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中国兽药杂志 2021年第8期55卷 1-11页

作者：杨康袁林茂张维达李自力农业微生物学国家重点实验室华中农业大学动物医学院湖北省预防兽医学重点实验室武汉430070 上海新农饲料股份有限公司上海201600

为分离上海地区猪繁殖与呼吸综征病毒(PRRSV)并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染病猪的2份肺样进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将盲传3代后出现细胞病变的PAMs经间接免疫荧光鉴定,通过RT-PCR... 详细信息

为分离上海地区猪繁殖与呼吸综征病毒(PRRSV)并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染病猪的2份肺样进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将盲传3代后出现细胞病变的PAMs经间接免疫荧光鉴定,通过RT-PCR扩增分离株全基因组序列,测序后与GenBank登录的参考株全基因组序列进行同源性及遗传进化分析,分析了分离株Nsp2、GP5氨基酸序列的遗传进化关系,并对分离株做了重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,成功分离出1株PRRSV,命名为SH2019,其全基因组开放阅读框大小为14677 bp,分离株与NADC30的核苷酸同源性最高,属于目前流行于中国的类NADC30 PRRSV,其Nsp2存在131个氨基酸缺失的分子特征;分离株是以谱系1毒株为主要亲本,以谱系3、谱系5或谱系8毒株为次要亲本,在12601~12901 nt(ORF2~ORF4)发生了基因重组的重组毒株,分离株不能感染Marc-145细胞。本研究分离鉴定一株重组类NADC30 PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防控提供参考。

关键词：类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定基因重组:细胞嗜性

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不同遗传背景自交系玉米根系微生物组差异比较

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合肥工业大学学报（自然科学版） 2022年第5期45卷 687-693页

作者：崔亚俊翟志文王超刘永鑫陈园园袁怀波严建兵白洋合肥工业大学食品与生物工程学院安徽合肥230601 中国科学院遗传与发育生物学研究所植物基因组学国家重点实验室北京100101 中国科学院大学生物互作卓越创新中心北京100049 中国科学院遗传与发育生物学研究所中国科学院-英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心北京100101 中国科学院大学现代农业科学学院北京100049 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室湖北武汉430070

陆生植物与多种土壤微生物群落存在密切互作关系,影响植物的生长和发育。植物微生物群落的系统发育结构由生物群落和环境因素相互作用所决定。文章选取具有不同遗传背景的玉米自交系材料昌7-2和B73,在山东和海南种植,对其根系微生物组... 详细信息

陆生植物与多种土壤微生物群落存在密切互作关系,影响植物的生长和发育。植物微生物群落的系统发育结构由生物群落和环境因素相互作用所决定。文章选取具有不同遗传背景的玉米自交系材料昌7-2和B73,在山东和海南种植,对其根系微生物组进行高通量测序并进行群落组成、多样性及随机森林分析。研究结果表明,玉米根系微生物组对栽培环境变化的响应程度大于基因型,而不同基因型玉米根系微生物组对栽培环境变化的响应程度也不同,同时利用随机森林分析发现若干丰度显著受宿主基因型影响的细菌类群。该工作进一步深化了栽培环境和宿主基因型对玉米根系微生物组影响的认识,为研究玉米根系微生物群落的建立提供了理论基础。

关键词：根系微生物组高通量测序基因型随机森林玉米

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河北省一株猪流行性腹泻病毒S1基因的遗传变异与重组分析

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黑龙江畜牧兽医 2021年第12期 56-62页

作者：翟新国周琼琼郑培培李庆阳陈小霞陈琦石德时李朋辉河北工程大学生命科学与食品工程学院河北邯郸056038 华中农业大学动物医学院/农业微生物学国家重点实验室武汉430070 河北工程大学人事处河北邯郸056038 河北大北农农牧食品有限公司河北衡水053900

为了解近年来河北地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行性和遗传变异性,试验采集河北省某发病猪场仔猪的小肠组织,提取RNA,对S1基因进行RT-PCR,对扩增的阳性产物进行克隆与测序,对测序结果进行同源性分析... 详细信息

