目的分析亚洲区西尼罗河病毒(West Nile virus,WNV)的流行情况,探讨其系统发育和分子进化特征。方法从NCBI数据库中分别获取亚洲区流行的WNV全基因组序列和E蛋白序列,进行比对和同源性分析后构建系统进化树,分析来自不同株型病毒的结构...
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目的分析亚洲区西尼罗河病毒(West Nile virus,WNV)的流行情况,探讨其系统发育和分子进化特征。方法从NCBI数据库中分别获取亚洲区流行的WNV全基因组序列和E蛋白序列,进行比对和同源性分析后构建系统进化树,分析来自不同株型病毒的结构蛋白E的核苷酸和氨基酸的突变率,进一步找出氨基酸的替代位点。结果在中国、马来西亚、印度、以色列、巴基斯坦、伊朗和土耳其等地有血清学感染或回顾性检测阳性报道。将获取的WNV全基因组序列进行系统进化树分析,发现WNV以色列株(HM152773、AF481864)在亲缘关系上与谱系1a株最为接近,而以色列株(AY688948)在亲缘关系上与谱系2株较为接近,印度株(KU978770)与谱系1c接近;将获取的WNV E蛋白序列进行系统进化分析,发现WNV中国株(JX442278,JX42280-JX442282)在亲缘关系上与谱系1a株最为接近。氨基酸序列和核酸序列分析表明,不同株型的E蛋白与谱系2相比,表现为碱基和氨基酸的突变率高,与谱系1a相比,印度株(GQ851605、JX041632、GQ851604和KU978770)的第154和第156位氨基酸分别由天冬酰胺突变为天冬氨酸和丝氨酸(N154D,N154S),丝氨酸突变为脯氨酸和丙氨酸(S156P,S156A),而中国株(AY490240)、巴基斯坦株(JX070655)和以色列株(HM051416)的第156位氨基酸分别由丝氨酸突变为脯氨酸、苯丙氨酸和脯氨酸(S156P、S156F、S156P)。结论通过谱系分析、系统进化树构建、包膜蛋白E氨基酸序列及编码核苷酸序列的比较分析发现,有些位点的改变可能与病毒的毒力、致病性、神经侵袭力、流行等有关,为研究亚洲区不同国家不同株型间WNV的生物学和流行致病性差异提供了参考。
目的分析1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组序列和系统进化特征。方法使用细胞培养法对肠道病毒阳性标本中的病毒进行分离。提取病毒RNA,通过RT-PCR法分段扩增全基因组,经测序、比对和组装后获得CV-A4分离株的全基因组序列。利用MEGA7.0软件分别基于全长VP1序列和全基因组序列构建系统发育树;使用Geneious Prime 2020.1.2软件对全基因组及编码区各区段的核苷酸和氨基酸序列同源性进行分析,并对编码区氨基酸变异情况进行比较分析。结果从人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞上分离到1株CV-A4分离株,命名为R09220/YN/CHN/2009。基于全长VP1序列的系统进化分析显示,该分离株属于C2基因亚型。在全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的是CV-A4毒株CVA4/SZ/CHN/09(核苷酸为95.4%,氨基酸为98.7%)。与C2基因亚型内16株CV-A4代表株的全序列核苷酸相似性为88.4%~95.4%,氨基酸序列相似性为97.5%~98.7%。通过比较C2基因亚型内的23株CV-A4分离株的全基因组氨基酸序列,R09220/YN/CHN/2009共存在23个氨基酸变异位点,其中10个为其独有的变异位点。结论R09220/YN/CHN/2009为肠道病毒CV-A4,属于C2基因亚型,该亚型在中国大陆流行的CV-A4病毒中占据优势地位。
手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)是由肠道病毒引起的传染病,柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus type A 16,CA16)和肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)是引发HFMD流行和暴发的主要病原菌。HFMD在5岁以下的儿童中可引起口腔疼...
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手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)是由肠道病毒引起的传染病,柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus type A 16,CA16)和肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)是引发HFMD流行和暴发的主要病原菌。HFMD在5岁以下的儿童中可引起口腔疼痛、厌食、低热及手、脚和口腔溃疡,大部分儿童约1周痊愈,少数儿童可出现心肌炎、肺水肿、无菌脑膜炎等并发症,甚至导致死亡。疫苗接种是预防HFMD的主要途径,目前,EV71灭活疫苗已上市,但CA16疫苗研究进展仍较缓慢。因此,本文对CA16的全病毒灭活疫苗、减毒活疫苗、亚单位疫苗、DNA疫苗、类病毒颗粒(virus-like particle,VLP)疫苗的研究进展作一综述。
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