检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2024年第10期51卷 2694-2704页

作者：刘萧然邢美宁应万涛军事科学院军事医学研究院生命组学研究所医学蛋白质组全国重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)北京102206

组氨酸磷酸化(pHis)在原核和真核生物的生命活动中发挥重要调控作用,并与包括恶性肿瘤在内的多种病理过程相关。pHis修饰中磷酰胺键在高温和低pH下容易断裂,其高度不稳定性导致对pHis修饰的鉴定和研究进展缓慢。近年来,磷酸化蛋白质组... 详细信息

组氨酸磷酸化(pHis)在原核和真核生物的生命活动中发挥重要调控作用,并与包括恶性肿瘤在内的多种病理过程相关。pHis修饰中磷酰胺键在高温和低pH下容易断裂,其高度不稳定性导致对pHis修饰的鉴定和研究进展缓慢。近年来,磷酸化蛋白质组学新技术的发展以及pHis特异性抗体的出现,推动了p His修饰蛋白底物的鉴定和功能研究。首次在哺乳动物细胞中鉴定到超过700个pHis修饰蛋白,并陆续发现黏着斑激酶(FAK)和磷酸甘油酸变位酶1(PGAM1)等蛋白质的pHis修饰能促进肿瘤发展。本文主要探讨组氨酸激酶和组氨酸磷酸酶在调控特定蛋白质pHis修饰中的关键机制及其功能,以期为pHis修饰蛋白的生物学功能研究奠定基础。

关键词：蛋白质磷酸化组氨酸激酶组氨酸磷酸酶组氨酸磷酸化

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

RNA-蛋白质复合物规模化富集与鉴定新方法

引用

高等学校化学学报 2024年第11期45卷 209-217页

作者：董沛滢刘彤秦伟捷安徽医科大学基础医学院合肥230032 医学蛋白质组全国重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)军事科学院军事医学研究院北京102206

RNA-蛋白质复合物调控着生物体内各种生理过程,在RNA从合成到降解的生理活动历程中发挥关键作用.为了更全面解析RNA-蛋白复合物(RNA-protein complexes,RPC)相互作用网络,近年来研究者除了开发RNA直接结合蛋白(RNA-binding proteins,RBP... 详细信息

RNA-蛋白质复合物调控着生物体内各种生理过程,在RNA从合成到降解的生理活动历程中发挥关键作用.为了更全面解析RNA-蛋白复合物(RNA-protein complexes,RPC)相互作用网络,近年来研究者除了开发RNA直接结合蛋白(RNA-binding proteins,RBP)规模化富集方法,也将目光转向了与RBP存在相互作用的RNA间接结合蛋白(RNA-associated proteins,RAP),二者与RNA共同组成了结构复杂、功能各异的RPC.但以往方法均将RPC中包含的所有蛋白视为整体,统一鉴定,缺乏能够规模化区分RBP和RAP的有效途径.基于此,本文联合使用254 nm紫外交联法和二硫双琥珀酰亚胺丙酸酯(DSP)蛋白交联剂,通过不同反应原理将RBP与RAP分别富集于链霉素磁珠,进而通过分步洗脱方法分别获取纯化的RBP和RAP,并结合质谱分析实现二者的各自独立鉴定.采用该方法在HeLa细胞中共鉴定到2007个高置信RBP,927个高置信RAP,其中有243个RAP为首次鉴定.此方法的建立有助于细化RPC中各组分间的相互作用网络,为后续的生物应用提供方法和数据基础.

关键词： RNA结合蛋白蛋白质组学富集分离质谱

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于温敏型材料的固定化酶的制备及其在蛋白质组快速分析中的应用

引用

分析化学 2016年第11期44卷 1692-1697页

作者：张倩郑斐秦伟捷钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究学所国家蛋白质科学研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心

蛋白质组学通过规模化鉴定、分析从细胞、组织或有机体中提取的蛋白质,从而获得蛋白表达、修饰、组成和定量的变化信息。在目前最为有效的"鸟枪法"蛋白质组学策略中,固定化酶试剂基质常用固相载体材料,该固定化酶试剂在酶解... 详细信息

蛋白质组学通过规模化鉴定、分析从细胞、组织或有机体中提取的蛋白质,从而获得蛋白表达、修饰、组成和定量的变化信息。在目前最为有效的"鸟枪法"蛋白质组学策略中,固定化酶试剂基质常用固相载体材料,该固定化酶试剂在酶解蛋白质时为异相体系,存在固液界面传质阻力和空间位阻,限制了酶解效率和样品处理通量。针对这一技术瓶颈,本研究利用温敏聚合物对外界温度变化的响应能力,制备了一种新型的基于可溶性温敏聚合物的固定化胰蛋白酶试剂。该固定化酶特有的温度敏感特性,使其具有"高温均相酶解,低温异相分离"的特色,且兼具酶切时间显著缩短、酶可重复利用的优势。BSA 1 min固定化酶解产物肽段的氨基酸序列覆盖率可达94%,高于传统溶液酶解12 h所得覆盖率为(74%)。进一步将该固定化酶试剂应用于HeLa细胞全蛋白质组的酶解,其酶解效果与相同条件下溶液酶解12 h相当。该固定化酶试剂对复杂蛋白质的快速、高效酶解充分证明其在蛋白质组学研究中的应用潜力。

