检索结果-内蒙古大学图书馆

应用Affymetrix全基因组芯片检测染色体7q36区域的DNA拷贝数突变

中华医学遗传学杂志 2009年第3期26卷 336-339页

作者：马芬吴凤霞李宁柳青杨威张学孙森中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础医学院医学遗传学系McKusick-张孝骞医学遗传中心医学分子生物学国家重点实验室北京100005 辽宁省锦州医学院第一附属医院中国医科大学

目的应用Affymetrix全基因组芯片结合荧光定量PCR（quantitative real-timePCR，qPCR）技术，进行致病性DNA拷贝数变异的精细定位研究。方法以一个定位于染色体7q36的中国人遗传性三节拇指多并指综合征伴随Ⅳ型并指家系中的一例患者为... 详细信息

目的应用Affymetrix全基因组芯片结合荧光定量PCR（quantitative real-timePCR，qPCR）技术，进行致病性DNA拷贝数变异的精细定位研究。方法以一个定位于染色体7q36的中国人遗传性三节拇指多并指综合征伴随Ⅳ型并指家系中的一例患者为研究对象。收集外周血标本，常规提取基因组DNA。应用Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array6．0芯片，将基因组DNA纯化，经过酶切、连接、扩增、标记、杂交、染色和扫描等步骤后得到原始数据，应用Affymetrix Genotyping Console3．0软件进行拷贝数分析。在经芯片分析所确定的重复范围内设计引物，采用qPCR方法进行验证，并进一步缩小断端范周、精确重复区域范围。结果将患者重复区域两断端范围由原来的113kb和33kb分别缩小到5．4kb和1．8kb，致病性DNA重复范围由原来的291～437kb精确至379～387kb。结论应用Affymetrix全基因组芯片联合qPCR技术可以实现对DNA拷贝数突变的精确、可靠的检测。

关键词： Affymetrix SNP芯片荧光定量PCR DNA重复

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高分辨率熔解曲线小扩增子法结合混样法在线粒体13928G>C突变分析中的应用

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中国医药生物技术 2009年第6期4卷 445-448页

作者：张建佚冯洁杨泽霍正浩宁夏医科大学基础医学院医学遗传学与细胞生物学系银川750004 北京协和医学院/中国医学科学院 100730 卫生部北京老年医学研究所/卫生部北京医院医学遗传室 100730

目的探讨高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)技术在线粒体13928G>C突变分析中应用的可行性。方法在PCR前,体系中加入饱和染料、高温寡核苷酸内参(96℃)、低温寡核苷酸内参(60℃)和与待测样本等体积的已知基因型为GG的模... 详细信息

目的探讨高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)技术在线粒体13928G>C突变分析中应用的可行性。方法在PCR前,体系中加入饱和染料、高温寡核苷酸内参(96℃)、低温寡核苷酸内参(60℃)和与待测样本等体积的已知基因型为GG的模板进行混样扩增,运用HRM技术对定量DNA的PCR产物进行基因分型,并从中随机抽取20例进行测序验证。结果930例样本中野生型GG占728例,突变型CC占202例;DNA定量有助于HRM分析时对分型结果的判断;同时联合运用高、低温内参比只用一种内参分型效果好;随机抽取的20例样本的测序结果与HRM分型结果相一致。结论运用高分辨率熔解曲线小扩增子法结合混样法可对线粒体基因组13928G>C突变进行准确分型。

关键词：突变多态性,单核苷酸线粒体高分辨率熔解曲线

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染色体17 q24.2-q24.3拷贝数突变导致先天性全身终毛增多症

染色体17 q24.2-q24.3拷贝数突变导致先天性全身终毛增多症

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第八次全国医学遗传学学术会议(中华医学会2009年医学遗传学年会)

作者：孙淼贺林张学李宁董武贺光师咏勇李新郝佳杰王明荣于军中国医学科学院基础医学研究所医学遗传学系上海交通大学中国医学科学院基础医学研究所医学遗传学系中国医科大学基础医学院医学基因组学教研室中国医科大学基础医学院医学基因组学教研室辽宁省人民医院中国科学院北京基因组研究所中国医学科学院肿瘤医院

