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基础医学与临床 2021年第6期41卷 811-817页

作者：杨嘉宾陈仲扬周凡琦余佳马艳妮中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究RNA结合蛋白异质核核糖核蛋白A3(hnRNPA3)在人胚胎干细胞(hESCs)多能性维持中的生物学功能,揭示其在RNA运输过程中的新机制。方法在hESC中通过核孔复合物免疫共沉淀及细胞核质分离检测hnRNPA3与核孔互作情况及定位;抑制hnRNPA3... 详细信息

目的探究RNA结合蛋白异质核核糖核蛋白A3(hnRNPA3)在人胚胎干细胞(hESCs)多能性维持中的生物学功能,揭示其在RNA运输过程中的新机制。方法在hESC中通过核孔复合物免疫共沉淀及细胞核质分离检测hnRNPA3与核孔互作情况及定位;抑制hnRNPA3内源表达后进行克隆形成及碱性磷酸酶染色实验,qPCR检测多能性/分化标志基因的表达变化,利用RNA荧光原位杂交技术检测对polyA^(+)RNA及OCT4 mRNA核质分布的影响;预测hnRNPA3与已知出核相关蛋白结合情况。结果hnRNPA3定位在细胞核且与核孔互作,抑制hnRNPA3的内源表达后显著抑制了hESCs的克隆形成能力(P<0.05)并导致细胞分化标志基因表达水平升高(P<0.001),同时显著抑制了polyA^(+)RNA及OCT4 mRNA的出核(P<0.001)。蛋白质互作网络预测出hnRNPA3与约1/3的已知出核相关蛋白结合。结论hnRNPA3通过影响mRNA出核调控hESCs多能性。

关键词：人胚胎干细胞异质核核糖核蛋白A3 多能性与自我更新 mRNA运输

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精神分裂症“二次打击”小鼠模型的建立与评价

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基础医学与临床 2021年第6期41卷 779-785页

作者：尤鹏升韦晖许琪中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究精神分裂症的风险因素孕期感染和产后炎性反应对疾病表型是否具有累加效应。方法给GD 9.5孕鼠腹腔注射聚肌胞苷酸建立母体免疫激活模型,其子代于青春期或成年早期再次注射polyⅠ:C,建立“二次打击”小鼠模型:1)通过ELISA和RT-q... 详细信息

目的探究精神分裂症的风险因素孕期感染和产后炎性反应对疾病表型是否具有累加效应。方法给GD 9.5孕鼠腹腔注射聚肌胞苷酸建立母体免疫激活模型,其子代于青春期或成年早期再次注射polyⅠ:C,建立“二次打击”小鼠模型:1)通过ELISA和RT-qPCR检测模型小鼠外周血和大脑中的炎性因子表达;2)通过前脉冲抑制和MK-801诱导的自发活动等行为学实验,检测小鼠的精神分裂症表型。结果1)MIA小鼠成年后表现出明显的行为学改变,如感觉运动门控障碍、MK-801的高敏感性等,且雌性小鼠受累程度较雄性小鼠更重;2)“二次打击”之后,MIA小鼠的感觉运动门控障碍减轻,精神分裂症相关表型部分缓解。结论青春期或成年早期的炎性反应与孕期感染间不存在协同的病理效应。

关键词：精神分裂症母体免疫激活二次打击 polyⅠ:C

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基于人工智能的心血管疾病预测模型研究现状

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蚌埠医科大学学报 2025年第1期50卷 6-13页

作者：彭石娟王小满高琴陈厚早蚌埠医科大学卫生管理学院安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学基础医学院生理学教研室安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学心脑血管疾病基础与临床重点实验室安徽蚌埠233030 中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院生物化学与分子生物学系重大疾病共性机制研究国家重点实验室北京100005

心血管疾病(CVD)是全球的主要死因,早期预测对CVD.预防、诊断和治疗至关重要。二十世纪末,研究者根据不同权重将多种危险因素组成风险评分来预测CVD风险,以便确定最有可能从预防性干预措施中获益的人群,为一些国家带来重大利益。然而,... 详细信息

