检索结果-内蒙古大学图书馆

水生生物学报 2022年第3期46卷 273-281页

作者：高俊杰梁旭方蔡文静庄武元华中农业大学水产学院华中农业大学鳜鱼研究中心武汉430070 农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

为探究鱼类脂滴包被蛋白plin2(Perilipin 2)基因的结构和功能,研究成功地克隆并鉴定出鳜(Siniperca chuatsi)plin2的2个亚型,分别命名为plin2a和plin2b。氨基酸多重比对发现其编码序列与刺鱼(Gasterosteus aculeatus)具有高度的同源性... 详细信息

为探究鱼类脂滴包被蛋白plin2(Perilipin 2)基因的结构和功能,研究成功地克隆并鉴定出鳜(Siniperca chuatsi)plin2的2个亚型,分别命名为plin2a和plin2b。氨基酸多重比对发现其编码序列与刺鱼(Gasterosteus aculeatus)具有高度的同源性。结构域分析发现鳜plin2a和plin2b具有与哺乳动物相似的N末端PAT结构域和11-mer重复结构域。基因共线性分析发现plin2两个亚型在鳜和刺鱼中高度保守。系统发育分析表明鳜plin2和刺鱼、攀鲈(Anabas testudineus)和半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)近源。RT-qPCR检测了plin2a与plin2b基因在鳜不同组织中的表达分布情况,结果表明鳜plin2a在肝脏中表达最高,其次是脂肪和脾脏组织;相反,plin2b基因在鳜的肝脏中几乎不表达,主要在肾脏、胃、脂肪和脑组织表达。此外,还探究了鳜肝脏和肝细胞在脂肪蓄积状态下plin2a基因的转录水平变化。实验结果表明在过量添加碳水化合物饲喂(8周)后,鳜肝脏中plin2a基因mRNA水平明显升高,鳜肝脏细胞在0.1 mmol/L棕榈酸钠刺激后显著增加了plin2a的mRNA水平。研究表明,鳜plin2两个亚型可能出现功能分化,并且plin2a作为肝脏脂代谢中的重要调节因子,可能在鳜肝脏脂肪蓄积中发挥更重要的功能。

关键词： plin2 脂类代谢生物信息学组织表达肝脏鳜

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猪肌内脂肪前体细胞成脂分化中miRNA差异分析

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中国畜牧杂志 2024年第8期60卷 122-128页

作者：张新雨杨涛吴俊静乔木徐忠张宇冯越李梓芃彭先文梅书棋李凤娥周佳伟动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北武汉430064 华中农业大学农业农村部猪遗传育种重点实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070

miRNA在成脂分化的过程中发挥着重要的调控作用,本研究旨在探究miRNA在猪肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)前体细胞成脂分化过程中的表达模式,并对其潜在的调控功能进行分析。通过SmallRNA-seq、实时荧光定量PCR、miRanda、RNAhybird等... 详细信息

miRNA在成脂分化的过程中发挥着重要的调控作用,本研究旨在探究miRNA在猪肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)前体细胞成脂分化过程中的表达模式,并对其潜在的调控功能进行分析。通过SmallRNA-seq、实时荧光定量PCR、miRanda、RNAhybird等技术和软件,对猪IMF前体细胞成脂诱导分化过程中miRNA的表达模式及靶基因进行了生物信息学分析。结果显示:猪IMF前体细胞诱导4 d后出现脂滴,在诱导0 d和4 d的猪IMF前体细胞中共鉴定到617个miRNAs,其中22个miRNAs诱导4 d表达显著上调,27个miRNAs表达下调;差异miRNAs共预测到13 869个靶基因,GO分析和KEGG分析发现靶基因主要富集到细胞分泌、细胞分解代谢、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。此外,对miR-30家族的ssc-miR-30a-5p和ssc-miR-30c-3p进行定量验证,验证结果与测序结果一致。本研究揭示了miRNAs在猪IMF前体细胞成脂分化过程中的表达模式及潜在调控网络,为研究猪IMF沉积的调控机制奠定了前期基础。

关键词：猪肌内脂肪成脂分化 miRNA

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傅里叶变换中红外光谱的牛奶品质无损检测分级

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光谱学与光谱分析 2022年第4期42卷 1243-1249页

