检索结果-内蒙古大学图书馆

光谱学与光谱分析 2022年第4期42卷 1243-1249页

作者：肖仕杰王巧华李春芳杜超周增坡梁生超张淑君华中农业大学工学院湖北武汉430070 农业部长江中下游农业装备重点实验室湖北武汉430070 华中农业大学动物遗传育种与繁殖教育部实验室湖北武汉430070 河北省畜牧业协会河北石家庄050000

市场上普遍存在“高蛋白”,“高乳脂”等特色牛奶。为了实现对特优优质奶、高蛋白特色奶、高乳脂特色奶和普通奶的无损快速分级,收集了河北省10个牧场不同月份(1月、3月—10月)的5121份牛奶样本并采集中红外光谱数据,分别测定牛奶中的... 详细信息

市场上普遍存在“高蛋白”,“高乳脂”等特色牛奶。为了实现对特优优质奶、高蛋白特色奶、高乳脂特色奶和普通奶的无损快速分级,收集了河北省10个牧场不同月份(1月、3月—10月)的5121份牛奶样本并采集中红外光谱数据,分别测定牛奶中的乳蛋白、乳脂和体细胞数,构建了牛奶品质分级模型。首先,分析牛奶光谱并去除冗余波段,最终选择925~1597和1712~3024 cm^(-1)的敏感波段组合作为全光谱用于建立模型。为了提高模型的性能,采用标准正态变量变换(SNV),多元散射校正(MSC),一阶导数,二阶导数,一阶差分和二阶差分6种算法对光谱进行预处理并建立朴素贝叶斯模型(NB)和随机森林模型(RF),确定二阶差分为最佳预处理方法,其测试集准确率分别为92.11%和96.87%。为了简化模型,利用无信息变量消除法(UVE)、竞争性自适应重加权算法(CARS)与稳定性竞争性自适应重加权采样算法(SCARS)以及UVE-CARS算法和UVE-SCARS算法对二阶差分后的光谱数据提取特征变量。然后,分别基于全光谱和所选特征变量数据,建立NB模型和RF模型。结果表明,SCARS算法为NB模型的最佳特征提取算法,模型的训练集准确率与测试集准确率分别为94.45%,93.94%;UVE-SCARS算法为RF模型的最佳特征提取算法,模型的训练集准确率与测试集准确率分别为99.86%,96.48%。综上,基于傅里叶变换中红外光谱技术建立的二阶差分-UVE-SCARS-RF模型,可以实现特优优质奶、高蛋白特色奶、高乳脂特色奶和普通奶的无损快速分级,通过建立中红外光谱模型,首次将乳蛋白、乳脂含量和体细胞数直接结合进行分级鉴定,这是以往未曾有过的。模型应用方便,只需将获得的牛奶红外光谱数据输入模型即可输出预测类别,在牛奶产业中具有实际应用价值。

关键词：中红外光谱牛奶品质分级无损检测特征变量

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淮南猪肌肉组织不同发育阶段的甲基化差异基因筛选

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华中农业大学学报 2025年第1期44卷 183-190页

作者：陈俊峰王璟靳玮柴进张家庆任巧玲邢宝松河南省畜禽繁育及营养调控重点实验室/河南省农业科学院畜牧兽医研究所郑州450002 农业农村部猪遗传育种重点开放实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/华中农业大学动物科技学院武汉430070

为进一步开展淮南猪分子选育,提升其生长速度和瘦肉率等经济性状,选取淮南猪胚胎期(days post coitus, dpc)第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的淮南公猪背最长肌,开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选调控肌肉发... 详细信息

