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农业生物技术学报 2017年第10期25卷 1714-1720页

作者：候晔胡岸张巧霞杜小勇李长春赵书红王海燕华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业部猪遗传育种重点开放实验室/生猪健康养殖协同创新中心华中农业大学信息学院

肌纤维是构成肌肉组织的基本结构单位,肉质主要受到肌纤维类型及其组成的影响。为丰富骨骼肌生长发育的体外研究模型,本研究选取刚出生的大白猪(Sus scrofa)后肢肌肉,利用胶原酶消化法分离出单根肌纤维,并采用RT-PCR和免疫荧光染色鉴定... 详细信息

肌纤维是构成肌肉组织的基本结构单位,肉质主要受到肌纤维类型及其组成的影响。为丰富骨骼肌生长发育的体外研究模型,本研究选取刚出生的大白猪(Sus scrofa)后肢肌肉,利用胶原酶消化法分离出单根肌纤维,并采用RT-PCR和免疫荧光染色鉴定不同肌纤维类型。对Ⅰ型胶原酶分离的单根肌纤维进行高倍镜镜检,肌纤维表面光滑并且有卵圆形凸起,其为前体骨骼肌卫星细胞,说明肌纤维具有良好活性并且其RNA未降解,可进行后续RNA微量提取实验。逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)结果表明,通过胶原酶消化法分离趾长伸肌的8根肌纤维为单根肌纤维,主要类型为快速酵解型(Ⅱb);并且通过慢速氧化型(Ⅰ)抗体对单根肌纤维进行免疫荧光染色验证RT-PCR结果的可靠性。本研究建立了一种简单、低成本的猪骨骼肌单根肌纤维的分离与鉴定方法,为进一步研究成熟骨骼肌细胞发育过程及其生物学功能提供了体外模型。

关键词：猪单根肌纤维胶原酶消化 RT-PCR 免疫荧光染色

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MicroRNA调控哺乳动物骨骼肌发育

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遗传 2017年第11期39卷 1046-1053页

作者：李新云付亮亮程会军赵书红华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业部猪遗传育种重点开放实验室生猪健康养殖协同创新中心武汉430070

Micro RNA(mi RNA)是一类长度大约为22 bp的小分子非编码RNA,广泛存在于哺乳动物中,部分mi RNA表达具有时空和组织特异性。哺乳动物中mi RNA主要通过与靶基因3?UTR区结合抑制其翻译,调控机体生物学功能。mi RNA在哺乳动物骨骼肌发育中... 详细信息

Micro RNA(mi RNA)是一类长度大约为22 bp的小分子非编码RNA,广泛存在于哺乳动物中,部分mi RNA表达具有时空和组织特异性。哺乳动物中mi RNA主要通过与靶基因3?UTR区结合抑制其翻译,调控机体生物学功能。mi RNA在哺乳动物骨骼肌发育中发挥重要调节作用。哺乳动物骨骼肌发育是一个复杂的生物学过程,包括骨骼肌干细胞增殖、迁移、分化,成肌细胞增殖、分化、肌管融合,肌纤维肥大,能量代谢,纤维类型转换等。mi RNA参与骨骼肌发育的各个环节,通过靶向各个时期的关键因子调控骨骼肌发育。本文对mi RNA在骨骼肌发育中的调控作用进行了综述,以期为深入理解骨骼肌发育规律提供参考。

关键词： miRNA 骨骼肌肌源性祖细胞卫星细胞成肌细胞

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鳖源铜绿假单胞菌的分离鉴定及多位点序列与全基因组分析

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微生物学报 2022年第7期62卷 2751-2767页

作者：何宏港吴悠刘乃瑜王至诚刘静霞罗毅华中农业大学水产学院农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁育教育部重点实验室湖北武汉430070 农业微生物学国家重点实验室华中农业大学湖北武汉430070

