检索结果-内蒙古大学图书馆

高等学校化学学报 2008年第12期29卷 2635-2642页

作者：李勋赵新生北京分子科学国家实验室动态与稳态结构国家重点实验室北京大学化学与分子工程学院化学生物学系北京100871

过去20年中,光学单分子探测的方法已经发展成为许多领域、特别是生物学领域研究的强有力工具.单分子探测不仅能够给出物理量的平均值,还可以给出有关分布的信息,也能对一个分子的轨迹进行追踪.这些独特的性质使单分子探测不仅仅在平衡体... 详细信息

过去20年中,光学单分子探测的方法已经发展成为许多领域、特别是生物学领域研究的强有力工具.单分子探测不仅能够给出物理量的平均值,还可以给出有关分布的信息,也能对一个分子的轨迹进行追踪.这些独特的性质使单分子探测不仅仅在平衡体系,如蛋白折叠、酶反应动力学、膜表面动力学等研究中发挥作用,而且对非平衡体系的探测更具有其它方法无法比拟的优势,同时单分子探测在生物活体中追踪分子时也有关键作用.

关键词：单分子探测蛋白质动力学

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最大熵法分析寡聚核苷酸链内碰撞的荧光相关光谱(英文)

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物理化学学报 2010年第4期26卷 1087-1092页

作者：尹延东周晓雪赵新生北京大学化学与分子工程学院化学生物学系分子动态与稳态结构国家重点实验室北京分子科学国家实验室北京100871

准确地由荧光相关光谱(FCS)的实验数据提取动力学信息一直是一个挑战.本文对比了三种主要的方法:依赖于模型的多指数函数法,经验的拓展指数函数法和不依赖于模型的最大熵法.多指数函数法的物理意义直接但在复杂体系中难以应用和解释.拓... 详细信息

准确地由荧光相关光谱(FCS)的实验数据提取动力学信息一直是一个挑战.本文对比了三种主要的方法:依赖于模型的多指数函数法,经验的拓展指数函数法和不依赖于模型的最大熵法.多指数函数法的物理意义直接但在复杂体系中难以应用和解释.拓展指数函数法简单易行但其物理意义含混不清.最大熵法不依赖于具体的物理模型但拟合结果对实验噪音很敏感.经研究我们发现一个好的选择是将最大熵法和多指数函数法结合在一起使用.对寡聚核苷酸链内碰撞荧光相关光谱的研究发现,在单链DNA中可以形成碱基对时,有两个并行的链内碰撞反应.以前的拓展指数函数法分析则不能提供这样的信息.我们建议在荧光相关光谱研究中审慎地使用最大熵法.

关键词：荧光相关光谱弛豫时间分布拓展指数函数最大熵法寡聚核苷酸光致电子转移

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基于SPHD及FRET技术的蛋白质传感器

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物理化学学报 2006年第8期22卷 917-920页

作者：郭素廖玮魏芳钱民协赵新生北京分子科学国家实验室分子动态与稳态结构国家重点实验室北京大学化学与分子工程学院化学生物学系北京100871

蛋白质传感器作为一种分析蛋白质与其他分子之间作用力的有效手段已经越来越显示出其优点,但是蛋白质在基底表面的变性问题对于研究者来说仍然是一个挑战.作者介绍了一种具有高灵敏度的蛋白质传感器,即利用DNA引导固定(DDI)方法,将DNA-... 详细信息

蛋白质传感器作为一种分析蛋白质与其他分子之间作用力的有效手段已经越来越显示出其优点,但是蛋白质在基底表面的变性问题对于研究者来说仍然是一个挑战.作者介绍了一种具有高灵敏度的蛋白质传感器,即利用DNA引导固定(DDI)方法,将DNA-蛋白质复合物通过DNA双链特异性杂交固定在硅基底表面,从而有效保持了蛋白质的活性,并且引入荧光共振能量传递(FRET)技术以及电势扫描发卡去杂交(SPHD)技术降低非特异性吸附带来的荧光信号.这种蛋白质传感器在蛋白质识别以及DNA杂交方面具有显著区分不同体系荧光信号的能力.

关键词：蛋白质传感器 FRET 电位控制 SPHD 微阵列

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单晶硅作为新型的基因芯片基底的探索

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物理化学学报 2002年第7期18卷 581-584页

作者：孙豳武巍洪莲赵新生北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态结构国家重点实验室化学生物学系北京100871

成功地将单晶Si(111)表面光化学引入官能团的技术与水溶性碳二亚胺催化多肽合成技术结合起来,制备并表征了ss-DNA共价修饰的Si(111)表面.进一步证明了该表面具有特异性杂交的活性和反复使用的稳定性.为制备出可靠的、可反复使用的基因... 详细信息

成功地将单晶Si(111)表面光化学引入官能团的技术与水溶性碳二亚胺催化多肽合成技术结合起来,制备并表征了ss-DNA共价修饰的Si(111)表面.进一步证明了该表面具有特异性杂交的活性和反复使用的稳定性.为制备出可靠的、可反复使用的基因芯片提供了一种新的方法.

