检索结果-内蒙古大学图书馆

华中农业大学学报 2025年第1期44卷 183-190页

作者：陈俊峰王璟靳玮柴进张家庆任巧玲邢宝松河南省畜禽繁育及营养调控重点实验室/河南省农业科学院畜牧兽医研究所郑州450002 农业农村部猪遗传育种重点开放实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/华中农业大学动物科技学院武汉430070

为进一步开展淮南猪分子选育,提升其生长速度和瘦肉率等经济性状,选取淮南猪胚胎期(days post coitus, dpc)第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的淮南公猪背最长肌,开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选调控肌肉发... 详细信息

为进一步开展淮南猪分子选育,提升其生长速度和瘦肉率等经济性状,选取淮南猪胚胎期(days post coitus, dpc)第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的淮南公猪背最长肌,开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选调控肌肉发育的甲基化差异的候选基因。结果显示,基因主体的CpG甲基化程度高于基因上下游2 kb序列的CpG甲基化,基因组元件中内含子、3'UTR和重复序列等甲基化程度最高。随着发育时间的增加,基因主体的CpG甲基化水平逐渐下降,上下游2 kb则是下降-上升-下降趋势。基因组元件中内含子区、3'UTR区和重复序列的甲基化水平都逐渐下降,启动子区则为下降-上升-下降趋势。信号通路富集分析显示,在淮南猪相邻的发育阶段38~58 dpc、58~78 dpc、78 dpc~21 d三者间的差异化均达到极显著水平,黏着斑信号通路存在CpG甲基化差异基因,且达到极显著水平(P值分别为0.000 9、0.000 4、0.000 1),细胞黏附连接信号通路存在CHH甲基化差异基因,且分别达到显著或极显著水平(P值分别为0.013 2、0.012 8、0.000 5),生物信息学分析结果显示,在2个信号通路中筛选到辅肌动蛋白Α4基因(actinin-4, ACTN4)和成纤维细胞生长因子受体(fibroblast growth factor receptor, FGFR1)基因。ACTN4基因调节肌动蛋白结合过程,在4个发育阶段的甲基化水平分别为55.75%、11.18%、10.18%、59.75%,FGFR1基因和肌肉细胞分化相关,在4个发育阶段的甲基化水平分别为0.81%、0.78%、7.52%、0.44%。以上结果表明,在淮南猪肌肉组织不同发育阶段筛选到的2个甲基化差异基因ACTN4和FGFR1可作为淮南猪肌肉发育候选基因进行分子育种。

关键词：淮南猪甲基化差异基因肌肉组织肌肉发育

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团头鲂myomaker基因的鉴定及其在肌纤维发育中的功能

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华中农业大学学报 2025年第1期44卷 201-210页

作者：邹雪刘起周佳佳吴天宇刘露莎高泽霞华中农业大学水产学院/农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 长江经济带大宗水生生物产业绿色发展教育部工程研究中心/湖北省名优鱼育种与健康养殖工程技术研究中心武汉430070

为探究myomaker基因在团头鲂(Megalobrama amblycephala)肌纤维发育中的调控作用,通过石蜡切片和HE染色方法分析不同日龄团头鲂肌纤维发育特征,采用RT-PCR及qRT-PCR技术鉴定myomaker基因的cDNA序列,并探讨该基因在团头鲂不同发育阶段及... 详细信息

