检索结果-内蒙古大学图书馆

计算机工程与科学 2013年第11期35卷 62-67页

作者：沈卫超曹立强夏芳中物院复杂电磁环境实验室四川绵阳621900 北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京100094

团簇识别是分子动力学数值模拟数据后处理团簇分析中的一个共性问题。面向JASMIN粒子数值模拟程序输出的可视化数据,设计实现了团簇识别并行算法与团簇分析并行工具。工具提供了三种并行模式:时间维并行、空间维并行、时空维混合并行。... 详细信息

团簇识别是分子动力学数值模拟数据后处理团簇分析中的一个共性问题。面向JASMIN粒子数值模拟程序输出的可视化数据,设计实现了团簇识别并行算法与团簇分析并行工具。工具提供了三种并行模式:时间维并行、空间维并行、时空维混合并行。使用基于PIC网格加速的广度优先搜索算法,通过虚拟网格片索引直接在多网格片数据上实现团簇识别。团簇分析并行工具应用在千万粒子规模的实际数值模拟数据时具有很好的并行扩展性。

关键词：团簇识别团簇分析并行后处理

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SSTD:基于栈帧分析的可扩展并行程序调试工具

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计算机工程与科学 2013年第4期35卷 8-13页

作者：蒋杰方力卢凯刘杰武林平国防科学技术大学计算机学院湖南长沙410073 国防科学技术大学网络中心湖南长沙410073 北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京100088

设计了一个基于栈帧分析的可扩展并行调试工具SSTD,在并行程序异常退出时获取进程栈帧信息,辅助用户快速定位程序故障,提高调试效率。详细讨论了SSTD系统架构以及可扩展通信结构、进程等价类划分等关键技术。

关键词：并行调试栈帧分析可扩展

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基于结构化流程图的调试器

基于结构化流程图的调试器

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2013全国高性能计算学术年会

作者：王伟罗红兵廖丽景翠萍北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京 100094

本文提出了一个基于流程图的调试器,用于实现开发调试JASMIN并行应用程序.描述了一个调试架构，可用于结构化流程调试。这种架构的结构图调试器显示定义一个中间数据结构的数据结构之间的关系，定义了结构文件名。从行号之间的映射流程... 详细信息

本文提出了一个基于流程图的调试器,用于实现开发调试JASMIN并行应用程序.描述了一个调试架构，可用于结构化流程调试。这种架构的结构图调试器显示定义一个中间数据结构的数据结构之间的关系，定义了结构文件名。从行号之间的映射流程转换成水平的信息源。代码生成引擎负责更新和维护数据，调试器采用双向代码和流程图结构的映射技术，结构化的流程图和源代码级调试信息之间的转换是自动完成的时候，需要调试。它会保持结构化的流程图和源之间的信息的一致性。

关键词：调试器结构化流程图并行编程集成开发平台

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可扩展的重叠网格并行支撑软件模块及其应用

可扩展的重叠网格并行支撑软件模块及其应用

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2013全国高性能计算学术年会

作者：郭红莫则尧张爱清刘旭北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京100094

本文在JASMIN框架中设计实现了重叠网格并行支撑软件模块.该模块设计实现了网格映射算法,及网格片间统一通信调度策略,有效地解决了通信性能瓶颈问题,设计实现了网格映射算法库,使得该软件模块对网格具有普适性,设计实现了插值算子库,... 详细信息

本文在JASMIN框架中设计实现了重叠网格并行支撑软件模块.该模块设计实现了网格映射算法,及网格片间统一通信调度策略,有效地解决了通信性能瓶颈问题,设计实现了网格映射算法库,使得该软件模块对网格具有普适性,设计实现了插值算子库,集成各类插值算子.同时该模块封装了数据分布存储、数据通信等并行计算细节,提供了规范接口,能够支撑用户简便地实现重叠网格并行计算.测试表明,该模块具有很好的并行性能,可以支撑应用程序扩展到上千核.

