检索结果-内蒙古大学图书馆

农业大数据学报 2025年第1期7卷 96-106页

作者：刘洪窦婧文王越廖勇刘小磊李新云赵书红付玉华农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室华中农业大学动物科学技术学院武汉430070 湖北洪山实验室武汉430070

单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-S... 详细信息

单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-Seq)和基因组注释信息,有效数据规模为2.8 TB。此外,本数据集还收录了基于深度学习算法得到的基因与表型实体识别数据。总的来说,该多组学数据集可用于农业重要性状的基因发掘和功能验证,能够为跨物种比较研究提供有价值的资源,也可更好地服务于动物经济性状关键基因识别模型构建以及算法研究。

关键词：多组学数据跨物种功能基因挖掘个体水平深度学习

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基于核质遗传原理建立多重PCR检测方法鉴定阿胶中马、驴源性成分及皮张种源

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遗传 2020年第10期42卷 1028-1035页

作者：谌阳王文君付明徐国强周翔刘榜华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

阿胶(Asini Colla Corii)及其原料皮张源性成分的鉴定是对阿胶真实性的一种保障,阿胶生产企业和市场监管部门急需马、驴、骡皮张以及阿胶中源性成分鉴别的有效检测方法。本研究基于马、驴核基因组和线粒体基因组筛选物种特异性DNA序列... 详细信息

阿胶(Asini Colla Corii)及其原料皮张源性成分的鉴定是对阿胶真实性的一种保障,阿胶生产企业和市场监管部门急需马、驴、骡皮张以及阿胶中源性成分鉴别的有效检测方法。本研究基于马、驴核基因组和线粒体基因组筛选物种特异性DNA序列作为检测靶标,设计马、驴特异性引物,建立了鉴别马、驴、骡皮张以及鉴定阿胶中马和驴源性成分的多重PCR方法。结果显示,本文所建立的方法可用于阿胶源性成分及皮张种源的鉴别,其特异性强,只在目标物种中扩增出目的条带,而非目标物种中没有任何扩增产物,而且灵敏度能达到0.2 ng,可为阿胶生产企业和市场监管部门提供技术支撑。

关键词：阿胶核基因线粒体基因多重PCR 马、驴源性成分

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非接触式笼养蛋鸡核心体温检测方法

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农业机械学报 2024年第8期55卷 312-321页

作者：严煜盛哲雅谷月衡一帆周昊博王树才华中农业大学工学院武汉430070 华中农业大学动物科学技术学院动物医学院武汉430070 农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

针对笼养条件下蛋鸡核心温度测量工作效率低下的问题,提出了一种利用红外热图像结合深度学习的蛋鸡核心温度检测方法。首先通过采集172只蛋鸡的10994幅红外热图像制作数据集,利用目标检测网络YOLO v8s提取作为感兴趣区域(Region of inte... 详细信息

针对笼养条件下蛋鸡核心温度测量工作效率低下的问题,提出了一种利用红外热图像结合深度学习的蛋鸡核心温度检测方法。首先通过采集172只蛋鸡的10994幅红外热图像制作数据集,利用目标检测网络YOLO v8s提取作为感兴趣区域(Region of interest,ROI)的鸡脸图像;再利用改进的深度卷积神经网络对提取的蛋鸡ROI图像以及实时采集的蛋鸡泄殖腔温度进行回归预测。实验显示,目标检测算法的检测准确率达到99.38%,平均精度均值达到99.9%,召回率达到99.87%,3项评价指标均高于YOLO v4s、YOLO v5s、YOLO v7、YOLOX-s目标检测算法;在深度卷积神经网络算法上,同时将MobileNetV3、GhostNet、ShuffleNetV2、RegNet、ConvNeXt、Res2Net以及MobileVIT共7种分类模型修改为回归模型,利用蛋鸡ROI图像进行训练,其中,Res2Net模型对蛋鸡核心体温估测拟合效果最好,在测试集上估测的决定系数R^(2)为0.9565、调整后决定系数R^(2)_(adj)为0.95631,均高于其他回归模型;为进一步提高预测精度,在Res2Net50回归模型的Bottle2block结构之后分别插入SE(Squeeze-and-excitation)模块、CBAM(Convolutional block attention module)模块、CA(Coordinate attention)模块、ECA(Efficient channel attention)模块,其中利用CA模块改进后的算法在测试集上的R^(2)为0.97364、R^(2)_(adj)为0.97352,均高于其他改进方法;利用目标检测网络和回归网络搭建蛋鸡核心体温估测模型,对9只蛋鸡进行体温估测试验,结果显示ROI均能完整找出,且估测体温平均绝对误差(Mean absolute error,MAE)为0.153℃。因此,本研究提出的目标检测+深度神经网络模型为红外热图像下蛋鸡核心温度预测提供了较好的自动化检测方法。

