检索结果-内蒙古大学图书馆

华中农业大学学报 2025年第1期44卷 183-190页

作者：陈俊峰王璟靳玮柴进张家庆任巧玲邢宝松河南省畜禽繁育及营养调控重点实验室/河南省农业科学院畜牧兽医研究所郑州450002 农业农村部猪遗传育种重点开放实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/华中农业大学动物科技学院武汉430070

为进一步开展淮南猪分子选育,提升其生长速度和瘦肉率等经济性状,选取淮南猪胚胎期(days post coitus, dpc)第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的淮南公猪背最长肌,开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选调控肌肉发... 详细信息

为进一步开展淮南猪分子选育,提升其生长速度和瘦肉率等经济性状,选取淮南猪胚胎期(days post coitus, dpc)第38、58、78天和出生后第21天4个发育阶段的淮南公猪背最长肌,开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选调控肌肉发育的甲基化差异的候选基因。结果显示,基因主体的CpG甲基化程度高于基因上下游2 kb序列的CpG甲基化,基因组元件中内含子、3'UTR和重复序列等甲基化程度最高。随着发育时间的增加,基因主体的CpG甲基化水平逐渐下降,上下游2 kb则是下降-上升-下降趋势。基因组元件中内含子区、3'UTR区和重复序列的甲基化水平都逐渐下降,启动子区则为下降-上升-下降趋势。信号通路富集分析显示,在淮南猪相邻的发育阶段38~58 dpc、58~78 dpc、78 dpc~21 d三者间的差异化均达到极显著水平,黏着斑信号通路存在CpG甲基化差异基因,且达到极显著水平(P值分别为0.000 9、0.000 4、0.000 1),细胞黏附连接信号通路存在CHH甲基化差异基因,且分别达到显著或极显著水平(P值分别为0.013 2、0.012 8、0.000 5),生物信息学分析结果显示,在2个信号通路中筛选到辅肌动蛋白Α4基因(actinin-4, ACTN4)和成纤维细胞生长因子受体(fibroblast growth factor receptor, FGFR1)基因。ACTN4基因调节肌动蛋白结合过程,在4个发育阶段的甲基化水平分别为55.75%、11.18%、10.18%、59.75%,FGFR1基因和肌肉细胞分化相关,在4个发育阶段的甲基化水平分别为0.81%、0.78%、7.52%、0.44%。以上结果表明,在淮南猪肌肉组织不同发育阶段筛选到的2个甲基化差异基因ACTN4和FGFR1可作为淮南猪肌肉发育候选基因进行分子育种。

关键词：淮南猪甲基化差异基因肌肉组织肌肉发育

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杜洛克猪×二花脸猪F2代杂交猪免疫性状全基因组关联分析

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中国畜牧兽医 2025年第4期52卷 1455-1467页

作者：苗娜乔嘉坤杨慧韩萍萍许方军车兆轩代翔毓徐明航龙志伟朱猛进华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 华中农业大学生猪健康养殖协同创新中心武汉430070

【目的】猪是重要的农业动物,其免疫性状的解析对于提高生产效率和抗病能力至关重要。本研究旨在鉴别与杜洛克猪×二花脸猪F2代杂交猪免疫性状相关的候选基因,为猪抗病育种提供重要的候选基因信息。【方法】采集294头杜洛克猪×... 详细信息

【目的】猪是重要的农业动物,其免疫性状的解析对于提高生产效率和抗病能力至关重要。本研究旨在鉴别与杜洛克猪×二花脸猪F2代杂交猪免疫性状相关的候选基因,为猪抗病育种提供重要的候选基因信息。【方法】采集294头杜洛克猪×二花脸猪F2代杂交猪出生后24 h内的耳、尾组织样本,提取基因组DNA,并在35日龄时采集血液样本用于细胞因子检测。通过对杜洛克猪×二花脸猪F2代杂交猪资源群体的细胞因子(IFN-α、IFN-γ、IGG、IL8、IL10)相关免疫性状进行全基因组关联分析(GWAS),识别与性状相关的单核苷酸多态性(SNP)位点,使用IFN-γ/IL10值(IFNGIL10)进一步鉴定影响猪免疫性状的相关SNP位点与候选基因,对鉴定的相关基因进行GO功能与KEGG通路富集分析,并对候选基因编码蛋白进行蛋白互作(PPI)分析。【结果】GWAS共鉴定出10个SNPs,这些SNPs定位到21个与免疫性状相关的候选基因:CH25H、LIPA、SIGMAR1、PIP5KIC、PLCZ1、PIK3C2G、CNTFR、IL11RA、SAP30、HMGB2、CCL21、CCL19、CCL27、GNA11、GNA15、DSCC1、TERF2IP、FZR1、ENPP2、CACTIN和FAS。GO功能富集结果显示,候选基因显著富集在趋化因子活性、细胞对白细胞介素-1的反应和炎症反应等条目。KEGG通路富集结果显示,候选基因显著富集在细胞因子与受体结合通路、肌醇磷酸代谢、钙信号通路等通路。PPI分析共构建了12个子网络,表明这些候选基因之间存在潜在联系,在同一通路上进行显著富集,并共同参与生物过程以发挥其生物功能。【结论】本研究共发现10个与猪免疫性状关联的SNPs位点,结合富集分析与PPI网络筛选到21个目标性状候选基因。本研究结果不仅加深了对猪免疫特性分子基础的理解,也为猪的抗病育种提供了理论依据。