【目的】查明引起湖北仙桃某中华鳖养殖场中华鳖发病死亡的病原及其特征。【方法】本研究分离患病中华鳖的病原,并结合形态特征、生理生化试验、16SrRNA基因鉴定,鉴定分离菌株;通过人工回归感染试验、药敏试验、全基因组测序与分析对分... 详细信息

【目的】查明引起湖北仙桃某中华鳖养殖场中华鳖发病死亡的病原及其特征。【方法】本研究分离患病中华鳖的病原,并结合形态特征、生理生化试验、16SrRNA基因鉴定,鉴定分离菌株;通过人工回归感染试验、药敏试验、全基因组测序与分析对分离菌株的致病性和耐药性进行研究;通过多位点序列分型(multilocus sequence type,MLST)分析,对分离菌株的流行情况进行探究。【结果】从患病中华鳖肝脏等部分分离到3株优势菌株HX8、FG10和GC20,16SrRNA基因同源性和生化特征分析鉴定为铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。回归感染试验证实该菌株是引起本次中华鳖患病的病原菌。3株分离株的药敏实验结果基本一致,均对诺氟沙星、恩诺沙星等8种抗生素敏感,对氟苯尼考、多西环素、磺胺异恶唑等6种抗生素耐药。MLST鉴定表明,3株分离株均属于序列型(sequencetype,ST)252型,eBURST分析进一步显示ST252型与一些ST共同构成了克隆复合体(clonal complexes,CC)CC252,且ST252是CC252的原始序列型(founder ST)。全基因组测序结果显示,FG10的全基因组大小为5.65 Mb,GC含量为65.3%,共预测到5956个编码序列(CDS),GenBank登录号为JAJGXC000000000。通过与毒力因子数据库(the virulence factor database,VFDB)比对,预测到873个毒力相关因子,主要与黏附、分泌系统以及毒素等相关。通过与耐药基因数据库(the comprehensive antibiotic resistance database,CARD)比对,结果显示FG10中含有喹诺酮类、碳青霉烯类、肽类等抗生素的耐药相关基因。【结论】本研究分离获得了中华鳖的病原细菌铜绿假单胞菌,MLST分析推测了其流行情况,基因组数据揭示了其毒力及耐药基因,为防控水产养殖中铜绿假单胞菌感染提供了一定的参考依据。

关键词：中华鳖铜绿假单胞菌分离鉴定多位点序列分型全基因组毒力及耐药

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团头鲂高密度遗传连锁图谱的建立及性别QTL定位

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华中农业大学学报 2021年第2期40卷 188-196页

作者：曹景龙王卫民华中农业大学水产学院/农业动物遗传育种与繁育教育部重点实验室/农业农村部淡水生物繁育重点实验室武汉430070

以团头鲂自交197个F1个体为作图群体,通过RAD-Seq测序挖掘SNP分子标记,构建团头鲂最新一代高质量、高密度的遗传连锁图谱,并对性别相关QTL进行定位。结果显示,该遗传连锁图谱包括10795个SNP标记,24个连锁群,图谱全长为2578.54 cM,平均... 详细信息

以团头鲂自交197个F1个体为作图群体,通过RAD-Seq测序挖掘SNP分子标记,构建团头鲂最新一代高质量、高密度的遗传连锁图谱,并对性别相关QTL进行定位。结果显示,该遗传连锁图谱包括10795个SNP标记,24个连锁群,图谱全长为2578.54 cM,平均标记间隔为0.24 cM。使用MapQTL6.0软件的多QTL区间作图法,在已构建的连锁图谱上对性别QTL进行定位。取LOD值为3.0为QTL存在的阈值,共定位出4个性别相关QTL,分别位于LG8、LG12、LG15、LG18号连锁群上,单个QTL位点的LOD值范围为3.18~4.17,可解释表型变异范围为7.7%~10.0%。在团头鲂基因组内筛选QTL区间内SNP标记附近的基因,通过基因功能注释分析,筛选到一个参与生殖过程的关键候选基因DCTN2。

