检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2014年第4期36卷 354-359页

作者：刘静王亚楠孙亚奇王洪洋汪超彭中镇刘榜华中农业大学动物科技学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是染色体上发生的一种微结构变异,已引起越来越多研究者的关注。本课题组前期已获得猪13号染色体上的32个CNV区域(CNV region,CNVR),为了发掘CNVR内的基因信息,文章在线检索了上述CNVR内的基因并... 详细信息

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是染色体上发生的一种微结构变异,已引起越来越多研究者的关注。本课题组前期已获得猪13号染色体上的32个CNV区域(CNV region,CNVR),为了发掘CNVR内的基因信息,文章在线检索了上述CNVR内的基因并进行基因本体(Gene Ontology)分析。结果共发现236个基因,其中有注释基因169个,主要参与蛋白质水解、细胞粘附、大分子降解等生物过程。为了探索这些基因拷贝数变异的遗传规律,文章选择RCAN1(Regulators of calcineurin 1)基因为候选基因,利用QPCR方法在莱芜猪群中检测了该基因的拷贝数,并分析了CNV在莱芜猪3个家系中的遗传规律。结果表明,RCAN1基因在莱芜猪群体中存在拷贝数的缺失、重复现象,其拷贝数变异的遗传规律符合孟德尔遗传方式。

关键词：拷贝数变异 13号染色体 RCAN1基因遗传规律莱芜猪

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哺乳动物中的DNA主动去甲基化

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遗传 2011年第4期33卷 298-306页

作者：肖遥张华林白莉雅王晓民李文功杨利国华中农业大学动物科技学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

DNA甲基化是一种相对稳定且可遗传的表观遗传标记,在植物和动物细胞中均发现有DNA主动去甲基化现象,其机制在植物中已基本得到阐释,但在哺乳动物中尚未鉴定出一种有效的DNA去甲基化酶,并且DNA主动去甲基化途径也存在争议。文章综合分析... 详细信息

DNA甲基化是一种相对稳定且可遗传的表观遗传标记,在植物和动物细胞中均发现有DNA主动去甲基化现象,其机制在植物中已基本得到阐释,但在哺乳动物中尚未鉴定出一种有效的DNA去甲基化酶,并且DNA主动去甲基化途径也存在争议。文章综合分析了近期的文献资料,阐述了哺乳动物中发生DNA主动去甲基化的时空特异性,并从细胞和组织特异性角度介绍DNA主动去甲基化的可能通路和机制,即5-甲基胞嘧啶的氧化作用、5-甲基胞嘧啶脱氨基以及DNA修复等,旨在为破译表观遗传重编程过程提供理论依据。

关键词： DNA去甲基化细胞重编程活化诱导的胞嘧啶脱氨酶 DNA修复

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猪HUMMLC2B基因第一内含子单核苷酸多态与胴体、肉质性状的相关分析

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农业生物技术学报 2008年第5期16卷 764-769页

作者：王军邓昌彦熊远左波李凤娥雷明刚郑嵘华中农业大学农业部猪遗传育种重点实验室和农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

快肌肌浆球蛋白轻链2(fast skeletal myosin light chain 2,HUMMLC2B或MYLPF)是一种钙结合蛋白,参与多种生命活动。实验获得克隆猪HUMMLC2B基因(GenBank登录号:DQ533994),并采用PCR-RFLP技术,分析了HUMMLC2B基因第1内含子中的MspⅠ酶切多态(T613C)在7个品种猪中的多态性分布;分析了多态性与36头长白猪、5个群体104头猪以及长白和5个群体之和的140头猪胴体性状和肉质性状间的相关,结果表明,在检测的猪群中除长白猪中A等位基因与B等位基因频率的比例为1∶2外,其余的均为B等位基因占绝对优势,且A等位基因纯合个体只在长白猪中检测到。在不同组合的相关性分析中,基因型效应与瘦肉率、眼肌高度、眼肌面积肌内脂肪和肌内水分等差异极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)。HUMMLC2B基因在12个猪器官或组织中均表达,在心脏和骨骼肌中表达量最高。

