单分子磁体扫描隧道显微镜

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Allosteric sites can be identified based on the residue-residue interaction energy difference

Allosteric sites can be identified based on the residue-resi...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：马晓旻戚逸飞来鲁华定量生物学中心北京大学北京100871 定量生物学中心北京大学北京100871 北京分子动态与稳态国家重点实验室化学与分子工程学院北京大学北京100871

Background: Allosteric drugs, taking an action-at-a-distance mechanism to achieve regulations on the protein functions, have several advantages over conventional orthosteric drugs, including diverse regulation types and fewer side *** rational design of allosteric ligands, however, remains challenging, especially for the step of allosteric site *** allosteric ligand binding may work by inducing changes in the pattern of residue-residue interactions, we calculated the residue-residue interaction energies within the allosteric site based on the molecular mechanics generalized Born surface area (MM/GBSA) energy decomposition scheme.

关键词： allosteric site identification MM/GBSA energy decomposition residue-residue interaction energy CAVITY

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Theoretical Studies of Dynamics and Spectroscopy of Molecular Aggregates in Photosynthetic Systems

Theoretical Studies of Dynamics and Spectroscopy of Molecula...

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第十二届全国量子化学会议

作者：史强白书明刘灏景园园中国科学院化学研究所动态与稳态结构国家重点实验室北京市海淀区中关村北一街2号 100190

The recently developed hierarchical equations of motion(HEOM)method is employed to study the dynamics,as well as linear and nonlinear spectra of molecular aggregates in photosynthetic systems.A brief introduction of the theoretical method and its application is first presented to show that,it is important to go beyond the commonly used second order perturbation approximation in the so called intermediate coupling *** will then focus on the recent developments in calculating the emission and pump-probe spectra,where arriving at the correct excited state equilibrium structure,and capturing the correct dynamics are both *** will also present recent works on applying the HEOM method effectively to general form of spectral densities,which opens the way to simulate a broad range of problems in condensed phase dynamics and spectroscopy.

关键词：

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基于金量子点的活细胞内线粒体靶向荧光成像的研究

基于金量子点的活细胞内线粒体靶向荧光成像的研究

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第一届国际暨第十三次中国生物物理学术大会

作者： Qianfen Zhuang Hongying Jia Libo Du Zhao Chen Yanchao Li Yang Liu 中国科学院化学研究所分子动态稳态结构国家重点实验室

线粒体不仅是细胞内能量产生的主要场所,而且还是氧自由基产生的重要部位,因此它与许多疾病的发生发展密切相关。实现线粒体的可视化观测对于了解细胞生命活动及疾病的预防和治疗具有重要意义。目前,用于活细胞内线粒体靶向成像的荧光... 详细信息

线粒体不仅是细胞内能量产生的主要场所,而且还是氧自由基产生的重要部位,因此它与许多疾病的发生发展密切相关。实现线粒体的可视化观测对于了解细胞生命活动及疾病的预防和治疗具有重要意义。目前,用于活细胞内线粒体靶向成像的荧光探针有有机染料及半导体量子点等。而有机染料易光漂白,使得长期跟踪监测受到一定限制。传统的半导体量子点虽然亮度高、光稳

关键词：量子点活细胞纳米探针线粒体靶向

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