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基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性

北京大学学报（自然科学版） 2022年第2期58卷 326-336页

作者：苏佳何锴连春盎张雪余珂北京大学深圳研究生院环境与能源学院深圳518055 南方医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室广东省单细胞技术与应用重点实验室广州510515

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(3... 详细信息

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(34.60%)和Bacteroidetes(13.67%)。Firmicutes和Bacteroidetes是鼠科的优势菌门,Proteobacteria是猬科和鼩鼱科的优势菌门。多样性分析表明,鼠科、猬科与鼩鼱科的肠道微生物多样性及群落结构具有显著性差异;LEfSe分析表明,鼠科中存在更多与复杂碳水化合物发酵相关的细菌,猬科和鼩鼱科中含较多氨基酸发酵菌;益生菌(如Lactobacillus和Lactococcus等)共存于这3类野生小型哺乳类动物中,起调控宿主健康的作用。研究结果揭示,宿主食性与进化关系影响着野生小型哺乳动物肠道菌群结构,而肠道菌群可能在多种方面对宿主起益生作用。

关键词：野生小型哺乳动物肠道菌群 16S rRNA基因扩增子测序宿主饮食

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骨髓造血干祖细胞改善慢性约束应激诱导的小鼠脾细胞数减少

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山西医科大学学报 2020年第3期51卷 231-236页

作者：付慧常芬王浩玉白芃康杰山西医科大学汾阳学院科技中心汾阳032200 山西医科大学汾阳学院医学检验系病原生物学与病原生物学检验教研室汾阳032200 北京大学基础医学院细胞生物学教研室山西医科大学汾阳学院基础医学部解剖教研室

目的观察CD34+骨髓造血干祖细胞(CD34+HSPC)对慢性约束应激小鼠脾细胞数的影响。方法将10只8周龄雄性BALB/c小鼠分为2组(n=5):①慢性应激组:小鼠放入约束应激管中约束12 h/d(早9:00-晚9:00),解除约束12 h/d(晚9:00-早9:00),连续处理3 d... 详细信息

目的观察CD34+骨髓造血干祖细胞(CD34+HSPC)对慢性约束应激小鼠脾细胞数的影响。方法将10只8周龄雄性BALB/c小鼠分为2组(n=5):①慢性应激组:小鼠放入约束应激管中约束12 h/d(早9:00-晚9:00),解除约束12 h/d(晚9:00-早9:00),连续处理3 d以建立慢性约束应激的小鼠模型;②对照组:正常饲养不施加任何处理。慢性应激第3天结束时即取每组小鼠脾并计数脾细胞。HSPC体内干预实验中,20只雄性BALB/c小鼠分为4组(n=5):HSPC干预+慢性应激组,溶剂对照+慢性应激组,HSPC干预组和溶剂对照组。HSPC干预+慢性应激组和溶剂对照+慢性应激组慢性应激第3天结束时即取每组小鼠脾并计数脾细胞,流式细胞术检测其中活细胞、凋亡细胞及坏死细胞比例。绿色荧光标记HSPC做体内示踪试验,检测迁移至脾的HSPC。HSPC体外干预实验中,细胞培养分为4组:HSPC干预+地塞米松组,脾细胞+地塞米松组,HSPC干预组和脾细胞单独培养组,培养18 h,流式细胞术检测其中活细胞、凋亡细胞及坏死细胞的比例。结果脾细胞计数结果表明,与对照组相比,慢性应激组小鼠的脾细胞总数显著减少(P<0.05)。HSPC体内干预实验中,与溶剂对照+慢性应激组相比,HSPC干预+慢性应激组小鼠脾细胞计数增加(P<0.05)。流式细胞术结果表明,与溶剂对照组相比,溶剂对照+慢性应激组小鼠脾细胞凋亡及坏死比例增加(P<0.05);与溶剂对照+慢性应激组相比,HSPC干预+慢性应激组小鼠脾细胞凋亡比例减少,活细胞比例增加(P<0.05)。体内示踪试验结果显示,慢性应激过程中HSPC可迁移至脾中。体外实验结果表明,与脾细胞单独培养组相比,脾细胞+地塞米松组脾细胞凋亡及坏死比例增加(P<0.05);与脾细胞+地塞米松组相比,HSPC干预+地塞米松组脾细胞坏死比例减少,活细胞比例增加(P<0.05)。结论CD34+HSPC可改善慢性约束应激诱导的小鼠脾细胞数的减少。