目的鉴定三个中国汉族常染色体显性遗传先天性全身终毛增多症家系的致病原因.方法获得知情同意后收集家系成员外周静脉血,提取基因组DNA.采用Affymetrix GeneChip？ Human Mapping 50K Array Hind 240,对其中一个四代19人的家系1进行... 详细信息

目的鉴定三个中国汉族常染色体显性遗传先天性全身终毛增多症家系的致病原因.方法获得知情同意后收集家系成员外周静脉血,提取基因组DNA.采用Affymetrix GeneChip？ Human Mapping 50K Array Hind 240,对其中一个四代19人的家系1进行全基因组扫描,使用dChip连锁分析软件进行多点参数连锁分析,针对发现的可能致病基因候选区使用MERLIN,GENEHUNTER,SIMWALK2等连锁分析软件验证.根据全基因组扫描结果提供的位置信息,在染色体17q24.2-q24.3上选取11个微卫星标记,分别对三个家系进行基因型和单体型分析,验证和精细定位致病基因候选区.采用Affymetrix GenomeWide Human SNP Array 6.0进行拷贝数分析,使用荧光实时定量PCR验证基因组拷贝数变异.

关键词：先天性全身终毛增多症芯片全基因组扫描连锁分析基因组疾病拷贝数突变

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染色体17q24.2-q24.3拷贝数突变导致先天性全身终毛增多症

染色体17q24.2-q24.3拷贝数突变导致先天性全身终毛增多症

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第八次全国医学遗传学学术会议(中华医学会2009年医学遗传学年会)

作者：孙森李宁董武贺光师咏勇李新郝佳杰王明荣于军贺林张学中国医学科学院基础医学研究所医学遗传学系中国医科大学基础医学院医学基因组学教研室辽宁省人民医院上海交通大学中国科学院北京基因组研究所中国医学科学院肿瘤医院

目的鉴定三个中国汉族常染色体显性遗传先天性全身终毛增多症家系的致病原因。方法获得知情同意后收集家系成员外周静脉血,提取基因组DNA。采用Affymetrix GeneChip?Human Mapping50K Array Hind 240,对其中一个四代19人的家系1进行全... 详细信息

目的鉴定三个中国汉族常染色体显性遗传先天性全身终毛增多症家系的致病原因。方法获得知情同意后收集家系成员外周静脉血,提取基因组DNA。采用Affymetrix GeneChip?Human Mapping50K Array Hind 240,对其中一个四代19人的家系1进行全基因组扫描,使用dChip连锁分析软件进行多点参数连锁分析,针对发现的可能致病基因候选区使用MER- LIN,GENEHUNTER,SIMWALK2等连锁分析软件验证。根据全基因组扫描结果提供的位置信息,在染色体17q24.2-q24.3上选取11个微卫星标记,分别对三个家系进行基因型和单体型分析,验证和精细定位致病基因候选区。采用Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0进行拷贝数分析,使用荧光实时定量PCR验证基因组拷贝数变异。结果经Affymetrix芯片结合全基因组连锁分析,将家系1的致病基因候选区定位在染色体17q24.2-q24.3(64.37Mb-67.73Mb)内。微卫星标记连锁分析结果显示,另外两个家系致病基因候选区域也定位于此。Affymetrix芯片结合荧光实时定量PCR分析显示这三个家系均在该候选区域存在拷贝数降低现象,且拷贝数降低与疾病共分离。结论三个中国汉族常染色体显性遗传先天性全身终毛增多症家系致病基因定位在染色体17q24.2-q24.3区域内,该病是一种基因组疾病,包含ABCA5、ABCA6、ABCA10和MAP2K6基因在内的共同区域的拷贝数突变是导致该病的原因。

关键词：先天性全身终毛增多症芯片全基因组扫描连锁分析基因组疾病拷贝数突变

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黏多糖贮积症Ⅲ型的鉴别诊断与产前诊断

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中华儿科杂志 2008年第6期46卷 407-410页

作者：张为民施惠平孟岩李贝特邱正庆刘俊涛中国医学科学院中国协和医科大学北京协和医院中心实验室100730 中国医学科学院中国协和医科大学北京协和医院儿科100730 中国医学科学院中国协和医科大学北京协和医院妇产科100730 中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所医学遗传学系100730