为了解近年来河北地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行性和遗传变异性,试验采集河北省某发病猪场仔猪的小肠组织,提取RNA,对S1基因进行RT-PCR,对扩增的阳性产物进行克隆与测序,对测序结果进行同源性分析,对S1蛋白进行亲水性、表面可触性、抗原指标及T细胞基序分析,利用MEGA X 10.0.5软件对PEDV S1基因进行最大似然法(maximum likelihood, ML)遗传进化分析,利用RDP4软件进行PEDV S1基因的重组分析。结果表明:成功克隆出pMD18-T-PEDV-S1,将该毒株命名为HB/HS/2019株,其包含N末端域和C末端域的S1基因近全长序列,长度为2 163 bp,编码721个氨基酸;成功预测S1潜在的B细胞表位和T细胞基序。经同源性分析,HB/HS/2019与四川株CH/SCJY/2018 S1基因的相似性最高,为99.8%;与比利时CV777毒株的基因相似性为91.4%,存在插入和缺失现象。经进化分析,40株PEDV分为GⅠ群和GⅡ群,HB/HS/2019属于GⅡ群。在GⅡ群内,我国流行株均为2010年后出现,HB/HS/2019与市售疫苗株AJ1102和LW/L亲缘关系较近,与CV777和attenuated CV777株亲缘关系较远。经重组分析,未发现HB/HS/2019 S1序列含有潜在的重组事件,发现GⅠ群和GⅡ群的毒株之间S1基因存在3个重组事件。说明HB/HS/2019 S1基因与2010年以后我国报道的变异毒株亲缘关系较近,虽然该基因存在一些核酸位点变异,但是尚未发生基因重组事件。

关键词：河北省猪流行性腹泻病毒 S1基因遗传变异重组分析

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2018年湖北省猪源沙门菌的分离鉴定及耐药性分析

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中国兽医学报 2020年第6期40卷 1142-1147,1152页

作者：罗郑彭忠杨迪王湘如杨斓杨丹王斐华琳陈焕春吴斌华中农业大学动物医学院农业微生物学国家重点实验室生猪健康养殖协同创新中心湖北武汉430070

为了解规模化猪场沙门菌的流行和耐药情况,本研究于2018年10-12月采集湖北武汉、钟祥、大冶、襄阳、黄冈地区5个规模化猪场各年龄段猪的肛门拭子进行沙门菌的分离鉴定,并对所分离的菌株进行耐药表型分析和耐药基因检测。采用沙门菌选择... 详细信息

为了解规模化猪场沙门菌的流行和耐药情况,本研究于2018年10-12月采集湖北武汉、钟祥、大冶、襄阳、黄冈地区5个规模化猪场各年龄段猪的肛门拭子进行沙门菌的分离鉴定,并对所分离的菌株进行耐药表型分析和耐药基因检测。采用沙门菌选择性培养基进行细菌的分离培养,并通过生化试验和PCR扩增invA基因确定所分离的细菌为沙门菌;采用玻片凝集法对所分离的沙门菌进行血清分型;采用微量肉汤稀释法进行6种抗菌药物的耐药表型检测,并采用PCR方法对相关的15种耐药基因的携带情况进行检测。结果显示,从采集的640份肛门拭子分离鉴定出39株沙门菌,分离率为6.09%,其中来源于保育猪的样品中沙门菌的分离率最高,为16.25%;所分离沙门菌的血清型主要为鼠伤寒沙门菌(69.23%),其次是德比沙门菌(15.38%),其他血清型所占比例为15.38%。药敏试验发现所分离的沙门菌至少对1种抗生素耐药,其中94.87%的分离株对氨苄西林表现出耐药性,对氯霉素和卡那霉素表现出耐药性的分离株所占的比例分别为58.97%和53.84%,仅有20.51%的分离株对阿奇霉素表现出耐药性;此外,53.84%的菌株对3种以上的受试抗生素同时表现出抗性,其中20.51%的分离株同时对5种受试抗生素表现出耐药性。用PCR方法共检测出12种耐药基因,其中blaCMY(79.49%)、aph(3′)-Ⅱ(76.92%)、catA1(76.92%)的检出率较高。研究结果为湖北地区猪场制定沙门菌病的综合防控措施提供参考。