关键词：固定化酶温度敏感型聚合物质谱鉴定蛋白质组学快速酶解

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于离心式富集装置的酪氨酸磷酸肽分析新方法

引用

分析化学 2017年第10期45卷 1434-1440页

作者：孙婕张万军时照梅秦伟捷钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心

酪氨酸磷酸化及其相应激酶活性的研究在抗肿瘤药物靶点的研发中具有重要意义。由于酪氨酸磷酸化仅占蛋白质总磷酸化含量的不足0.1%,因此规模化的酪氨酸磷酸化鉴定面临着重大技术挑战。本研究构建了TiO;串联C;反相填料的离心式富集装置,... 详细信息

酪氨酸磷酸化及其相应激酶活性的研究在抗肿瘤药物靶点的研发中具有重要意义。由于酪氨酸磷酸化仅占蛋白质总磷酸化含量的不足0.1%,因此规模化的酪氨酸磷酸化鉴定面临着重大技术挑战。本研究构建了TiO;串联C;反相填料的离心式富集装置,结合抗体免疫沉淀法,建立了酪氨酸磷酸肽的富集策略。此新型富集装置由吸头、适配器和离心（EP）管组成,将TiO;富集磷酸肽和C;填料反相分离磷酸肽有机结合,以离心的方式进行样品的上样、清洗、洗脱和分离,再通过抗酪氨酸磷酸化抗体进一步特异性富集酪氨酸磷酸肽,从而实现了酪氨酸磷酸肽的高效富集和大规模质谱鉴定。通过离心式富集装置简化了实验步骤,减少了样品损失和人为因素干扰;而且离心式、平行化的样品处理方式可显著提高分析通量。将此策略成功用于小鼠肝脏蛋白质酪氨酸磷酸化肽段的富集和质谱鉴定,在5 mg鼠肝蛋白中共鉴定出967个酪氨酸磷酸化位点,对应545个蛋白质,显示了其在蛋白质组学研究中的应用潜力。

关键词：酪氨酸磷酸化富集质谱蛋白质组翻译后修饰

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

等电聚焦分离与18O稳定同位素标记联用的磷酸化蛋白质组学定量方法研究

引用

分析化学 2008年第8期36卷 1017-1023页

作者：隋少卉王京兰贾伟卢庄刘金风宋丽娜蔡耘钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心

磷酸化蛋白质组学定量分析,要对磷酸化修饰富集技术和定量技术进行研究。基于此,本研究采用18O稳定同位素标记技术对胰蛋白酶酶解肽段混合物进行标记,并对其标记时间和标记后胰蛋白酶的变性条件进行优化。结果表明:在pH=4～5的KH2PO4缓... 详细信息

磷酸化蛋白质组学定量分析,要对磷酸化修饰富集技术和定量技术进行研究。基于此,本研究采用18O稳定同位素标记技术对胰蛋白酶酶解肽段混合物进行标记,并对其标记时间和标记后胰蛋白酶的变性条件进行优化。结果表明:在pH=4～5的KH2PO4缓冲体系中,37℃,标记反应持续19～24h,除了C-端肽之外,几乎所有的肽段都可达到100%标记;采用TCEP可以有效地抑制16O-18O回标现象。建立了与18O标记技术兼容性良好的IPG-IEF技术对磷酸化肽段进行选择性富集,富集后共从HepG2细胞中鉴定到491个磷酸化位点、362个磷酸化肽段和356个磷酸化蛋白,表明IPG-IEF在大规模磷酸化肽段分离富集中是有效的;最后与高准确度高灵敏度高分辨率的LTQ-FTICR质谱仪联用,建立了基于18O-IPG-IEF-LTQ-FTICR的磷酸化蛋白质组定量技术。实验结果表明,该技术可以实现磷酸化肽段的有效定性和定量。本研究为磷酸化蛋白质组学定量研究提供了实用技术。

关键词： 18O标记技术等电聚焦傅里叶交换离子回旋质谱(LTQ-FTICR-MS) 磷酸化蛋白质组定性与定量

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

质谱电喷雾电离源研究新进展

引用

质谱学报 2013年第2期34卷 65-74页

作者：李佳斌郝斐然田芳张养军蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

自1984年约翰芬恩(John Fenn)发明一种软电离离子源,即电喷雾电离源(ESI)以来,促进了质谱技术在大分子分析领域,特别是生物大分子领域的广泛使用。ESI源的低取样效率由ESI源的离子化效率和传输效率的构成,制约着ESI源质谱灵敏度的提高,... 详细信息