关键词：造血干祖细胞慢性约束应激脾细胞细胞凋亡细胞坏死小鼠

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小鼠小脑颗粒神经元的原代培养与鉴定

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基因组学与应用生物学 2018年第6期37卷 2615-2620页

作者：罗道朋许寒晓李强明余资江贾熙华李丽娜于常海戈果贵州医科大学人体解剖学教研室贵阳550025 北京大学神经科学研究所、星形胶质细胞功能研究实验室北京100191 北京大学神经科学研究所、北京大学基础医学院神经生物学系、教育部神经科学重点实验室、卫生部神经科学重点实验室北京100191 海康生物科技(北京)有限公司北京100191

本研究通过体外分离培养及鉴定原代小鼠小脑颗粒神经元（cerebellar granule neurons,CGNs）,为神经科学研究提供原代神经元细胞模型。取生后第7天的ICR乳鼠小脑,在解剖体视镜下剥离脑膜及血管,经刀片切碎、0.25%胰酶消化、移液器吹打... 详细信息

本研究通过体外分离培养及鉴定原代小鼠小脑颗粒神经元（cerebellar granule neurons,CGNs）,为神经科学研究提供原代神经元细胞模型。取生后第7天的ICR乳鼠小脑,在解剖体视镜下剥离脑膜及血管,经刀片切碎、0.25%胰酶消化、移液器吹打、70μm尼龙滤网制备单细胞悬液,差速贴壁后接种于新鲜配置的培养基。倒置相差显微镜观察不同时间CGNs的形态变化。采用神经元的标记蛋白微管相关蛋白-2（microtubule associated protein 2,MAP2）,星形胶质细胞的标记蛋白胶质纤维酸性蛋白（glial fibrillary acidic protein,GFAP）,小胶质细胞的标记蛋白（type 3 complement receptor,CR3/CD11b）进行免疫荧光检测培养的原代CGNs纯度。原代培养CGNs接种20 min后即贴壁良好,培养24 h后细胞伸出突起,培养第7天神经元成熟,形成丰富的轴突,树突和胞间突触连接。经免疫荧光鉴定,CGNs纯度可达95%以上。成功体外分离培养出高纯度的原代CGNs,可应用于CGNs的体外研究。

关键词：小脑颗粒神经元小鼠原代培养免疫荧光高纯度

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生理层流剪切力对未成熟树突状细胞microRNA表达谱的影响

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贵阳医学院学报 2014年第6期39卷 800-804页

作者：董蓉薛慧杨晖龙金华胡祖权张春林姚伟娟曾柱贵阳医学院生物与工程学院生物技术教研室贵州贵阳550004 贵州省肿瘤医院头颈肿瘤科贵州贵阳550004 贵阳医学院基础医学院生物学教研室贵州贵阳550004 北京大学基础医学院血液流变学研究中心北京100083

目的:探讨生理层流剪切力对未成熟树突状细胞(im DCs)microRNA表达谱的影响。方法:用锥板剪切系统加载10 dyn/cm2的剪切力作用于im DCs 1 h,对照组不加载剪切力,基因芯片技术检测microRNA的表达变化并对其结果进行生物信息学分析。结果... 详细信息