关键词：团头鲂遗传连锁图谱 QTL定位分子标记辅助选择育种性别控制育种单性化养殖性别功能基因定位

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泥鳅elovl2和elovl5基因克隆、表达及其延长活性分析

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华中农业大学学报 2020年第2期39卷 71-81页

作者：李信高坚华中农业大学水产学院/农业动物遗传育种与繁育教育部重点实验室/农业农村部淡水生物繁育重点实验室武汉430070

为探究泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)脂肪酸延长酶2和延长酶5基因(elovl2,elovl5)在长链多不饱和脂肪酸(LC-PUFA)合成中的作用,克隆获得泥鳅elovl2和elovl5基因cDNA全长序列,分析其在泥鳅不同组织中的表达规律;通过酵母体外表达验... 详细信息

为探究泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)脂肪酸延长酶2和延长酶5基因(elovl2,elovl5)在长链多不饱和脂肪酸(LC-PUFA)合成中的作用,克隆获得泥鳅elovl2和elovl5基因cDNA全长序列,分析其在泥鳅不同组织中的表达规律;通过酵母体外表达验证其延长活性;并投喂以鱼油(FO)、亚麻芥油(CO)和大豆油(SO)为脂肪源的饲料8周,分析不同脂肪源对泥鳅elovl2和elovl5表达的影响。结果显示,泥鳅elovl2和elovl5的开放阅读框(ORF)分别为888 bp和876 bp,编码295和291个氨基酸。系统进化树分析表明泥鳅ELOVL2、ELOVL5和斑马鱼的同源性最近。序列比对分析ELOVL2和ELOVL5保守性较高,都具有长链脂肪酸延伸酶的特殊结构。泥鳅elovl2和elovl5均在肝组织中表达量最高。酵母功能验证结果表明泥鳅ELOVL2主要延长C20-22 PUFA,而ELOVL5主要延长C18-20 PUFA,对C22 PUFA没有延长作用。不同饲料脂肪源投喂试验结果显示,CO组泥鳅肝脏和肌肉n-3 PUFA含量显著上升,肌肉20∶5n-3含量显著升高,但肝脏和肌肉22∶6n-3含量没有显著变化。CO组泥鳅肝组织中elovl2、elovl5、scd和srebp-1c的表达量也显著上升。综上所述,泥鳅ELOVL2和ELOVL5在LC-PUFA合成中具有重要作用,饲料中CO添加可促进泥鳅n-3 PUFA的积累。

关键词：泥鳅长链多不饱和脂肪酸延长酶2 延长酶5 脂肪源

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猪骨骼肌发育过程中免疫相关基因的表达分析

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中国畜牧杂志 2019年第1期55卷 52-56页

作者：胡明阳周焕焕齐晓龙许月园赵书红赵云霞李新云华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070 华中农业大学农业部猪遗传育种重点实验室湖北武汉430070

为探究猪骨骼肌发育过程中免疫相关基因的表达模式以及相关生物学功能,本研究根据蓝塘猪和长白猪骨骼肌10个发育时期的转录组数据,对各时期免疫相关基因的表达数目和表达量进行分析,鉴定了相邻发育时期之间以及同一时期品种间差异表达... 详细信息

为探究猪骨骼肌发育过程中免疫相关基因的表达模式以及相关生物学功能,本研究根据蓝塘猪和长白猪骨骼肌10个发育时期的转录组数据,对各时期免疫相关基因的表达数目和表达量进行分析,鉴定了相邻发育时期之间以及同一时期品种间差异表达的免疫相关基因,并对后者进行功能注释分析。结果表明:在蓝塘猪与长白猪骨骼肌发育过程中存在1 129个表达的免疫相关基因;胚胎期35 d和49 d、胚胎期91 d和生后期2d这2组相邻时期之间的差异表达免疫相关基因数目最多;品种间差异表达免疫相关基因数目则在胚胎期49d以及生后期180d最多,且趋向于在蓝塘猪上调表达,并富集在NIK/NF-κB信号传导、细胞凋亡的负调控等生物学过程中。本研究表明免疫相关基因在猪骨骼肌发育过程中存在表达,长白猪与蓝塘猪骨骼肌生长发育差异可能与NF-κB介导的细胞凋亡有关。