为进一步开展淮南猪分子选育,提升其生长速度和瘦肉率等经济性状,选取淮南猪胚胎期(days post coitus, dpc)第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的淮南公猪背最长肌,开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选调控肌肉发育的甲基化差异的候选基因。结果显示,基因主体的CpG甲基化程度高于基因上下游2 kb序列的CpG甲基化,基因组元件中内含子、3'UTR和重复序列等甲基化程度最高。随着发育时间的增加,基因主体的CpG甲基化水平逐渐下降,上下游2 kb则是下降-上升-下降趋势。基因组元件中内含子区、3'UTR区和重复序列的甲基化水平都逐渐下降,启动子区则为下降-上升-下降趋势。信号通路富集分析显示,在淮南猪相邻的发育阶段38~58 dpc、58~78 dpc、78 dpc~21 d三者间的差异化均达到极显著水平,黏着斑信号通路存在CpG甲基化差异基因,且达到极显著水平(P值分别为0.000 9、0.000 4、0.000 1),细胞黏附连接信号通路存在CHH甲基化差异基因,且分别达到显著或极显著水平(P值分别为0.013 2、0.012 8、0.000 5),生物信息学分析结果显示,在2个信号通路中筛选到辅肌动蛋白Α4基因(actinin-4, ACTN4)和成纤维细胞生长因子受体(fibroblast growth factor receptor, FGFR1)基因。ACTN4基因调节肌动蛋白结合过程,在4个发育阶段的甲基化水平分别为55.75%、11.18%、10.18%、59.75%,FGFR1基因和肌肉细胞分化相关,在4个发育阶段的甲基化水平分别为0.81%、0.78%、7.52%、0.44%。以上结果表明,在淮南猪肌肉组织不同发育阶段筛选到的2个甲基化差异基因ACTN4和FGFR1可作为淮南猪肌肉发育候选基因进行分子育种。

关键词：淮南猪甲基化差异基因肌肉组织肌肉发育

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基于选择信号分析揭示猪终端父本群体间性状趋同的关键基因

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中国畜牧兽医 2022年第8期49卷 2982-2991页

作者：李望娇彭夏宋徽董文君李新云赵书红马云龙华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

【目的】试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性状呈现出表型趋同的基因组变化特征。【方法】利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,... 详细信息

【目的】试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性状呈现出表型趋同的基因组变化特征。【方法】利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,以100 kb窗口、50 kb步长计算综合单倍型评分(iHS)和等位基因频率差(△AF),分别取前5%作为猪群体内、群体间的基因组选择信号候选区域;利用bedtools分别对iHS、△AF按照左右200 kb进行合并,每2个群体间合并后的iHS、△AF统计量的重叠区域定义为性状趋同区域,并挖掘该区域与猪重要经济性状相关的平行选择信号。【结果】iHS结果显示,在皮特兰猪和杜洛克猪4个群体内共检测到5112个选择信号候选区域,总长约487.51 Mb。基于△AF方法,于皮特兰猪和杜洛克猪每2个群体间共检测到9579个选择信号显著区域,总长约913.50 Mb。基于合并后的iHS和△AF,共检测到52个性状趋同区域,总长约4.67 Mb,注释到88个与猪的繁殖、胴体和肉质等性状相关的平行选择候选基因。【结论】皮特兰猪和杜洛克猪群体间存在性状趋同的基因组选择区域有52个,平行选择信号主要涉及猪的繁殖、胴体及肉质等重要经济性状,这与瘦肉型猪种相同的育种方向相关,这些关键基因的发现可为后续商业猪品种遗传改良提供参考。

关键词：皮特兰猪杜洛克猪遗传改良性状趋同选择信号基因组

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基于中红外光谱的水牛奶中乳脂、乳蛋白和总固形物3种乳成分定量预测模型的研究

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中国畜牧杂志 2025年第2期61卷 119-128页

作者：张依樊懿楷杨国昌张静静李春芳向世馨褚楚郑月朱红梅刘耘宋博梁生超杨晨东马亚宾倪俊卿张淑君华中农业大学动物遗传育种与繁殖教育部实验室湖北武汉430070 河北省畜牧工作站河北石家庄050000