作者：肖仕杰王巧华李春芳杜超周增坡梁生超张淑君华中农业大学工学院湖北武汉430070 农业部长江中下游农业装备重点实验室湖北武汉430070 华中农业大学动物遗传育种与繁殖教育部实验室湖北武汉430070 河北省畜牧业协会河北石家庄050000

市场上普遍存在“高蛋白”,“高乳脂”等特色牛奶。为了实现对特优优质奶、高蛋白特色奶、高乳脂特色奶和普通奶的无损快速分级,收集了河北省10个牧场不同月份(1月、3月—10月)的5121份牛奶样本并采集中红外光谱数据,分别测定牛奶中的... 详细信息

市场上普遍存在“高蛋白”,“高乳脂”等特色牛奶。为了实现对特优优质奶、高蛋白特色奶、高乳脂特色奶和普通奶的无损快速分级,收集了河北省10个牧场不同月份(1月、3月—10月)的5121份牛奶样本并采集中红外光谱数据,分别测定牛奶中的乳蛋白、乳脂和体细胞数,构建了牛奶品质分级模型。首先,分析牛奶光谱并去除冗余波段,最终选择925~1597和1712~3024 cm^(-1)的敏感波段组合作为全光谱用于建立模型。为了提高模型的性能,采用标准正态变量变换(SNV),多元散射校正(MSC),一阶导数,二阶导数,一阶差分和二阶差分6种算法对光谱进行预处理并建立朴素贝叶斯模型(NB)和随机森林模型(RF),确定二阶差分为最佳预处理方法,其测试集准确率分别为92.11%和96.87%。为了简化模型,利用无信息变量消除法(UVE)、竞争性自适应重加权算法(CARS)与稳定性竞争性自适应重加权采样算法(SCARS)以及UVE-CARS算法和UVE-SCARS算法对二阶差分后的光谱数据提取特征变量。然后,分别基于全光谱和所选特征变量数据,建立NB模型和RF模型。结果表明,SCARS算法为NB模型的最佳特征提取算法,模型的训练集准确率与测试集准确率分别为94.45%,93.94%;UVE-SCARS算法为RF模型的最佳特征提取算法,模型的训练集准确率与测试集准确率分别为99.86%,96.48%。综上,基于傅里叶变换中红外光谱技术建立的二阶差分-UVE-SCARS-RF模型,可以实现特优优质奶、高蛋白特色奶、高乳脂特色奶和普通奶的无损快速分级,通过建立中红外光谱模型,首次将乳蛋白、乳脂含量和体细胞数直接结合进行分级鉴定,这是以往未曾有过的。模型应用方便,只需将获得的牛奶红外光谱数据输入模型即可输出预测类别,在牛奶产业中具有实际应用价值。

关键词：中红外光谱牛奶品质分级无损检测特征变量

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饲料蛋白水平对鳜生长、消化和代谢的影响

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华中农业大学学报 2023年第4期42卷 215-224页

作者：郭薇尹恒莫爱杰翟昱翔矣林园杨慧君袁勇超华中农业大学水产学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业农村部淡水生物繁育重点实验室武汉430070 湖北省农业事业发展中心武汉430070

为确定不同规格的鳜(Siniperca chuatsi)对饲料蛋白水平的需求,以G1、G2、G3规格的初始体质量分别为(11.58±1.34)、(94.77±2.59)和(245.26±3.59)g的鳜为研究对象,研究不同蛋白水平饲料对其生长性能、饲料利用率、形态指... 详细信息