为探究myomaker基因在团头鲂(Megalobrama amblycephala)肌纤维发育中的调控作用,通过石蜡切片和HE染色方法分析不同日龄团头鲂肌纤维发育特征,采用RT-PCR及qRT-PCR技术鉴定myomaker基因的cDNA序列,并探讨该基因在团头鲂不同发育阶段及不同组织部位的时空表达模式。石蜡切片结果显示团头鲂肌纤维直径在20~60 d持续递增,其中在40、50和60 d均显著递增(P<0.05),且在40~50 d时其肌纤维直径递增最快。基因结构分析发现团头鲂myomaker基因全长4 693 bp,包含5个外显子和4个内含子,开放阅读框为663 bp,共编码220个氨基酸,其编码蛋白为7次跨膜蛋白。氨基酸相似度比对显示myomaker基因保守性较高;系统进化树分析显示,团头鲂myomaker基因与鲤等鲤科鱼类的myomaker基因聚为一支,具有最近的亲缘关系。荧光定量结果显示,myomaker在1月龄团头鲂肌肉组织中表达量极其显著高于其他组织(P<0.000 1),同时myomaker在团头鲂出膜后15~30 d表达量逐渐上升,在30 d表达量最高(P<0.05)。基于形态学和基因表达特征,推测myomaker基因在团头鲂30 d后肌纤维的融合中发挥重要的调控作用,从而促进肌纤维的肥大。

关键词：肌纤维直径团头鲂 myomaker基因基因表达肌纤维发育

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一种面向功能基因挖掘的动物多组学数据集

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农业大数据学报 2025年第1期7卷 96-106页

作者：刘洪窦婧文王越廖勇刘小磊李新云赵书红付玉华农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室华中农业大学动物科学技术学院武汉430070 湖北洪山实验室武汉430070

单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-S... 详细信息

单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-Seq)和基因组注释信息,有效数据规模为2.8 TB。此外,本数据集还收录了基于深度学习算法得到的基因与表型实体识别数据。总的来说,该多组学数据集可用于农业重要性状的基因发掘和功能验证,能够为跨物种比较研究提供有价值的资源,也可更好地服务于动物经济性状关键基因识别模型构建以及算法研究。

关键词：多组学数据跨物种功能基因挖掘个体水平深度学习

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SP1/IGF2BP3轴对猪骨骼肌卫星细胞增殖的调控作用

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河南农业科学 2025年第3期54卷 129-138页

作者：黄雨馨王伟李一星唐中林广西大学广西南宁530004 中国农业科学院农业基因组研究所广东深圳518000 佛山鲲鹏现代农业研究院广东佛山528226 农业农村部畜禽生物组学重点实验室广东深圳518000 华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业农村部猪遗传育种重点实验室湖北武汉430070

为了探究胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)对猪骨骼肌生长发育的影响,并解析其生物学功能和表达调控机制,为猪的遗传改良提供理论依据和候选基因,以猪骨骼肌卫星细胞为试验材料,通过RT-qPCR和蛋白质印迹检测细胞增殖标志基因P... 详细信息

为了探究胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)对猪骨骼肌生长发育的影响,并解析其生物学功能和表达调控机制,为猪的遗传改良提供理论依据和候选基因,以猪骨骼肌卫星细胞为试验材料,通过RT-qPCR和蛋白质印迹检测细胞增殖标志基因PCNA、CDK4、Cyclin A2和MKI67的表达,采用EdU和CCK-8检测细胞增殖活力和速率,通过突变IGF2BP3基因启动子区SP1结合位点的双荧光素酶试验和ChIP试验探索转录因子SP1对IGF2BP3基因的表达调控机制。结果表明,在猪骨骼肌卫星细胞中敲低IGF2BP3后,细胞增殖标志基因的表达均明显上调,EdU阳性细胞比例增加,细胞增殖速率在48、72 h均明显提高。SP1结合位点的突变使双荧光素酶活性明显降低,而过表达SP1使双荧光素酶活性明显增强。SP1可与IGF2BP3基因启动子区结合。干扰SP1后IGF2BP3表达降低,而过表达SP1后IGF2BP3表达增加。过表达SP1能部分消除敲低IGF2BP3促进猪骨骼肌卫星细胞增殖的表型。综上,转录因子SP1与IGF2BP3基因相互作用,共同调控猪骨骼肌卫星细胞增殖。

关键词：猪骨骼肌 IGF2BP3 SP1 猪骨骼肌卫星细胞增殖

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鱼类胰岛素、胰岛素受体和胰岛素受体底物的生物学特性及其对营养物质代谢的调控