本研究以我国南方和中部地区2个水牛场的水牛牛乳样本为研究对象,采用机器学习中的偏最小二乘回归算法建立了基于傅里叶变换中红外光谱FT-MIRS(Fourier Transform Mid-infrared Spectroscopy)的水牛奶中乳脂、乳蛋白和总固形物含量的定... 详细信息

本研究以我国南方和中部地区2个水牛场的水牛牛乳样本为研究对象,采用机器学习中的偏最小二乘回归算法建立了基于傅里叶变换中红外光谱FT-MIRS(Fourier Transform Mid-infrared Spectroscopy)的水牛奶中乳脂、乳蛋白和总固形物含量的定量预测模型,并将建立的最优模型预测结果和奶牛生产性能(Dairy Herod Improvement,DHI)测定中心所用模型结果进行比较。结果显示,建立的3个水牛乳成分定量预测模型在试验数据范围内预测能力和应用效果较好,模型外部验证的决定系数R2均大于0.75,剩余预测偏差比(Residual Predictive Deviation Ratio,RPD)均大于2.0,其中乳蛋白定量模型预测效果更是优于DHI模型预测效果,另外2个模型预测效果虽不如DHI模型预测效果但也比较接近。根据结果得出如下结论:利用FTMIRS建立水牛奶中乳成分的水牛专用模型是可行及必要的,但还需要更多具有代表性和多样性的水牛奶样本提高所建模型的准确性、可靠性及广泛性,进而为奶水牛生产性能测定(Buffalo-Dairy Herod Improvement,B-DHI)提供技术支撑。

关键词：中红外光谱水牛奶乳脂乳蛋白总固形物

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饲料蛋白水平对鳜生长、消化和代谢的影响

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华中农业大学学报 2023年第4期42卷 215-224页

作者：郭薇尹恒莫爱杰翟昱翔矣林园杨慧君袁勇超华中农业大学水产学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业农村部淡水生物繁育重点实验室武汉430070 湖北省农业事业发展中心武汉430070

为确定不同规格的鳜(Siniperca chuatsi)对饲料蛋白水平的需求,以G1、G2、G3规格的初始体质量分别为(11.58±1.34)、(94.77±2.59)和(245.26±3.59)g的鳜为研究对象,研究不同蛋白水平饲料对其生长性能、饲料利用率、形态指... 详细信息

为确定不同规格的鳜(Siniperca chuatsi)对饲料蛋白水平的需求,以G1、G2、G3规格的初始体质量分别为(11.58±1.34)、(94.77±2.59)和(245.26±3.59)g的鳜为研究对象,研究不同蛋白水平饲料对其生长性能、饲料利用率、形态指标、消化酶活性、抗氧化能力和氨氮排泄的影响。结果显示,G1和G2组鳜特定生长率、终末体质量和增重率均在蛋白水平为500 g/kg时最高,但G3组鳜在饲料蛋白水平为450 g/kg时达到最大值;饲料系数则呈现出相反的变化趋势。特定生长率折线回归模型结果显示,3种规格鳜的最适蛋白需求分别为497.1、451.9和446 g/kg。G1和G2组鳜摄食低蛋白水平(350 g/kg和400 g/kg)饲料时存活率均显著低于其他各组,但饲料蛋白水平对G3组鳜的存活率无显著影响。G1和G2组鳜肥满度、肝体比和脏体比与饲料蛋白含量呈负相关(P<0.05)。随饲料中蛋白含量升高,G1和G3组鳜对饲料干物质的表观消化率均先上升后趋于稳定,而G2组鳜呈先升后降的趋势。在一定的蛋白水平范围内,3种规格的鳜粗蛋白表观消化率与饲料中蛋白含量呈正相关(P<0.05),在蛋白水平为500 g/kg时达到峰值,随后保持不变;前肠胰蛋白酶活性有着相似的变化趋势。3种规格的鳜肝脏中的谷丙转氨酶、谷草转氨酶活力随饲料蛋白含量的增加而明显增高(P<0.05)。其氨氮排泄率均在摄食后6 h达到高峰,并随着饲料蛋白水平的提高均显著增加;饲料蛋白水平为550 g/kg和600 g/kg时,G3组鳜的氨氮排泄率显著高于G1组。以上结果表明,饲料蛋白含量对3种规格鳜的生长性能及消化、代谢指标均有明显的影响,确定最适蛋白需求量才能达到最理想的鳜健康养殖效果。