为确定不同规格的鳜(Siniperca chuatsi)对饲料蛋白水平的需求,以G1、G2、G3规格的初始体质量分别为(11.58±1.34)、(94.77±2.59)和(245.26±3.59)g的鳜为研究对象,研究不同蛋白水平饲料对其生长性能、饲料利用率、形态指标、消化酶活性、抗氧化能力和氨氮排泄的影响。结果显示,G1和G2组鳜特定生长率、终末体质量和增重率均在蛋白水平为500 g/kg时最高,但G3组鳜在饲料蛋白水平为450 g/kg时达到最大值;饲料系数则呈现出相反的变化趋势。特定生长率折线回归模型结果显示,3种规格鳜的最适蛋白需求分别为497.1、451.9和446 g/kg。G1和G2组鳜摄食低蛋白水平(350 g/kg和400 g/kg)饲料时存活率均显著低于其他各组,但饲料蛋白水平对G3组鳜的存活率无显著影响。G1和G2组鳜肥满度、肝体比和脏体比与饲料蛋白含量呈负相关(P<0.05)。随饲料中蛋白含量升高,G1和G3组鳜对饲料干物质的表观消化率均先上升后趋于稳定,而G2组鳜呈先升后降的趋势。在一定的蛋白水平范围内,3种规格的鳜粗蛋白表观消化率与饲料中蛋白含量呈正相关(P<0.05),在蛋白水平为500 g/kg时达到峰值,随后保持不变;前肠胰蛋白酶活性有着相似的变化趋势。3种规格的鳜肝脏中的谷丙转氨酶、谷草转氨酶活力随饲料蛋白含量的增加而明显增高(P<0.05)。其氨氮排泄率均在摄食后6 h达到高峰,并随着饲料蛋白水平的提高均显著增加;饲料蛋白水平为550 g/kg和600 g/kg时,G3组鳜的氨氮排泄率显著高于G1组。以上结果表明,饲料蛋白含量对3种规格鳜的生长性能及消化、代谢指标均有明显的影响,确定最适蛋白需求量才能达到最理想的鳜健康养殖效果。

关键词：鳜饲料蛋白水平生长性能表观消化率氨氮排泄精准养殖

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基于全长转录组测序的牛脂肪组织可变剪接事件分析

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华中农业大学学报 2022年第6期41卷 176-183页

作者：夏晗李凡彭玲伟杜玉琴郭爱珍杨利国周扬华中农业大学动物科学技术学院、动物医学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

为探究可变剪接影响下更为复杂的脂肪沉积调控网络,明晰可变剪接事件的发生对脂肪沉积调控机制的影响,本研究基于PacBio测序平台的第三代测序技术,对夷陵黄牛腹腔脂肪、皮下脂肪、肌间脂肪进行全长转录组测序分析。共发现15445个基因检... 详细信息

为探究可变剪接影响下更为复杂的脂肪沉积调控网络,明晰可变剪接事件的发生对脂肪沉积调控机制的影响,本研究基于PacBio测序平台的第三代测序技术,对夷陵黄牛腹腔脂肪、皮下脂肪、肌间脂肪进行全长转录组测序分析。共发现15445个基因检测到50520个可变剪接,占牛全部基因的33.4%。对这些基因进行富集分析发现,83个GO条目显著富集,这些显著富集的通路可能参与脂肪沉积网络的调控,其中16个与脂质合成及代谢相关,27条KEGG通路显著富集,其中15条与脂质合成及代谢相关。使用KOG、KEGG、NR、Swiss Prot、GO数据库对测序序列进行注释,80756条序列共注释到69259个基因,94458条CDS序列及对应的pep序列。其中GO分析中15039条序列富集到507个生物学过程条目,7907条序列富集到214个细胞组分条目,30672条序列富集到559个分子功能条目。KEGG数据分析富集到34条通路共49710条序列,其中7002条序列参与信号转导途径。以上结果表明,牛脂肪组织存在大量可变剪接事件,并且这些发生可变剪接事件的基因对脂肪沉积的调控发挥重要作用,这可从基因可变剪接角度为解析脂肪沉积的调控网络提供必要的资源和理论依据。

关键词：脂肪沉积功能注释可变剪接全长转录组夷陵黄牛

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Dkk2基因对雌性小鼠卵泡发育过程的功能探究

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中国畜牧杂志 2024年第11期60卷 144-153页

作者：谈峰陈高贵陈亚茹陈大可彭先文苗义良梅书棋周佳伟李凤娥华中农业大学农业农村部猪遗传育种重点实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070 动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室湖北省农业科学院畜牧兽医研究所湖北武汉430064 湖北洪山实验室湖北武汉430070

卵巢颗粒细胞的生长对哺乳动物卵泡发育至关重要,本研究旨在探究Dkk2对雌性小鼠卵泡发育的影响,并对其潜在的调控机制进行分析。运用Crispr-cas9的方法构建Dkk2基因敲除C57BL/6小鼠,通过免疫荧光、免疫组化和蛋白免疫印迹等实验探究了D... 详细信息