关键词：猪细胞因子免疫性状全基因组关联分析候选基因

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团头鲂myomaker基因的鉴定及其在肌纤维发育中的功能

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华中农业大学学报 2025年第1期44卷 201-210页

作者：邹雪刘起周佳佳吴天宇刘露莎高泽霞华中农业大学水产学院/农业农村部淡水生物繁育重点实验室/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070 长江经济带大宗水生生物产业绿色发展教育部工程研究中心/湖北省名优鱼育种与健康养殖工程技术研究中心武汉430070

为探究myomaker基因在团头鲂(Megalobrama amblycephala)肌纤维发育中的调控作用,通过石蜡切片和HE染色方法分析不同日龄团头鲂肌纤维发育特征,采用RT-PCR及qRT-PCR技术鉴定myomaker基因的cDNA序列,并探讨该基因在团头鲂不同发育阶段及... 详细信息

为探究myomaker基因在团头鲂(Megalobrama amblycephala)肌纤维发育中的调控作用,通过石蜡切片和HE染色方法分析不同日龄团头鲂肌纤维发育特征,采用RT-PCR及qRT-PCR技术鉴定myomaker基因的cDNA序列,并探讨该基因在团头鲂不同发育阶段及不同组织部位的时空表达模式。石蜡切片结果显示团头鲂肌纤维直径在20~60 d持续递增,其中在40、50和60 d均显著递增(P<0.05),且在40~50 d时其肌纤维直径递增最快。基因结构分析发现团头鲂myomaker基因全长4 693 bp,包含5个外显子和4个内含子,开放阅读框为663 bp,共编码220个氨基酸,其编码蛋白为7次跨膜蛋白。氨基酸相似度比对显示myomaker基因保守性较高;系统进化树分析显示,团头鲂myomaker基因与鲤等鲤科鱼类的myomaker基因聚为一支,具有最近的亲缘关系。荧光定量结果显示,myomaker在1月龄团头鲂肌肉组织中表达量极其显著高于其他组织(P<0.000 1),同时myomaker在团头鲂出膜后15~30 d表达量逐渐上升,在30 d表达量最高(P<0.05)。基于形态学和基因表达特征,推测myomaker基因在团头鲂30 d后肌纤维的融合中发挥重要的调控作用,从而促进肌纤维的肥大。

关键词：肌纤维直径团头鲂 myomaker基因基因表达肌纤维发育

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一种面向功能基因挖掘的动物多组学数据集

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农业大数据学报 2025年第1期7卷 96-106页

作者：刘洪窦婧文王越廖勇刘小磊李新云赵书红付玉华农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室华中农业大学动物科学技术学院武汉430070 湖北洪山实验室武汉430070

单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-S... 详细信息

单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-Seq)和基因组注释信息,有效数据规模为2.8 TB。此外,本数据集还收录了基于深度学习算法得到的基因与表型实体识别数据。总的来说,该多组学数据集可用于农业重要性状的基因发掘和功能验证,能够为跨物种比较研究提供有价值的资源,也可更好地服务于动物经济性状关键基因识别模型构建以及算法研究。

关键词：多组学数据跨物种功能基因挖掘个体水平深度学习

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SP1/IGF2BP3轴对猪骨骼肌卫星细胞增殖的调控作用

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河南农业科学 2025年第3期54卷 129-138页

作者：黄雨馨王伟李一星唐中林广西大学广西南宁530004 中国农业科学院农业基因组研究所广东深圳518000 佛山鲲鹏现代农业研究院广东佛山528226 农业农村部畜禽生物组学重点实验室广东深圳518000 华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业农村部猪遗传育种重点实验室湖北武汉430070

为了探究胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)对猪骨骼肌生长发育的影响,并解析其生物学功能和表达调控机制,为猪的遗传改良提供理论依据和候选基因,以猪骨骼肌卫星细胞为试验材料,通过RT-qPCR和蛋白质印迹检测细胞增殖标志基因P... 详细信息