关键词：猪快肌肌浆球蛋白轻链2 PCR-RFLP 胴体性状肉质性状关联分析

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猪新基因NPM1的克隆、序列分析与染色体定位

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畜牧兽医学报 2007年第2期38卷 105-109页

作者：唐中林李勇赵书红刘榜樊斌朱猛进李奎华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

克隆了猪NPM1基因的cDNA和第4内含子序列,并利用生物信息学方法进行验证。所得cDNA序列全长1 195 bp且包含一个完整的开放阅读框,编码294个氨基酸。内含子序列长300 bp,遵循GT/AG剪接法则。序列分析表明,该基因与已报道的人、大鼠和小... 详细信息

克隆了猪NPM1基因的cDNA和第4内含子序列,并利用生物信息学方法进行验证。所得cDNA序列全长1 195 bp且包含一个完整的开放阅读框,编码294个氨基酸。内含子序列长300 bp,遵循GT/AG剪接法则。序列分析表明,该基因与已报道的人、大鼠和小鼠等物种的NPM1基因高度同源,氨基酸序列同源性分别为95%、91%和91%。该基因编码的蛋白具有Nucleoplasmin保守功能域。用体细胞杂种板将该基因定位在猪16号染色体q21区段,辐射杂种板定位结果表明该基因与猪16号染色体上SW977标记紧密连锁。

关键词：猪 NPM1基因克隆序列分析染色体定位

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猪lncRNA TCONS00791383对骨骼肌卫星细胞增殖分化的影响

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畜牧兽医学报 2020年第6期51卷 1177-1186页

作者：李倩倩李龙黄子莹李长春华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

为了探究lncRNA TCONS_00791383对猪骨骼肌卫星细胞增殖和分化的影响。本研究利用qRT-PCR技术检测出生7 d内大白仔猪6种组织(心、脾、肺、肾、背肌和腿肌)以及猪骨骼肌卫星细胞增殖分化前后TCONS_00791383的表达水平;通过设计反义核苷酸... 详细信息

为了探究lncRNA TCONS_00791383对猪骨骼肌卫星细胞增殖和分化的影响。本研究利用qRT-PCR技术检测出生7 d内大白仔猪6种组织(心、脾、肺、肾、背肌和腿肌)以及猪骨骼肌卫星细胞增殖分化前后TCONS_00791383的表达水平;通过设计反义核苷酸(antisense oligonucleotides,ASO)片段在猪骨骼肌卫星细胞中对TCONS_00791383进行敲低,检测敲低TCONS_00791383之后增殖分化标志基因的表达量变化;通过trans(co-expression)对TCONS_00791383进行靶基因预测,使用DAVID对其进行GO富集和KEGG通路分析。结果显示,TCONS_00791383在猪心脏中表达量最高,在脾和肾组织中不表达。在骨骼肌卫星细胞从增殖到分化的过程中,TCONS_00791383的表达量逐渐上升,且在分化后30 h表达量达到最高。在使用ASO片段敲低TCONS_00791383之后,与对照组相比,在分化24 h,增殖标志基因Pax3、Pax7表达量显著或极显著降低(P<0.05,P<0.01),分化标志基因MyoG表达量极显著降低(P<0.01),在分化48 h,增殖标志基因Pax3表达量极显著降低(P<0.01),Pax7表达量显著降低(P<0.05),分化标志基因MyHC表达量显著降低(P<0.05)。预测得到的相关靶基因富集到AMPK、ATP等多个与骨骼肌卫星细胞增殖和分化过程相关的重要信号通路。本研究表明,lncRNA TCONS_00791383可能促进猪骨骼肌卫星细胞的增殖和分化。

关键词： lncRNA TCONS_00791383 猪骨骼肌卫星细胞增殖分化

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畜禽选择信号检测方法及其统计学问题

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畜牧兽医学报 2018年第6期49卷 1099-1107页

作者：薛周舣源宋显威吴林慧王露珍崔家安孙章健张政马云龙华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

畜禽选择信号的研究随着基因组大数据的爆发式增长,已经成为目前畜禽群体遗传学研究与重要经济性状基因定位的一个重要手段。使用恰当的选择信号方法,了解选择信号检测中的统计学问题,对于准确解析畜禽适应性进化的潜在遗传机制,精细定... 详细信息

