检索结果-内蒙古大学图书馆

中华医学图书情报杂志 2022年第9期31卷 42-50页

作者：王哲杨晟朱彦杨啸林中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院北京100730 中国中医科学院中医药信息研究所北京100700

目的:开发一个简单易用的本体构建工具Py2ONTO,探索人工方式和自动化方式相结合的本体构建方案。方法:通过将Owlready常用的底层函数封装为功能函数,在此基础上设计一个基于CSV模板的自动构建本体的流程,并在代码中提供功能函数的调用,... 详细信息

目的:开发一个简单易用的本体构建工具Py2ONTO,探索人工方式和自动化方式相结合的本体构建方案。方法:通过将Owlready常用的底层函数封装为功能函数,在此基础上设计一个基于CSV模板的自动构建本体的流程,并在代码中提供功能函数的调用,通过BioPortal、MedPortal等本体数据库实现术语映射功能。结果:开发了基于Python的本体建设工具Py2ONTO,该工具可以通过命令行方式及Python脚本调用功能函数方式构建本体。通过该工具构建了两个本体,测试结果证明本文构建的本体满足其术语覆盖度和可推理性评估要求。结论:为本体构建提供了一种较为简单且可靠的选择,有助于科研人员构建高质量的本体。

关键词：本体构建工具本体术语映射工作流程

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自然衰老C57BL/6J雄性小鼠肝脏的定量与乙酰化修饰蛋白质组学特征

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中国医学科学院学报 2021年第5期43卷 696-705页

作者：柳江枫杨晔宏武乐杨俊涛中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005 南开大学统计与数据科学学院天津300071

目的获取自然衰老C57BL/6J雄性小鼠肝脏的蛋白质组学与乙酰化修饰蛋白质组学特征。方法采用串联质谱标签标记定量与液相色谱-串联质谱联用技术,获取生理状况下2月龄与18月龄C57BL/6J雄性小鼠肝脏的蛋白质组学与乙酰化修饰蛋白质组学数据... 详细信息

目的获取自然衰老C57BL/6J雄性小鼠肝脏的蛋白质组学与乙酰化修饰蛋白质组学特征。方法采用串联质谱标签标记定量与液相色谱-串联质谱联用技术,获取生理状况下2月龄与18月龄C57BL/6J雄性小鼠肝脏的蛋白质组学与乙酰化修饰蛋白质组学数据,开展生物信息学分析。结果蛋白质组学共定量4712个蛋白质,其中,年轻、年老小鼠中有195个差异表达蛋白质;乙酰化修饰蛋白质组学共定量4818个位点,对应1367个蛋白质,其中,年轻、年老小鼠中有113个表达位点有差异,对应76个蛋白质。衰老相关的上调蛋白质主要与脂肪酸代谢、环氧合酶P450途径、药物分解代谢、有机羟基化合物代谢、花生四烯酸代谢等生物学过程相关,下调蛋白质主要与基因沉默、核小体组装、蛋白质异源四聚、干扰素反应、蛋白质-DNA复合物组装等生物学过程相关。伴随衰老上调的乙酰化修饰位点所在蛋白质主要与辅因子代谢、小分子分解代谢、磷酸核糖代谢、核糖核苷酸代谢、嘌呤代谢等生物学过程相关,含下调乙酰化位点的蛋白质主要与含硫化合物代谢、未折叠蛋白反应、氨基酸代谢等生物学过程相关。结论本研究客观展示了自然衰老C57BL/6J雄性小鼠肝脏的定量和乙酰化修饰蛋白质组学特征,为衰老相关机制探索和干预研究提供了可资参考的数据集。

关键词：衰老小鼠肝脏蛋白质组学乙酰化修饰

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2022年医学期刊发表的中国病理学指南和共识科学性、透明性和适用性评级结果分析

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中华病理学杂志 2024年第6期53卷 528-534页

作者：师晓华王世贤王哲王坚张智弘刘月平张红英高洪文周晓燕饶秋梁莉姚小红刘东戈梁智勇中国医学科学院、北京协和医学院、北京协和医院病理科北京100730 中华医学会杂志社《中华病理学杂志》编辑部北京100052 空军军医大学基础医学院病理学教研室西安710032 复旦大学附属肿瘤医院病理科、复旦大学上海医学院肿瘤学系、复旦大学病理研究所上海200032 江苏省人民医院(南京医科大学第一附属医院)病理学部南京210029 河北医科大学第四医院河北省肿瘤医院病理科石家庄050011 四川大学华西医院病理科成都610041 吉林大学第二医院病理科长春130041 解放军东部战区总医院病理科、南京大学医学院附属金陵医院南京210002 南方医科大学南方医院病理科、南方医科大学基础医学院病理学系广州510515 陆军军医大学第一附属医院病理学研究所重庆400038 北京医院病理科、国家老年医学中心、中国医学科学院老年医学研究院北京100730

