检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2015年第10期37卷 1061-1072页

作者：赵长志张懿李广磊陈济良李京津任瑞敏倪攀赵书红谢胜松华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 华中农业大学动物医学院动物生理生化教研室武汉430070 中国人民解放军第161医院妇产科武汉430010

CRISPR/Cas9系统介导的基因组编辑技术是新一代功能强大的基因修饰技术。然而，脱靶效应（Off-target effects）是目前CRISPR/Cas9技术面临的最大问题。因此，设计脱靶风险低的sgRNA（single guide RNA）就成为关键。sgRNAcas9是一款专... 详细信息

CRISPR/Cas9系统介导的基因组编辑技术是新一代功能强大的基因修饰技术。然而，脱靶效应（Off-target effects）是目前CRISPR/Cas9技术面临的最大问题。因此，设计脱靶风险低的sgRNA（single guide RNA）就成为关键。sgRNAcas9是一款专门用于sgRNA设计和评估脱靶效应的软件包。针对其核心运行程序，我们利用Java程序语言开发了其图形用户界面。此外，依据脱靶位点碱基数和 sgRNA 种子序列（seed sequences）的特异性，通过设置不同的风险等级对sgRNA的脱靶效应进行评估。随后，利用此软件设计了34124条靶向人、小鼠、大鼠、猪和鸡中共4691个microRNA（miRNA）前体的sgRNAs。此外，随机挑选了一个靶向人miR-206前体的sgRNA进行脱靶效应评估和验证。结果发现，sgRNAcas9软件人机交互界面友好，大多数miRNA前体可通过该软件寻找到 sgRNA，且他们的 GC%含量范围集中于40%~-60%。利用 sgRNAcas9软件设计的靶向 miR-206的 sgRNA，其基因组编辑活性和脱靶位点可被实验验证。本研究表明 sgRNAcas9图形用户界面软件能针对任意物种设计特异性的sgRNA，其可在BiooTools（http：//***/）网站下载。

关键词： CRISPR/Cas9 sgRNAcas9软件基因组编辑计算机辅助设计

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大白猪和通城猪全基因组选择性清扫分析

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遗传 2012年第10期34卷 1271-1281页

作者：李秀领杨松柏唐中林李奎刘榜樊斌华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193

长期的人工选择使猪的生产性能得到显著提高,与选择相关的基因组区域也随之发生特定遗传变异表征(选择信号)。不同类型品种所受到选择强度不一,选择信号亦不相同,选择性清扫分析已逐渐成为选择信号的主要检测手段。文章基于商用型大白猪... 详细信息

长期的人工选择使猪的生产性能得到显著提高,与选择相关的基因组区域也随之发生特定遗传变异表征(选择信号)。不同类型品种所受到选择强度不一,选择信号亦不相同,选择性清扫分析已逐渐成为选择信号的主要检测手段。文章基于商用型大白猪(n=45)和地方猪品种通城猪(n=45)的猪60K SNP芯片分型数据,借助遗传分化系数Fst法进行选择信号检测分析。利用gPLINK软件设定质控标准,共计34 304个SNPs被筛选出用于统计分析。使用Genepop软件包计算两个猪品种之间的遗传分化参数Fst,所得Fst平均值为0.3209。选取Fst>0.7036(即占总Fst值数目的 1%),共计344个SNPs被选择出来。SNP位置注释显示这些位点涉及到79个候选基因(Sus scrofa Build 9)。利用在线软件Ingenuity Pathway Analysis对候选基因的生物学通路进行网络分析,发现它们多与生长繁殖及免疫应答有关,如NCOA6、ERBB4、RUNX2和APOB等基因。研究结果为进行猪产肉、抗病等性状候选基因和致因突变深入挖掘提供了有益参考。

关键词：选择性清扫选择信号遗传分化系数Fst 网络分析猪

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二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

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水产科学 2007年第12期26卷 652-655页

作者：杨承泰王卫民曹玲姬伟华中农业大学水产学院动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140 bp,A、T、G、C含量分别为313(28%)、358(31%)、170(15%)、300(26%),A+T>C+G,与其他水生动物相同基因片段碱基序... 详细信息