关键词：沙门菌分离鉴定血清型耐药性耐药基因

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牛源A型多杀性巴氏杆菌的免疫检测

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分析科学学报 2020年第5期36卷 765-769页

作者：郑冰洁胡长敏胡涌刚郭爱珍华中农业大学生命科学技术学院农业微生物学国家重点实验室湖北武汉430070 华中农业大学动物医学院湖北武汉430070

本文建立了一种有效捕获和快速检测牛源A型多杀性巴氏杆菌(Pm)的免疫检测方法。该方法将本实验室筛选的一株单克隆抗体(Mc Ab)作为捕获探针偶联到磁珠表面构建免疫磁珠(IMB),并用于特异性捕获牛源A型Pm,辣根过氧化物酶(HRP)标记的另一株... 详细信息

本文建立了一种有效捕获和快速检测牛源A型多杀性巴氏杆菌(Pm)的免疫检测方法。该方法将本实验室筛选的一株单克隆抗体(Mc Ab)作为捕获探针偶联到磁珠表面构建免疫磁珠(IMB),并用于特异性捕获牛源A型Pm,辣根过氧化物酶(HRP)标记的另一株McAb作为检测探针与捕获的牛源A型Pm相互作用,建立了一种基于磁珠的“双抗夹心”免疫显色方法实现该菌的快速检测。在最优条件下,牛源A型Pm在1.0×10~5~1.0×10~7CFU/m L范围内与信号强度呈良好的线性关系(R^2=0.99),检测限(S/N=3)为1.0×10~5CFU/m L。本方法具有良好的特异性和重现性,对模拟实际样品的检测结果取得了令人满意的效果。

关键词：免疫磁珠多杀性巴氏杆菌牛免疫检测

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鱼鳞多肽亚铁螯合物的制备及结构表征

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西南农业学报 2020年第2期33卷 456-463页

作者：覃宇鞠守勇武汉职业技术学院生物工程学院湖北武汉430074 华中农业大学微生物学国家重点实验室湖北武汉430070

【目的】探讨鱼鳞多肽亚铁螯合物的制备方法,为鱼鳞废弃物的利用提供新的途径和理论基础。【方法】以草鱼鱼鳞多肽为原料,氯化亚铁为铁源,通过优化螯合条件得到鱼鳞多肽亚铁螯合物;采用元素分析、紫外光谱、红外光谱、电镜扫描、X-射线... 详细信息

【目的】探讨鱼鳞多肽亚铁螯合物的制备方法,为鱼鳞废弃物的利用提供新的途径和理论基础。【方法】以草鱼鱼鳞多肽为原料,氯化亚铁为铁源,通过优化螯合条件得到鱼鳞多肽亚铁螯合物;采用元素分析、紫外光谱、红外光谱、电镜扫描、X-射线粉末衍射分析技术对鱼鳞多肽和多肽亚铁螯合物的结构进行表征。【结果】选择抗坏血酸为抗氧化剂,抗氧化剂与氯化亚铁的质量比为0.15∶1,多肽与氯化亚铁质量比为2∶1,pH 5,反应时间40 min,反应温度30℃的条件下,亚铁螯合率为83.4%;红外光谱特征区-NH_2的吸收峰从3301.42 cm^(-1)移动至3362.61 cm^(-1)处,发生明显的位移;元素分析结果表明螯合物中含铁量为10.6%,N、C、H含量显著降低;扫描电镜观察到螯合后颗粒由圆球空心结构变为致密晶粒;X衍射图谱表明螯合物结晶度大幅提高。【结论】以草鱼鱼鳞和氯化亚铁为原料,按照上述条件得到的多肽亚铁螯合物产率高,亚铁离子与多肽配位明显。