关键词：单晶硅基因芯片硅(111) 寡聚核苷酸酯缩合反应共价键合表面光化学 DNA 序列测定

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微流路中利用DNA选择性固定蛋白质(英文)

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物理化学学报 2007年第12期23卷 1827-1830页

作者：郭素薛面起钱民协曹廷炳赵新生北京大学化学与分子工程学院化学生物学系分子动态与稳态结构国家重点实验室北京分子科学国家实验室北京100871 中国人民大学化学系北京100872

报道了一种可控的通过DNA复合物在微流路中杂交固定蛋白质的方法.微流路系统中的玻璃基底上固定寡聚核苷酸,其中的层流提供了不同的DNA-蛋白质复合物.DNA的特异性识别可以将蛋白通过表面寻址固定在基底上.并且在体系中引入了全内反射荧... 详细信息

报道了一种可控的通过DNA复合物在微流路中杂交固定蛋白质的方法.微流路系统中的玻璃基底上固定寡聚核苷酸,其中的层流提供了不同的DNA-蛋白质复合物.DNA的特异性识别可以将蛋白通过表面寻址固定在基底上.并且在体系中引入了全内反射荧光技术来追踪整个过程.此方法的特异性和灵敏度均较高,且蛋白质的固定和去除可重复.实验结果显示,同时检测特异性和非特异性的识别,可以有效提高生物检测的准确性.这项技术可以提高具有微流路结构的生物传感器装置的检测质量.

关键词：微流路蛋白质传感器 DNA引导的固定全内反射荧光

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用于单分子动力学实验的微流控混合器(英文)

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物理化学学报 2011年第8期27卷 1990-1995页

作者：支泽勇刘鹏程黄岩谊赵新生北京大学化学与分子工程学院化学生物学系北京分子科学国家实验室分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100871 北京大学工学院北京100871 北京大学生物动态光学成像中心北京100871

设计制作了用于单分子动力学实验的微流控混合器,该混合器用聚二甲基硅氧烷(PDMS)芯片和石英载玻片密封而成,具有低的荧光背景,广泛的生物相容性,结合激光共聚焦显微镜能够在非平衡态下进行单分子荧光探测.我们设计的压力控制系统和进... 详细信息

设计制作了用于单分子动力学实验的微流控混合器,该混合器用聚二甲基硅氧烷(PDMS)芯片和石英载玻片密封而成,具有低的荧光背景,广泛的生物相容性,结合激光共聚焦显微镜能够在非平衡态下进行单分子荧光探测.我们设计的压力控制系统和进样流路方便而稳定,保证了微流路中流形的长时间稳定,从而实现了样品流速和流量的精准控制.这些技术特点保证了单分子探测得到准确和高信噪比的结果.利用蛋白质的塌缩过程远快于混合过程的特点,采用荧光标记的金黄色葡萄球菌核酸酶作为指示物,分辨出蛋白质变性态的特征峰,并利用变性态的荧光共振能量传递效率随时间的变化表征出混合器在适合于单分子探测条件下的混合时间为150ms.

关键词：微流控混合单分子探测荧光共振能量传递蛋白质折叠金黄色葡萄球菌核酸酶

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用于识别不同细胞蛋白质组的噬菌体抗体芯片

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物理化学学报 2004年第10期20卷 1182-1185页

作者：洪龙廖玮魏芳赵新生朱圣庚北京大学生命科学学院分子动态与稳态结构国家重点实验室北京大学化学与分子工程学院化学生物学系北京100871

将4个鼠源噬菌体抗体克隆和1个人源噬菌体抗体克隆偶联到羧基终止的硅片表面,制成分析型模型芯片.挑选健康人体淋巴细胞为正常细胞的代表,HeLa细胞为肿瘤细胞的代表,提取细胞的全部蛋白质并用荧光染料Cy3标记,与制成的分析芯片反应,得... 详细信息

将4个鼠源噬菌体抗体克隆和1个人源噬菌体抗体克隆偶联到羧基终止的硅片表面,制成分析型模型芯片.挑选健康人体淋巴细胞为正常细胞的代表,HeLa细胞为肿瘤细胞的代表,提取细胞的全部蛋白质并用荧光染料Cy3标记,与制成的分析芯片反应,得到了不同的结合图谱.实验结果表明,以噬菌体抗体为分子感受器的分析芯片可用于识别不同细胞的蛋白质组.