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140 bp,A、T、G、C含量分别为313(28%)、358(31%)、170(15%)、300(26%),A+T>C+G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33.4%,G的使用率较低,为17.1%;密码子第3位A的使用率高,为34.2%,而G的使用率较低,仅为7.9%;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11.%,远高于其他氨基酸。

关键词：泥鳅二倍体细胞色素b基因序列

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猪肺泡巨噬细胞极化的异质性与可逆性

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农业生物技术学报 2021年第4期29卷 619-630页

作者：吴雅兰王圳玥王道远张伟李新云赵书红朱猛进华中农业大学动物科学技术学院华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室生猪健康养殖省部共建协同创新中心

猪肺泡巨噬细胞(porcine alveolar macrophages, PAMs)是机体先天免疫第一防线的重要成员,其强可塑性为猪(Sus scrofa)的免疫调控机制解析提供了重要细胞模型。为建立猪肺泡巨噬细胞不同极化亚型及比较两种不同形式的PAMs与3D4/21细胞... 详细信息

猪肺泡巨噬细胞(porcine alveolar macrophages, PAMs)是机体先天免疫第一防线的重要成员,其强可塑性为猪(Sus scrofa)的免疫调控机制解析提供了重要细胞模型。为建立猪肺泡巨噬细胞不同极化亚型及比较两种不同形式的PAMs与3D4/21细胞系极化的异质性与可逆性,本研究以30日龄健康大白仔猪分离的原代PAMs和商业化3D4/21细胞系为实验材料,利用脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)加γ干扰素(interferon gamma, IFN-γ)组合和白介素4 (interleukin 4, IL-4)进行极化诱导,分别构建M1和M2细胞模型。PCR和qRT-PCR相对定量结果显示,M1型标志基因IL-1β、趋化因子配体10 (CXC chemokine ligand10, CXCL10)、肿瘤坏死因子(tumour necrosis factor, TNF)、IL-6、IL-12B在PAMs和3D4/21细胞系M1型中的表达水平均显著高于在对照组(M0)和M2型中的表达水平(P<0.05)。M2型标志基因精氨酸酶1(arginase-1, Arg1)、过氧化物酶体增殖剂激活受体γ(peroxisome proliferators-activated receptorγ, PPARγ)、IL-10和几丁质酶3样蛋白3 (chitinase 3-like 3, Chi3L3或Ym-1)在3D4/21细胞系M2型中的表达水平显著高于在M0和M1型中的表达水平(P<0.05);而在PAMs中,Arg1、PPARγ和Ym-1在M0和M2型中的表达水平显著高于在M1型中的表达水平(P<0.05)。Western blot结果显示,两类细胞Arg1蛋白表达变化与qRT-PCR相对定量结果相符。同时,对PAMs和3D4/21细胞系极化的可逆性实验结果表明,PAMs极化的可逆性强于3D4/21细胞系,且PAMs由M2型向M1型转换的能力强于由M1型向M2型转换的能力。本研究为进一步探索猪肺泡巨噬细胞极化机制及猪的抗病育种提供了基础资料。

关键词：猪肺泡巨噬细胞 M1型 M2型极化异质性可逆性

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猪精液冻融技术及其影响因素研究进展

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华中农业大学学报 2024年第5期43卷 157-166页

作者：范振港刘鑫苗义良张霞华中农业大学动物科学技术学院、动物医学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 动物育种与健康养殖教育部前沿科学中心武汉430070

养猪业是我国畜牧产业的重要组成部分。国内生猪养殖主要采用自繁自养模式,配种所使用的精液多采用鲜精或常温稀释保存精液,而精液冻融技术可实现猪精液的长期保存,但与牛、小鼠等物种相比较,猪精液冻融技术还有待于进一步优化改善。为... 详细信息