目的:探讨生理层流剪切力对未成熟树突状细胞(im DCs)microRNA表达谱的影响。方法:用锥板剪切系统加载10 dyn/cm2的剪切力作用于im DCs 1 h,对照组不加载剪切力,基因芯片技术检测microRNA的表达变化并对其结果进行生物信息学分析。结果:与对照组相比,im DCs在层流剪切力作用后有25个microRNAs表达发生变化,变化倍数>1.5,差异有统计学意义(P<0.05);生物信息学分析显示这些变化的microRNA的靶基因主要参与免疫功能调控和细胞对流体剪切力应答相关的信号通路。结论:层流剪切力能够影响im DCs microRNA的表达谱,说明物理因素(剪切力)可能参与了机体的免疫功能调控。

关键词：树突状细胞流体剪切力 microRNA 基因芯片生物信息学基因表达谱

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我国不同基因型水痘-带状疱疹病毒流行毒株gE基因序列分析

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病毒学报 2013年第2期29卷 112-118页

作者：江龙凤甘霖李珊山冯艳艳姜薇段亚平陈敬贤王明丽安徽医科大学微生物学教研室合肥市230032 吉林大学白求恩第一医院皮肤科长春市130021 新疆维吾尔自治区人民医院皮肤科乌鲁木齐830000 北京大学附属第三医院皮肤科北京市100191 西藏大学医学院基础部拉萨850000 哥伦比亚大学病理与细胞生物学教研室纽约市10032

为进一步了解我国不同地区流行的水痘—带状疱疹病毒(VZV)病毒株的基因型分布和分析代表性病毒株gE基因序列。于2010年12月至2011年6月期间,收集来自北京市、长春市、拉萨市和乌鲁木齐市4个地区水痘和带状疱疹患者的疱疹液拭子和皮肤痂... 详细信息

为进一步了解我国不同地区流行的水痘—带状疱疹病毒(VZV)病毒株的基因型分布和分析代表性病毒株gE基因序列。于2010年12月至2011年6月期间,收集来自北京市、长春市、拉萨市和乌鲁木齐市4个地区水痘和带状疱疹患者的疱疹液拭子和皮肤痂片,共计18份。用单个核苷酸多态性(SNP)谱的方法确定病毒株的基因型。然后采用聚合酶链反应(PCR)方法扩增gE基因的全长片段,并进行测序分析。SNP分析显示18个病毒株的基因型共为4种,其中有7株属于clade2遗传支,1株属于clade3遗传支,4株为clade5遗传支。另有6株病毒兼有不同遗传支的特征,按照目前国际通用的分型方法不能归属于任何明确的遗传支。对不同病毒株gE基因序列分析,除了发现3个国外已有报道的1个同义突变(T660C)和2个反义突变(C119T、C1606A),还发现了3个新的反义突变(C56T、C1109T和C917A)和4个同义突变(C54T、T1075C、T816C和G279A)。首次在我国新疆自治区发现了clade5遗传支的VZV,在长春市还发现了目前尚未能分型的6株病毒。对部分病毒株gE基因序列分析,在gE的e1和c1抗原表位的编码区内中检出1个新型反义突变(C917A),需要进一步研究该突变对该病毒免疫原性和致病性的影响。

关键词：水痘-带状疱疹病毒基因型 gE糖蛋白单个核苷酸多态性同义突变反义突变

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固定剂、封片剂、温度及除菌方式对量子点标记细胞的影响

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解剖学杂志 2009年第1期32卷 38-40,F0003页

作者：唐岩唐军民李枫战军陈丽赵承军沙印林北京大学基础医学院组织学与胚胎学教研室北京100083 宁夏医学院组织学与胚胎学教研室银川750004 北京大学基础医学院生物物理学系单分子与纳米生物学实验室北京100083

目的:观察不同固定剂、封片剂、温度及除菌方式对3种量子点标记小鼠腹腔巨噬细胞和正常皮肤的影响。方法:利用发射波长为610、523和576nm的3种量子点,以具有吞噬能力的小鼠腹腔巨噬细胞及正常皮肤为载体,观察不同的固定剂、封片剂、温... 详细信息