关键词：笼养蛋鸡核心体温 YOLO v8s-Res2Net50 红外热成像

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雌性动物生殖道内精子储存的研究进展

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生命科学 2021年第5期33卷 582-592页

作者：杨戈楚金雨李绍梅牟春燕华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

雌性的精子储存是一类自然界广泛发生的生理现象,主要包括精子进入雌性生殖道、暂时储存于雌性生殖道以及重新激活释放等过程。雌性精子储存是体内受精的动物异步交配与排卵的生殖基础,在不同物种之间存在一定的差异性。影响雌性动物精... 详细信息

雌性的精子储存是一类自然界广泛发生的生理现象,主要包括精子进入雌性生殖道、暂时储存于雌性生殖道以及重新激活释放等过程。雌性精子储存是体内受精的动物异步交配与排卵的生殖基础,在不同物种之间存在一定的差异性。影响雌性动物精子储存的因素众多,其中最重要的是不同物种间形态各异的精子储存结构,这是导致不同动物精子储存时间差异的直接原因。此外,还有很多生理过程和生物因子调控雌性生殖道内的精子储存时长,包括脂质的代谢、抗氧化水平的调节、微酸性pH微环境的维持、免疫反应的抑制等,面对类似的生理需求,雌性储存精子的机制在物种之间可能具有一定的保守性。该文综述不同物种雌性精子储存的结构差异和调控机制,解读生物精子储存的多样性,为进一步探索雌性精子储存机制提供思路。

关键词：雌性生殖道精子储存脂质抗氧化 pH 免疫反应激素

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基于转录组数据挖掘藏羊立毛肌发生的关键基因

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畜牧兽医学报 2021年第8期52卷 2171-2180页

作者：楚金雨李绍梅杨戈牟春燕华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

旨在探究调控藏羊皮肤内立毛肌发生的分子机制,挖掘影响立毛肌发生的关键基因。本研究采集了30个75~110日龄健康情况良好的藏羊胚胎,收集背部皮肤组织,制作石蜡组织切片,利用HE染色观察背部皮肤内不同日龄立毛肌的形态学变化特征,推测... 详细信息

旨在探究调控藏羊皮肤内立毛肌发生的分子机制,挖掘影响立毛肌发生的关键基因。本研究采集了30个75~110日龄健康情况良好的藏羊胚胎,收集背部皮肤组织,制作石蜡组织切片,利用HE染色观察背部皮肤内不同日龄立毛肌的形态学变化特征,推测出立毛肌发生的关键时期为胚龄75~85天(E75~E85);分别挑选胚龄大约在75和85天各3个背部皮肤组织样品,分样品提取RNA,利用Illumina Hiseq平台进行转录组测序,对测序数据进行质控、过滤、比对,筛选得到差异表达基因,并对差异基因进行功能注释、富集分析、蛋白网络互作和RT-qPCR验证,挖掘调控立毛肌早期发育的关键候选基因。测序结果共得到1159个差异表达的基因(P<0.05),其中900个基因上调,259个基因下调。随机选择6个差异表达的基因进行RT-qPCR验证,表达趋势与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。通过对差异基因进行GO功能注释和KEGG富集分析,筛选到与立毛肌发育相关的5个生物学过程条目和5个信号通路共47个非冗余基因(如BAMBI、TNNI3、HOXA9等)。本研究表明,藏羊立毛肌开始发育的关键时期约为E75~E85天,该时期内SPP1、BAMBI、TNNI3、HOXA9、SOX15可能为影响藏羊立毛肌发生的关键候选基因。

