检索结果-内蒙古大学图书馆

中国生物工程杂志 2022年第10期42卷 9-20页

作者：侯思佳陈静孟剑桥杜俊红王聪梁丹邬荣领郭允倩北京林业大学生物科学与技术学院计算生物学中心林木育种国家工程实验室北京100083

目的:WIND(WOUND INDUCED DEDIFFERENTIATION),是属于ERF/AP2(ETHYLENE RESPONSE FACTOR/APETALA 2)家族的一种重要转录因子,该类基因最早被发现在拟南芥中可以与乙烯响应元件GCC-BOX和脱水响应元件DRE结合,响应干旱信号和调节乙烯水平。最近的研究发现WIND基因在植物伤口信号回应、愈伤组织形成及不定芽的产生过程中也发挥了关键作用。已有的研究阐述了WIND基因在拟南芥中控制愈伤组织形成及不定芽再生的机制,但其在木本植物中的功能尚不明确,将探究WIND基因在胡杨中与伤口信号响应及不定芽再生相关的功能,同时为在分子水平上解决胡杨再生问题提供理论依据。方法:采用基因克隆、qRT-PCR、转基因表型分析等方法研究WIND基因在胡杨外植体伤口响应和再生不定芽过程中的作用。结果:克隆胡杨WIND家族中的基因PeWIND1和PeWIND2,发现其编码区序列长度分别为1050 bp和1032 bp,编码349个和343个氨基酸,亚细胞定位均在细胞核中。组织特异性分析显示PeWIND1和PeWIND2在胡杨根、茎、叶、愈伤组织中均有表达,且在愈伤组织中表达量最高。时间表达特异性显示,在经伤口刺激后的24 h内,PeWIND1和PeWIND2基因均呈现先升高后降低的表达趋势,且均在伤口刺激后1 h达到表达量峰值。转基因植株表型统计发现,过表达PeWIND1和PeWIND2基因后转基因植株不定芽再生能力增强。结论:在胡杨叶片有伤口刺激后,PeWIND1和PeWIND2响应伤口信号,表达量先升高后降低,PeWIND1和PeWIND2能够促进杨树茎段再生不定芽。

关键词：植物再生胡杨 PeWIND 伤口响应

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木本植物中microRNA的研究进展

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植物生理学报 2023年第5期59卷 817-828页

作者：陈静孟剑桥侯思佳张倩倩杜俊红王聪梁丹邬荣领郭允倩北京林业大学生物科学与技术学院计算生物学中心林木育种国家工程实验室北京100083

MicroRNAs(miRNAs)是一类非编码小RNA,长度为20~24 nt,通过降解靶基因的mRNA和抑制翻译过程在转录后水平调控植物的生理过程。miRNAs已被证明在植物的生长发育中起重要调控作用,但在木本植物中的研究较少。本文将对非编码RNA的分类、miR... 详细信息

MicroRNAs(miRNAs)是一类非编码小RNA,长度为20~24 nt,通过降解靶基因的mRNA和抑制翻译过程在转录后水平调控植物的生理过程。miRNAs已被证明在植物的生长发育中起重要调控作用,但在木本植物中的研究较少。本文将对非编码RNA的分类、miRNAs合成机制以及其对木本植物花、果实、种子、根生长发育和胁迫响应的调控功能进行总结,旨在为研究miRNAs调控木本植物生长发育提供一些参考。

关键词： miRNAs 功能植物生长木本植物

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枣和酸枣基因组大小测定

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北京林业大学学报 2013年第3期35卷 77-83页

作者：吴丽萍唐岩李颖岳尹丹妮庞晓明北京林业大学生物科学与技术学院林木育种国家工程实验室林木花卉遗传育种教育部重点实验室计算生物学中心

本研究旨在找出最适合枣和酸枣的流式细胞术流程,进而测定它们的基因组大小。结果显示,在所对比的5种裂解液中,WPB最适合枣属植物细胞裂解。以毛果杨为内标,通过比较待测样品和内参G0/G1期峰,计算得出6种枣属植物基因组大小。各枣品种... 详细信息