卵巢颗粒细胞的生长对哺乳动物卵泡发育至关重要,本研究旨在探究Dkk2对雌性小鼠卵泡发育的影响,并对其潜在的调控机制进行分析。运用Crispr-cas9的方法构建Dkk2基因敲除C57BL/6小鼠,通过免疫荧光、免疫组化和蛋白免疫印迹等实验探究了Dkk2基因敲除对小鼠卵泡发育的影响及其作用机制。结果显示:相比野生型小鼠,Dkk2基因敲除小鼠的产仔数和原始卵泡显著减少,卵泡闭锁显著升高;抑制Dkk2的表达会显著促进小鼠卵巢颗粒细胞凋亡,抑制细胞增殖;对8周龄Dkk2基因敲除小鼠的卵巢组织进行转录组测序发现,Dkk2可能通过Wnt信号通路调控卵巢颗粒细胞的增殖和凋亡。本研究揭示了Dkk2在小鼠卵泡发育过程中的作用,可为哺乳动物繁殖性状的遗传改良提供新的靶基因。

关键词： Dkk2 Wnt 卵巢颗粒细胞凋亡卵泡发育产仔数小鼠

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基于大规模RNA-seq数据绘制猪RNA编辑图谱的研究

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生物技术通报 2024年第10期40卷 288-295页

作者：龙佳佳刘玮玮范新浩黎旺长杨小淦唐中林广西大学动物科学技术学院广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室南宁530004 佛山鲲鹏现代农业研究院佛山528226 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)中国农业科学院深圳农业基因组研究所畜禽多组学重点实验室深圳518124 华中农业大学农用动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业农村部猪遗传育种重点实验室武汉430070

【目的】A-to-I RNA编辑是一种由ADAR酶家族介导的共转录/转录后修饰,系统绘制猪的RNA编辑图谱,为猪的分子育种提供候选靶标。【方法】收集16种猪组织的3461个RNA-seq数据,采用生物信息学方法检测猪RNA编辑位点。【结果】共检测到130989... 详细信息

【目的】A-to-I RNA编辑是一种由ADAR酶家族介导的共转录/转录后修饰,系统绘制猪的RNA编辑图谱,为猪的分子育种提供候选靶标。【方法】收集16种猪组织的3461个RNA-seq数据,采用生物信息学方法检测猪RNA编辑位点。【结果】共检测到130989个RNA编辑位点,其中,A-to-I RNA编辑位点有124208个。A-to-I RNA编辑位点特征分析表明,98.2%的位点位于重复区域,且主要位于猪特异性的SINE反转录转座子区域的PRE-1/Pre0_SS元件内。只有12.3%的A-to-I RNA编辑位点具有编码意功能。最后,本研究分析了7种组织(脂肪、大脑、大肠、小肠、骨骼肌、肝和肺)的特异性A-to-I RNA编辑位点,脂肪组织特异性位点宿主基因的功能富集分析表明,这些基因在与细胞脂质代谢过程、脂质代谢过程、硫酯代谢过程等相关的信号通路中富集。在这些通路中,与脂肪沉积相关的基因有PDK1、ACSL1和PDE3B等。【结论】绘制了猪的RNA编辑位点图谱,为猪的分子育种提供了候选靶点。

关键词： A-to-I RNA编辑脂肪沉积猪组织组织特异性RNA编辑位点

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基于知识图谱的羊群疾病问答系统的构建与实现

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华中农业大学学报 2023年第3期42卷 63-70页

作者：杨喆许甜靳哲孔玫李国亮杜小勇华中农业大学信息学院/农业农村部智慧养殖技术重点实验室/农业智能技术教育部工程研究中心/湖北省农业大数据工程技术研究中心武汉430070 华中农业大学动物科学技术学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

为解决羊群疾病检索过程中出现的大量冗余数据及检索后仍需人工挑选准确答案造成的资源浪费,本研究通过以下3个步骤构建基于知识图谱的羊群疾病问答系统:(1)通过爬虫获取数据,人工提取部分信息,再进行自动化信息抽取,在命名实体识别任... 详细信息

