检索结果-内蒙古大学图书馆

中国科学：生命科学 2011年第3期41卷 210-218页

作者：吴望军左波任竹青 Hapsari A.A.R 雷明刚徐德全李凤娥熊远华中农业大学动物科技学院农业部猪遗传育种重点开放实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 Faculty of Animal Agriculture Diponegoro UniversityTembalang Campus-Semarang50275Indonesia

为研究猪Pitx2c基因与肉质性状的关系,在猪Pitx2c基因中共发现了8个SNPs位点,对其中的4个SNPs位点在4个商业猪种及8个中国地方猪种进行了等位基因频率检测,并在大白×梅山猪F2资源家系中进行了性状关联分析.结果显示,位点c.474C>... 详细信息

为研究猪Pitx2c基因与肉质性状的关系,在猪Pitx2c基因中共发现了8个SNPs位点,对其中的4个SNPs位点在4个商业猪种及8个中国地方猪种进行了等位基因频率检测,并在大白×梅山猪F2资源家系中进行了性状关联分析.结果显示,位点c.474C>T(P<0.01)及c.636C>T(P<0.05)与肉色(MCV1)存在显著或极显著相关;位点c.*37G>A及c.*47G>A与滴水损失(DLR)、系水力(WHC)及肉色(MCV1)均存在显著相关(P<0.05).连锁不平衡分析表明,临近的位点两两之间存在连锁不平衡(LD).单倍型分析显示,存在两种主要单倍型,并且两拷贝的单倍型-CCGG-有利于肉质的改善.

关键词：关联分析单倍型 Pitx2c 肉质猪

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Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用

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遗传 2012年第10期34卷 1339-1347页

作者：张杰尚宗民曹建华樊斌赵书红华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室&农业部猪遗传育种重点开放实验室武汉430070 湖北省襄阳职业技术学院生物工程学院生物工程系襄阳441050

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因... 详细信息

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因的注释过程为例,介绍了运用Sanger研究所开发的Otterlace软件对猪全基因组的免疫基因序列进行人工分析与注释。通过详细说明Zmap、Blixem和Dotter 3个注释工具的使用方法,并给出了注释过程的主要步骤,以期对Otterlace的应用起一个抛砖引玉的作用。运用Otterlace软件对243个免疫相关基因进行分析,其中180个基因得到完整或部分注释,这为后续深入开展这些基因的功能研究奠定了基础。

关键词：猪全基因组人工注释 Otterlace

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Poly I:C刺激对杜洛克×二花脸F2猪血液参数的影响

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华中农业大学学报 2016年第4期35卷 76-81页

作者：王海燕贺佳玮向安静章程朱猛进赵书红刘向东华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业部猪遗传育种重点开放实验室/生猪健康养殖协同创新中心武汉430070 华中农业大学信息学院武汉430070

为研究聚肌胞苷酸(polyinosinic:polycytidylic acid,简称Poly I:C)刺激对杜洛克×二花脸F2猪群血液参数的影响,选用杜洛克×二花脸F2猪393头,在33d时前腔静脉采血(对照组),在35d时用Poly(I:C)刺激,4h后采血(处理组),对刺激前... 详细信息

为研究聚肌胞苷酸(polyinosinic:polycytidylic acid,简称Poly I:C)刺激对杜洛克×二花脸F2猪群血液参数的影响,选用杜洛克×二花脸F2猪393头,在33d时前腔静脉采血(对照组),在35d时用Poly(I:C)刺激,4h后采血(处理组),对刺激前后血液参数进行相关性和主成分等分析。研究结果表明,处理组与对照组相比,白细胞中的嗜中性粒细胞百分比(NE%)、淋巴细胞数(LY)和淋巴细胞百分比(LY%)这3项血液参数差异显著相关,红细胞中的红细胞压积(HCT%)和红细胞数(RBC)差异相关性显著,而血小板第一主成分中决定性指标血小板数(PLT)和血小板压积(PCT)在刺激前后不存在显著差异。

关键词：猪 F2群体 Poly I:C 血液参数相关性分析主成分分析

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鸡Lpin1基因c.1727C>T位点遗传变异及其与脂肪沉积性状的关联分析

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畜牧兽医学报 2010年第9期41卷 1076-1081页

作者：王伯君孙玲黎绍波朱志明刘榜华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室、农业部猪遗传育种重点开发实验室武汉430070 福建农科院畜牧兽医研究所福州350013

利用生物信息学分析方法对鸡Lpin1基因编码区进行扫描,选取该基因3个引起错义突变的变异位点进行分析,其中c.391G>A位点引起编码氨基酸Asp131→Asn131突变,c.1727C>T位点引起编码氨基酸Ala576→Val576突变,c.2287A>C位点引起... 详细信息