关键词：藏羊立毛肌转录组皮肤

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PGF2α信号对水牛卵母细胞和早期胚胎发育的影响

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华中农业大学学报 2020年第5期39卷 123-129页

作者：冉早红何长久张姝刘清华石六杰王振李翔华中农业大学动物科学技术学院/动物遗传育种与繁殖国际联合研究中心/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

为探究前列腺素F2α(PGF2α)信号对水牛繁殖能力的影响,利用免疫荧光染色和实时荧光定量PCR检测PGF2α受体(PTGFR)在水牛卵母细胞和胚胎早期发育过程中的表达规律;并在卵母细胞体外成熟液、胚胎培养发育液中分别添加不同浓度的PTGFR抑制... 详细信息

为探究前列腺素F2α(PGF2α)信号对水牛繁殖能力的影响,利用免疫荧光染色和实时荧光定量PCR检测PGF2α受体(PTGFR)在水牛卵母细胞和胚胎早期发育过程中的表达规律;并在卵母细胞体外成熟液、胚胎培养发育液中分别添加不同浓度的PTGFR抑制剂AL-8810,检测其对水牛卵母细胞成熟效率以及胚胎发育效率的影响。结果显示,PTGFR蛋白在水牛卵母细胞及胚胎中广泛分布,在4-16细胞期胚胎阶段,PTGFR基因表达水平显著高于未受精的卵母细胞和桑椹胚;AL-8810对水牛卵母细胞核成熟效率无显著影响,但高浓度处理组(1600 nmol/L)显著降低卵母细胞早期凋亡率,100和800 nmol/L的AL-8810可显著提高体外16细胞期胚胎的发育效率,800 nmol/L组桑椹胚形成率最高。以上研究结果表明,抑制PGF2α信号可有效提高水牛卵母细胞体外成熟质量与早期胚胎发育潜力。

关键词： PGF2α PGF2α受体(PTGFR) 水牛卵母细胞胚胎发育繁殖力

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诱导多潜能干细胞(iPSCs)的临床应用进展

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科学通报 2014年第9期59卷 763-768页

作者：彭静黄聪蒋思文华中农业大学动物科学技术学院动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

诱导多潜能干细胞(induced pluripotent stem cells,iPSCs)自2006年被Yamanaka研究小组发现后,由于其与胚胎干细胞相似的分化潜能,且不涉及伦理问题,在临床研究等方面具有广阔的研究前景并迅速成为当前研究的热点.利用该技术能获得疾病... 详细信息

诱导多潜能干细胞(induced pluripotent stem cells,iPSCs)自2006年被Yamanaka研究小组发现后,由于其与胚胎干细胞相似的分化潜能,且不涉及伦理问题,在临床研究等方面具有广阔的研究前景并迅速成为当前研究的热点.利用该技术能获得疾病特异的诱导多潜能干细胞,避免了移植中的免疫排斥问题,同时也可将其诱导分化为各种细胞类型并用于疾病模型的研究.本综述主要探讨iPS细胞的疾病模型和细胞治疗的研究进展,并就其存在的问题及应用前景进行浅析.