畜禽选择信号的研究随着基因组大数据的爆发式增长,已经成为目前畜禽群体遗传学研究与重要经济性状基因定位的一个重要手段。使用恰当的选择信号方法,了解选择信号检测中的统计学问题,对于准确解析畜禽适应性进化的潜在遗传机制,精细定位重要经济性状的候选基因具有重要的意义。围绕畜禽基因组选择信号研究概况,本文对选择信号的概念、检验统计量类别、畜禽选择信号检测的影响因素及相关统计学问题进行了综述,以期为进一步拓展选择信号的研究思路提供参考。

关键词：畜禽选择信号统计学问题

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猪Sar1b基因的分子克隆、序列分析及原核表达

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畜牧兽医学报 2007年第7期38卷 625-629页

作者：王学敏刘榜赵书红樊斌朱猛进余梅熊统安李奎华中农业大学动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

根据GenBank已发表的猪Sar1b基因序列(GenBank登录号:AY819557)设计1对引物,以猪肝脏组织总RNA的反转录产物为扩增模板,用RT-PCR方法扩增出猪Sar1b基因cDNA全长编码区,经过EcoRI-SalI双酶切后定向克隆于pET28a原核表达载体,获得pET28a-S... 详细信息

根据GenBank已发表的猪Sar1b基因序列(GenBank登录号:AY819557)设计1对引物,以猪肝脏组织总RNA的反转录产物为扩增模板,用RT-PCR方法扩增出猪Sar1b基因cDNA全长编码区,经过EcoRI-SalI双酶切后定向克隆于pET28a原核表达载体,获得pET28a-Sar1b重组原核表达载体。将携带有重组原核表达载体的大肠杆菌BL21(DE3)通过1 mmol/LITPG进行诱导表达,经过SDS-PAGE电泳检测,显示诱导表达蛋白大小大约为26 ku,与预期表达蛋白大小一致。Western blot检测显示该蛋白为His融合蛋白,表明重组原核表达载体在大肠杆菌中成功表达出了目的融合蛋白。猪Sar1b基因的克隆和表达研究,为进一步研究该基因的生物学功能奠定了基础。

关键词：猪 Sar1b基因克隆原核表达

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恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究

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畜牧兽医学报 2019年第3期50卷 485-494页

作者：吴林慧孙琦王荔茹张凯丽谢胜松李新云赵书红马云龙华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组... 详细信息

旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。亲缘系数计算发现,咸丰县恩施黑猪个体间平均亲缘系数为0.12;近交系数计算表明, 16%的样本近交系数大于0.125,存在明显近交累积。此外,本研究构建了恩施黑猪全基因组连锁不平衡图谱;利用连锁不平衡信息,恩施黑猪估计历史有效群体大小呈现逐代下降趋势,其中5世代前有效群体大小约为25头。基于CLR方法共检测到126个显著选择信号候选区域,总长约为51.6 Mb,占基因组总长的2.1%。利用iHS方法,共发现248个显著选择信号候选区域,长度约为78.78 Mb,约占基因组总长的3.2%。富集分析表明,与选择信号区域重叠的LPAR2、NDUFA13、MEF2B、AHR基因分别与胴体长度(滴水损失)、精子形成、骨骼肌分化和总产仔数相关。研究表明,现存恩施黑猪群体血统较窄,近交累积严重,有效群体大小较小,并呈现继续缩小的趋势。选择信号分析揭示的一系列潜在受选择基因能够为未来恩施黑猪的遗传改良提供一定的参考依据。

关键词：恩施黑猪亲缘系数近交系数连锁不平衡有效群体大小选择信号

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诱导多潜能干细胞(iPSCs):安全高效的诱导策略

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中国生物化学与分子生物学报 2012年第11期28卷 1005-1010页

作者：黄聪蒋思文华中农业大学动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室武汉430070

在分化的体细胞中,导入特定的转录因子能诱导得到诱导多潜能干细胞(induced pluripotentstem cells,iPSCs).iPSCs在细胞形态、生长特性、表面标志物以及畸胎瘤形成等方面与胚胎干细胞(embryonic stem cells,ESCs)非常相似,而且跟ESCs相... 详细信息