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水产学报 2018年第1期42卷 149-158页

作者：罗智卓梅琴华中农业大学水产学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

为了深入解析胰岛素调控鱼类营养物质代谢的机制,本文综述了鱼类胰岛素信号系统的3个重要成员(胰岛素、胰岛素受体以及胰岛素受体底物)的结构特征和表达规律,以及胰岛素对营养物质(糖类、脂肪和蛋白质)代谢调控方面的研究进展。目前,在... 详细信息

为了深入解析胰岛素调控鱼类营养物质代谢的机制,本文综述了鱼类胰岛素信号系统的3个重要成员(胰岛素、胰岛素受体以及胰岛素受体底物)的结构特征和表达规律,以及胰岛素对营养物质(糖类、脂肪和蛋白质)代谢调控方面的研究进展。目前,在鱼类,虽然胰岛素信号传递系统的研究已取得了一定的进展,但仍有需要重点加强的研究:(1)鱼类不同亚型胰岛素、胰岛素受体和胰岛素受体底物基因的功能研究,解析鱼类胰岛素信号传递系统的调控机制;(2)加强胰岛素对鱼类营养物质代谢调控机制的研究,揭示不同食性鱼类胰岛素信号传递系统调控功能的异同;(3)深入开展鱼类胰岛素信号传导通路和调控机制的研究,全面解析胰岛素调控鱼类营养物质代谢的分子机制。

关键词：鱼类胰岛素信号传递系统生物学特征营养物质代谢调控

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黄颡鱼Wnt/β-catenin信号通路5个重要基因的识别及其在卵巢中的表达对铜暴露的响应

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水产学报 2019年第4期43卷 742-750页

作者：张丽晗罗智有文静李丹丹徐异桓潘亚雄华中农业大学水产学院动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

采用RT-PCR和RACE技术获取了黄颡鱼Wnt/β-catenin信号通路5个重要基因wnt2、wnt2bb、wnt3a、wnt8a和ctnnb1的全长cDNA序列,分别为1 743、2 133、1 379、1 508和2 636 bp,其中ORF长度分别为1 052、1 115、872、1 160和2 372 bp,分别编码351、372、291、387和791个氨基酸。氨基酸序列比对和系统发育树分析显示,上述基因十分保守,黄颡鱼与墨西哥丽脂鲤亲缘关系最近。组织表达分析显示,上述基因的mRNA在脑、脾脏、肾脏、鳃、心脏、肌肉、肠系膜脂肪、肝脏及卵巢等组织中都有表达,但表达水平不尽相同。这些基因在黄颡鱼卵巢中的表达水平对铜暴露的响应结果显示,在暴露28 d时,wnt3a mRNA水平随着铜浓度的增加而降低,而wnt8a趋势则相反,wnt2、wnt2bb和ctnnb1基因表达各个处理组间无显著性差异;在56 d时,wnt2、wnt2bb、wnt3a、wnt8a和ctnnb1基因表达各个处理组间均无显著差异。研究表明,Wnt/β-catenin信号通路基因的功能发生了分化,部分成员可能介导了铜影响黄颡鱼卵巢发育的调控。

关键词：黄颡鱼 Wnt/β-catenin 基因克隆组织铜暴露

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黄颡鱼FZD家族4个基因的克隆、组织表达及对铜的响应

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水产学报 2018年第5期42卷 625-632页

作者：张丽晗罗智有文静李丹丹吴坤潘亚雄华中农业大学水产学院动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

实验采用RT-PCR和RACE克隆fzd2、fzd3a、fzd4和fzd10基因,其c DNA全长分别为2 176、3 243、2 509和3 021 bp,其中ORF长度分别为1 652、2 084、1 649和2 161 bp,编码551、695、550和586个氨基酸。氨基酸序列比对和系统树分析显示,4种基... 详细信息