为了探究胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)对猪骨骼肌生长发育的影响,并解析其生物学功能和表达调控机制,为猪的遗传改良提供理论依据和候选基因,以猪骨骼肌卫星细胞为试验材料,通过RT-qPCR和蛋白质印迹检测细胞增殖标志基因PCNA、CDK4、Cyclin A2和MKI67的表达,采用EdU和CCK-8检测细胞增殖活力和速率,通过突变IGF2BP3基因启动子区SP1结合位点的双荧光素酶试验和ChIP试验探索转录因子SP1对IGF2BP3基因的表达调控机制。结果表明,在猪骨骼肌卫星细胞中敲低IGF2BP3后,细胞增殖标志基因的表达均明显上调,EdU阳性细胞比例增加,细胞增殖速率在48、72 h均明显提高。SP1结合位点的突变使双荧光素酶活性明显降低,而过表达SP1使双荧光素酶活性明显增强。SP1可与IGF2BP3基因启动子区结合。干扰SP1后IGF2BP3表达降低,而过表达SP1后IGF2BP3表达增加。过表达SP1能部分消除敲低IGF2BP3促进猪骨骼肌卫星细胞增殖的表型。综上,转录因子SP1与IGF2BP3基因相互作用,共同调控猪骨骼肌卫星细胞增殖。

关键词：猪骨骼肌 IGF2BP3 SP1 猪骨骼肌卫星细胞增殖

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锌指蛋白核酸酶的作用原理及其应用

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遗传 2011年第2期33卷 123-130页

作者：钟强赵书红华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业部猪遗传育种重点开放实验室武汉430070

锌指蛋白核酸酶(Zinc finger nucleases,ZFN)因其能特异性识别并切割DNA序列以及可设计性,被用于基因定点突变和外源基因定点整合。目前,ZFN技术以其准确的靶位点设计能力和诱发高效率基因打靶的优势,越来越受到基因改造研究者的重视,... 详细信息

锌指蛋白核酸酶(Zinc finger nucleases,ZFN)因其能特异性识别并切割DNA序列以及可设计性,被用于基因定点突变和外源基因定点整合。目前,ZFN技术以其准确的靶位点设计能力和诱发高效率基因打靶的优势,越来越受到基因改造研究者的重视,已经成功应用于动植物细胞、胚胎的基因改造。随着鉴定靶DNA高亲和力的锌指蛋白(Zinc finger protein,ZFP)实验技术日渐成熟,可以预见到不久的将来这项技术会在基因工程和育种中得到广泛应用。文章介绍了锌指蛋白识别DNA靶位点和ZFN介导的基因打靶(Double strand break gene targeting,DSB-GT)的原理,同时还综述了目前ZFN技术用于基因改造的研究进展。

关键词：锌指结构域锌指蛋白锌指蛋白核酸酶同源重组基因打靶

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shRNAs介导的Smad2基因在小鼠成纤维细胞NIH/3T3中表达的沉默

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解剖学报 2008年第5期39卷 661-665页

作者：郑嵘熊琪蒋思文左波李凤娥徐德全任竹青熊远华中农业大学农业部猪遗传育种重点开放实验室农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

目的通过构建5个shRNA表达质粒,对转化生长因子β/Smads信号通路中受体调节性Smads蛋白中的Smad2的表达进行抑制。方法针对鼠Smad2基因的mRNA序列,设计合成了5条shRNA-Smad2 DNA序列,分别插入至shRNA表达载体中,获得了5个shRNA-Smad2表... 详细信息

目的通过构建5个shRNA表达质粒,对转化生长因子β/Smads信号通路中受体调节性Smads蛋白中的Smad2的表达进行抑制。方法针对鼠Smad2基因的mRNA序列,设计合成了5条shRNA-Smad2 DNA序列,分别插入至shRNA表达载体中,获得了5个shRNA-Smad2表达质粒,将shRNA表达质粒转染NIH/3T3细胞,采用半定量RT-PCR和Western blotting方法,检测shRNA表达质粒对Smad2表达的抑制效果。结果编号为2.4的shRNA-Smad2表达质粒能够显著降低Smad2的表达,同时发现由不同的shRNA-Smad2表达质粒组成的RNAi池,产生的抑制效果比单个RNAi表达质粒的抑制效果明显提高。结论成功地构建了特异、高效抑制Smad2表达的shRNA表达质粒。

关键词： RNA干扰基因沉默短发夹状RNA 转化生长因子β Smad2 免疫印迹法小鼠

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鱼类胰岛素、胰岛素受体和胰岛素受体底物的生物学特性及其对营养物质代谢的调控

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水产学报 2018年第1期42卷 149-158页

作者：罗智卓梅琴华中农业大学水产学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

为了深入解析胰岛素调控鱼类营养物质代谢的机制,本文综述了鱼类胰岛素信号系统的3个重要成员(胰岛素、胰岛素受体以及胰岛素受体底物)的结构特征和表达规律,以及胰岛素对营养物质(糖类、脂肪和蛋白质)代谢调控方面的研究进展。目前,在... 详细信息