心血管疾病(CVD)是全球的主要死因,早期预测对CVD.预防、诊断和治疗至关重要。二十世纪末,研究者根据不同权重将多种危险因素组成风险评分来预测CVD风险,以便确定最有可能从预防性干预措施中获益的人群,为一些国家带来重大利益。然而,传统的风险模型通常无法捕捉危险因素之间的非线性关系。人工智能(AI)技术,特别是监督式机器学习和深度学习,为CVD预测提供了新视角和工具。近几年,基于电子病历、多模态影像等临床数据和衰老大数据可以准确地预测CVD的发病和死亡风险,因此,本文将从传统评分、基于AI的临床数据和衰老大数据的CVD预测模型研究现状分别进行阐述,为促进AI结合CVD提供思路。

关键词：心血管疾病人工智能预测模型衰老生物学年龄

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组蛋白去乙酰化酶SIRT1对胰腺癌代谢的调控作用

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山东大学学报（医学版） 2022年第3期60卷 1-12页

作者：苑宝文王沛黄蔚国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室中国医学科学院恶性肿瘤与微生物组学重点实验室北京100021 肿瘤侵袭和转移机制研究北京市重点实验室首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系北京100069 首都医科大学附属北京友谊医院国家消化系统疾病临床医学研究中心北京100050

目的通过代谢组学和转录组学技术,探讨组蛋白去乙酰化酶SIRT1对胰腺癌代谢的调控作用及其作用机制。方法分析TCGA、GTEx和HPA等数据库中胰腺癌和正常组织的数据,鉴定SIRT1的表达。构建6组SIRT1稳定敲减和对照的胰腺癌PANC-1细胞系,分别... 详细信息

目的通过代谢组学和转录组学技术,探讨组蛋白去乙酰化酶SIRT1对胰腺癌代谢的调控作用及其作用机制。方法分析TCGA、GTEx和HPA等数据库中胰腺癌和正常组织的数据,鉴定SIRT1的表达。构建6组SIRT1稳定敲减和对照的胰腺癌PANC-1细胞系,分别应用UHPLC-MS/MS和高通量RNA-seq技术测量代谢物和基因表达水平。探索差异代谢物参与的代谢通路及与药物反应性和耐药性的关系。结果TCGA和GTEx数据分析发现,SIRT1在胰腺癌中的表达显著高于正常组织;HPA数据库进一步证实了SIRT1蛋白的高表达。非靶向代谢组检测和高通量转录组测序分别鉴定出59个代谢物和688个基因的差异有统计学意义。差异代谢物主要富集在癌症中胆碱的代谢、嘧啶代谢、ABC转运等代谢通路。有14个显著差异的基因参与了SIRT1调控的代谢通路。这些基因主要富集在嘌呤代谢信号通路,参与ATP结合和小分子代谢等生物过程。CARE分析显示,SIRT1高表达会促使大量抗肿瘤药物出现高反应性,同时也会使部分药物出现耐药性。结论SIRT1对胰腺癌代谢有调控作用,为SIRT1参与胰腺癌代谢的调控机制研究和胰腺癌的靶向治疗奠定了基础。

关键词：沉默信息调节因子2相关酶1 胰腺癌代谢组学转录组学调控机制

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市售中药饮片DNA条形码鉴定研究

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药学学报 2021年第3期56卷 879-889页

作者：辛天怡娄千郝利军李冉郡林余霖许文杰马婷玉林烨暄董一昕蒋澄宇宋经元中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所国家中医药管理局中药资源保护重点研究室北京100193 西南交通大学生命科学与工程学院四川成都610031 中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京协和医学院基础学院生物化学系北京100005 中药资源教育部工程研究中心北京100193

中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则已纳入《中国药典》,但目前尚缺乏应用于中药饮片的系统性研究。本研究共收集212份市售中药饮片,包含根及根茎、果实种子、全草、花、叶、皮、茎木等不同入药部位,验证中药材DNA条形码分子鉴定法对中... 详细信息