实验采用RT-PCR和RACE克隆fzd2、fzd3a、fzd4和fzd10基因,其c DNA全长分别为2 176、3 243、2 509和3 021 bp,其中ORF长度分别为1 652、2 084、1 649和2 161 bp,编码551、695、550和586个氨基酸。氨基酸序列比对和系统树分析显示,4种基因十分保守,黄颡鱼与斑点叉尾鲖亲缘关系最近。组织表达分析显示,4种基因的m RNA在脑、脾脏、肾脏、鳃、心脏、肌肉、脂肪、肝脏及卵巢等组织中都有表达,而其表达量不尽相同。FZD家族基因对铜的响应研究表明,在暴露28 d时,fzd3a m RNA水平随着铜浓度的增加而增加,但是fzd2、fzd4和fzd10基因表达各个处理组无显著性差异;在56 d,fzd2m RNA水平在30μg Cu/L组最高,其他2个组差异不显著,fzd3a、fzd4和fzd10的基因表达在3个铜暴露组中均无显著差异,表明fzd家族这些基因的功能发生了分化,部分成员介导了铜影响黄颡鱼卵巢发育的调控。

关键词：黄颡鱼 FZD 分子特征组织表达铜

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饲料硒含量对黄颡鱼肠系膜脂肪组织中脂类代谢和miRNAs表达水平的影响

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水生生物学报 2020年第4期44卷 685-692页

作者：崔恒阳张电光凌仕诚陈光辉谭肖英华中农业大学水产学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

使用3种不同硒含量的饲料饲养黄颡鱼12周,研究饲料硒含量对黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)肠系膜脂肪组织脂类代谢和miRNAs表达水平的影响,饲料硒含量分别为0.03(低硒组)、0.25(适宜硒组)和6.39 mg Se/kg饲料(高硒组)。结果表明,相比... 详细信息

使用3种不同硒含量的饲料饲养黄颡鱼12周,研究饲料硒含量对黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)肠系膜脂肪组织脂类代谢和miRNAs表达水平的影响,饲料硒含量分别为0.03(低硒组)、0.25(适宜硒组)和6.39 mg Se/kg饲料(高硒组)。结果表明,相比较于适宜硒组,高硒和低硒组中甘油三酯(TG)含量显著升高(P<0.05),葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)和6-磷酸葡萄糖脱氢酶(6PGD)的酶活性在低硒组中活性显著下降(P<0.05),在高硒组中活性显著上升(P<0.05);异柠檬酸脱氢酶(ICDH)的酶活性在低硒组中没有显著性变化(P>0.05),在高硒组中显著下降(P<0.05);苹果酸酶(ME)和脂肪酸合成酶(FAS)的酶活性在低硒和高硒组中均显著上升(P<0.05)。相比于适宜硒组,在高硒组miR-26a、miR-183、miR-135、let-7b、let-7c和let-7g的表达量显著上升(P<0.05),而在低硒组中没有显著性差异(P>0.05);miR-181a-5p和let-7e在低硒组中显著上升(P<0.05),在高硒组中没有显著性差异(P>0.05);miR-130和miR-203a在低硒和高硒组中表达量均显著上升(P<0.05);miR-200a、miR-143、let-7d和let-7f在低硒组中表达量显著下降同时在高硒组中表达量上升(P<0.05)。miR-143、miR-203a和miR-130在脂肪组织中高表达,且对硒产生强响应,通过TargetScanFish6.2和miRwalk3.0共预测3个miRNA的靶基因,并对靶基因进行KEGG富集分析,结果显示,miR-143的靶基因在矿物盐吸收、不饱和脂肪酸生物合成、胰岛素通路、自噬、脂肪酸代谢、鞘脂类代谢、调节脂肪细胞脂肪分解和甘油磷脂代谢等途径中显著富集(P<0.05,FDR≤0.05);miR-203a的靶基因在胰岛素抵抗、胰岛素通路、调节脂肪细胞脂肪分解和自噬等代谢途径、信号通路中显著富集(P<0.05,FDR≤0.05);miR-130的靶基因在胰岛素通路、胰岛素抵抗、自噬、鞘脂类代谢、调节脂肪细胞脂肪分解和mTOR通路中显著富集(P<0.05,FDR≤0.05)。综合分析发现,miR-143、miR-203a和miR-130的靶基因共同富集在脂肪酸合成、调节脂肪细胞脂肪分解、胰岛素抵抗等脂代谢相关的通路中,选取共富集通路中的靶基因进行qPCR检测,结果显示fas、碳水化合物反应元件结合蛋白α(chrebpα)、肉碱棕榈酰转移酶1α(cpt1α)、激素敏感酯酶(hsl)、固醇调节元件结合蛋白(srebp1)、过氧化物酶体增殖剂激活受体α(pparα)和脂肪组织甘油三酯酶(atgl)的表达趋势与miR-143、miR-203a和miR-130的表达趋势相符合,推测饲料硒缺乏和过量诱导黄颡鱼肠系膜脂肪组织脂质沉积是通过诱导miR-143、miR-203a和miR-130的表达量上调,进而负调控靶基因chrebpa、cpt1a、hsl、srebp1、ppara和atgl的表达实现。