关键词：诱导多潜能干细胞疾病模型细胞治疗疾病特异性iPS细胞

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基于全长转录组测序的牛脂肪组织可变剪接事件分析

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华中农业大学学报 2022年第6期41卷 176-183页

作者：夏晗李凡彭玲伟杜玉琴郭爱珍杨利国周扬华中农业大学动物科学技术学院、动物医学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

为探究可变剪接影响下更为复杂的脂肪沉积调控网络,明晰可变剪接事件的发生对脂肪沉积调控机制的影响,本研究基于PacBio测序平台的第三代测序技术,对夷陵黄牛腹腔脂肪、皮下脂肪、肌间脂肪进行全长转录组测序分析。共发现15445个基因检... 详细信息

为探究可变剪接影响下更为复杂的脂肪沉积调控网络,明晰可变剪接事件的发生对脂肪沉积调控机制的影响,本研究基于PacBio测序平台的第三代测序技术,对夷陵黄牛腹腔脂肪、皮下脂肪、肌间脂肪进行全长转录组测序分析。共发现15445个基因检测到50520个可变剪接,占牛全部基因的33.4%。对这些基因进行富集分析发现,83个GO条目显著富集,这些显著富集的通路可能参与脂肪沉积网络的调控,其中16个与脂质合成及代谢相关,27条KEGG通路显著富集,其中15条与脂质合成及代谢相关。使用KOG、KEGG、NR、Swiss Prot、GO数据库对测序序列进行注释,80756条序列共注释到69259个基因,94458条CDS序列及对应的pep序列。其中GO分析中15039条序列富集到507个生物学过程条目,7907条序列富集到214个细胞组分条目,30672条序列富集到559个分子功能条目。KEGG数据分析富集到34条通路共49710条序列,其中7002条序列参与信号转导途径。以上结果表明,牛脂肪组织存在大量可变剪接事件,并且这些发生可变剪接事件的基因对脂肪沉积的调控发挥重要作用,这可从基因可变剪接角度为解析脂肪沉积的调控网络提供必要的资源和理论依据。

关键词：脂肪沉积功能注释可变剪接全长转录组夷陵黄牛

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Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用

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遗传 2012年第10期34卷 1339-1347页

作者：张杰尚宗民曹建华樊斌赵书红华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室&农业部猪遗传育种重点开放实验室武汉430070 湖北省襄阳职业技术学院生物工程学院生物工程系襄阳441050

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因... 详细信息

2009年11月,美、英等国科学家宣布首次绘制出家猪的基因组草图。近两年,随着全基因组序列陆续释放,越来越多的测序片段得到正确拼接组装,从全基因组水平上对猪功能基因进行注释分析显得尤为迫切。文章以丝切蛋白1(Cofilin 1,CFL1)基因的注释过程为例,介绍了运用Sanger研究所开发的Otterlace软件对猪全基因组的免疫基因序列进行人工分析与注释。通过详细说明Zmap、Blixem和Dotter 3个注释工具的使用方法,并给出了注释过程的主要步骤,以期对Otterlace的应用起一个抛砖引玉的作用。运用Otterlace软件对243个免疫相关基因进行分析,其中180个基因得到完整或部分注释,这为后续深入开展这些基因的功能研究奠定了基础。

关键词：猪全基因组人工注释 Otterlace

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线粒体未折叠蛋白反应的研究进展

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中国畜牧兽医 2015年第7期42卷 1787-1792页

作者：李帅峰胡林汪加兴张淑君华中农业大学动物科学技术学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

线粒体是细胞内重要的细胞器之一,调控多种细胞内信号通路,然而环境应激会导致线粒体堆积并产生大量错误折叠或未折叠蛋白,造成线粒体功能紊乱。目前研究发现多种由线粒体到细胞核的信号传导通路能够缓解线粒体应激反应,维持线粒体的正... 详细信息

线粒体是细胞内重要的细胞器之一,调控多种细胞内信号通路,然而环境应激会导致线粒体堆积并产生大量错误折叠或未折叠蛋白,造成线粒体功能紊乱。目前研究发现多种由线粒体到细胞核的信号传导通路能够缓解线粒体应激反应,维持线粒体的正常功能状态。本综述就酿酒酵母中的逆行反应,哺乳动物细胞和线虫中的线粒体未折叠蛋白的分子机制及线粒体未折叠蛋白反应与线粒体自噬、天然免疫的相互关系进行重点介绍。

关键词：线粒体逆行反应未折叠蛋白反应线粒体自噬

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