目的建立以人工合成荧光底物测定乙酰肝素N-硫酸酯酶(SGSH),α-N-乙酰葡萄糖苷酶(NAGLU)活性的方法,应用这两种方法对黏多糖贮积症Ⅲ型中的A、B亚型(MPSⅢA和ⅢB)病例进行鉴别诊断,并对MPSⅢB高危妊娠的孕妇进行了产前诊断,同时从分子... 详细信息

目的建立以人工合成荧光底物测定乙酰肝素N-硫酸酯酶(SGSH),α-N-乙酰葡萄糖苷酶(NAGLU)活性的方法,应用这两种方法对黏多糖贮积症Ⅲ型中的A、B亚型(MPSⅢA和ⅢB)病例进行鉴别诊断,并对MPSⅢB高危妊娠的孕妇进行了产前诊断,同时从分子遗传学方面对MPSⅢA患儿进行了SGSH基因分析.方法采用人工合成的荧光底物(4-甲基伞形酮-α-D-N-硫酸葡萄糖苷4-methylumbelliferyl-α-***,4-甲基伞形酮-N-乙酰-α-葡萄糖苷4-methylumbelliferyl-α-N-acetylglucosaminide)测定疑似患儿白细胞和血浆中SGSH及NAGLU活性,在收集的12例患儿中,女4例,男8例,年龄3~10岁.来自10个无相关的家庭.用MPSⅢA的患儿外周血白细胞DNA进行SGSH基因的外显子PCR扩增,并通过的序列测定确定突变位置.用绒毛或经培养的羊水细胞为检材,对MPSⅢB高危妊娠的孕妇进行产前诊断.结果获得中国正常人白细胞中SGSH活性正常值4.4~8.1 nmot/(17 h·mg蛋白),各种组织中NAGLU活性正常值:血浆中为33.3~62.4 nmoL/(4 h·ml),绒毛组织为44.9~91.7 nmol/(17 h·mg蛋白),经培养的羊水细胞为53.2-82.2 nmol/(17 h·mg蛋白);在12例疑似患儿中确诊了7例MPSⅢA(其中两例为同胞),5例MPSⅢB患者(其中2例为同胞),SGSH基因分析发现6种突变类型,已知突变5种(G191R,D235N,R377C,E447K和R233X),插入突变1种(D219Wfs264X),此插入突变为新生突变.3例MPSⅢB产前诊断中,2例胎儿正常,1例胎儿受累.结论应用荧光法测定SGSH和NAGLU酶活性是敏感、可靠、快速的方法,可用于MPSⅢA和ⅢB病例的鉴别诊断及产前诊断;SGSH基因分析方法成本低,突变检出率高,可用于MPSⅢA的诊断和产前诊断.

关键词：黏多糖累积病Ⅲ型诊断,鉴别产前诊断突变

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一种简单而有效的检测胃癌微小RNA表达水平的方法

一种简单而有效的检测胃癌微小RNA表达水平的方法

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中华医学会第七次全国检验医学学术会议

作者：张岱吕丹王振宁罗阳徐岩张勇刘彦山孙淼张学中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所医学遗传学系中国医科大学医学基因组学研究室

目的胃癌在全世界范围内是处于发病率第二位的恶性肿瘤;在中国,胃癌发病率仍高居各种恶性肿瘤之首,每年新确诊患者达400,000人,且呈上升趋势;每年因胃癌死亡人数为260,000,占所有恶性肿瘤死亡的23.24%。近年来,表观遗传学与肿瘤发生的... 详细信息

目的胃癌在全世界范围内是处于发病率第二位的恶性肿瘤;在中国,胃癌发病率仍高居各种恶性肿瘤之首,每年新确诊患者达400,000人,且呈上升趋势;每年因胃癌死亡人数为260,000,占所有恶性肿瘤死亡的23.24%。近年来,表观遗传学与肿瘤发生的相关性研究已成为肿瘤遗传学的重要内容。其中,微小RNA(miRNA)所介导的基因转录后调节被证明与肿瘤的发生密切相关。本研究旨在通过建立一种简单而有效的实验技术来检测胃癌中miRNA的表达情况,从而为胃癌的早期诊断和分子病理学提供miRNA水平的分析工具和实验依据。

关键词：胃癌组织 RNA

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应用多重连接依赖探针扩增(MLPA)技术研究胃癌基因组DNA拷贝数的改变

应用多重连接依赖探针扩增(MLPA)技术研究胃癌基因组DNA拷贝数的...