关键词：重叠网格并行支撑软件模块网格映射算法通信调度策略应用程序

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基于硬件事件的并行程序指令级性能模型与应用

基于硬件事件的并行程序指令级性能模型与应用

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2013全国高性能计算学术年会

作者：罗红兵武林平北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京 100094

当前,应用程序持续运行性能与高性能计算机峰值性能的差距有扩大的趋势,许多实际应用程序性能通常只能达到机器峰值性能的5～10％,甚至更低,如何优化并行应用成为高性能计算领域关注的焦点.本文从如何利用硬件事件进行程序指令级优化入... 详细信息

当前,应用程序持续运行性能与高性能计算机峰值性能的差距有扩大的趋势,许多实际应用程序性能通常只能达到机器峰值性能的5～10％,甚至更低,如何优化并行应用成为高性能计算领域关注的焦点.本文从如何利用硬件事件进行程序指令级优化入手,提出了一种基于硬件事件的性能模型,揭示出程序性能与程序特征、微处理器特征的关系.基于该性能模型,在Xeon微处理器平台上对Euler等程序进行优化,gas1dapproxy等性能热点模块的执行时间可以缩短12％～61％.性能优化实验表明:使用该性能模型可以降低用户进行指令级并行性能优化的难度,指导用户选择正确的性能优化方向.

关键词：应用程序指令级并行性能模型硬件事件

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系统噪音影响的量化分析

系统噪音影响的量化分析

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2013全国高性能计算学术年会

作者：武林平魏勇徐小文刘旭北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京100094

尽管系统噪音对单个进程的影响有限,但对于大规模并行程序性能的影响不容忽视.本文提出一种基于并行程序计算通信特征的噪音影响定量评估方法FWQ—MPI,并给出噪音影响的四个量化指标:噪音量比例、噪音影响比例、实际计算通信时间比、理... 详细信息

尽管系统噪音对单个进程的影响有限,但对于大规模并行程序性能的影响不容忽视.本文提出一种基于并行程序计算通信特征的噪音影响定量评估方法FWQ—MPI,并给出噪音影响的四个量化指标:噪音量比例、噪音影响比例、实际计算通信时间比、理想计算通信时间比.根据该方法,选取求解稀疏线性代数方程组的三种迭代方法作为研究对象,抽取迭代方法的计算特征、同步通信特征形成微测试程序;在一台包含512个双路六核计算结点的并行机上运行该微测试程序,测试数据明确了系统噪音对并行程序性能的影响机理,并得到系统噪音对并行程序性能影响的若干规律;BSP并行程序运行过程中,系统噪音量比例不大,约占整个计算时间的2％～6％;但系统噪音对BSP并行程序的性能有着较大的影响(当并行规模在1024、2048、4096时,噪音影响比例约为30～70％);系统噪音的影响随着并行程序规模的扩大而增加,随着两次同步通信间隔内计算量的增加而降低;系统噪音的影响主要体现在BSP并行程序的“实际计算通信时间比”要远小于“理想计算通信时间比”.

关键词：并行程序系统噪音影响量化分析评价指标

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并行分布式可视分析平台的构件化回归测试技术研究

并行分布式可视分析平台的构件化回归测试技术研究

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2013全国高性能计算学术年会

作者：艾志玮肖丽王华维北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京邮编：100094

并行分布式可视分析已成为科学计算数据后处理的支撑技术.在渐进和快速迭代开发可视化系统中,如何验证和确认可视分析平台面向复杂网格类型、多种可视化方法耦合情况下的稳定性、正确性和健壮性问题成为平台评测的关键问题.本文以TeraVA... 详细信息

并行分布式可视分析已成为科学计算数据后处理的支撑技术.在渐进和快速迭代开发可视化系统中,如何验证和确认可视分析平台面向复杂网格类型、多种可视化方法耦合情况下的稳定性、正确性和健壮性问题成为平台评测的关键问题.本文以TeraVAP并行分布式可视分析平台为例,提出基于工作流的构件化软件评测环境,具有自动测试、高代码覆盖、低测试用例维护、基于Web方式图文显示等特点.重点介绍基于Python语言的测试用例设计和调度模块设计,基于图像的定量分析和基于数据的定性分析功能测试模块.在TeraVAP系统研发过程中,共修正249个系统缺陷,取得良好的实用效果.