关键词：鳜饲料蛋白水平生长性能表观消化率氨氮排泄精准养殖

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猪肌内脂肪前体细胞成脂分化中miRNA差异分析

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 122-128页

作者：张新雨杨涛吴俊静乔木徐忠张宇冯越李梓芃彭先文梅书棋李凤娥周佳伟动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北武汉430064 华中农业大学农业农村部猪遗传育种重点实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070

miRNA在成脂分化的过程中发挥着重要的调控作用,本研究旨在探究miRNA在猪肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)前体细胞成脂分化过程中的表达模式,并对其潜在的调控功能进行分析。通过SmallRNA-seq、实时荧光定量PCR、miRanda、RNAhybird等... 详细信息

miRNA在成脂分化的过程中发挥着重要的调控作用,本研究旨在探究miRNA在猪肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)前体细胞成脂分化过程中的表达模式,并对其潜在的调控功能进行分析。通过SmallRNA-seq、实时荧光定量PCR、miRanda、RNAhybird等技术和软件,对猪IMF前体细胞成脂诱导分化过程中miRNA的表达模式及靶基因进行了生物信息学分析。结果显示:猪IMF前体细胞诱导4 d后出现脂滴,在诱导0 d和4 d的猪IMF前体细胞中共鉴定到617个miRNAs,其中22个miRNAs诱导4 d表达显著上调,27个miRNAs表达下调;差异miRNAs共预测到13 869个靶基因,GO分析和KEGG分析发现靶基因主要富集到细胞分泌、细胞分解代谢、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。此外,对miR-30家族的ssc-miR-30a-5p和ssc-miR-30c-3p进行定量验证,验证结果与测序结果一致。本研究揭示了miRNAs在猪IMF前体细胞成脂分化过程中的表达模式及潜在调控网络,为研究猪IMF沉积的调控机制奠定了前期基础。

关键词：猪肌内脂肪成脂分化 miRNA

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Dkk2基因对雌性小鼠卵泡发育过程的功能探究

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中国畜牧杂志 2024年第11期60卷 144-153页

作者：谈峰陈高贵陈亚茹陈大可彭先文苗义良梅书棋周佳伟李凤娥华中农业大学农业农村部猪遗传育种重点实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070 动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北武汉430064 湖北洪山实验室湖北武汉430070

卵巢颗粒细胞的生长对哺乳动物卵泡发育至关重要,本研究旨在探究Dkk2对雌性小鼠卵泡发育的影响,并对其潜在的调控机制进行分析。运用Crispr-cas9的方法构建Dkk2基因敲除C57BL/6小鼠,通过免疫荧光、免疫组化和蛋白免疫印迹等实验探究了D... 详细信息

卵巢颗粒细胞的生长对哺乳动物卵泡发育至关重要,本研究旨在探究Dkk2对雌性小鼠卵泡发育的影响,并对其潜在的调控机制进行分析。运用Crispr-cas9的方法构建Dkk2基因敲除C57BL/6小鼠,通过免疫荧光、免疫组化和蛋白免疫印迹等实验探究了Dkk2基因敲除对小鼠卵泡发育的影响及其作用机制。结果显示:相比野生型小鼠,Dkk2基因敲除小鼠的产仔数和原始卵泡显著减少,卵泡闭锁显著升高;抑制Dkk2的表达会显著促进小鼠卵巢颗粒细胞凋亡,抑制细胞增殖;对8周龄Dkk2基因敲除小鼠的卵巢组织进行转录组测序发现,Dkk2可能通过Wnt信号通路调控卵巢颗粒细胞的增殖和凋亡。本研究揭示了Dkk2在小鼠卵泡发育过程中的作用,可为哺乳动物繁殖性状的遗传改良提供新的靶基因。