中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则已纳入《中国药典》,但目前尚缺乏应用于中药饮片的系统性研究。本研究共收集212份市售中药饮片,包含根及根茎、果实种子、全草、花、叶、皮、茎木等不同入药部位,验证中药材DNA条形码分子鉴定法对中药饮片基原物种鉴定的适用性和准确性。结果表明,共有161份样本成功获得DNA条形码序列,占收集中药饮片样本量的75.9%,其余样本基因组DNA降解,无法获得扩增产物。实验所得DNA条形码序列分析结果如下:138份饮片为《中国药典》(2020年版)收载相应药材的基原物种,占获得序列样本数的85.7%;14份样本分析结果中包含《中国药典》收载相应药材的基原物种以及同属近缘物种,经过形态学鉴定,其中8份为正品,3份掺有伪品,3份缺少鉴别特征,不能确定基原;7份样本为混伪品;另有2份样本检出掺伪现象。本研究证实中药材DNA条形码分子鉴定法能有效检出市售中药饮片的掺伪/混伪现象,可用于市售中药饮片的基原物种鉴定,值得在中药饮片加工生产企业及药品监督检验管理机构推广,同时有助于促进中药学研究的跨学科交流,共同挖掘中药作用靶点和药效机制,推动个性化精准医疗及"精准药物研发"。

关键词：中药饮片 DNA条形码 ITS2 psbA-trnH 分子鉴定市场监控

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IDH1调控干扰素通路相关基因IFIT3的表达

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基础医学与临床 2021年第7期41卷 988-994页

作者：唐婉军彭小忠韩为中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室医学灵长类研究中心神经科学中心北京100005 中国医学科学院医学生物学研究所云南昆明650118

目的探究在人胶质瘤细胞系LN229中异柠檬酸脱氢酶1基因(IDH1)对RNA结合蛋白(RBPs)表达的影响。方法首先通过慢病毒感染构建IDH1稳定敲低和对照组LN229细胞株,分别对两组细胞株进行转录组测序(RNA-seq),利用limma包分析差异表达基因(DEGs... 详细信息

目的探究在人胶质瘤细胞系LN229中异柠檬酸脱氢酶1基因(IDH1)对RNA结合蛋白(RBPs)表达的影响。方法首先通过慢病毒感染构建IDH1稳定敲低和对照组LN229细胞株,分别对两组细胞株进行转录组测序(RNA-seq),利用limma包分析差异表达基因(DEGs)及其富集通路;然后通过string比对RBP数据库筛选出差异表达的RBPs,构建蛋白相互作用网络并挑选出候选RBPs;最后在IDH1敲低、过表达和R132H突变的细胞系中进行表达量验证。结果在IDH1敲低的LN229细胞株中,利用RNA-seq共筛选到259个DEGs,其中146个表达上调,113个表达下调;这些DEGs中包括14个编码RBP的基因,其中9个RBPs均为干扰素通路相关基因,并且具有密切的相互作用;与对照组相比,IDH1敲低时这9个RBPs表达水平均显著上调(P<0.001),IDH1过表达时仅IFIT3表达显著下降(P<0.01),而IDH1突变时IFIT3的表达水平的改变无统计学意义。结论在人胶质瘤细胞系LN229中,IDH1可调控干扰素通路相关基因IFIT3的表达。

关键词：胶质瘤 IDH1 干扰素通路 IFIT3

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Dicer1缺失对小鼠早期神经发育的影响

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基础医学与临床 2021年第6期41卷 818-824页

作者：刘高澳彭小忠舒鹏程中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室医学灵长类研究中心神经科学中心北京100005 中国医学科学院医学生物研究所云南昆明650118

目的利用Dicer1条件敲除小鼠,通过RNA-seq技术在转录组水平分析microRNAs(miRNAs)对哺乳动物大脑早期发育的影响。方法构建D6-Cre-Dicer1条件敲除小鼠,实验分为对照组(Ctrl)和条件敲除组(cKO)。苏木精-伊红和免疫荧光染色比较敲除前后... 详细信息