关键词：蓝塘猪长白猪骨骼肌免疫相关基因

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彭泽鲫♀×兴国红鲤♂四倍体子代与彭泽鲫子代生长性能比较

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华中农业大学学报 2021年第6期40卷 134-140页

作者：张庆飞操文杰廖寿力魏怡飞王卫民华中农业大学水产学院/农业动物遗传育种与繁育教育部重点实验室/农业农村部淡水生物繁育重点实验室武汉430070

为评估彭泽鲫(Carassius auratus pengsenensis)♀×兴国红鲤(Cyprinus carpiouar singuonensis)♂四倍体子代的生长性能,探讨彭泽鲫新品种的开发及应用前景,以彭泽鲫♀×兴国红鲤♂四倍体子代及彭泽鲫雌核发育子代为研究对象,... 详细信息

为评估彭泽鲫(Carassius auratus pengsenensis)♀×兴国红鲤(Cyprinus carpiouar singuonensis)♂四倍体子代的生长性能,探讨彭泽鲫新品种的开发及应用前景,以彭泽鲫♀×兴国红鲤♂四倍体子代及彭泽鲫雌核发育子代为研究对象,通过180 d饲养试验,统计孵化后0、30、60、90、120、150、180 d时各平行组体质量、体长数据,分析二者生长性能。结果显示:在180 d试验过程中,四倍体子代体质量、体长分别高出彭泽鲫子代30.18%(P<0.05)、7.70%(P<0.05);二者绝对增重率呈现先升高、再降低、再升高的趋势,在30~60 d达到最大值,90~120 d时降到最小值,且0~90、120~180 d时,二者差异显著;绝对增长率表现出相同趋势,但在90 d后二者无显著差异;对比二者的增积量发现除90~150 d以外,二者增积量均有显著差异,在30~60 d时达到最大值,即0.0105±0.0012;30~180 d试验过程中,四倍体子代肥满度与彭泽鲫子代差异极显著;拟合二者不同时期体质量与体长关系得到生长曲线,四倍体子代生长曲线为W=0.0320L2.9915(R2=0.9779),彭泽鲫子代为W=0.0307L2.9941(R2=0.9827),曲线拟合度较好。以上结果表明:彭泽鲫♀×兴国红鲤♂四倍体子代表现出较好的生长性能,具有培育彭泽鲫新品种的潜力及推广价值。

关键词：彭泽鲫兴国红鲤四倍体杂交育种远缘杂交生长性能

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猪Pitx2c基因4个SNPs的鉴定及其与肉质性状的关联分析

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中国科学：生命科学 2011年第3期41卷 210-218页

作者：吴望军左波任竹青 Hapsari A.A.R 雷明刚徐德全李凤娥熊远华中农业大学动物科技学院农业部猪遗传育种重点开放实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 Faculty of Animal Agriculture Diponegoro UniversityTembalang Campus-Semarang50275Indonesia

为研究猪Pitx2c基因与肉质性状的关系,在猪Pitx2c基因中共发现了8个SNPs位点,对其中的4个SNPs位点在4个商业猪种及8个中国地方猪种进行了等位基因频率检测,并在大白×梅山猪F2资源家系中进行了性状关联分析.结果显示,位点c.474C>... 详细信息

为研究猪Pitx2c基因与肉质性状的关系,在猪Pitx2c基因中共发现了8个SNPs位点,对其中的4个SNPs位点在4个商业猪种及8个中国地方猪种进行了等位基因频率检测,并在大白×梅山猪F2资源家系中进行了性状关联分析.结果显示,位点c.474C>T(P<0.01)及c.636C>T(P<0.05)与肉色(MCV1)存在显著或极显著相关;位点c.*37G>A及c.*47G>A与滴水损失(DLR)、系水力(WHC)及肉色(MCV1)均存在显著相关(P<0.05).连锁不平衡分析表明,临近的位点两两之间存在连锁不平衡(LD).单倍型分析显示,存在两种主要单倍型,并且两拷贝的单倍型-CCGG-有利于肉质的改善.