关键词：黄颡鱼硒 miRNA 脂肪沉积脂类代谢

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能量负平衡对奶牛繁殖的影响及相关机理

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动物营养学报 2019年第4期31卷 1518-1524页

作者：周子超祖卓鑫滑国华杨利国华中农业大学动物科技学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

高产奶牛繁殖力低下是世界性难题。能量负平衡(NEB)影响脂肪动员,改变血液代谢指标,诱发能量代谢紊乱及相关疾病,影响卵泡发育及子宫胚胎内环境,影响机体多种激素的分泌,损害奶牛生殖免疫机能,提高该状态下子宫疾病的易感性并诱发炎症反... 详细信息

高产奶牛繁殖力低下是世界性难题。能量负平衡(NEB)影响脂肪动员,改变血液代谢指标,诱发能量代谢紊乱及相关疾病,影响卵泡发育及子宫胚胎内环境,影响机体多种激素的分泌,损害奶牛生殖免疫机能,提高该状态下子宫疾病的易感性并诱发炎症反应,延缓产后子宫恢复,制约奶牛的繁殖性能。本文主要阐述NEB对奶牛繁殖的影响及相关机理,为奶牛生产和繁殖研究工作提供参考。

关键词：能量负平衡奶牛繁殖影响机理

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猪13号染色体上拷贝数变异区内基因信息发掘及遗传规律分析

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遗传 2014年第4期36卷 354-359页

作者：刘静王亚楠孙亚奇王洪洋汪超彭中镇刘榜华中农业大学动物科技学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是染色体上发生的一种微结构变异,已引起越来越多研究者的关注。本课题组前期已获得猪13号染色体上的32个CNV区域(CNV region,CNVR),为了发掘CNVR内的基因信息,文章在线检索了上述CNVR内的基因并... 详细信息

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是染色体上发生的一种微结构变异,已引起越来越多研究者的关注。本课题组前期已获得猪13号染色体上的32个CNV区域(CNV region,CNVR),为了发掘CNVR内的基因信息,文章在线检索了上述CNVR内的基因并进行基因本体(Gene Ontology)分析。结果共发现236个基因,其中有注释基因169个,主要参与蛋白质水解、细胞粘附、大分子降解等生物过程。为了探索这些基因拷贝数变异的遗传规律,文章选择RCAN1(Regulators of calcineurin 1)基因为候选基因,利用QPCR方法在莱芜猪群中检测了该基因的拷贝数,并分析了CNV在莱芜猪3个家系中的遗传规律。结果表明,RCAN1基因在莱芜猪群体中存在拷贝数的缺失、重复现象,其拷贝数变异的遗传规律符合孟德尔遗传方式。

关键词：拷贝数变异 13号染色体 RCAN1基因遗传规律莱芜猪

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