关键词： Dkk2 Wnt 卵巢颗粒细胞凋亡卵泡发育产仔数小鼠

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淮南猪与大白猪背最长肌不同发育阶段的甲基化差异基因筛选

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中国畜牧杂志 2024年第3期60卷 112-117,126页

作者：陈俊峰王璟靳玮柴进张家庆任巧玲邢宝松河南省畜禽繁育及营养调控重点实验室河南省农业科学院畜牧研究所河南郑州450002 农业部猪遗传育种重点开放实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室华中农业大学动物科技学院湖北武汉430070

试验旨在研究河南省地方品种淮南猪与引进品种大白猪背最长肌的甲基化,筛选影响背最长肌发育的候选基因。对淮南猪、大白猪胚胎期第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的肌肉组织开展全基因组甲基化测序,比对不同发育阶段的甲基化... 详细信息

试验旨在研究河南省地方品种淮南猪与引进品种大白猪背最长肌的甲基化,筛选影响背最长肌发育的候选基因。对淮南猪、大白猪胚胎期第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的肌肉组织开展全基因组甲基化测序,比对不同发育阶段的甲基化差异。结果显示,在胚胎期第78天有2个信号通路CpG甲基化出现极显著差异,分别是黏着斑(ssc04510:Focal Adhesion)信号通路(P=0.004)、Ras相关蛋白1信号通路(ssc04015:Rap1)(P=0.014);胚胎期第58天细胞外基质受体相互作用(ssc04512:ECM-Receptor Interaction)等信号通路也存在CpG甲基化差异,但未达到显著性水平(P=0.088);筛选了黏着斑信号通路的Rap鸟嘌呤核苷酸交换因子1(Rap Guanine Nucleotide Exchange Factor 1,RAPGEF1)、层粘连蛋白γ3亚基(Laminin Subunit Gamma 3,LAMC3)、小鼠胸腺瘤病毒癌基因同源物3 (Murine Thymoma Viral Oncogene,Akt3)作为候选基因。综上,淮南猪与大白猪胚胎期第78天甲基化存在显著性差异,筛选到的3个候选基因分别通过诱导肌细胞的分化、调节肌细胞生长等生物学功能影响肌肉发育。

关键词：甲基化差异肌肉发育淮南猪大白猪

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鳖源铜绿假单胞菌的分离鉴定及多位点序列与全基因组分析

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微生物学报 2022年第7期62卷 2751-2767页

作者：何宏港吴悠刘乃瑜王至诚刘静霞罗毅华中农业大学水产学院农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁育教育部重点实验室湖北武汉430070 农业微生物学国家重点实验室华中农业大学湖北武汉430070

【目的】查明引起湖北仙桃某中华鳖养殖场中华鳖发病死亡的病原及其特征。【方法】本研究分离患病中华鳖的病原,并结合形态特征、生理生化试验、16SrRNA基因鉴定,鉴定分离菌株;通过人工回归感染试验、药敏试验、全基因组测序与分析对分... 详细信息

