目的:在中国人非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without palate,NSCL/P)核心家系中,利用全外显子组测序探索与NSCL/P发病相关的新生突变位点。方法:对22个中国NSCL/P核心家系进行全外显子组测序,采用基因...
详细信息
目的:在中国人非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without palate,NSCL/P)核心家系中,利用全外显子组测序探索与NSCL/P发病相关的新生突变位点。方法:对22个中国NSCL/P核心家系进行全外显子组测序,采用基因组分析工具包(Genome Analysis ToolKit,GATK)通过对比亲代与子代同一位点的等位基因识别新生突变位点,采用SnpEff软件对位点进行功能注释。对新生突变位点进行富集分析,检验全外显子区域内存在的新生突变数量是否高于预期值,以及是否存在包含新生突变数量显著高于预期值的基因。通过查阅文献总结既往研究提示与NSCL/P发病存在较强证据支持的基因,根据注释信息筛选能够引起蛋白质改变的新生突变位点,对该类位点所在基因编码的蛋白质与NSCL/P相关基因编码的蛋白质进行交互作用分析。利用R软件的denovolyzeR包进行富集分析(Bonferroni多重检验校正:P=0.05/n,n为基因个数)。利用STRING数据库预测新生突变所在基因与已知NSCL/P致病基因编码的蛋白质间的交互作用。结果:全外显子组测序得到的位点中共有339908个位点通过质量控制,经GATK软件比对共筛选出345个高置信度新生突变,其中错义突变44个,无义突变1个,经典剪接位点2个,同义突变20个,内含子区或基因间区位点278个。富集分析显示,全外显子组中引起蛋白质改变的新生突变数量显著高于预期值(P<0.05),KRTCAP2、HMCN2、ANKRD36C、ADGRL2和DIPK2A 5个基因所含的新生突变位点高于预期(P<0.05/(2×19618))。蛋白质交互作用分析纳入46个包含能够引起蛋白质序列改变的新生突变所在的基因及13个既往研究提示与NSCL/P存在关联的基因,两类基因编码的蛋白质之间存在6组交互作用,其中RGPD4与SUMO1编码的蛋白质的交互作用证据可信度最高,STRING数据库交互作用评分为0.868。结论:研究为NSCL/P的发病提供了新的证据,对携带新生突变的基因进行功能分析有助于揭示复杂疾病的遗传结构。
目的探讨建立一种高效、自动确定三维数据颜面解剖标志点(简称标志点)的方法,并对该方法的定点效果进行初步评价。方法选取2021年6至8月于北京大学口腔医学院·口腔医院修复科就诊的牙体缺损或缺失男性患者(面部对称性良好)30例,年龄18~45岁;采集患者三维颜面数据,基于普氏分析算法进行尺寸归一化和重叠对齐。在Geomagic Studio 2013软件中构建三维人脸平均模型,并通过参数化处理构建三维人脸模板,使用MeshLab 2020软件在其上确定32个标志点序号(10个中线标志点和22个双侧标志点)。选取2021年6至8月于北京大学口腔医学院·口腔医院正畸科或口腔颌面外科就诊的下颌无偏斜和下颌轻度偏斜男性患者各5例,获取患者三维颜面数据作为测试数据,基于三维人脸模板及其标志点序号,借助MeshMonk非刚性配准算法程序自动确定测试数据32个标志点坐标,作为模板法定点数据。由同一名主治医师人工确定测试数据32个标志点位置,记录标志点坐标作为专家法定点数据。计算模板法与专家法标志点距离,作为定点误差,评价模板法的定点效果。结果对于5例下颌无偏斜患者,模板法所有标志点的定点误差为(1.65±1.19)mm,其中中线标志点的定点误差为(1.19±0.45)mm,双侧标志点的定点误差为(1.85±1.33)mm。对于5例下颌轻度偏斜患者,模板法所有标志点的定点误差为(2.55±2.22)mm,其中中线标志点的定点误差为(1.85±1.13)mm,双侧标志点的定点误差为(2.87±2.45)mm。结论本项研究提出的通过三维人脸模板自动确定标志点的方法具有一定的可行性,其对中线标志点的定点效果优于双侧标志点,对下颌无偏斜患者标志点的定点效果优于下颌轻度偏斜患者。
目的:拟在1008个中国人群非综合征型唇腭裂(non-syndromic oral clefts,NSOC)核心家系中探索WNT信号通路相关基因位点单体型在疾病发生风险中的作用。方法:本研究数据来自一项全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS),研...
详细信息
目的:拟在1008个中国人群非综合征型唇腭裂(non-syndromic oral clefts,NSOC)核心家系中探索WNT信号通路相关基因位点单体型在疾病发生风险中的作用。方法:本研究数据来自一项全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS),研究人群为“唇腭裂基因和交互作用的国际合作研究”项目在中国地区募集的806个非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)核心家系和202个非综合征型单纯腭裂(non-syndromic cleft palate,NSCP)核心家系。分别在NSCL/P和NSCP家系中,通过传递不平衡检验(transmission disequilibrium test,TDT)探索基因单体型与疾病的关联。经过Bonferroni多重检验校正后,统计学检验的显著性阈值均设为P<3.47×10^(-4)。单体型关联分析通过plink(v1.07)软件完成。结果:经过数据质量控制后,NSCL/P核心家系和NSCP核心家系各纳入7个基因上的144个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点进行分析。NSCL/P家系中69个单体型与NSCL/P存在关联(P<0.05),NSCP家系中34个单体型与NSCP存在关联(P<0.05),但经过Bonferroni多重检验校正后,关联均不具有统计学意义(P>3.47×10^(-4))。结论:未发现WNT信号通路相关基因位点单体型在NSCL/P和NSCP发病风险中的作用。
暂无评论