检索结果-内蒙古大学图书馆

中国农业科学 2021年第10期54卷 2167-2178页

作者：马建李丛丛黄亚婷谢雨黎程玲玲王建设北京市农林科学院蔬菜研究中心/农业农村部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室

【目的】通过对甜瓜种皮颜色进行遗传分析及基因精细定位,并推测其候选基因和开发特异分子标记,为下一步该基因的功能研究及合理利用奠定基础。【方法】利用白色种皮材料HP22和黄色种皮材料B8、B150分别配制杂交组合,获得后代遗传分离... 详细信息

【目的】通过对甜瓜种皮颜色进行遗传分析及基因精细定位,并推测其候选基因和开发特异分子标记,为下一步该基因的功能研究及合理利用奠定基础。【方法】利用白色种皮材料HP22和黄色种皮材料B8、B150分别配制杂交组合,获得后代遗传分离群体并进行种皮颜色的表型调查及遗传分析,通过基因图位克隆方法完成基因的精细定位。通过对定位区间内注释基因进行编码区序列和功能分析确定关键候选目的基因。【结果】甜瓜白色种皮对黄色种皮为显性,由单显性基因CmSC1控制并表现延迟遗传效应。利用368个黄色种皮F2单株最终将CmSC1精细定位于第5号染色体分子标记S27和S28之间物理距离约95 kb区间内,共包含12个注释基因。其中一个为拟南芥AtTT8同源的编码bHLH转录因子蛋白的MELO3C014406,经序列变异位点分析,黄色种皮材料B8和B150分别在该基因ATG下游第47位碱基处插入碱基A以及在第260位碱基处缺失14 bp导致翻译蛋白提前终止,致使后面功能结构域完全缺失,进而通过开发特异分子标记YS及序列分析,发现65份黄色种皮材料均发生这两种突变形式中的一种,推测MELO3C014406即为控制种皮颜色CmSC1的目的基因。【结论】本研究将控制种皮颜色的CmSC1精细定位于第5染色体95 kb区间内,推测MELO3C014406为最终目的基因,并开发了特异分子标记YS。

关键词：甜瓜种皮颜色基因定位原花青素 bHLH转录因子

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毛白杨BABY BOOM基因的克隆及生物信息学分析

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植物生理学报 2021年第11期57卷 2155-2166页

作者：杨紫彤姜廷波魏建华丁莉萍东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室哈尔滨150040 北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心农业基因资源与生物技术北京市重点实验室北京100097

BBM(BABY BOOM)转录因子是植物细胞全能性和胚胎发生的关键调控因子。利用PCR技术从毛白杨‘BJHR01’幼叶cDNA中克隆得到PtoBBM1和PtoBBM2基因,利用生物信息学软件,对这两个基因的序列和功能进行分析。结果表明:毛白杨中PtoBBM1蛋白与... 详细信息

BBM(BABY BOOM)转录因子是植物细胞全能性和胚胎发生的关键调控因子。利用PCR技术从毛白杨‘BJHR01’幼叶cDNA中克隆得到PtoBBM1和PtoBBM2基因,利用生物信息学软件,对这两个基因的序列和功能进行分析。结果表明:毛白杨中PtoBBM1蛋白与毛果杨中PtrBBM1(B9HHX9)蛋白相似性高达96%;PtoBBM2与PtrBBM2(B9HYI0)蛋白相似性达到98%。此外,PtoBBM1和PtoBBM2蛋白均含有2个AP2保守结构域,三级结构预测它们均和乙烯反应性转录因子ERF096模型高度相似。理化性质分析推测PtoBBM1和PtoBBM2均是不稳定的亲水蛋白,不具有信号肽,亚细胞定位预测PtoBBM1和PtoBBM2蛋白均定位于细胞核,都具有跨膜结构。进化树分析显示,杨树BBM与蓖麻、棉花BBM归为一个分支,亲缘关系较近。组织表达分析表明,PtoBBM1主要在根中表达,叶和茎中表达量较低;PtoBBM2主要在叶和根中表达,茎中表达量较低,2个同源基因表达具有组织部位的差异性。在胚性愈伤组织形成过程中,PtoBBM1和PtoBBM2基因均在胚性愈伤组织形成期表达量最高,说明PtoBBM1和PtoBBM2基因可能在杨树胚性愈伤组织形成中发挥作用。