本研究旨在找出最适合枣和酸枣的流式细胞术流程,进而测定它们的基因组大小。结果显示,在所对比的5种裂解液中,WPB最适合枣属植物细胞裂解。以毛果杨为内标,通过比较待测样品和内参G0/G1期峰,计算得出6种枣属植物基因组大小。各枣品种的基因组大小有一定差异,平均基因组大小约为418.56Mb,其中:‘冬枣’的基因组大小为(393.60±4.72)Mb,即C-值为(0.40±0.01)pg;‘鲁枣2号’的基因组大小为(428.00±3.61)Mb,即C-值为(0.44±0.00)pg;‘金丝小枣’的基因组大小为(424.00±5.81)Mb,即C-值为(0.44±0.01)pg;‘孔府酥脆枣’的基因组大小为(429.60±5.03)Mb,即C-值为(0.44±0.01)pg;‘无核小枣’的基因组大小为(413.60±7.07)Mb,即C-值为(0.42±0.01)pg;酸枣的基因组大小为(441.60±4.29)Mb,即C-值为(0.45±0.01)pg。优化的枣属植物流式细胞术流程,为枣属植物的倍性鉴定奠定了基础。

关键词：流式细胞术基因组大小细胞裂解液毛果杨枣

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KNOX2转录因子研究进展

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植物生理学报 2024年第9期60卷 1367-1374页

作者：王聪侯思佳张倩倩陈静杜俊红梁丹邬荣领郭允倩北京林业大学生物科学与技术学院计算生物学中心林木育种国家工程实验室林木花卉育种生物工程国家林业和草原局重点实验室北京100083

KNOX (KNOTTED1-like homeobox)是植物中一类具有重要功能的转录因子,属于同源异形盒基因超家族中TALE (three amino-acid loop extension)的亚族。研究表明该家族成员广泛参与植物生长发育和形态建成。本文主要对KNOX2基因的结构、分... 详细信息

KNOX (KNOTTED1-like homeobox)是植物中一类具有重要功能的转录因子,属于同源异形盒基因超家族中TALE (three amino-acid loop extension)的亚族。研究表明该家族成员广泛参与植物生长发育和形态建成。本文主要对KNOX2基因的结构、分类、生物学功能及参与的分子互作机制进行综述性介绍,并对近年来的最新研究成果进行总结,以期为进一步探究KNOX2基因在植物生长发育过程中的相关机制及其他物种中的功能提供参考。

关键词： KNOX2 次生细胞壁珠被结瘤

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利用异速生长模型和博弈论解析藏川杨主干动态生长的遗传调控机制

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北京林业大学学报 2024年第6期46卷 154-164页

作者：危学达王玉丁孟东吴双梁丹叶梅霞邬荣领生物科学与技术学院计算生物学中心林木育种国家工程实验室林木、花卉遗传育种教育部重点实验室树木花卉育种生物工程国家林业和草原局重点实验室北京林业大学生物学院北京100083

【目的】高度与直径是树木生命历程中的2个重要生长性状,本文通过量化藏川杨主干高度和直径之间的相互作用,探究这2个性状的生长过程和生长模式,揭示藏川杨主干动态生长的遗传调控机制。【方法】基于异速生长模型和博弈论构建藏川杨高... 详细信息

【目的】高度与直径是树木生命历程中的2个重要生长性状,本文通过量化藏川杨主干高度和直径之间的相互作用,探究这2个性状的生长过程和生长模式,揭示藏川杨主干动态生长的遗传调控机制。【方法】基于异速生长模型和博弈论构建藏川杨高度与直径性状的动态生长互作微分方程,利用系统作图构建藏川杨主干生长遗传解析的统计模型。进一步以藏川杨自然群体作为研究材料,调查其在温室内的生长动态数据,结合本群体的高通量分子标记数据,开展藏川杨的全基因组基因定位工作。【结果】藏川杨主干高度和直径的整体生长曲线符合Logistic生长曲线,拆分整体生长曲线发现,藏川杨主干的直径生长对高度生长具有抑制作用,而高度生长对直径生长具有促进作用。所有藏川杨高度和直径的个体拟合优度> 0.90,且2个性状拟合的残差均服从随机分布,说明使用广义Lotka-Volterra微分方程来拟合藏川杨高度和直径效果很好。基于功能作图方法共定位到78个显著位点,可注释到52个候选基因。以2号染色体上最显著的SNP为例,对藏川杨高度和直径进行遗传解析,发现该SNP的3种基因型(AA、AC、CC)具有相似的高度–直径相互作用模式。该SNP对整体生长、独立生长和依赖生长发挥了不同方式的遗传效应。对定位到的显著位点进行功能注释,可将这些位点所在的基因分为:与木质素/细胞壁合成相关基因、与生长发育相关基因、与抗病抗逆性相关基因、与光合作用相关基因这4类。【结论】结合异速生长模型和博弈理论的基因定位模型,可检测基因如何通过合作或竞争策略来调控藏川杨主干的大小,识别树干动态生长的过程和模式,相关模型也可为其他物种重要性状之间的深层次遗传解析提供借鉴。