利用生物信息学分析方法对鸡Lpin1基因编码区进行扫描,选取该基因3个引起错义突变的变异位点进行分析,其中c.391G>A位点引起编码氨基酸Asp131→Asn131突变,c.1727C>T位点引起编码氨基酸Ala576→Val576突变,c.2287A>C位点引起编码氨基酸Met763→Leu763突变。应用引入限制性酶切位点PCR(Amplifi-cation-Created Restriction Site PCR,ACRS-PCR)的方法进行引物设计扩增3个突变位点,并通过限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)检测PCR产物,以藏鸡、隐性白羽鸡、藏隐(藏鸡♂×隐性白羽♀)和藏藏隐[藏鸡♂×(藏鸡♂×隐性白羽♀)♀]群体为材料对3个变异位点进行基因型检测,并与胴体性状进行关联分析;同时在5个中国地方鸡种(固始鸡、萧山鸡、北京油鸡、泰和丝羽乌骨鸡和茶花鸡)中进行变异位点的遗传多样性分析。结果表明:(1)鸡Lpin1基因c.1727C>T在不同品种中具丰富的多态性;而另2个位点在所检测的群体中无多态性存在,c.391G>A位点以GG基因型为主,c.2287A>C位点全部为AA基因型;(2)对c.1727C>T位点的遗传多样性分析表明该位点C等位基因占优势地位,且固始鸡和北京油鸡群体基因型分布显著偏离哈代-温伯格平衡定律(P<0.01),在萧山鸡、泰和丝羽乌骨鸡和茶花鸡三品种中基因型分布均符合哈代-温伯格平衡定律。(3)性状关联分析显示c.1727C>T位点与皮下脂肪厚呈显著关联(P<0.05),与腹脂质量呈极显著关联(P<0.01);其中CC基因型个体的皮下脂肪厚显著高于TT基因型个体(P<0.05),极显著高于TC基因型个体(P<0.01)。TT基因型个体的腹脂质量显著高于其他两种基因型个体(P<0.05)。

关键词：鸡 Lpin1 腹脂质量皮下脂肪厚关联分析

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BCL10、Nramp1基因多态性与大白仔猪断奶前腹泻关联分析

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华中农业大学学报 2017年第4期36卷 83-89页

作者：罗兴尹立林刘飞张维旭李新云赵书红王海燕华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业部猪遗传育种重点开放实验室/生猪健康养殖协同创新中心武汉430070 华中农业大学信息学院武汉430070

为研究大白猪BCL10基因和Nramp1基因的单核苷酸多态性,并寻找与大白仔猪断奶前腹泻相关的分子标记,构建490头大白仔猪群体,对仔猪断奶前腹泻情况进行统计,利用PCR-RFLP法检测BCL10基因3′端1149T/C位点和Nramp1基因第六内含子NdeⅠ酶切... 详细信息

为研究大白猪BCL10基因和Nramp1基因的单核苷酸多态性,并寻找与大白仔猪断奶前腹泻相关的分子标记,构建490头大白仔猪群体,对仔猪断奶前腹泻情况进行统计,利用PCR-RFLP法检测BCL10基因3′端1149T/C位点和Nramp1基因第六内含子NdeⅠ酶切位点多态性,同时与腹泻频率、腹泻指数和部分生长性状进行关联分析。结果显示:大白仔猪断奶前腹泻率为32.0%,重度腹泻个体的21日龄平均断奶重比正常个体低13.0%,日增重低16.2%,而且大白仔猪在7~11日龄和17~21日龄存在2个断奶前腹泻小高峰。仔猪腹泻粪便病原检测结果表明,22.5%的样本检出为沙门氏菌感染,17.5%的样本检出为致病性大肠杆菌感染。关联分析结果表明:BCL10基因多态性与初生重相关联(P<0.05),TT型个体初生重大于TC型个体,差异显著(P<0.05);BCL10基因多态性与腹泻频率、腹泻指数相关联,差异极显著(P<0.01),个体腹泻频率、腹泻指数均表现为TT>TC>CC,CC与TC之间差异显著(P<0.05),CC与TT之间差异极显著(P<0.01);Nramp1基因多态性与腹泻频率、腹泻指数相关联,差异极显著(P<0.01),个体腹泻频率、腹泻指数均为AA、AB型大于BB型,且AA型与BB型差异显著(P<0.05),AB型与BB型差异极显著(P<0.01)。研究结果表明,BCL10基因和Nramp1基因不同基因型对大白仔猪断奶前腹泻有显著影响,Nramp1基因与猪沙门氏菌感染导致的腹泻有关,BCL10基因3′端1149T/C位点和Nramp1基因第六内含子NdeⅠ酶切位点可以作为大白仔猪断奶前抗腹泻育种分子标记。