关键词：毛白杨 BBM基因克隆生物信息学

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彩斑突变体菊花CmF3′Ha基因及启动子的克隆与分析

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西北植物学报 2021年第10期41卷 1627-1634页

作者：王森陈新娜李彦慧陈东亮潘晓飞黄丛林河北农业大学园林与旅游学院河北保定071000 北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室北京100097 北京市功能花卉工程技术研究中心北京100097 大名县自然资源和规划局河北邯郸056900

该研究以菊花彩瓣突变体CQ17-mu为材料,利用RT-PCR克隆获得了类黄酮-3′-羟化酶基因(F3′H),该基因开放阅读框全长1527 bp,编码508个氨基酸,与已知的菊花CmF3′H相似性达到99%,故将其命名为CmF3′Ha。氨基酸序列分析表明,CmF3′Ha编码... 详细信息

该研究以菊花彩瓣突变体CQ17-mu为材料,利用RT-PCR克隆获得了类黄酮-3′-羟化酶基因(F3′H),该基因开放阅读框全长1527 bp,编码508个氨基酸,与已知的菊花CmF3′H相似性达到99%,故将其命名为CmF3′Ha。氨基酸序列分析表明,CmF3′Ha编码的蛋白具有保守的F3′H结构域,属于P450超家族。多重序列比对和系统发育分析表明,CmF3′Ha与其他菊花品种的F3′H亲缘关系最近。实时定量PCR分析显示,CQ17-mu花瓣中CmF3′Ha基因的表达水平显著高于CQ17的粉色花瓣,表明CmF3′Ha参与了CQ17-mu花瓣紫色条斑部位的花色素代谢。进一步利用染色体步移法克隆得到了CQ17-mu的F3′H基因上游1086 bp的启动子区序列,经分析显示,该序列中除包含TATA-box等核心启动子元件外,还包括多个MYB、MYC结合位点及多个光响应元件和激素应答元件。研究结果证明了菊花CmF3′Ha基因与植物花青素积累呈正相关,参与彩色条斑部分的花青素合成过程,为菊花的分子育种提供了理论依据。

关键词：菊花彩斑类黄酮-3′-羟化酶花青素启动子

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玉米ZmbHLH161基因的克隆及功能研究

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作物学报 2020年第12期46卷 2008-2016页

作者：杨梦婷张春王作平邹华文吴忠义长江大学农学院湖北荆州434023 北京市农林科学院/北京农业生物技术研究中心/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室北京100097

bHLH转录因子是植物第二大转录因子家族,在调节植物生长发育、信号转导和逆境胁迫响应等方面发挥着重要的作用。为了研究玉米bHLH家族基因在逆境胁迫响应中的功能,本研究从玉米根组织中克隆了ZmbHLH161(AC:NC_AQK75074)基因。生物信息... 详细信息

bHLH转录因子是植物第二大转录因子家族,在调节植物生长发育、信号转导和逆境胁迫响应等方面发挥着重要的作用。为了研究玉米bHLH家族基因在逆境胁迫响应中的功能,本研究从玉米根组织中克隆了ZmbHLH161(AC:NC_AQK75074)基因。生物信息学分析表明:该基因包含3个外显子, cDNA全长1460 bp,编码序列全长1059 bp,编码352个氨基酸;在玉米基因组中以单拷贝形式存在,功能未知;ZmbHLH161蛋白分子量为37.1kD,理论等电点为6.10,具有bHLH转录因子家族特有的保守结构域,但不具跨膜结构,无信号肽,为亲水性蛋白,蛋白二级结构无规则卷曲所占比例最大,为42.05%。玉米原生质体瞬时表达试验表明,ZmbHLH161定位在细胞核内。实时荧光定量PCR(qPCR)分析表明,正常生长条件下,ZmbHLH161主要在根系和幼胚中表达;在脱水和干旱处理下,ZmbHLH161在玉米苗期叶片中上调表达。转基因异源表达ZmbHLH161拟南芥株系经不同浓度NaCl处理后,其根长与野生型差异不显著,而不同浓度甘露醇处理后其根长优于野生型。由此推测ZmbHLH161基因可能参与玉米对渗透胁迫应答。