养猪业是我国畜牧产业的重要组成部分。国内生猪养殖主要采用自繁自养模式,配种所使用的精液多采用鲜精或常温稀释保存精液,而精液冻融技术可实现猪精液的长期保存,但与牛、小鼠等物种相比较,猪精液冻融技术还有待于进一步优化改善。为进一步改进猪精液冷冻技术并实现在生产上大规模应用,本文主要综述了猪精液冻融技术发展概况、主要技术流程,影响猪精液冻融后精子活力的关键因素,包括精液的采集、冷冻前降温平衡、冷冻保护剂添加和冷冻方法等,以及精子冻融过程中的理化性质变化,包括物理结构损伤、功能性损伤、精子抗冻机制等,最后总结、展望了能够提高猪精液冻融效果的新方法。

关键词：猪精液冻融冷冻保护剂冻精解冻剂精液理化性质

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增强子功能鉴定及其在农业动物中的研究进展

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中国细胞生物学学报 2019年第7期41卷 1395-1400页

作者：谢骏辉孙艳王昇田小欢曹建华华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 华中农业大学动物科学技术学院武汉430070

真核生物的基因转录受多种元件共同调控,其中增强子是重要的顺式作用元件,能够极大促进基因的转录。增强子的功能与细胞、组织、个体的特异性功能或表型密切相关,其异常功能往往导致性状改变和疾病发生。因此,研究增强子的功能对于揭示... 详细信息

真核生物的基因转录受多种元件共同调控,其中增强子是重要的顺式作用元件,能够极大促进基因的转录。增强子的功能与细胞、组织、个体的特异性功能或表型密切相关,其异常功能往往导致性状改变和疾病发生。因此,研究增强子的功能对于揭示表型背后的分子机理具有十分重要的生物学意义,对于农业动物科学显得尤为重要。本文就增强子的特性、鉴定方法、活性检测以及在农业动物研究中的进展进行综述,以期能够对增强子的相关研究提供依据和参考。

关键词：增强子功能鉴定农业动物

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Poly I:C刺激对杜洛克×二花脸F2猪血液参数的影响

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华中农业大学学报 2016年第4期35卷 76-81页

作者：王海燕贺佳玮向安静章程朱猛进赵书红刘向东华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业部猪遗传育种重点开放实验室/生猪健康养殖协同创新中心武汉430070 华中农业大学信息学院武汉430070

为研究聚肌胞苷酸(polyinosinic:polycytidylic acid,简称Poly I:C)刺激对杜洛克×二花脸F2猪群血液参数的影响,选用杜洛克×二花脸F2猪393头,在33d时前腔静脉采血(对照组),在35d时用Poly(I:C)刺激,4h后采血(处理组),对刺激前... 详细信息

为研究聚肌胞苷酸(polyinosinic:polycytidylic acid,简称Poly I:C)刺激对杜洛克×二花脸F2猪群血液参数的影响,选用杜洛克×二花脸F2猪393头,在33d时前腔静脉采血(对照组),在35d时用Poly(I:C)刺激,4h后采血(处理组),对刺激前后血液参数进行相关性和主成分等分析。研究结果表明,处理组与对照组相比,白细胞中的嗜中性粒细胞百分比(NE%)、淋巴细胞数(LY)和淋巴细胞百分比(LY%)这3项血液参数差异显著相关,红细胞中的红细胞压积(HCT%)和红细胞数(RBC)差异相关性显著,而血小板第一主成分中决定性指标血小板数(PLT)和血小板压积(PCT)在刺激前后不存在显著差异。

关键词：猪 F2群体 Poly I:C 血液参数相关性分析主成分分析

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BCL10、Nramp1基因多态性与大白仔猪断奶前腹泻关联分析

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华中农业大学学报 2017年第4期36卷 83-89页

作者：罗兴尹立林刘飞张维旭李新云赵书红王海燕华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业部猪遗传育种重点开放实验室/生猪健康养殖协同创新中心武汉430070 华中农业大学信息学院武汉430070

为研究大白猪BCL10基因和Nramp1基因的单核苷酸多态性,并寻找与大白仔猪断奶前腹泻相关的分子标记,构建490头大白仔猪群体,对仔猪断奶前腹泻情况进行统计,利用PCR-RFLP法检测BCL10基因3′端1149T/C位点和Nramp1基因第六内含子NdeⅠ酶切... 详细信息