目的:观察不同固定剂、封片剂、温度及除菌方式对3种量子点标记小鼠腹腔巨噬细胞和正常皮肤的影响。方法:利用发射波长为610、523和576nm的3种量子点,以具有吞噬能力的小鼠腹腔巨噬细胞及正常皮肤为载体,观察不同的固定剂、封片剂、温度及除菌方式对量子点标记细胞及组织的影响。结果:3种量子点对小鼠腹腔巨噬细胞和皮肤组织没有明显的毒性,并且在6～72h内保持荧光不衰减。高于56℃的温度会使量子点失去发射荧光的特性。较好的除菌方式为^(60)Co照射和微孔滤膜过滤。最稳定的封片剂为水溶性的ClearmountTM。吞噬了量子点523的巨噬细胞,可使用多种固定液固定。结论:不同波长量子点标记小鼠腹腔巨噬细胞和皮肤组织的效能受固定剂、封片剂、温度和除灭菌方式的影响。

关键词：量子点巨噬细胞皮肤固定剂封片剂温度除灭菌方式

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谁决定转移的最终命运,宿主因素还是肿瘤本身?

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中国肺癌杂志 2009年第6期12卷 I0003-I0004页

作者：方伟岗北京大学基础医学院分子细胞生物学与肿瘤生物学教研室

在肿瘤转移过程中，谁是转移的最终决定者，这个问题争论了上百年，各种假说／模型不胜枚举。可以说都各有道理，但都不够全面，因此很难被大家一致认可。近年来，肿瘤侵袭转移研究在机制方面的最大突破就是认识到宿主微环境对肿瘤细胞... 详细信息

在肿瘤转移过程中，谁是转移的最终决定者，这个问题争论了上百年，各种假说／模型不胜枚举。可以说都各有道理，但都不够全面，因此很难被大家一致认可。近年来，肿瘤侵袭转移研究在机制方面的最大突破就是认识到宿主微环境对肿瘤细胞侵袭转移的重要作用。正是肿瘤细胞与宿主的微环境的相互作用最终决定了转移灶能否形成及何时形成。对这种相互作用调节机制的揭示为我们寻找有效的干预方法及开发新的药物提供了机会。根据近年来的研究结果，目前普遍倾向于这样的观点：肿瘤转移是一个多步骤的序贯过程，在这个过程的每一个环节肿瘤细胞都需要与宿主微环境中的各种因素不断地进行各种相互作用，这种相互作用的结果决定肿瘤细胞的最后命运，即临床可见转移灶的形成。本文将围绕这个问题根据国际最新进展予以论述。

关键词：肿瘤转移宿主因素肿瘤侵袭转移宿主微环境肿瘤细胞相互作用干预方法转移灶

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强力霉素抑制丝裂霉素诱导的MTEC1细胞凋亡及其蛋白质组初步分析

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江苏大学学报（医学版） 2009年第3期19卷 197-201页

作者：申卫红刘慧彭鑫肖雪媛何大澄陈慰峰邵启祥江苏大学基础医学与医学技术学院江苏镇江212013 北京师范大学细胞生物学研究所北京100875 北京大学基础医学院免疫学系T细胞室北京100083

目的:探讨强力霉素(doxycycline,Dox)保护胸腺上皮细胞的作用及其机制,为进一步研究Dox的免疫调节作用奠定基础。方法:利用光学显微镜观察Dox对丝裂霉素(mitomycin,MMC)诱导MTEC1凋亡的影响,同时采用Hochest33342、PI单染、Annexin V和P... 详细信息