自1984年约翰芬恩(John Fenn)发明一种软电离离子源,即电喷雾电离源(ESI)以来,促进了质谱技术在大分子分析领域,特别是生物大分子领域的广泛使用。ESI源的低取样效率由ESI源的离子化效率和传输效率的构成,制约着ESI源质谱灵敏度的提高,因此研究者们一直努力改进ESI源的性能,以提高取样效率、改善ESI源质谱灵敏度。本研究介绍了ESI源的原理,并评述了近年来ESI源研究的新进展和应用。

关键词：电喷雾离子源离子化效率取样效率

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列预测方法的研究进展

引用

生物化学与生物物理进展 2017年第7期44卷 573-579页

作者：沈磐杨冬贺福初军事医学科学院放射与辐射医学研究所国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

C2H2型锌指蛋白是哺乳动物中数量最多的一类转录调控因子.C2H2型锌指蛋白中含有的C2H2型锌指基序多是不相同的,表明它们很可能结合不同的DNA序列,从而调控不同的基因,行使多样化的调控功能.然而,目前大多数C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列... 详细信息

C2H2型锌指蛋白是哺乳动物中数量最多的一类转录调控因子.C2H2型锌指蛋白中含有的C2H2型锌指基序多是不相同的,表明它们很可能结合不同的DNA序列,从而调控不同的基因,行使多样化的调控功能.然而,目前大多数C2H2型锌指蛋白结合的DNA序列仍不明确,这阻碍了C2H2型锌指蛋白的功能研究.目前,针对C2H2型锌指蛋白的靶序列预测已有一些初步的研究.本文介绍了C2H2型锌指基序与DNA结合的经典模式,并对C2H2型锌指蛋白靶序列预测方法中所用到的算法、训练集、金标准数据集及相应工具进行了全面系统的总结归纳,旨在丰富对C2H2型锌指蛋白靶序列预测原理和工具的认识,为C2H2型锌指蛋白靶序列的精确预测和更深入的功能研究打下基础.

关键词：转录因子 C2H2型锌指蛋白靶序列预测

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

蛋白质相互作用网络进化分析研究进展

引用

生物化学与生物物理进展 2009年第1期36卷 13-24页

作者：刘中扬李栋朱云平贺福初蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心北京102206 北京放射医学研究所北京100850

近年来,随着高通量实验技术的发展和广泛应用,越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现.这些数据为进化研究提供了新的视角.从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次,综述了近年来蛋白质相互作用网络进化研... 详细信息

近年来,随着高通量实验技术的发展和广泛应用,越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现.这些数据为进化研究提供了新的视角.从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次,综述了近年来蛋白质相互作用网络进化研究领域的主要进展,侧重于探讨蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化的约束作用,以及蛋白质相互作用网络不同于随机网络特性的起源和进化等问题.总结了前人工作给学术界的启示,探讨了该领域未来可能的发展方向.

关键词：蛋白质相互作用网络进化生物信息学

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

寡糖衍生化及基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析方法研究

引用

分析化学 2010年第3期38卷 307-312页

作者：韩欢欢马岩王璐张万军卫军营张养军钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室

为提高中性寡糖在基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)中的检测灵敏度,建立了以1-(4-氰基苯基)-4-哌啶碳酰肼(CPH)为衍生化试剂对寡糖的标记方法。寡糖的还原端与CPH的酰肼基团反应生成腙,使得寡糖被CPH标记,衍生物以MALDI-TO... 详细信息

为提高中性寡糖在基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)中的检测灵敏度,建立了以1-(4-氰基苯基)-4-哌啶碳酰肼(CPH)为衍生化试剂对寡糖的标记方法。寡糖的还原端与CPH的酰肼基团反应生成腙,使得寡糖被CPH标记,衍生物以MALDI-TOF质谱进行分析。结果表明:在反应温度95℃,醋酸浓度为0.125%(V/V),CPH过量100倍的条件下,衍生产率可达最大,并且CPH衍生可使中性寡糖在MALDI-TOF质谱中的检测灵敏度提高10倍。本方法简便快速,灵敏度高,适合微量寡糖链的质谱分析。

关键词：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 1-(4-氰基苯基)-4-哌啶碳酰肼中性寡糖

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展

引用

生物化学与生物物理进展 2009年第6期36卷 668-675页

作者：李宁吴松锋朱云平杨晓明蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混... 详细信息

鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失,所鉴定的蛋白质难免存在部分不可靠结果.因此,蛋白质鉴定的质量控制在蛋白质组学研究中极为重要.蛋白质鉴定的质量控制包含两大类主要方法,其一为利用肽段进行蛋白质组装,当前最常用也被证明最有效的方法是使用简约原则,即用最少的蛋白质解释所有鉴定肽段,现有的方法可以分为布尔型和概率型,其二为鉴定蛋白质的可靠性评估,包括单个蛋白质鉴定置信度和蛋白质鉴定整体水平的假阳性率计算.综合各种可辅助蛋白质鉴定的先验信息,构建普适的概率统计模型,是目前蛋白质鉴定质量控制方法的发展趋势.

关键词：串联质谱蛋白质鉴定蛋白质组装蛋白质鉴定置信度鸟枪法

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：