采用科学性、透明性和适用性的评级工具(STAR)评估并分析2022年医学期刊中发表的中国病理学指南和共识的科学性、透明性和适用性。2022年评审的病理学指南及共识共计18篇,包括指南1篇,共识17篇。评价结果显示,指南得分为21.83分,低于总... 详细信息

采用科学性、透明性和适用性的评级工具(STAR)评估并分析2022年医学期刊中发表的中国病理学指南和共识的科学性、透明性和适用性。2022年评审的病理学指南及共识共计18篇,包括指南1篇,共识17篇。评价结果显示,指南得分为21.83分,低于总体指南平均水平(43.4分);共识平均得分27.87分,与总体共识水平持平(28.3分)。得分高于总体水平的领域是“利益冲突”和“工作组”部分,得分低于总体水平的领域是“计划书”“资助”“证据”“共识方法”及“可及性”部分。综上所述,2022年病理学相关指南及共识制订欠规范,在制定过程中未提供有关临床问题推荐意见的证据检索过程、证据评价方法及分级标准,未提供达成共识的过程及方法,缺少计划书,未进行注册等。建议病理学领域指南/共识制订者重视循证医学证据,严格遵照指南制订方法与流程,进一步提升本领域指南/共识的科学性、适用性和透明性,更好地为临床工作者及患者提供支持。

关键词：指南质量控制病理学共识

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2016年云南省宣威市肺癌疾病负担估算

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中国肿瘤 2021年第2期30卷 137-143页

作者：胡葵茹周心玫刘利群刘晓燕马祥云宁伯福万霞中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院基础学院北京100005 云南省宣威市疾病预防控制中心云南宣威655400

[目的]描述云南省宣威市2016年肺癌所致的疾病负担。[方法]收集2016年宣威市人口及死因数据,并通过模型进行漏报校正。通过抽样的6个乡镇的肺癌患病数据,推算宣威市肺癌的患病人数。假定宣威的肺癌分期与全国一致,通过全球疾病负担2017... 详细信息

[目的]描述云南省宣威市2016年肺癌所致的疾病负担。[方法]收集2016年宣威市人口及死因数据,并通过模型进行漏报校正。通过抽样的6个乡镇的肺癌患病数据,推算宣威市肺癌的患病人数。假定宣威的肺癌分期与全国一致,通过全球疾病负担2017公布的数据估算中国肺癌的伤残权重(disability weights,DW)。计算不同性别、年龄别和地区肺癌死亡率、患病率、过早死亡损失寿命年(years of life lost,YLL)、伤残损失寿命年(years lived with disability,YLD)和伤残调整生命年(disability-adjusted life-years,DALY)。[结果] 2016年宣威市肺癌死亡1521例,死亡率为99.42/10万,占总死亡的15.2%;患病4940例,患病率为322.98/10万。DALY值为4.10万人年,其中YLL 4.02万人年(98.06%),YLL率为2626人年/10万。高发区约为中发区的2.5倍,为低发区的4.9倍;YLD为793.93人年,YLD率为51.90人年/10万,其中高、中、低发区分别为111.86、45.68、21.15人年/10万。[结论]宣威市肺癌所致的疾病负担严重,远远高于全国平均水平。积极控制肺癌发病危险因素,重点推动无烟立法对降低宣威肺癌疾病负担十分重要。

关键词：肺癌疾病负担云南

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兔抗鼠MORF4L1 a多克隆抗体的制备与鉴定

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基础医学与临床 2022年第5期42卷 726-731页

作者：李芳章元张业中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院神经外科北京100730

目的制备兔抗鼠MORF4L1 a变体的多克隆抗体以区分MORF4L1的a、b变体。方法根据对小鼠MORF4L1 a、b变体差异序列的抗原性、同源性的分析结果,合成MORF4L1 a的N端第52~66位的序列作为抗原肽(15肽,KSAVRPRRSEKSLKT),偶联KLH载体作为抗原免... 详细信息