在分化的体细胞中,导入特定的转录因子能诱导得到诱导多潜能干细胞(induced pluripotentstem cells,iPSCs).iPSCs在细胞形态、生长特性、表面标志物以及畸胎瘤形成等方面与胚胎干细胞(embryonic stem cells,ESCs)非常相似,而且跟ESCs相比,iPSCs具有避免免疫排斥和不涉及伦理问题的优势,因此iPSCs的临床应用潜力巨大.然而,iPSCs具有成瘤性,而且其诱导效率极低,此二者严重阻碍了iPSCs的临床应用.为解决这两大难题,本综述将主要探讨安全高效的iPS细胞诱导策略,以期为促进其临床应用提供借鉴.

关键词：诱导多潜能干细胞转录因子诱导效率安全性

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猪基因组选择“两步走”策略的计算机模拟评估

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中国农业科学 2021年第21期54卷 4677-4686页

作者：唐振双殷东尹立林马云龙项韬朱猛进余梅刘小磊李新云邱小田赵书红华中农业大学动物科技学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/农业农村部猪遗传育种重点实验室/国家家畜工程技术研究中心全国畜牧总站

【背景】基因组选择育种自2001年被MEUWISSEN等提出以来,已广泛应用在奶牛、猪等重要家畜的育种中,并显著加快了其重要经济性状的遗传改良速度。2017年,在全国畜牧总站的组织协调下,在全国生猪遗传改良计划框架内,猪全基因组选择育种平... 详细信息

【背景】基因组选择育种自2001年被MEUWISSEN等提出以来,已广泛应用在奶牛、猪等重要家畜的育种中,并显著加快了其重要经济性状的遗传改良速度。2017年,在全国畜牧总站的组织协调下,在全国生猪遗传改良计划框架内,猪全基因组选择育种平台项目正式启动。【目的】尽管基因组选择在种猪选育中取得了良好的效果,基因分型技术的不断升级也带来了成本的持续下降,但对于我国多数核心育种场依然面临着基因芯片分型个体数量不足、基因组选择实施流程不完善等问题,限制了该技术的大规模推广应用。结合我国生猪育种的实际情况,研究提出了一种"终测选择-早期选择"的"两步走"基因组选择策略。"终测选择"指在终测结束后利用一步法基因组BLUP对后备猪进行遗传评估,当群体中芯片分型个体数量达到一定规模后进行"早期选择"。【方法】以杜洛克、长白和大白三个种猪品种真实的50K基因芯片数据作为基础群体对不同品种分别进行大群模拟,共模拟4个世代,前3个世代作为基础群体,第4个世代作为测试群体,每个个体模拟两个性状(中等遗传力性状和低遗传力性状),利用猪基因组选择育种平台基于HIBLUP软件计算不同品种、不同性状的育种值,比较一步法基因组BLUP和常规BLUP两种方法的预测准确性。根据测试群个体有无终测成绩对其基因组育种值影响大小来评估早期选择效果。【结果】分析表明在3个品种内中等遗传力性状的终测选择效果和早期选择效果均好于低遗传力性状。一步法基因组BLUP的选择准确性均优于常规BLUP的选择准确性,并且随着测试群中芯片分型个体数量的增加、群体规模的扩大,预测准确性越来越高。一步法基因组BLUP的早期选择效果好于常规BLUP,当群体中芯片数量达到2 000张时就可以开展早期选择,阉割排名后30%的个体,可以保证前1%的优秀个体不会被错误淘汰,并且随着芯片数量的增加、早期选择的效果会越来越好。【结论】基因组选择"两步走"的策略符合我国国情、容易在生猪育种中推广实施。当芯片数量较少时,可以开展"终测选择",一定程度上提高选择的准确性,提高育种效率;当芯片数量较多时,可以开展"早期选择",对排名靠后的猪只个体进行早期阉割,增加优秀个体的测定量,增大选择强度、加快遗传进展。"两步走"策略符合我国生猪产业基因组选择育种的实际需求,该策略的实施将有利于推动我国猪基因组选择的应用、加快种猪改良进程。

关键词：基因组选择猪两步走终测选择早期选择

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