关键词：玉米 ZmbHLH161 转录因子原生质体 qPCR 渗透胁迫

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甜瓜短蔓基因Cmdm1的精细定位及候选基因分析

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中国农业科学 2020年第4期53卷 802-810页

作者：马建李丛丛王建设北京市农林科学院蔬菜研究中心/农业农村部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室

【目的】对甜瓜短蔓突变体Z8进行短蔓基因的精细定位并确定候选基因,为甜瓜株型的分子改良奠定基础。【方法】考察短蔓突变体Z8和野生型B15的主蔓节数、主蔓长度、主蔓节间长度以及侧枝长度等农艺性状。配制Z8/B15杂交组合并进行遗传分... 详细信息

【目的】对甜瓜短蔓突变体Z8进行短蔓基因的精细定位并确定候选基因,为甜瓜株型的分子改良奠定基础。【方法】考察短蔓突变体Z8和野生型B15的主蔓节数、主蔓长度、主蔓节间长度以及侧枝长度等农艺性状。配制Z8/B15杂交组合并进行遗传分析,利用F2群体中的短蔓单株进行基因精细定位。通过对定位区间内注释基因编码区进行测序以确定候选基因。【结果】与野生型B15相比,突变体Z8节间显著变短导致植株矮化,顶端花序紧凑簇生,遗传分析表明其短蔓性状由一对隐性核基因Cmdm1控制。采用基因图位克隆策略,利用780个F2短蔓单株最终将该基因精细定位于第7染色体短臂标记c7-112和s2之间约56 kb的区间内,并与标记dm-1共分离,区间内共包含4个注释基因。经测序鉴定,发现Z8中与拟南芥ERECTA同源的MELO3C016916 ATG下游第1 995位碱基由T突变为G而产生终止密码子,导致蛋白翻译提前终止,致使后面激酶结构域完全缺失,推测MELO3C016916即为控制蔓长的Cmdm1。【结论】Z8短蔓性状受隐性核基因Cmdm1控制,利用分子标记最终将该基因定位于7号染色体短臂标记c7-112和s2之间约56 kb区间内,推测MELO3C016916为最有可能的候选基因。

关键词：甜瓜短蔓基因定位 Cmdm1 ERECTA

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生菜软腐和菌核病拮抗菌贝莱斯芽胞杆菌BPC6鉴定与防效

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中国生物防治学报 2020年第2期36卷 231-240页

作者：孙旺旺闫丽陈昌龙田宇李晓颖陈杰谢华北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室北京100097 承德市农林科学院承德067000

软腐病和菌核病是生菜生产中两大毁灭性病害。为有效控制这2种病害,利用平板稀释和对峙法,从生菜根际土壤中分离到一株拮抗菌BPC6,其菌悬液、无菌滤液对软腐病菌Pectobacterium carotovorum和菌核病菌Sclerotinia sclerotiorum的生长均... 详细信息

软腐病和菌核病是生菜生产中两大毁灭性病害。为有效控制这2种病害,利用平板稀释和对峙法,从生菜根际土壤中分离到一株拮抗菌BPC6,其菌悬液、无菌滤液对软腐病菌Pectobacterium carotovorum和菌核病菌Sclerotinia sclerotiorum的生长均具有抑制效果,该菌株也能抑制其他14种植物病原菌的生长。形态学、16S rDNA及基因组序列分析将其鉴定为贝莱斯芽胞杆菌Bacillus velezensis。BPC6能产生纤维素酶和蛋白酶,不能产生几丁质酶和嗜铁素。比浊法分析的生长曲线显示,BPC6能在1%~10%NaCl及pH 5.0~9.0条件下生长。通过分析不同浓度BPC6对软腐病菌和菌核病菌侵染生菜离体叶片的影响,明确了菌株BPC6适宜用量为1.4×109~2.8×109 CFU/mL。菌株BPC6对生菜软腐病和菌核病盆栽防效分别为44.09%和53.58%,对菌核病大田防效为77.41%。本研究表明BPC6是一株对生菜软腐病和菌核病具有拮抗作用的潜在生防菌。