关键词：软件工程回归测试脚本驱动可视分析并行分布

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基于模型的并行程序集成开发平台界面设计方法

基于模型的并行程序集成开发平台界面设计方法

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2013全国高性能计算学术年会

作者：景翠萍王伟廖丽武林平罗红兵北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京市 100094

Qt模型/视图架构下，首先，在需求分析阶段，分析并确定软件界面模块的功能及功能之间的联系，确定界面设计特征。其次，根据界面设计特征建立Qt模型/视图和界面模板，其模板的构成包括控制参数、模型/视图以及界面操作控件集等。最后... 详细信息

Qt模型/视图架构下，首先，在需求分析阶段，分析并确定软件界面模块的功能及功能之间的联系，确定界面设计特征。其次，根据界面设计特征建立Qt模型/视图和界面模板，其模板的构成包括控制参数、模型/视图以及界面操作控件集等。最后，为界面模板配置控制参数，生成具体界而。除此之外，通过控制对界而模板的组合和复用可以生成更复杂的界而。本文借鉴Qt模型/视图架构，将基于模型的参数化界面设计模式应用到界面开发中。示例表明，这种方法可以在多个界而模块中复用相同的模型和界而模板，可以提高界而的可复用性。

关键词：并行程序集成开发平台界面设计配置参数

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面向大规模数值模拟的多级检查点/续算的优化与应用

面向大规模数值模拟的多级检查点/续算的优化与应用

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2013全国高性能计算学术年会

作者：张晓霞罗红兵北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京市 100094

高性能计算机的系统规模越来越大,系统可靠性问题越来越严重.针对系统低可靠性与大规模数值模拟需要长时间稳定运行之间的瓶颈,在系统上部署了多级检查点/容错技术.本文详细介绍了在实际系统上部署多级检查点/容错技术时遇到及解决的一... 详细信息

高性能计算机的系统规模越来越大,系统可靠性问题越来越严重.针对系统低可靠性与大规模数值模拟需要长时间稳定运行之间的瓶颈,在系统上部署了多级检查点/容错技术.本文详细介绍了在实际系统上部署多级检查点/容错技术时遇到及解决的一些关键问题.实际数据表明,采用多级检查点/容错技术后,作业的平均执行时间可达数十小时以上,有效缩短了大规模并行作业模拟完成所需的时间,方便了用户.

关键词：计算机系统数值模拟可靠性分析容错技术多级检查点恢复执行

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大规模粒子团簇识别分析

大规模粒子团簇识别分析

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2013全国高性能计算学术年会

作者：沈卫超曹立强夏芳中物院复杂电磁环境实验室绵阳621900 北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京100088 北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京100088

团簇识别是分子动力学数值模拟数据后处理团簇分析中的一个共性问题.本文面向JASMIN粒子数值模拟程序输出的可视化数据,设计实现了团簇识别并行算法与团簇分析并行工具.工具提供了三种并行模式:时间维并行、空间维并行、时空维混合并行... 详细信息

团簇识别是分子动力学数值模拟数据后处理团簇分析中的一个共性问题.本文面向JASMIN粒子数值模拟程序输出的可视化数据,设计实现了团簇识别并行算法与团簇分析并行工具.工具提供了三种并行模式:时间维并行、空间维并行、时空维混合并行.使用基于PIC网格加速的广度优先搜索算法,通过虚拟网格片索引直接在多网格片数据上实现团簇识别.团簇分析并行算法应用在千万粒子规模的实际数值模拟数据时可线性扩展到64个处理器.

关键词：分子动力学模拟程序可视化数据团簇识别数值模拟

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