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中华医学会第七次全国检验医学学术会议

作者：张岱吕丹王振宁罗阳徐岩张勇刘彦山孙森张学中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所医学遗传学系中国医科大学医学基因组学研究室

目的多重连接依赖探针扩增(Multiplex Lization- Dependent Probe Amplification.简称MLPA)是一种高通量检测基因拷贝数量改变的新技术.可以在单一反应中检测45个核苷酸序列;和其他技术(如Array-CGH和FISH)相比.MLPA反应具有快速.经济.... 详细信息

目的多重连接依赖探针扩增(Multiplex Lization- Dependent Probe Amplification.简称MLPA)是一种高通量检测基因拷贝数量改变的新技术.可以在单一反应中检测45个核苷酸序列;和其他技术(如Array-CGH和FISH)相比.MLPA反应具有快速.经济.易于操作等优点.使其在临床检验中具有良好的应用前景。本研究旨在通过MLPA技术对中国胃癌病人样本进行全基因组范围的DNA拷贝数改变的分析.以进一步探明胃癌的分子遗传学机理和发现与病人临床表现高度相关的基因标记物.为胃癌的早期诊断和分子分型提供实用的临床检验技术基础。方法:将经显微切割获得的50例胃癌患者肿瘤样本(肿瘤细胞>90%)和4例正常胃组织通过TaKaRa基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA。通过MLPA的预制探针和样本基因组DNA进行杂交.经过对相邻位点片断的连接后进行多重PCR反应.对扩增产物进行毛细管电泳.使用GeneMarker软件对经ABI 3730毛细管电泳仪所获得的荧光电泳图谱进行定量分析.获得样本的基因组DNA拷贝数相对值,并利用HCluster软件对结果进行聚类分析。使用SPSS软件对基因位点的拷贝数与胃癌组织的临床病理参数进行统计学分析。结果:HCluster聚类分析显示:50例胃癌组织和4例正常胃组织被成功的分成两大类.其中50例胃组织根据其基因组DNA拷贝数的改变幅度而分成高、中、低、极低四组。对GeneMarker所计算的DNA拷贝数相对值进行定义:小于0.75为拷贝数缺失.大于1.3为拷贝数扩增.介于0.75和1.3之间为拷贝数正常。根据以上定义.在全部检测的112个基因位点中.拷贝数扩增的频率大于30%的基因位点有28个.占全部位点的25%.拷贝数缺失的频率大于30%的基因位点有26个,占全部位点的23.2%。拷贝数扩增频率最高的基因位点的前3位分别为:PTK2(8q24.3),72%;MYC(8q24.21),70%;EHF(11p13),66%。拷贝数缺失频率最高的基因位点的前3位分别为:CDKN2A(9p21.3),90%;MIF(22q11.23),86%;THBD (20p11.21).78%。在淋巴结转移阴性和阳性的两组病例之间.Mann- Whitney U test结果表明VEGF(p=0.044)和MYC(p=0.018)的拷贝数相对值具有显著性差别。结论:本研究结果证明通过MLPA技术对胃癌标本进行基因拷贝数的检测切实可行.同时具有高通量、低成本、操作简单等优点,因此可以在临床检验中推广使用;同时我们的实验结果为胃癌的基因诊断分型提供了有力的科学依据。

关键词：胃癌组织基因位点多重连接依赖探针扩增拷贝数 DNA 基因组

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应用MLPA技术研究胃癌基因组DNA拷贝数的改变

应用MLPA技术研究胃癌基因组DNA拷贝数的改变

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第八届北京生命科学领域学术年会

作者：张岱吕丹王振宁罗阳徐岩张勇刘彦山孙淼张学中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所医学遗传学系北京100005 中国医科大学医学基因组学研究室沈阳110001

多重连接依赖探针扩增(称MLPA)是一种高通量检测基因拷贝数量改变的新技术,可以在单一反应中检测45个核苷酸序列，本研究旨在通过MLPA技术对中国胃癌病人样本进行全基因组范围的DNA拷贝数改变的分析,以进一步探明胃癌的分子遗传学机理... 详细信息