关键词：鱼鳞多肽亚铁螯合物制备结构表征

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新疆南疆部分地区蜱种鉴定及斑点热群立克次体流行病学调查

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中国兽医学报 2020年第4期40卷 740-747页

作者：郗宇杜奕州韩沙陈政武军元新疆塔里木大学动物科学学院新疆阿拉尔843300 华中农业大学湖北武汉430070 农业微生物学国家重点实验室湖北武汉430070

为了解新疆南疆部分地区不同蜱种携带斑点热群立克次体(spotted fever group Rickettsia,SFGR)情况,采用PCR技术扩增16S rDNA基因和SFGR外膜蛋白A(OmpA)基因,进行蜱种鉴定及SFGR检测。对测序阳性样本进行BLAST序列分析,应用DNAStar和Meg... 详细信息

为了解新疆南疆部分地区不同蜱种携带斑点热群立克次体(spotted fever group Rickettsia,SFGR)情况,采用PCR技术扩增16S rDNA基因和SFGR外膜蛋白A(OmpA)基因,进行蜱种鉴定及SFGR检测。对测序阳性样本进行BLAST序列分析,应用DNAStar和Mega 6.0软件构建遗传进化树。结果显示:从新疆南疆9个县市共采集蜱1340只,其种类包括3属4种,分别为图兰扇头蜱、边缘革蜱、银盾革蜱、亚洲璃眼蜱;在随机挑选的90份蜱DNA样本中共检测出57份SFGR阳性样本,其中阿拉尔市十一团、七连地区的阳性样本均来自犬体表寄生蜱,其余地区的阳性样本均来自绵羊体表寄生蜱。序列分析及遗传进化树显示,此次检测的亚洲璃眼蜱、边缘革蜱携带的SFGR与GenBank公布的SFGR疆内株Candidatus ***(登录号为MG668832.1)亲缘关系最近,处于同一分支;图兰扇头蜱携带的SFGR也同疆内株***、***、Candidatus ***(MG668831.1、KP214024.1、MG668832.1)亲缘关系最近,处于同一分支;而银盾革蜱携带的SFGR与国外株***(KT805295.1)亲缘关系最近,处于同一分支,并首次于新疆南疆绵羊寄生银盾革蜱中检出饶氏立克次体。本试验为该地区蜱传立克次体病的研究及防控提供重要依据。

关键词：新疆银盾革蜱斑点热群立克次体遗传进化分析

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START家族Rv0164蛋白在耻垢分枝杆菌中的表达及垂钓互作蛋白

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微生物学报 2020年第3期60卷 464-475页

作者：周盈魏文静江宝怡李金山毕利军佛山科学技术学院生物医学工程系广东佛山528000 广东省结核病控制中心广东广州510630 华中农业大学农业微生物学国家重点实验室湖北武汉430070 中国科学院生物物理研究所核酸生物学重点实验室北京100101

【目的】START家族蛋白的突变或者错误表达使哺乳动物产生肾上腺皮质增生、乳腺癌和结肠癌等疾病;START家族蛋白是植物发育过程中重要的调节因子;尚未阐明START家族蛋白作为细菌必需基因的作用机制。结核分枝杆菌必需基因Rv0164属于STAR... 详细信息

【目的】START家族蛋白的突变或者错误表达使哺乳动物产生肾上腺皮质增生、乳腺癌和结肠癌等疾病;START家族蛋白是植物发育过程中重要的调节因子;尚未阐明START家族蛋白作为细菌必需基因的作用机制。结核分枝杆菌必需基因Rv0164属于START家族,功能未知,研究Rv0164作用机制将为START家族分子机制增添新理论。【方法】生物信息学方法分析Rv0164序列特征;模式菌耻垢分枝杆菌中表达Rv0164并分析蛋白的细胞定位;Co-immunoprecipitation(Co-IP)方法垂钓Rv0164的相互作用蛋白,质谱鉴定互作蛋白,酵母双杂交和Pull down验证蛋白相互作用。【结果】Rv0164的N端17个氨基酸在分枝杆菌中不保守;Rv0164无信号肽;Rv0164定位在细胞质中,受蛋白降解机制调控,该机制在细菌生长平台期比对数期活性弱;N端缺失使Rv0164在平台期和对数期均不稳定;Rv0164结合多个胞内蛋白。【结论】Rv0164的N端肽段增加了蛋白的稳定性;Rv0164是一个胞内蛋白;Rv0164能够结合细菌生存必需蛋白。