目的制备兔抗鼠MORF4L1 a变体的多克隆抗体以区分MORF4L1的a、b变体。方法根据对小鼠MORF4L1 a、b变体差异序列的抗原性、同源性的分析结果,合成MORF4L1 a的N端第52~66位的序列作为抗原肽(15肽,KSAVRPRRSEKSLKT),偶联KLH载体作为抗原免疫家兔,用Dot blot鉴定抗血清的特异性。对特异性良好的1号家兔抗血清进行抗原亲和层析纯化,用间接ELISA测定抗体效价。此外,构建MORF4L1 a、b变体的原核表达质粒和真核表达质粒。利用原核表达系统表达纯化后和在细胞中表达的MORF4L1 a、b蛋白进行Western blot鉴定抗体的特异性。结果1号免疫兔抗血清能特异性识别多肽;纯化后抗体的效价达到1∶512000;成功构建pGEX-4T-2-M4S、pGEX-4T-2-M4L原核表达质粒和pCMV-3Tag-6-M4S、pCMV-3Tag-6-M4L真核表达质粒,并在原核系统和真核系统中成功表达。该抗体能与MORF4L1 a特异结合。结论成功制备了效价高、特异性较强的兔抗鼠MORF4L1 a抗体,为进一步揭示MORF4L1可变剪接的生物学意义和不同变体的生物学功能奠定了实验基础。

关键词： MORF4L1 多克隆抗体变体

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CD19嵌合抗原受体T细胞治疗后细胞因子释放综合征的诊治进展

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白血病．淋巴瘤 2021年第9期30卷 568-571页

作者：张琪殷国桓肖毅华中科技大学同济医学院附属同济医院血液内科武汉430030 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100730

CD19嵌合抗原受体T细胞疗法是治疗B细胞血液肿瘤的新兴免疫疗法,并取得了较好的疗效。随着其使用的增加,免疫效应细胞相关细胞因子释放综合征的发生率也相应升高,迫切需要对其精确机制和治疗进行进一步的临床研究。文章总结了细胞因子... 详细信息

CD19嵌合抗原受体T细胞疗法是治疗B细胞血液肿瘤的新兴免疫疗法,并取得了较好的疗效。随着其使用的增加,免疫效应细胞相关细胞因子释放综合征的发生率也相应升高,迫切需要对其精确机制和治疗进行进一步的临床研究。文章总结了细胞因子释放综合征的机制、临床表现、分级系统、治疗以及管理策略。

关键词：受体,抗原,T细胞细胞因子受体gp130 免疫疗法

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CLOCK氧化还原修饰介导内源性H_(2)O_(2)对小鼠细胞呼吸的调节作用

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 745-750页

作者：常薇薇李勋凯张祝琴陈厚早刘德培中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究生物钟核心转录因子昼夜节律运动输出周期蛋白(CLOCK)介导内源性过氧化氢(H_(2)O_(2))对细胞呼吸的调节作用和机制。方法利用Seahorse细胞能量代谢分析仪检测Clock^(C195S)小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)和成体成纤维细胞(MAFs)细胞... 详细信息

目的探究生物钟核心转录因子昼夜节律运动输出周期蛋白(CLOCK)介导内源性过氧化氢(H_(2)O_(2))对细胞呼吸的调节作用和机制。方法利用Seahorse细胞能量代谢分析仪检测Clock^(C195S)小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)和成体成纤维细胞(MAFs)细胞氧耗能力和糖酵解能力;通过q-PCR检测细胞呼吸关键代谢酶基因表达水平;MEFs进行抗氧化剂Trolox处理后,用Amplex■ Red试剂盒检测内源性H_(2)O_(2)的含量,并通过生物素碘乙酰胺(BIAM)探针标记检测CLOCK蛋白氧化还原修饰的改变,进一步检测处理后的细胞氧耗能力和细胞呼吸关键代谢酶基因表达水平。结果Clock^(C195S)细胞氧耗能力和糖酵解能力下降,烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)合成关键酶烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶(NMNAT2)表达降低(P<0.05),NAD含量下降;Trolox处理导致细胞内源性H_(2)O_(2)含量降低,Clock wt MEFs氧耗能力降低而Clock^(C195S) MEFs变化无统计学意义。结论CLOCK蛋白可以通过195位点半胱氨酸氧化还原修饰介导内源性H_(2)O_(2)对细胞呼吸的调节作用。

关键词：细胞呼吸烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)合成 CLOCK氧化还原修饰

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优化近乎PAM-less腺嘌呤碱基编辑器提升编辑效率

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基础医学与临床 2022年第6期42卷 902-907页

作者：周小钰王晓月中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究替换近乎PAM-less腺嘌呤碱基编辑器(ABE)不同元件对其编辑效率的影响。方法在SpRY-ABEmax中,以Tad-8e替换ABEmax构建SpRY-ABE8e,在此基础上将Cas9蛋白变体SpRY与Tad-8e之间的连接肽3xGGS-XTEN-3xGGS改为长度缩短的PAPAPA连接肽。将ABEs和sgRNA表达质粒共转染人胚肾细胞HEK 293T,24 h后加入1.5μg/mL嘌呤霉素并于72 h后通过流式分选表达绿色荧光蛋白的细胞,提取细胞基因组并使用PCR扩增技术在预期产生编辑的位点进行扩增,采用Sanger测序并使用Beat工具预估各个位点编辑效率情况。结果与对照组SpRY-ABEmax相比,SpRY-ABE8e编辑效率提升,编辑窗口也扩大(P<0.05);通过使用长度缩短的连接肽可以在保持编辑效率提升的同时限制SpRY-ABE8e的编辑窗口。结论可通过替换PAM-less ABE不同元件来提升编辑效率,这将为今后基因治疗提供更多的工具选择。