目的利用Dicer1条件敲除小鼠,通过RNA-seq技术在转录组水平分析microRNAs(miRNAs)对哺乳动物大脑早期发育的影响。方法构建D6-Cre-Dicer1条件敲除小鼠,实验分为对照组(Ctrl)和条件敲除组(cKO)。苏木精-伊红和免疫荧光染色比较敲除前后组织形态差异;选取E14.5 D6-Cre介导的Dicer1条件性敲除的小鼠背侧皮质,提取总RNA,利用RNA-seq技术分析Dicer1敲除前后转录水平差异。结果与对照组相比,条件敲除组1个月左右致死,P3时皮层神经元发育异常,皮层和海马结构部分缺失;通过RNA-seq分析,共筛选出差异表达基因45个,上调基因11个,下调基因34个(P<0.05)。差异基因富集于NF-κB信号通路、Wnt信号通路、MAPK-ERK信号通路、JAK-STAT信号通路和DNA损伤应激通路等。结论在发育早期E14.5时Dicer1参与调节多条信号通路,影响部分皮层层次标志物的表达,抑制lncRNA Xist的表达,调节皮质发育。

关键词： Dicer1 D6-Cre 大脑背侧皮质 RNA-seq lncRNA Xist

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CFSE标记神经祖细胞方法的建立与验证

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基础医学与临床 2021年第5期41卷 648-652页

作者：周佳锋马孟杰彭小忠舒鹏程中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室医学灵长类研究中心神经科学中心北京100005 中国医学科学院医学生物学研究所云南昆明650118

目的建立并验证羧基荧光素二醋酸盐琥珀酰亚胺脂(CFSE)荧光探针标记神经祖细胞(NPCs)的方法。方法在胚胎期小鼠侧脑室注射CFSE以标记室周区(VZ)细胞,在注射后的1 h和3 h分别收集组织,通过免疫荧光方法检测其特异性。在注射后的1 h分离... 详细信息

目的建立并验证羧基荧光素二醋酸盐琥珀酰亚胺脂(CFSE)荧光探针标记神经祖细胞(NPCs)的方法。方法在胚胎期小鼠侧脑室注射CFSE以标记室周区(VZ)细胞,在注射后的1 h和3 h分别收集组织,通过免疫荧光方法检测其特异性。在注射后的1 h分离出背侧新皮质,通过流式细胞荧光分选术(FACS)分选强阳性细胞,并通过干细胞标志物、神经元标志物等验证。结果CFSE能够瞬时标记VZ区细胞,标记窗在3~6 h。CFSE进行长时程标记会出现衰减。利用CFSE分选所得细胞70%为神经祖细胞,少量为神经元等。结论CFSE能够用于瞬时及长时程在体标记。CFSE还可用于分选神经祖细胞,但尚需调整分选策略以提高特异性(FACS)。

关键词：羧基荧光素二醋酸盐琥珀酰亚胺脂(CFSE) 神经祖细胞流式细胞荧光分选术(FACS)

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基于免疫相关特征的三阴性乳腺癌预后生物标志物的价值分析

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内蒙古医科大学学报 2025年第1期47卷 50-57页

作者：王一诺张竞尧黄蔚高杰冯丹丹杨天殊杨云凯苑宝文高天杨郝鑫慧刘瑞琼滕旭余和芬王艳国家癌症中心/国家肿瘤临床医学研究中心/中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院/分子肿瘤学国家重点实验室北京100021 肿瘤侵袭和转移机制研究北京市重点实验室/首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系北京100069 天津医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系/免疫微环境与疾病教育部重点实验室天津300070

目的探讨免疫和基质细胞相关基因对三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)预后的影响。方法利用ESTIMATE算法计算GEO数据库中TNBC样本的免疫评分,使用R包中的limma包筛选差异表达基因。GEO数据库和KM-plotter网站进行生存分... 详细信息