关键词：藏川杨博弈论异速生长模型高度直径数量性状位点

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胡杨无性系幼苗响应盐胁迫的miRNA表达差异研究

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植物研究 2015年第6期35卷 836-842页

作者：司婧娜周韬徐放薄文浩邬荣领北京林业大学计算生物学中心林木遗传育种国家工程实验室生物科学与技术学院北京100083

植物mi RNA在调控基因表达、细胞周期、生物体发育、抗逆等方面起重要作用。为研究胡杨(Populus euphratica Oliv.)的耐盐机制,以1年生胡杨无性系幼苗为材料,构建具有空间代表性的盐胁迫胡杨c DNA文库,利用二代测序技术测定Na Cl胁迫下... 详细信息

植物mi RNA在调控基因表达、细胞周期、生物体发育、抗逆等方面起重要作用。为研究胡杨(Populus euphratica Oliv.)的耐盐机制,以1年生胡杨无性系幼苗为材料,构建具有空间代表性的盐胁迫胡杨c DNA文库,利用二代测序技术测定Na Cl胁迫下和正常培养条件下胡杨叶和根mi RNA表达情况。结果表明,不同的mi RNA之间表达量存在明显差异,表达丰度最高的mi RNA有mi R156、mi R157、mi R165、mi R166和mi R167等,合计占总表达量的90%以上。胡杨根部存在特异表达的mi RNA,在整个耐盐调控机制中发挥着生理调节、分子调控和信号传导等极为重要的作用。盐处理样品中发现大量响应盐胁迫的mi RNA,对这些转录因子进行靶基因预测和注释后,发现很多盐胁迫响应的mi RNA与NAC和SPL等重要转录因子家族相关,与前人的结论一致,另外还发现许多mi RNA的调控对象是ATP酶和激素响应因子。

关键词：高通量测序 miRNAs 胡杨盐胁迫

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基因流介导的种间渐渗与物种界定(英文)

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植物分类与资源学报 2012年第3期34卷 257-262页

作者：杜芳徐放北京林业大学计算生物学中心林木遗传育种国家工程实验室生物科学与技术学院北京100083

物种界定是生物学中最基本的问题之一。近年来随着分子生物学技术的进步如分子条形码的发展,物种界定也越来越引起人们的兴趣。界定一个物种或相似的一组物种时最重要的一个原则就是选择适合的分子标记。然而,植物中广泛存在的不完全谱... 详细信息

物种界定是生物学中最基本的问题之一。近年来随着分子生物学技术的进步如分子条形码的发展,物种界定也越来越引起人们的兴趣。界定一个物种或相似的一组物种时最重要的一个原则就是选择适合的分子标记。然而,植物中广泛存在的不完全谱系筛选与种间渐渗却常常会阻碍准确鉴定物种。最近,有关基因流介导的种间渗入和物种界定在理论和实验研究中都取得了重大进展。本文综述了基因流介导的物种形成;评价了种间渐渗与不完全谱系筛选的区别;最后总结出应该利用基因流速度较快的分子标记去鉴定物种。

关键词：物种界定分子标记 DNA条形码种间渐渗不完全谱系筛选基因流

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一种优化的胡杨高效多重(12重)SSR体系(英文)

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植物分类与资源学报 2014年第3期36卷 365-374页

作者：徐放赵舒邬荣领杜芳北京林业大学计算生物学中心林木遗传育种国家工程实验室生物科学与技术学院北京100083

微卫星多重PCR方法是一种非常经济并且高通量的基因分型技术。本研究在耐干旱、盐碱的胡杨(Populus euphratica)中开发出一套荧光标记的12重微卫星工作体系。该体系包含12条表达序列标签微卫星(EST-SSR)引物,其中3条设计于NCBI,另外9条... 详细信息