目的:探讨强力霉素(doxycycline,Dox)保护胸腺上皮细胞的作用及其机制,为进一步研究Dox的免疫调节作用奠定基础。方法:利用光学显微镜观察Dox对丝裂霉素(mitomycin,MMC)诱导MTEC1凋亡的影响,同时采用Hochest33342、PI单染、Annexin V和PI双染确认其作用,最后利用表面加强激光解析电离飞行时间质谱技术分析了SAX2芯片捕获的Dox作用前后的差异蛋白质。结果:通过形态学观察、Hochest33342、PI单染及Annexin V和PI双染发现Dox确实能保护MTEC1抵抗丝裂霉素诱导的细胞凋亡。随后采用表面加强激光解析电离飞行时间质谱技术分析SAX2芯片捕获蛋白,发现Dox能调控15种蛋白,其中上调8种,下调7种。结论:Dox具有保护MTEC1,抑制MMC诱导的细胞凋亡作用,并对MTEC1的蛋白表达有调控作用。

关键词：强力霉素小鼠胸腺髓质上皮细胞系细胞凋亡蛋白质芯片

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大肠癌发生与归巢性转移机制及干预的研究

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中国肺癌杂志 2009年第6期12卷 I0071-I0071页

作者：张宏权北京大学基础医学院分子细胞生物学与肿瘤生物学教研室

整合素（Integrins）是细胞外基质ECM的主要受体，包括24个成员组成。其α和β亚基都由N-末端的胞外结构域，跨膜结构域和C-末端的胞内结构域等三部分组成，其中β亚基有比α亚基较长的胞内结构域，在50-60个氨基酸左右（β4整合素除外... 详细信息

整合素（Integrins）是细胞外基质ECM的主要受体，包括24个成员组成。其α和β亚基都由N-末端的胞外结构域，跨膜结构域和C-末端的胞内结构域等三部分组成，其中β亚基有比α亚基较长的胞内结构域，在50-60个氨基酸左右（β4整合素除外）。整合素不具有酶活性，其功能是通过胞内结构域与胞内蛋白质相互作用而实现的。通过分子之间的相互作用整合素传递输入信号，调节细胞的生长、发育、分化和凋亡等几乎全部重要生命活动;通过跨膜长程构像变化，整合素传递输出信号，调节细胞与基质的动态粘附关系。因此，整合素胞内结构域与其胞内蛋白质相互作用网络在时间与空间上的整合协调，决定了整合素介导信号的走向及与其它跨膜信号通路的相互影响。

关键词：转移机制蛋白质相互作用癌发生跨膜信号通路 β4整合素细胞外基质归巢大肠

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合成紫花茄皂苷对体外培养肝癌细胞的增殖抑制作用

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解剖学杂志 2008年第1期31卷 25-27页

作者：马朋曹同涛宋晓冬张页滨州医学院生物学教研室滨州256603 北京大学医学部细胞生物学系北京100083

目的:探讨合成紫花茄皂苷对人肝癌细胞株BEL-7402的增殖抑制及凋亡诱导作用。方法:采用酸性磷酸酶(ACP)法检测细胞增殖抑制率;电镜观测BEL-7402细胞形态变化;流式细胞仪检测细胞凋亡率。结果:合成紫花茄皂苷对人肝癌BEL-7402细胞有明显... 详细信息

目的:探讨合成紫花茄皂苷对人肝癌细胞株BEL-7402的增殖抑制及凋亡诱导作用。方法:采用酸性磷酸酶(ACP)法检测细胞增殖抑制率;电镜观测BEL-7402细胞形态变化;流式细胞仪检测细胞凋亡率。结果:合成紫花茄皂苷对人肝癌BEL-7402细胞有明显的增殖抑制作用,其72h的IC50为6·5μg/ml。皂苷可引起细胞形态的明显改变。细胞经皂苷作用6h和12h后,凋亡率显著增加。结论:合成紫花茄皂苷对人肝癌细胞的增殖抑制呈浓度相关性,可诱导肿瘤细胞凋亡。

关键词：紫花茄皂苷细胞增殖细胞凋亡肝癌细胞

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