多重连接依赖探针扩增(称MLPA)是一种高通量检测基因拷贝数量改变的新技术,可以在单一反应中检测45个核苷酸序列，本研究旨在通过MLPA技术对中国胃癌病人样本进行全基因组范围的DNA拷贝数改变的分析,以进一步探明胃癌的分子遗传学机理和发现与病人临床表现高度相关的基因标记物,为胃癌的早期诊断和基因分型提供实用的临床检验技术基础及分子生物学依据。

关键词：胃癌基因组DNA 基因拷贝数 MLPA 早期诊断分子遗传学

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胃癌的微小RNA表达谱研究

胃癌的微小RNA表达谱研究

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第八届北京生命科学领域学术年会

胃癌在全世界范围内是处于发病率第二位的恶性肿瘤;在中国,胃癌发病率仍高居各种恶性肿瘤之首,每年新确诊患者达400,000人,且呈上升趋势;每年因胃癌死亡人数为260,000,占所有恶性肿瘤死亡的23.24％.近年来,表观遗传学与肿瘤发生的相关... 详细信息

胃癌在全世界范围内是处于发病率第二位的恶性肿瘤;在中国,胃癌发病率仍高居各种恶性肿瘤之首,每年新确诊患者达400,000人,且呈上升趋势;每年因胃癌死亡人数为260,000,占所有恶性肿瘤死亡的23.24％.近年来,表观遗传学与肿瘤发生的相关性研究已成为肿瘤遗传学的重要内容。其中,微小RNA(miRNA)所介导的基因转录后调节被证明与肿瘤的发生密切相关，本研究旨在通过建立一种简单而有效的实验技术来研究胃癌中miRNA的表达谱情况,从而进一步分析miRNA在胃癌发生中的相关分子机理。

关键词：胃癌表观遗传学肿瘤发生微小RNA 表达谱

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多重实时荧光PCR相对定量法快速诊断唐氏综合征

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遗传 2007年第8期29卷 934-938页

作者：高斌肖白邹起练黄尚志王立荣钮淑兰闫梅雷箴贾兴元王战勇袁海昕吴燕刘敬忠首都医科大学附属北京朝阳医院基础医学研究中心北京100020 福建医科大学细胞生物学与遗传学系福州350004 中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所医学遗传室北京100005 北京大学第一医院中心实验室北京100034

为了建立一种基于多重实时荧光相对定量PCR技术并应用之于唐氏综合征分子诊断,选择21号染色体上唐氏综合征特异区域基因片段(DSCR3)为目的基因,以12号染色体上的磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)为参照基因,设计合成两对引物以及分别以不同... 详细信息

为了建立一种基于多重实时荧光相对定量PCR技术并应用之于唐氏综合征分子诊断,选择21号染色体上唐氏综合征特异区域基因片段(DSCR3)为目的基因,以12号染色体上的磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)为参照基因,设计合成两对引物以及分别以不同荧光标记的TaqMan探针,在同一个反应管中进行扩增。以相对定量指标△CT值区分唐氏综合征患者与正常人。采用EB病毒转化技术,把唐氏综合征患者外周血B淋巴细胞转化成永生淋巴母细胞系作为标准品。通过优化反应条件,使得目的基因和参照基因的扩增效率基本一致,接近100%,模板浓度在3～300ng/μL范围内,△CT值的变异系数小于15%,浓度在30ng/μL时,变异系数最小(<10%),以该浓度的DNA作为模板进行批内和批间实验的△CT值重复性好,变异系数分别为9.8%和13.3%。运用建立的方法检测20例唐氏综合征患者的血标本和30例正常人的血标本,正常人△CT值范围是-1.90～-1.30,患者的△CT值范围是-2.95～-2.15,两组之间无交叉重叠,有明显差异(P<0.001)。唐氏综合征患者永生细胞系建系成功,染色体核型和DNA分析表明建系前后遗传是稳定的。因此,实时荧光定量PCR比较△CT值的相对定量法快速诊断唐氏综合征是可行的。

关键词：唐氏综合征荧光定量PCR 相对定量 △CT值永生细胞系

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