微卫星多重PCR方法是一种非常经济并且高通量的基因分型技术。本研究在耐干旱、盐碱的胡杨(Populus euphratica)中开发出一套荧光标记的12重微卫星工作体系。该体系包含12条表达序列标签微卫星(EST-SSR)引物,其中3条设计于NCBI,另外9条设计于二代的转录组序列。利用该多重微卫星体系可在单一的PCR反应体系中成功扩增出12条表达序列标签的微卫星短序列片段,并在胡杨的3个自然居群96个个体中对该体系进行了验证,结果显示该体系具有很高的稳定性及多样性。同时,在杨属的5个派7个种中对其通用性进行了检验,显示这些引物具有很高的通用性,成功扩增率为79%。本研究中提供的12重多重PCR结合本实验已经公开发表的2个8重体系对揭示胡杨及其他杨树的进化历史具有重要的作用。最后,本研究认为引物的选择,扩增效率,哑等位基因的检测是多重体系开发过程中最为关键的步骤。

关键词：胡杨多重PCR 基因分型

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LSD1通过和Oct4／Nanog相互作用调节诱导多能干细胞的形成

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中国生物工程杂志 2012年第12期32卷 25-29页

作者：孙昊卢存福郭允倩北京林业大学生物科学与技术学院计算生物学中心林木育种国家工程实验室林木花卉遗传育种教育部重点实验室北京100083

将4个转录因子Oct4,Sox2,Klf4和c-Myc转入成纤维细胞可以生成诱导多能干细胞(iPS细胞),转录因子和染色质修饰因子在这个过程中起重要作用。LSD1作为染色质结构的调节因子,在早期胚胎发育和ES细胞分化中发挥着关键作用。为了探索LSD1在iP... 详细信息

将4个转录因子Oct4,Sox2,Klf4和c-Myc转入成纤维细胞可以生成诱导多能干细胞(iPS细胞),转录因子和染色质修饰因子在这个过程中起重要作用。LSD1作为染色质结构的调节因子,在早期胚胎发育和ES细胞分化中发挥着关键作用。为了探索LSD1在iPS细胞产生过程中的作用,首先比较了LSD1蛋白在MEFs和ES细胞中的表达量,然后分别通过在重编程体系中过表达LSD1、加入RNAi和抑制剂的方法探索LSD1的功能,最后用免疫共沉淀的方法初步发现LSD1的作用机制。结果表明,LSD1在ES细胞中的表达量高于MEFs中,过表达LSD1对iPS细胞的形成效率没有影响,而RNAi抑制LSD1的表达和LSD1抑制剂tranylcypromine都能促进iPS细胞的形成。免疫共沉淀实验表明LSD1和Oct4/Nanog有相互作用。这些数据说明LSD1通过和Oct4/Nanog相互作用调控iPS细胞的形成。

关键词： LSD1 iPS细胞细胞重编程转录因子

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白杨派杂种无性系植株早期性状变异与选择研究

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北京林业大学学报 2012年第2期34卷 45-51页

作者：赵曦阳马开峰沈应柏张明李奎友邬荣领张志毅北京林业大学计算生物学中心林木育种国家工程实验室北京林业大学生物科学与技术学院吉林省四平市林业科学研究院吉林抚松露水河林业局

以30个白杨杂种无性系为材料,测定树高、胸径、树形、叶片、树皮特性等17个指标。方差分析与遗传参数计算结果表明,白杨杂种无性系各指标差异极显著(P<0.001),各指标表型变异系数变化范围为15.63%～57.50%,遗传变异系数变化范围为8.... 详细信息

以30个白杨杂种无性系为材料,测定树高、胸径、树形、叶片、树皮特性等17个指标。方差分析与遗传参数计算结果表明,白杨杂种无性系各指标差异极显著(P<0.001),各指标表型变异系数变化范围为15.63%～57.50%,遗传变异系数变化范围为8.99%～52.57%,重复力高(0.7734～0.9848)。说明白杨杂种无性系各性状存在广泛变异,且这种变异受较强的遗传因素控制。表型相关结果表明,白杨杂种无性系树高、地径、胸径、单株材积和冠幅之间均达显著相关水平,遗传相关系数接近表型相关系数。主成分分析结果显示,白杨杂种无性系14个性状前3个主成分的累积贡献率为84.93%,其中第1主成分为生长量等性状,第2主成分为干形等性状,第3主成分为叶片性状。利用综合评定法对无性系进行评价,当入选率为10%时,无性系BL204、BL206和BL207入选,入选无性系树高、地径、胸径和单株材积的遗传增益分别为27.41%、31.73%、32.90%和102.37%。这些分析结果为下一步选育优良无性系提供了重要的信息和依据。

关键词：白杨杂种无性系遗传变异

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