为解决羊群疾病检索过程中出现的大量冗余数据及检索后仍需人工挑选准确答案造成的资源浪费,本研究通过以下3个步骤构建基于知识图谱的羊群疾病问答系统:(1)通过爬虫获取数据,人工提取部分信息,再进行自动化信息抽取,在命名实体识别任务中使用双向长短期记忆循环神经网络Bi-LSTM模型,并添加注意力机制提高识别效率,然后使用BIO规则进行实体标注,完成信息抽取,将数据融合后存储在Neo4j图数据库中,构建羊群疾病知识图谱。(2)针对属性映射,构建Bert-softmax模型;根据用户提问,采用Bert模型计算问句和属性的语义相似度,并通过softmax算法进行归一化处理,返回合适答案给用户,实现羊群疾病问答系统算法设计。(3)构建羊群疾病诊断平台,使用Bootstrap、Echarts、Vue组件实现羊群疾病问答系统的可视化,利用Python语言包含的flask框架搭建后台,封装疾病信息,通过web前端呈现给用户,并于后端建立连接,实现数据之间的交互。试验结果显示,基于Bi-LSTM+Attention+CRF模型实体识别的F1值为83.16%,构建的知识图谱包含实体4 576个,实体关系超13 000条;问答系统添加了预训练模型Bert,对问题识别的F1值为85.24%。结果表明,该系统实现了对羊群疾病的防治措施等多类问题进行快速检索和精准回答,可以辅助养殖人员在面临羊群疾病时进行生产决策。

关键词：疾病诊断知识图谱问答系统 Neo4j Bert 智慧养殖

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一种面向功能基因挖掘的动物多组学数据集

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农业大数据学报 2025年第1期7卷 96-106页

作者：刘洪窦婧文王越廖勇刘小磊李新云赵书红付玉华农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室华中农业大学动物科学技术学院武汉430070 湖北洪山实验室武汉430070

单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-S... 详细信息

单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-Seq)和基因组注释信息,有效数据规模为2.8 TB。此外,本数据集还收录了基于深度学习算法得到的基因与表型实体识别数据。总的来说,该多组学数据集可用于农业重要性状的基因发掘和功能验证,能够为跨物种比较研究提供有价值的资源,也可更好地服务于动物经济性状关键基因识别模型构建以及算法研究。

关键词：多组学数据跨物种功能基因挖掘个体水平深度学习

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遗传改良对世界水产养殖业发展的推动作用

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水产学报 2023年第1期47卷 27-38页

作者：王施龙胡红浪熊雪梅高泽霞华中农业大学水产学院/农业农村部淡水生物繁育重点实验室/长江经济带大宗水生生物产业绿色发展教育部工程研究中心/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室全国水产技术推广总站湖北洪山实验室

随着全球水产品养殖产量快速增长，水产养殖业在近二十年间正快速替代捕捞业，成为满足人类对优质蛋白需求极具潜力的生产活动。世界水产品消费量近几十年来快速增长，水产品在人类食物系统中具有越来越重要的地位。遗传改良作为发展水... 详细信息

随着全球水产品养殖产量快速增长，水产养殖业在近二十年间正快速替代捕捞业，成为满足人类对优质蛋白需求极具潜力的生产活动。世界水产品消费量近几十年来快速增长，水产品在人类食物系统中具有越来越重要的地位。遗传改良作为发展水产养殖业的关键环节而备受关注，长期以来，以选择育种和杂交育种为主要的育种方法，以生长速度、成活率等经济性状为主要改良的目标性状，对世界水产养殖业的发展发挥了基础性、先导性和战略性作用。随着人们对优质蛋白需求的不断增加以及“大食物观”概念的广泛普及，将水产品打造为更加高效的食物生产系统是大势所趋。但纵观全球，水产养殖业存在遗传改良种类不多、覆盖面不广、改良性状滞后于产业发展需求等问题，需要加强水产育种技术创新和品种培育，培育更多的遗传改良种，推进水产养殖业高质量发展。本文基于已有研究结果，结合渔业各类统计数据，对世界水产养殖业发展概况、重要养殖种遗传改良情况、水产育种技术应用、目标性状改良以及部分主要人工改良种产量数据进行整理概述，总结发展状况，分析存在问题，以期为水产种业研究以及产业高质量发展提供参考。

关键词：水产养殖遗传改良育种技术优良品种产量

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