关键词：细胞蛋白质组噬菌体抗体芯片噬菌体抗体库生物传感器

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寡聚核苷酸中鸟苷对四甲基罗丹明的荧光猝灭

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中国科学（B辑） 2009年第10期39卷 1210-1217页

作者：曲鹏陈旭东周晓雪李勋赵新生北京分子科学国家实验室动态与稳态结构国家重点实验室北京大学化学与分子工程学院化学生物学系北京100871

具有核苷特异性的荧光猝灭技术在生物领域具有广泛应用.为了更好地理解这一过程的机理及其影响因素,研究了核苷对四甲基罗丹明(TMR)染料的分子间猝灭和在同一条寡聚核苷酸链中的分子内猝灭.与以前的研究结果一致,脱氧单磷酸鸟苷(dGMP)... 详细信息

具有核苷特异性的荧光猝灭技术在生物领域具有广泛应用.为了更好地理解这一过程的机理及其影响因素,研究了核苷对四甲基罗丹明(TMR)染料的分子间猝灭和在同一条寡聚核苷酸链中的分子内猝灭.与以前的研究结果一致,脱氧单磷酸鸟苷(dGMP)可以有效地猝灭TMR,而其他单磷酸腺苷对其的猝灭可以忽略.由斯特恩-沃尔默图获得TMR和dGMP的双分子猝灭常数为Ks=52.3L/mol.将TMR标记在寡聚核苷酸末端,可以观测到其荧光通过光致电子传递有效地被鸟苷猝灭,我们利用荧光相关光谱的方法测定了这一过程的猝灭速率常数.此外,所得的数据还显示鸟苷附近的碱基会对分子内的猝灭过程产生显著的位阻效应.这些结果将有助于设计寡聚核苷酸荧光探针和理解G猝灭过程.

关键词：四甲基罗丹明(TMR) 鸟苷荧光寡聚核苷酸 G猝灭光致电子传递(PET) 荧光相关光谱(FCS)

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OmpT在Tween-20胶束中折叠的单分子研究（英文）

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物理化学学报 2019年第5期35卷 546-554页

作者：卜佩璇何晨晖赵新生北京大学化学与分子工程学院化学生物学系分子动态与稳态结构国家重点实验室北京分子科学国家研究中心北京100871 北京大学生物动态光学成像中心北京100871 北京大学生命科学学院北京100871

本文用单分子探测研究了外膜蛋白OmpT在Tween-20与十二烷基-β-D-麦芽糖苷(DDM)胶束中的折叠。我们制备了单分散的OmpT,观察到OmpT在不同浓度尿素的Tween-20和DDM胶束中的折叠与去折叠。OmpT在Tween-20胶束中形成的折叠态与其在DDM中折... 详细信息

本文用单分子探测研究了外膜蛋白OmpT在Tween-20与十二烷基-β-D-麦芽糖苷(DDM)胶束中的折叠。我们制备了单分散的OmpT,观察到OmpT在不同浓度尿素的Tween-20和DDM胶束中的折叠与去折叠。OmpT在Tween-20胶束中形成的折叠态与其在DDM中折叠形成的天然OmpT结构相似,但稳定性和酶活性均低于天然OmpT。与此相比,在Tween-20中OmpA只在低浓度尿素中折叠,OmpC不折叠。荧光相关光谱(FCS)结果表明折叠的外膜蛋白与去垢剂胶束形成复合体。在β桶折叠机器(BAM)复合体存在时,OmpT比OmpA和OmpC的折叠更加高效。三种外膜蛋白在Tween-20和BAM复合体存在下的折叠结果表明,OmpT比OmpA与OmpC更容易折叠。人们猜测不同性质的外膜蛋白与BAM复合体作用的方式不同,本文的研究结果为这种猜测提供了支持。由于Tween-20常被用于防止单分子实验中的非特异性吸附,本文的结果也提醒人们要注意蛋白与Tween-20相互作用对实验结果的影响。

关键词：单分子FRET 荧光相关谱 OmpT折叠 Tween-20 DDM

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高密度噬菌体抗体芯片对细胞表面蛋白的识别

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物理化学学报 2006年第7期22卷 777-779页

作者：岑晓东王文娟赵新生汪玄沈悌谭涛超毕群朱圣庚北京大学生命科学学院北京100871 北京大学化学与分子工程学院化学生物学系分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100871 北京协和医院北京100730

采用正常人和白血病患者的白细胞对人源噬菌体抗体库进行淘选,以获得对两种细胞表面蛋白特异的抗体.通过pVIII展示系统,使抗体以多价展示于重组噬菌体颗粒表面,从上述两组中各挑选出48个克隆分别固定于环氧基片上,并以空白噬菌体和牛血... 详细信息

采用正常人和白血病患者的白细胞对人源噬菌体抗体库进行淘选,以获得对两种细胞表面蛋白特异的抗体.通过pVIII展示系统,使抗体以多价展示于重组噬菌体颗粒表面,从上述两组中各挑选出48个克隆分别固定于环氧基片上,并以空白噬菌体和牛血清白蛋白作为对照,制成高密度噬菌体抗体芯片.取来自3名正常人和3名白血病患者的白细胞裂解物样品,用荧光染料Cy3标记,与噬菌体抗体芯片反应,对微阵共聚焦扫描得到的荧光图谱进行分析.在白血病白细胞表面蛋白的识别图谱中有8组斑点显著不同于正常图谱.由此表明,噬菌体抗体芯片可用于识别细胞表面蛋白.

关键词：噬菌体抗体库 pⅧ展示系统高密度噬菌体抗体芯片白血病白细胞表面蛋白

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