关键词：生菜软腐病菌核病贝莱斯芽胞杆菌鉴定防效

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芹菜转录组数据SSR标记的开发及其遗传多样性分析

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农业生物技术学报 2020年第4期28卷 616-628页

作者：陈昌龙董岩田宇石妙涵葛秀秀谢华北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室北京农学院生物与资源环境学院承德市农林科学院

芹菜(Apium graveolens)是一种世界范围内重要的叶类蔬菜。目前芹菜的遗传研究需要一些有价值的分子标记。本研究利用GenBank中芹菜3套转录组数据中的高质量reads,通过序列拼接,得到39 619个unigenes序列,从中共识别到4 034个SSR位点,... 详细信息

芹菜(Apium graveolens)是一种世界范围内重要的叶类蔬菜。目前芹菜的遗传研究需要一些有价值的分子标记。本研究利用GenBank中芹菜3套转录组数据中的高质量reads,通过序列拼接,得到39 619个unigenes序列,从中共识别到4 034个SSR位点,其中二核苷酸重复类型最为丰富,占43.9%(1772);其次为单核苷酸(26.7%, 1078)和三核苷酸类型(21.0%, 846);四、五、六核苷酸总计占1.3%(52);其余为复合型(7.1%, 286)。在设计的375对SSR引物中,有39对在选择的5种不同来源的代表性芹菜材料中被成功验证,产生了清晰而稳定的高质量特异PCR产物。利用荧光标记PCR及多重毛细管电泳技术,在供试的76种芹菜材料中39个位点共检测出110个等位变异,平均每个位点2.821个,变化范围为2～4个;基因型数目变化范围为2～9,平均每个位点为4.308;平均多态信息含量(polymorphism information content, PIC)为0.256,变化范围为0.013～0.581;鉴别力(power of discrimination, PD)变化范围为0.026～0.764,平均为0.379。76种芹菜遗传多样性分析结果显示,本芹和西芹平均等位变异分别为2.641和2.436,Nei’s指数平均分别为0.347和0.194,Shannon’s指数平均分别为0.589和0.351,提示本芹的遗传多样性大于西芹。分子方差分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果表明,61.72%的变异来源于芹菜个体内,22.07%的变异来源于西芹和本芹群体内个体间,16.22%的变异来源于两群体间。主成分分析(principal component analysis, PCA)与UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic means)聚类分析结果一致,基本上西芹和本芹可分别聚成不同类群;但相比于西芹,本芹聚类相对离散,提示本芹的遗传变异可能相对丰富。本研究丰富了用于芹菜种质资源遗传多样性分析及分子鉴定的SSR标记,并建立了基于多重毛细管电泳的高效检测体系。

关键词：芹菜转录组数据 SSR 多重毛细管电泳检测遗传多样性

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基于主成分分析和聚类分析的百合花瓣品质综合分析与评价

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食品工业科技 2020年第3期41卷 232-238,245页

作者：张梦张遥遥胡悦杜运鹏张秀海任建武北京林业大学生物科学与技术学院北京100083 北京农业生物技术研究中心北京市功能花卉工程技术研究中心农业基因资源与生物技术北京市重点实验室(北京市农林科学院)北京100080

为探索百合花瓣中营养成分价值,开发花瓣的食用价值并选育品质较高的种/品种。选择14种/品种百合花瓣为实验材料,检测了其中营养成分、活性物质、矿物质元素和氨基酸的含量,并参照文献与传统食用百合鳞茎作比较。同时采用主成分分析和... 详细信息