关键词： BCL10基因 Nramp1基因仔猪腹泻抗病育种

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猪骨骼肌发育过程中免疫相关基因的表达分析

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中国畜牧杂志 2019年第1期55卷 52-56页

作者：胡明阳周焕焕齐晓龙许月园赵书红赵云霞李新云华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070 华中农业大学农业部猪遗传育种重点实验室湖北武汉430070

为探究猪骨骼肌发育过程中免疫相关基因的表达模式以及相关生物学功能,本研究根据蓝塘猪和长白猪骨骼肌10个发育时期的转录组数据,对各时期免疫相关基因的表达数目和表达量进行分析,鉴定了相邻发育时期之间以及同一时期品种间差异表达... 详细信息

为探究猪骨骼肌发育过程中免疫相关基因的表达模式以及相关生物学功能,本研究根据蓝塘猪和长白猪骨骼肌10个发育时期的转录组数据,对各时期免疫相关基因的表达数目和表达量进行分析,鉴定了相邻发育时期之间以及同一时期品种间差异表达的免疫相关基因,并对后者进行功能注释分析。结果表明:在蓝塘猪与长白猪骨骼肌发育过程中存在1 129个表达的免疫相关基因;胚胎期35 d和49 d、胚胎期91 d和生后期2d这2组相邻时期之间的差异表达免疫相关基因数目最多;品种间差异表达免疫相关基因数目则在胚胎期49d以及生后期180d最多,且趋向于在蓝塘猪上调表达,并富集在NIK/NF-κB信号传导、细胞凋亡的负调控等生物学过程中。本研究表明免疫相关基因在猪骨骼肌发育过程中存在表达,长白猪与蓝塘猪骨骼肌生长发育差异可能与NF-κB介导的细胞凋亡有关。

关键词：蓝塘猪长白猪骨骼肌免疫相关基因

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宰杀方式对猪血液成分以及肉质的影响

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华中农业大学学报 2009年第5期28卷 583-586页

作者：柴进彭健熊琪张昌新缪文李凤娥郑嵘蒋思文华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业部猪遗传育种开放重点实验室武汉430070 华中农业大学动物营养实验室武汉430070 武汉中粮肉食品有限责任公司武汉430200

选择体重约为100kg、氟烷基因型为NN的长×大二元杂交猪16头，按照年龄、体重相近，公母各半原则分为2组，试验1组采取直接刺杀心脏放血致死。试验2组采取电麻（75V、1．5A、3～4s）击晕后，割破颈部血管放血致死。屠宰后测定血液... 详细信息

选择体重约为100kg、氟烷基因型为NN的长×大二元杂交猪16头，按照年龄、体重相近，公母各半原则分为2组，试验1组采取直接刺杀心脏放血致死。试验2组采取电麻（75V、1．5A、3～4s）击晕后，割破颈部血管放血致死。屠宰后测定血液生化指标、相关肉质指标以及免疫指标。结果表明：屠宰方式对肉质与免疫能力的影响较小，但反映应激程度的激素指标（皮质醇、促肾上腺皮质激素）差异显著，在屠宰过程中，经历电麻击晕方式的猪比直接刺杀心脏放血屠宰的猪应激程度要小得多，从动物福利角度考虑，电麻击晕优于直接刺杀心脏放血。因此，在这2种屠宰方式选择上，应该优先考虑电麻击晕这一屠宰方式。

关键词：宰杀方式生化指标免疫指标肉质

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PRLR、RBP4基因多态性分布及其对大白猪产仔数的影响

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中国畜牧兽医 2010年第7期37卷 120-123页

作者：刘远李良良莫小雨王建华熊远雷明刚华中农业大学动物科技学院农业部猪遗传育种重点开放实验室&农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 宜昌正大畜牧有限公司宜昌443000

为了研究猪繁殖性状候选主效基因PRLR、RBP4多态性在大白猪群中的遗传效应,并应用于遗传改良,试验检测了278头大白母猪的基因多态性分布,分析了2个基因多态性位点不同基因型与该群体1418胎总产仔数和产活仔数的遗传效应。结果表明,PRLR... 详细信息

为了研究猪繁殖性状候选主效基因PRLR、RBP4多态性在大白猪群中的遗传效应,并应用于遗传改良,试验检测了278头大白母猪的基因多态性分布,分析了2个基因多态性位点不同基因型与该群体1418胎总产仔数和产活仔数的遗传效应。结果表明,PRLR基因位点上优势等位基因为B,其频率为0.538;头胎、二胎和所有胎次各基因型母猪的总产仔数大小均为BB>AB>AA,经产胎次各基因型母猪则为AB>BB>AA,但均没有显著差异,产活仔数的分析也得到了相似的结果;RBP4基因位点在该群体中均为AA型纯合子。