关键词：关联分析单倍型 Pitx2c 肉质猪

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一株分离自团头鲂的嗜水气单胞菌病原学及其与ST251型菌株的全基因组比较

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中国水产科学 2021年第4期28卷 503-516页

作者：王超杰王至诚康兴宇黎洁刘乃瑜王卫民罗毅华中农业大学水产学院农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070 农业微生物学国家重点实验室湖北武汉430070

为确定湖北仙桃一团头鲂(Megalobrama amblycephala)专养池塘的发病病原体及病原特征,并从全基因组层面初步分析该病原菌的毒力和耐药特征,本研究从患病团头鲂的肝脏分离得到一株病原菌LHW39,经理化性状及16S rRNA鉴定,表明LHW39为嗜水... 详细信息

为确定湖北仙桃一团头鲂(Megalobrama amblycephala)专养池塘的发病病原体及病原特征,并从全基因组层面初步分析该病原菌的毒力和耐药特征,本研究从患病团头鲂的肝脏分离得到一株病原菌LHW39,经理化性状及16S rRNA鉴定,表明LHW39为嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)。多序列分型结果显示LHW39属于嗜水气单胞菌ST251型克隆群,该克隆群是导致中国和美国地区鱼类暴发气单胞菌败血症(motile Aeromonas septicemia,MAS)的流行菌株群。回归感染实验证实菌株LHW39是引起本次团头鲂患病的病原菌;LHW39对斑马鱼(Danio rerio)的半致死剂量为1.55×10^(5) CFU/尾,表明LHW39为高毒力菌株。药敏实验显示, LHW39对头孢噻吩耐药。全基因组测序结果发现,LHW39全基因组大小为5099855bp,GC含量为60.80%,共预测到4572个编码序列(CDS),GenBank登录号CP050012。基因组毒力基因比较分析结果显示:LHW39与其他ST251型菌株相似,基因组中含有丰富的毒力基因,并且含有VI型分泌系统(T6SS);此外,聚类热图暗示ST251克隆群中菌株毒力相关基因的进化可能与菌株分离的地理位置和感染的宿主存在关联。基因组原噬菌体预测结果显示,LHW39基因组中含有一个长度为30.2 kb的完整原噬菌体phAhLHW39,其在ST251型菌株中相当保守、并且是ST251型菌株所特有。耐药基因分析结果表明,LHW39中含有抗磺胺类、喹诺酮类、四环素类、头孢类和碳青霉烯类等抗生素的相关基因,这些基因在ST251型菌株中高度保守。本研究对致病性嗜水气单胞菌LHW39进行了病原学及全基因组比较分析,为防控鱼类嗜水气单胞菌感染提供了一定的参考依据。

关键词：团头鲂嗜水气单胞菌 ST251 全基因组毒力耐药原噬菌体

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Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用

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遗传 2012年第10期34卷 1339-1347页

作者：张杰尚宗民曹建华樊斌赵书红华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室&农业部猪遗传育种重点开放实验室武汉430070 湖北省襄阳职业技术学院生物工程学院生物工程系襄阳441050

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因... 详细信息

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因的注释过程为例,介绍了运用Sanger研究所开发的Otterlace软件对猪全基因组的免疫基因序列进行人工分析与注释。通过详细说明Zmap、Blixem和Dotter 3个注释工具的使用方法,并给出了注释过程的主要步骤,以期对Otterlace的应用起一个抛砖引玉的作用。运用Otterlace软件对243个免疫相关基因进行分析,其中180个基因得到完整或部分注释,这为后续深入开展这些基因的功能研究奠定了基础。

关键词：猪全基因组人工注释 Otterlace

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