目的探讨免疫和基质细胞相关基因对三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)预后的影响。方法利用ESTIMATE算法计算GEO数据库中TNBC样本的免疫评分,使用R包中的limma包筛选差异表达基因。GEO数据库和KM-plotter网站进行生存分析,寻找与TNBC无病生存期显著相关的基因。通过免疫组织化学染色和RT-qPCR验证其中部分基因的表达水平。结果功能富集和蛋白-蛋白相互作用网络分析显示这些基因主要参与免疫应答。R包中survival包生存分析显示,36个基因中有14个基因与TNBC的DFS显著相关。Cox-LASSO分析筛选出4个与TNBC预后相关的基因。时间依赖的受试者工作特征分析显示,1年生存率的曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.95,表明4个基因具有很好的预后预测能力。结论含杆状病毒IAP重复3(baculoviral IAP repeat containing 3,BIRC3)基因、CD8抗原(CD8 antigen,CD8A)基因、颗粒溶素(granulysin,GNLY)基因和含三方基序22(tripartite motif containing 22,TRIM22)基因这4个基因可能与TNBC的免疫微环境相关,是TNBC潜在的预后和治疗标志物。

关键词：三阴性乳腺癌肿瘤微环境免疫评分无病生存期

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新型冠状病毒(2019-nCoV)感染患者肺损伤相关的临床及生化指标研究

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中国科学：生命科学 2020年第3期50卷 258-269页

作者：刘映霞杨扬张聪黄凤鸣王福祥袁静王召钦李金秀李建明冯程张政王力非彭凌陈莉秦宇豪赵丹丹谭曙光尹路徐军周丛照蒋澄宇刘磊南方科技大学附属第二医院深圳市第三人民医院国家感染性疾病临床医学研究中心深圳市病原微生物与免疫重点实验室感染病国家重点学科深圳518112 中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家实验室生命科学学院合肥230027 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国科学院微生物研究所北京100101 北京协和医院急诊科北京100731

Ⅱ新型冠状病毒(2019-n Co V)2019年12月在湖北省武汉市暴发,并迅速传播到中国多地及其他国家.在本研究中,我们报告了来自中国深圳早期的2019-n Co V感染患者的流行病学、临床指标、生化指标和影像学特征,以及可用于预测疾病严重程度的... 详细信息

Ⅱ新型冠状病毒(2019-n Co V)2019年12月在湖北省武汉市暴发,并迅速传播到中国多地及其他国家.在本研究中,我们报告了来自中国深圳早期的2019-n Co V感染患者的流行病学、临床指标、生化指标和影像学特征,以及可用于预测疾病严重程度的潜在生物标记物.所有12例2019-n Co V感染患者均发展为肺炎,其中一半患者进一步发展为急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome, ARDS).最常见的生化指标异常是低白蛋白(albumin, ALB)血症、淋巴细胞(lymphocytes, LYM)计数减少、淋巴细胞百分比和中性粒细胞(neutrophils, NEU)百分比降低、C反应蛋白(C-reactive protein, CRP)和乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase, LDH)水平升高,以及CD8细胞计数降低.从患者呼吸道特别是下呼吸道检测到的2019-n Co V病毒滴度与肺部疾病的严重程度正相关. ALB,LYM, LYM(%), LDH, NEU(%)和CRP的水平与急性肺损伤程度高度相关.年龄、病毒滴度、肺损伤评分和血液生化指标(ALB, CRP, LDH, LYM(%), LYM及NEU(%))可能是疾病严重程度的预测指标.此外, 2019-n Co V感染患者的血浆血管紧张素Ⅱ水平显著升高,并且与病毒滴度和肺损伤程度线性相关.该研究结果提供了多种潜在的可用于诊断的生物标志物,并提出了血管紧张素Ⅱ受体阻滞剂(angiotensin Ⅱ receptor blocker, ARB)药物或可作为治疗2019-n Co V感染的潜在药物进行深入研究.

关键词： 2019-nCoV 血管紧张素Ⅱ 急性呼吸窘迫综合征

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