关键词：腺嘌呤碱基编辑器 SpRY ABE8e 编辑效率

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乳腺癌缺失因子1(DBC1)影响乳腺癌细胞系对依托泊苷的敏感性

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基础医学与临床 2022年第7期42卷 1060-1066页

作者：韩雪莹崔丰李隽中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的研究比较三阴性人乳腺癌细胞系HCC-70和MDA-MB-231中的乳腺癌缺失因子1(DBC1)对DNA损伤试剂的敏感性。方法首先通过慢病毒感染构建DBC1敲低的HCC-70细胞株,使用依托泊苷(etoposide)诱导DNA损伤;通过Western blot检测DNA损伤修复蛋... 详细信息

目的研究比较三阴性人乳腺癌细胞系HCC-70和MDA-MB-231中的乳腺癌缺失因子1(DBC1)对DNA损伤试剂的敏感性。方法首先通过慢病毒感染构建DBC1敲低的HCC-70细胞株,使用依托泊苷(etoposide)诱导DNA损伤;通过Western blot检测DNA损伤修复蛋白和细胞周期调控蛋白的表达;CCK8法检测细胞存活率;流式细胞测量技术检测细胞凋亡率。结果HCC-70细胞在etoposide诱导刺激下,细胞存活率和细胞凋亡水平的变化没有统计学意义,而MDA-MB-231细胞的存活率显著降低(P<0.001),细胞凋亡水平显著升高(P<0.001);HCC-70和MDA-MB-231细胞中DBC1和Bloom综合征(BLM)蛋白表达水平呈负相关;将HCC-70细胞中的DBC1敲低至接近MDA-MB-231细胞水平后,在etoposide刺激下,BLM、p21水平、细胞的存活率(P<0.001)和细胞凋亡率(P<0.01)均与MDA-MB-231细胞的结果相似;BLM的抑制剂ML216与etoposide联合使用导致MDA-MB-231细胞存活率显著降低(P<0.01),细胞凋亡显著增加(P<0.01)。结论DBC1能够影响乳腺癌细胞对DNA损伤试剂etoposide的敏感性;ML216能够增加etoposide对DBC1低表达的乳腺癌细胞的敏感性。

关键词：乳腺癌缺失因子1(DBC1) Bloom综合征解旋酶(BLM) 细胞凋亡 ML216

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敲除基因Pabpc6对雄性小鼠精子发生的影响

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基础医学与临床 2023年第4期43卷 560-567页

作者：汤洁琳柳俊邹定峰缪时英宋伟李凯中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、生物化学与分子生物学系、医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究小鼠细胞质多聚腺苷酸结合蛋白-6(PABPC6)在雄性小鼠精子发生中的作用。方法利用CRISPR/Cas9靶向敲除C57BL/6J小鼠基因Pabpc6,通过PCR鉴定Pabpc6的敲除情况。通过交配繁殖得到Pabpc6^(+/+)、Pabpc6^(+/-)、Pabpc6^(-/-)3种不同... 详细信息

目的探究小鼠细胞质多聚腺苷酸结合蛋白-6(PABPC6)在雄性小鼠精子发生中的作用。方法利用CRISPR/Cas9靶向敲除C57BL/6J小鼠基因Pabpc6,通过PCR鉴定Pabpc6的敲除情况。通过交配繁殖得到Pabpc6^(+/+)、Pabpc6^(+/-)、Pabpc6^(-/-)3种不同基因型的小鼠,进行睾丸称重、形态学观察和精子计数。RT-qPCR和Western blot检测不同组织中Pabpc6在mRNA和蛋白的表达水平;通过免疫荧光和苏木精-伊红染色观察该基因的定位以及睾丸曲细精管内部形态学变化。结果成功鉴定出敲除Pabpc6的小鼠;Pabpc6在睾丸组织中高表达(P<0.001)。免疫荧光显示该基因主要表达于精母细胞和早期精子阶段,基因敲除小鼠与野生型小鼠相比在睾丸外形、精子形态、精子数量和曲细精管内部形态上没有明显差异。结论Pabpc6在小鼠睾丸组织中高表达,敲除该基因后对雄性小鼠的精子发生无明显影响,说明该基因所编码的蛋白对于小鼠精子发生过程可能是非必需的。

关键词：精子发生 PABPC6 雄性生殖

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