为探索百合花瓣中营养成分价值,开发花瓣的食用价值并选育品质较高的种/品种。选择14种/品种百合花瓣为实验材料,检测了其中营养成分、活性物质、矿物质元素和氨基酸的含量,并参照文献与传统食用百合鳞茎作比较。同时采用主成分分析和聚类分析方法开展品质筛选和综合评价研究。结果表明,百合花瓣中含有丰富的碳水化合物、蛋白质及矿物质元素。将测定的16个营养指标进行主成分分析后提取出6个主成分,累计方差贡献率为86.085%。评价结果显示,卷丹、‘耀眼’、紫脊百合、‘函数’、‘艾迪沃’营养品质得分较高。对14种/品种百合进行聚类分析,划分为4大类,并结合主成分分析结果发现,卷丹综合品质最高。通过建立百合综合评价体系,为开发利用药食兼用百合花瓣、丰富植物源健康食品和建立百合精深加工技术提供理论依据。

关键词：百合花瓣营养成分氨基酸矿物质元素主成分分析

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甘菊3个ClSCL6基因的克隆及表达分析

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西北植物学报 2020年第11期40卷 1847-1854页

作者：刘佳陈东亮黄丛林梁玉镯刘冬云河北农业大学园林与旅游学院河北保定071000 北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心北京100097 北京市功能花卉工程技术研究中心北京100097 农业基因资源与生物技术北京市重点实验室北京100097

GRAS家族HAM亚家族基因是维持植物茎端分生组织(shoot apical meristem,SAM)未分化状态的重要因子,并影响着植物的成花转化进程。该研究基于转录组数据中甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)HAM亚家族基因同源序列设计引物,利用RT-PCR... 详细信息

GRAS家族HAM亚家族基因是维持植物茎端分生组织(shoot apical meristem,SAM)未分化状态的重要因子,并影响着植物的成花转化进程。该研究基于转录组数据中甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)HAM亚家族基因同源序列设计引物,利用RT-PCR技术从甘菊中克隆得到3个HAM类基因。序列分析结果表明,所克隆的3个基因开放阅读框长度分别为1845、1479和1881 bp,分别编码614、492和626个氨基酸。Blastp分析显示,3个基因的编码蛋白均含有典型HAM亚家族蛋白特征,并与菊科植物黄花蒿(Artemisia annua)SCL6蛋白具有较高的一致性,分别达到了94.39%、91.90%和94.27%。进一步分析表明,3个基因的编码蛋白与所有拟南芥GRAS家族中的SCL6蛋白进化关系最近,故将其分别命名为ClSCL6a、ClSCL6b和ClSCL6c。荧光定量分析显示,3个ClSCL6基因均在甘菊茎中表达量最高,而在根和花中表达量普遍较低。在不同发育时期的花器官中,3个ClSCL6基因均有表达,其中ClSCL6a在管状花花粉散开前达到表达高峰,ClSCL6b和ClSCL6c则在小花蕾时期表达量最高,在其他时期表达水平差异不大。该研究结果为进一步研究ClSCL6在菊花成花转化过程中的功能奠定了基础。

关键词：菊花 GRAS HAM 基因克隆表达分析

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北京辣椒和番茄上番茄斑萎病毒的鉴定

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植物检疫 2021年第2期35卷 44-48页

作者：刘佳陈东亮梁玉镯刘冬云黄丛林北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室北京100097 北京市功能花卉工程技术研究中心河北农业大学园林与旅游学院

北京大兴区某蔬菜种植基地的辣椒和番茄发现疑似病毒感染,造成较大经济损失。经症状分析和RT-PCR检测,证实其感染番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)。基于TSWV序列特征对该地区TSWV进化及来源进行分析,结果显示其与北京顺... 详细信息

北京大兴区某蔬菜种植基地的辣椒和番茄发现疑似病毒感染,造成较大经济损失。经症状分析和RT-PCR检测,证实其感染番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)。基于TSWV序列特征对该地区TSWV进化及来源进行分析,结果显示其与北京顺义区已经报道TSWV毒株进化关系较近,但较国内其他地区株系更接近欧美种群,表明其可能是近几年由国外引种传入。

关键词：辣椒番茄番茄斑萎病毒北京鉴定

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