关键词： PRLR RBP4 猪产仔数

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利用SRAP标记分析3个团头鲂群体的遗传多样性

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华中农业大学学报 2010年第5期29卷 601-606页

作者：冉玮张桂蓉王卫民魏开建周玲玲华中农业大学水产学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室

采用SRAP（sequence-related amplified polymorphism）分子标记,对长江中下游地区淤泥湖、梁子湖、鄱阳湖的3个团头鲂自然群体的遗传多样性进行了分析。从88对引物组合中筛选出13对条带清晰、多态性丰富的引物组合,每对引物组合检测到... 详细信息

采用SRAP（sequence-related amplified polymorphism）分子标记,对长江中下游地区淤泥湖、梁子湖、鄱阳湖的3个团头鲂自然群体的遗传多样性进行了分析。从88对引物组合中筛选出13对条带清晰、多态性丰富的引物组合,每对引物组合检测到的位点数为8-21个,在3个团头鲂群体中共检测到172个位点。鄱阳湖群体的多态位点百分率（58.14%）、Nei＇s基因多样性（0.1849）和Shannon＇s信息指数（0.2799）最高,梁子湖群体的多态位点百分率（51.16%）、Nei＇s基因多样性（0.1524）和Shannon＇s信息指数（0.2347）次之,淤泥湖群体的多态位点百分率（29.07%）、Nei＇s基因多样性（0.0904）和Shannon＇s信息指数（0.1371）最低。3个团头鲂群体中,鄱阳湖群体遗传多样性最高,淤泥湖群体最低。3个群体间的Nei＇s无偏遗传距离为0.0866-0.2207,遗传相似度为0.8020-0.9170;鄱阳湖和淤泥湖群体间遗传距离最大（0.2207）,亲缘关系较远,鄱阳湖和梁子湖群体间遗传距离最小（0.0866）,亲缘关系较近。

关键词：团头鲂相关序列扩增多态性遗传变异鄱阳湖梁子湖淤泥湖

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蓝塘猪和长白猪骨骼肌差异表达cis-NATs基因鉴定

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中国农业科学 2018年第9期51卷 1795-1805页

作者：许月园齐晓龙候晔赵云霞栾宇周焕焕赵书红李新云华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室生猪健康养殖协同创新中心农业部猪健康养殖重点实验室广西扬翔股份有限公司

【目的】通过分析蓝塘猪和长白猪生长发育过程中品种间骨骼肌组织差异表达基因及顺式天然反义转录本(cis-natural antisense transcripts,cis-NATs),并以此为基础进行整合分析,探索cis-NATs调控猪骨骼肌生长发育的分子机理。【方法】使... 详细信息

【目的】通过分析蓝塘猪和长白猪生长发育过程中品种间骨骼肌组织差异表达基因及顺式天然反义转录本(cis-natural antisense transcripts,cis-NATs),并以此为基础进行整合分析,探索cis-NATs调控猪骨骼肌生长发育的分子机理。【方法】使用差异表达分析鉴定蓝塘猪和长白猪胚胎期35 d至出生后180 d共10个时间点品种间差异表达基因及cis-NATs(|log2FC|≥1且FDR<0.01);然后通过功能富集分析注释出差异表达基因及cis-NATs对应的正义基因主要参与的GO生物学过程(P<0.01)及KEGG通路(P<0.05);再根据与cis-NATs相关表达的基因数目筛选出cis-NATs主要参与的GO生物学过程和KEGG通路,并根据通路间的相同基因数目对所有KEGG通路进行整合;最后基于通路内cis-NATs及其正义基因在品种间的差异表达倍数进行通路可视化分析。【结果】在蓝塘和长白猪骨骼肌发育的10个时间点共鉴定出5 350个品种间差异表达基因和738个差异表达cis-NATs;GO分析结果显示品种间骨骼肌组织差异表达cis-NATs主要与肌肉发育及能量代谢等GO生物学过程中的基因相关表达;KEGG通路整合分析发现能量代谢通路之间关联性最强;其中线粒体三羧酸循环通路中基因及其相关表达的cis-NATs在仔猪出生后早期表达量较高;通路可视化分析发现在肌纤维生长的两个关键时间点即胚胎期49 d和77 d,蓝塘猪能量代谢相关通路中基因及其相关表达的cis-NATs显著高表达于长白猪,而出生后品种间表达模式的变化则主要集中在出生后2—90 d的出生后早期阶段。【结论】在蓝塘猪和长白猪骨骼肌发育的10个时间点,共鉴定出738个品种间差异表达的cis-NATs,功能注释结果表明这些cis-NATs主要通过与能量代谢通路中的基因相关表达从而参与影响蓝塘猪和长白猪品种间骨骼肌纤维发育差异。

关键词：蓝塘猪长白猪顺势天然反义转录本差异表达能量代谢

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