关键词： START家族 Rv0164 蛋白定位蛋白-蛋白相互作用

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高效固氮大豆根瘤菌SMH12的全基因组测序及比较基因组分析

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应用与环境生物学报 2019年第6期25卷 1365-1374页

作者：成家龙陈大松李友国华中农业大学生命科学技术学院农业微生物学国家重点实验室

费氏中华根瘤菌SMH12(Sinorhizobium fredii SMH12),生长代时较短,属于快生型大豆根瘤菌.SMH12具有高效固氮、宿主范围广、匹配性强、遗传物质稳定等特点,为充分开发该菌应用潜力和研究价值,有必要解析SMH12的基因组序列.采用Illumina H... 详细信息

费氏中华根瘤菌SMH12(Sinorhizobium fredii SMH12),生长代时较短,属于快生型大豆根瘤菌.SMH12具有高效固氮、宿主范围广、匹配性强、遗传物质稳定等特点,为充分开发该菌应用潜力和研究价值,有必要解析SMH12的基因组序列.采用Illumina Hiseq与Pacbio测序技术相结合对SMH12菌株进行全基因组测序.进一步使用相关软件对测序数据进行基因组的组装、基因预测与功能注释、COG/GO聚类分析以及比较基因组分析.测序结果显示,SMH12基因组包含1条染色体和2个质粒,染色体大小为4022924 bp,质粒pSfSMH12a大小为2394395 bp,质粒pSfSMH12b大小为556376bp,序列已提交至GenBank数据库,登录号为CP035038-CP035040.基因预测与rRNA、tRNA查找显示,SMH12基因组含有6836个基因,有9个rRNA和55个tRNA.比较基因组分析的直系同源基因比对与共线性分析显示,SMH12与*** HH103大部分基因相同,亲缘关系最密切;只有约17%的基因不同.COG分类比较分析显示,SMH12中转座因子和碳水化合物的转运与代谢这两类相关基因的占比明显高于Bradyrhizobium diazoefficiens USAD110.本研究首次报道SMH12基因组序列并分析了其基因组基本特征,与其他代表性大豆根瘤菌进行了比较基因组分析.结果丰富了根瘤菌基因组数据库,也为构建高效固氮的大豆根瘤菌工程菌提供了一定依据和基因资源.(图6表2参35)

关键词：高效固氮费氏中华根瘤菌 SMH12 全基因组测序比较基因组分析

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噬菌体vB＿SauM＿PSA25对金黄色葡萄球菌生物被膜的清除作用

噬菌体vB＿SauM＿PSA25对金黄色葡萄球菌生物被膜的清除作用

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中国畜牧兽医学会动物传染病学分会第十九次全国学术研讨会

作者：王霜杨丹孙二超黄茜华琳彭忠吴斌华中农业大学动物医学院生猪健康养殖协同创新中心农业微生物学国家重点实验室

引言金黄色葡萄球菌是环境中常见的致病菌,能够引起人和家畜许多感染性疾病,包括兽医临床常见的奶牛乳房炎和子宫内膜炎[1]。金黄色葡萄球菌易于形成生物被膜,大约85%的感染与生物被膜有关,形成生物被膜后除具有高度的耐药性外还能逃避...

引言金黄色葡萄球菌是环境中常见的致病菌,能够引起人和家畜许多感染性疾病,包括兽医临床常见的奶牛乳房炎和子宫内膜炎[1]。金黄色葡萄球菌易于形成生物被膜,大约85%的感染与生物被膜有关,形成生物被膜后除具有高度的耐药性外还能逃避宿主免疫系统的攻击,引起严重的反复感染、慢性感染、持续感染而使感染更难于控制[2]。最近,噬菌体已被

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