【目的】查明引起湖北仙桃某中华鳖养殖场中华鳖发病死亡的病原及其特征。【方法】本研究分离患病中华鳖的病原,并结合形态特征、生理生化试验、16SrRNA基因鉴定,鉴定分离菌株;通过人工回归感染试验、药敏试验、全基因组测序与分析对分离菌株的致病性和耐药性进行研究;通过多位点序列分型(multilocus sequence type,MLST)分析,对分离菌株的流行情况进行探究。【结果】从患病中华鳖肝脏等部分分离到3株优势菌株HX8、FG10和GC20,16SrRNA基因同源性和生化特征分析鉴定为铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。回归感染试验证实该菌株是引起本次中华鳖患病的病原菌。3株分离株的药敏实验结果基本一致,均对诺氟沙星、恩诺沙星等8种抗生素敏感,对氟苯尼考、多西环素、磺胺异恶唑等6种抗生素耐药。MLST鉴定表明,3株分离株均属于序列型(sequencetype,ST)252型,eBURST分析进一步显示ST252型与一些ST共同构成了克隆复合体(clonal complexes,CC)CC252,且ST252是CC252的原始序列型(founder ST)。全基因组测序结果显示,FG10的全基因组大小为5.65 Mb,GC含量为65.3%,共预测到5956个编码序列(CDS),GenBank登录号为JAJGXC000000000。通过与毒力因子数据库(the virulence factor database,VFDB)比对,预测到873个毒力相关因子,主要与黏附、分泌系统以及毒素等相关。通过与耐药基因数据库(the comprehensive antibiotic resistance database,CARD)比对,结果显示FG10中含有喹诺酮类、碳青霉烯类、肽类等抗生素的耐药相关基因。【结论】本研究分离获得了中华鳖的病原细菌铜绿假单胞菌,MLST分析推测了其流行情况,基因组数据揭示了其毒力及耐药基因,为防控水产养殖中铜绿假单胞菌感染提供了一定的参考依据。

关键词：中华鳖铜绿假单胞菌分离鉴定多位点序列分型全基因组毒力及耐药

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鳜plin2生物信息学分析、组织表达及其在肝脏脂肪蓄积中的作用

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水生生物学报 2022年第3期46卷 273-281页

作者：高俊杰梁旭方蔡文静庄武元华中农业大学水产学院华中农业大学鳜鱼研究中心武汉430070 农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

为探究鱼类脂滴包被蛋白plin2(Perilipin 2)基因的结构和功能,研究成功地克隆并鉴定出鳜(Siniperca chuatsi)plin2的2个亚型,分别命名为plin2a和plin2b。氨基酸多重比对发现其编码序列与刺鱼(Gasterosteus aculeatus)具有高度的同源性... 详细信息

为探究鱼类脂滴包被蛋白plin2(Perilipin 2)基因的结构和功能,研究成功地克隆并鉴定出鳜(Siniperca chuatsi)plin2的2个亚型,分别命名为plin2a和plin2b。氨基酸多重比对发现其编码序列与刺鱼(Gasterosteus aculeatus)具有高度的同源性。结构域分析发现鳜plin2a和plin2b具有与哺乳动物相似的N末端PAT结构域和11-mer重复结构域。基因共线性分析发现plin2两个亚型在鳜和刺鱼中高度保守。系统发育分析表明鳜plin2和刺鱼、攀鲈(Anabas testudineus)和半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)近源。RT-qPCR检测了plin2a与plin2b基因在鳜不同组织中的表达分布情况,结果表明鳜plin2a在肝脏中表达最高,其次是脂肪和脾脏组织;相反,plin2b基因在鳜的肝脏中几乎不表达,主要在肾脏、胃、脂肪和脑组织表达。此外,还探究了鳜肝脏和肝细胞在脂肪蓄积状态下plin2a基因的转录水平变化。实验结果表明在过量添加碳水化合物饲喂(8周)后,鳜肝脏中plin2a基因mRNA水平明显升高,鳜肝脏细胞在0.1 mmol/L棕榈酸钠刺激后显著增加了plin2a的mRNA水平。研究表明,鳜plin2两个亚型可能出现功能分化,并且plin2a作为肝脏脂代谢中的重要调节因子,可能在鳜肝脏脂肪蓄积中发挥更重要的功能。

关键词： plin2 脂类代谢生物信息学组织表达肝脏鳜

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