为了深入解析胰岛素调控鱼类营养物质代谢的机制,本文综述了鱼类胰岛素信号系统的3个重要成员(胰岛素、胰岛素受体以及胰岛素受体底物)的结构特征和表达规律,以及胰岛素对营养物质(糖类、脂肪和蛋白质)代谢调控方面的研究进展。目前,在鱼类,虽然胰岛素信号传递系统的研究已取得了一定的进展,但仍有需要重点加强的研究:(1)鱼类不同亚型胰岛素、胰岛素受体和胰岛素受体底物基因的功能研究,解析鱼类胰岛素信号传递系统的调控机制;(2)加强胰岛素对鱼类营养物质代谢调控机制的研究,揭示不同食性鱼类胰岛素信号传递系统调控功能的异同;(3)深入开展鱼类胰岛素信号传导通路和调控机制的研究,全面解析胰岛素调控鱼类营养物质代谢的分子机制。

关键词：鱼类胰岛素信号传递系统生物学特征营养物质代谢调控

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黄颡鱼Wnt/β-catenin信号通路5个重要基因的识别及其在卵巢中的表达对铜暴露的响应

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水产学报 2019年第4期43卷 742-750页

作者：张丽晗罗智有文静李丹丹徐异桓潘亚雄华中农业大学水产学院动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

采用RT-PCR和RACE技术获取了黄颡鱼Wnt/β-catenin信号通路5个重要基因wnt2、wnt2bb、wnt3a、wnt8a和ctnnb1的全长cDNA序列,分别为1 743、2 133、1 379、1 508和2 636 bp,其中ORF长度分别为1 052、1 115、872、1 160和2 372 bp,分别编码351、372、291、387和791个氨基酸。氨基酸序列比对和系统发育树分析显示,上述基因十分保守,黄颡鱼与墨西哥丽脂鲤亲缘关系最近。组织表达分析显示,上述基因的mRNA在脑、脾脏、肾脏、鳃、心脏、肌肉、肠系膜脂肪、肝脏及卵巢等组织中都有表达,但表达水平不尽相同。这些基因在黄颡鱼卵巢中的表达水平对铜暴露的响应结果显示,在暴露28 d时,wnt3a mRNA水平随着铜浓度的增加而降低,而wnt8a趋势则相反,wnt2、wnt2bb和ctnnb1基因表达各个处理组间无显著性差异;在56 d时,wnt2、wnt2bb、wnt3a、wnt8a和ctnnb1基因表达各个处理组间均无显著差异。研究表明,Wnt/β-catenin信号通路基因的功能发生了分化,部分成员可能介导了铜影响黄颡鱼卵巢发育的调控。

关键词：黄颡鱼 Wnt/β-catenin 基因克隆组织铜暴露

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黄颡鱼FZD家族4个基因的克隆、组织表达及对铜的响应

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水产学报 2018年第5期42卷 625-632页

作者：张丽晗罗智有文静李丹丹吴坤潘亚雄华中农业大学水产学院动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

实验采用RT-PCR和RACE克隆fzd2、fzd3a、fzd4和fzd10基因,其c DNA全长分别为2 176、3 243、2 509和3 021 bp,其中ORF长度分别为1 652、2 084、1 649和2 161 bp,编码551、695、550和586个氨基酸。氨基酸序列比对和系统树分析显示,4种基... 详细信息

实验采用RT-PCR和RACE克隆fzd2、fzd3a、fzd4和fzd10基因,其c DNA全长分别为2 176、3 243、2 509和3 021 bp,其中ORF长度分别为1 652、2 084、1 649和2 161 bp,编码551、695、550和586个氨基酸。氨基酸序列比对和系统树分析显示,4种基因十分保守,黄颡鱼与斑点叉尾鲖亲缘关系最近。组织表达分析显示,4种基因的m RNA在脑、脾脏、肾脏、鳃、心脏、肌肉、脂肪、肝脏及卵巢等组织中都有表达,而其表达量不尽相同。FZD家族基因对铜的响应研究表明,在暴露28 d时,fzd3a m RNA水平随着铜浓度的增加而增加,但是fzd2、fzd4和fzd10基因表达各个处理组无显著性差异;在56 d,fzd2m RNA水平在30μg Cu/L组最高,其他2个组差异不显著,fzd3a、fzd4和fzd10的基因表达在3个铜暴露组中均无显著差异,表明fzd家族这些基因的功能发生了分化,部分成员介导了铜影响黄颡鱼卵巢发育的调控。

关键词：黄颡鱼 FZD 分子特征组织表达铜

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