为研究大白猪BCL10基因和Nramp1基因的单核苷酸多态性,并寻找与大白仔猪断奶前腹泻相关的分子标记,构建490头大白仔猪群体,对仔猪断奶前腹泻情况进行统计,利用PCR-RFLP法检测BCL10基因3′端1149T/C位点和Nramp1基因第六内含子NdeⅠ酶切位点多态性,同时与腹泻频率、腹泻指数和部分生长性状进行关联分析。结果显示:大白仔猪断奶前腹泻率为32.0%,重度腹泻个体的21日龄平均断奶重比正常个体低13.0%,日增重低16.2%,而且大白仔猪在7~11日龄和17~21日龄存在2个断奶前腹泻小高峰。仔猪腹泻粪便病原检测结果表明,22.5%的样本检出为沙门氏菌感染,17.5%的样本检出为致病性大肠杆菌感染。关联分析结果表明:BCL10基因多态性与初生重相关联(P<0.05),TT型个体初生重大于TC型个体,差异显著(P<0.05);BCL10基因多态性与腹泻频率、腹泻指数相关联,差异极显著(P<0.01),个体腹泻频率、腹泻指数均表现为TT>TC>CC,CC与TC之间差异显著(P<0.05),CC与TT之间差异极显著(P<0.01);Nramp1基因多态性与腹泻频率、腹泻指数相关联,差异极显著(P<0.01),个体腹泻频率、腹泻指数均为AA、AB型大于BB型,且AA型与BB型差异显著(P<0.05),AB型与BB型差异极显著(P<0.01)。研究结果表明,BCL10基因和Nramp1基因不同基因型对大白仔猪断奶前腹泻有显著影响,Nramp1基因与猪沙门氏菌感染导致的腹泻有关,BCL10基因3′端1149T/C位点和Nramp1基因第六内含子NdeⅠ酶切位点可以作为大白仔猪断奶前抗腹泻育种分子标记。

关键词： BCL10基因 Nramp1基因仔猪腹泻抗病育种

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牛舍温热环境对奶牛生产和健康影响的研究进展

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家畜生态学报 2018年第2期39卷 6-11页

作者：张慢王湘阳易建明华中农业大学动科动医学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室湖北武汉430070

论文主要综述了温热环境方面对奶牛生产和健康的影响以及相关缓解措施,浅析研究领域当前研究现状、研究热点、未来趋势和存在的问题,以期为奶牛生产和健康养殖提供参考。

关键词：奶牛热应激冷应激

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团头鲂jphs家族基因的克隆及表达分析

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华中农业大学学报 2020年第1期39卷 126-135页

作者：涂佳鹏黄春筱黄岩王焕岭华中农业大学水产学院/农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 华中农业大学水产养殖实验教学中心武汉430070

以团头鲂为研究对象,扩增获得Junctophilin(Jph)家族4个成员,jph1a、jph1b、jph2和jph3的cDNA编码序列,分别为2031、2016、2358和2361 bp,分别编码676、671、785和786 aa。团头鲂jphs均由5个外显子和4个内含子组成,与大多数物种的JPHs基因结构相似;结构域预测显示出8个MORN和1个TM结构域,且蛋白多序列比对分析显示Jphs在进化上非常保守。基于qRT-PCR(quantitative real-time PCR)分析显示,这4个基因呈现出组织特异性表达,其中jph1a、jph1b和jph2主要在肌肉和心脏中表达,而jph3主要表达于心脏、血液和大脑。在早期发育过程中,jph1a、jph1b、jph2和jph3的mRNA表达模式类似,分别在原肠胚期、心跳期和25 dph(days post hatching)达到高峰。综上研究结果表明,鱼类jphs基因在心脏和肌肉等组织中发挥重要作用,并且其功能可能不同于哺乳动物。

关键词：团头鲂 Junctophilin jph基因基因表达分子克隆

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