检索结果-内蒙古大学图书馆

分析化学 2006年第10期34卷 1491-1495页

作者：张海丽刘天才王建浩黄振立赵元弟骆清铭华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室湖北省生物信息与分子成像重点实验室生命科学与技术学院武汉430074

量子点(又称纳米荧光颗粒)在生物学研究中特别是在生物医学成像方面的应用,已引起广泛关注。通过荧光成像可观察量子点标记分子与其靶标的相互作用,实时观测其在活细胞及活体中的运行轨迹,实现对细胞水平及在体层次的研究。本文综述了... 详细信息

量子点(又称纳米荧光颗粒)在生物学研究中特别是在生物医学成像方面的应用,已引起广泛关注。通过荧光成像可观察量子点标记分子与其靶标的相互作用,实时观测其在活细胞及活体中的运行轨迹,实现对细胞水平及在体层次的研究。本文综述了近两年量子点在光学成像中应用的新进展,展望了其应用前景。

关键词：量子点纳米荧光颗粒荧光成像评述

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基于多软件融合方法的真核生物基因启动子预测

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武汉大学学报（理学版） 2008年第6期54卷 757-762页

作者：马闯蹇易黄慧艳华中科技大学生命科学与技术学院/湖北省生物信息与分子成像重点实验室湖北武汉430074

基于多个软件的预测结果,提出了一种融合方法(ComPromoter)提高真核生物基因启动子的预测精度.ComPromoter以ProKey、FirstEF和Eponine等软件对启动子的预测结果为基础,融合了可用于启动子识别的多个特征(包括ProKey预测结果中真阳性和... 详细信息

基于多个软件的预测结果,提出了一种融合方法(ComPromoter)提高真核生物基因启动子的预测精度.ComPromoter以ProKey、FirstEF和Eponine等软件对启动子的预测结果为基础,融合了可用于启动子识别的多个特征(包括ProKey预测结果中真阳性和假阳性的出现频率随投票距离以及预测分值变化的统计特征),并利用支持向量机构建了启动子预测模型.在人类ENCODE区域测试数据集上测试的结果显示,ComPromoter的Pearson相关系数CC值高于所融合的单个启动子预测软件.

关键词：真核生物启动子预测支持向量机

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江汉平原人口稠密区地表水和地下水细菌群落的时间动态变化

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微生物学报 2024年第12期64卷 4936-4951页

作者：田家林楚栋良张皓鸿宁康华中科技大学生命科学与技术学院分子生物物理教育部重点实验室生物信息与分子成像湖北省重点实验室人工智能生物学研究中心生物信息与系统生物学系湖北武汉430074

【目的】揭示江汉平原人口稠密区地表水和地下水细菌群落在旱季和雨季之间的动态变化,探究产生时间动态差异的原因。【方法】于江汉平原人口稠密区的地表水、地下水采集水样,利用宏基因组测序技术,分析地表水和地下水细菌群落在环境条... 详细信息

【目的】揭示江汉平原人口稠密区地表水和地下水细菌群落在旱季和雨季之间的动态变化,探究产生时间动态差异的原因。【方法】于江汉平原人口稠密区的地表水、地下水采集水样,利用宏基因组测序技术,分析地表水和地下水细菌群落在环境条件、群落结构、群落构建过程的季节间变化差异。【结果】地表水的盐度(P<0.01)、电导率(P<0.01)在雨季显著低于旱季,地下水的浊度(P<0.05)在雨季显著高于旱季,反之则季节间差异不显著。地表水群落Shannon多样性指数在雨季显著高于旱季(P<0.01),地下水群落差异不显著;主坐标分析(principle coordinates analysis,PCoA)和置换多元方差分析(P=0.001)表明,不同季节间,地表水和地下水的细菌群落间差异显著。Mantel test相关性分析表明,旱季地下水群落与环境因素的相关性不显著,其余群落均与至少一种环境因素显著相关。中性群落模型(neutral community model,NCM)、修正随机性比率(modified stochasticity ratio,MST)与β最近分类单元指数(βnearest taxon index,βNTI)均表明,地表水群落在雨季受到随机性过程的影响明显高于旱季,地下水存在相似但不明显的趋势;地表水的迁移率在雨季高于旱季,而地下水的变化趋势相反。地表水群落中,季节间抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)多样性变化值与MST值负相关(ρ=−0.164,P=4.942E−2);地下水群落则呈现正相关关系(ρ=0.393,P=1.452E−6)。【结论】江汉平原人口稠密区地表水和地下水细菌群落的时间动态变化存在差异。地表水和地下水基本性质的差异、雨季频繁的环境扰动,以及地表水、地下水之间的水体交换过程可能是导致上述差异的原因。

关键词：微生物群落地表水地下水宏基因组抗生素抗性基因江汉平原

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基因转录表达数据的生物信息挖掘研究

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中国科学：生命科学 2021年第1期51卷 70-82页

作者：郭安源华中科技大学生命科学与技术学院人工智能生物学中心湖北省生物信息与分子成像重点实验室分子生物物理教育部重点实验室武汉430074

基因表达是生物体中最重要和最基础的生物学过程和分子活动,生物体正是通过调控不同基因表达而实现生长发育和抵御刺激等生命活动.转录组测序是目前在生物医学研究中应用最为广泛的高通量检测基因表达的技术,也促进了大量针对转录组数... 详细信息

基因表达是生物体中最重要和最基础的生物学过程和分子活动,生物体正是通过调控不同基因表达而实现生长发育和抵御刺激等生命活动.转录组测序是目前在生物医学研究中应用最为广泛的高通量检测基因表达的技术,也促进了大量针对转录组数据的生物信息挖掘方法和工具的发展.本文就基因表达中的转录组数据分析和挖掘方法进行了综述,从已有大规模转录组数据资源、转录组数据的常规分析、癌症转录组分析、转录组新技术和分析等生物信息方法方面进行了总结;同时,阐述了基于转录组数据的疾病标志物发现和分类预测模型研究方法,对正在兴起和迅速发展的单细胞转录组和空间转录组及其分析方法也进行了介绍;最后,总结了转录组测序适用的研究问题和分析内容及工具.本文将有助于广大生物医学研究者快速了解转录组技术的分析内容和适用情况,为选择合适的转录组测序和分析方法提供参考.

关键词：转录组生物信息学数据挖掘调控网络大数据肿瘤免疫单细胞转录组测序分析工具

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黑腹果蝇miRNA前体的预测

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中南林业科技大学学报 2010年第6期30卷 127-131页

作者：马闯胡星驰童潘黄慧艳华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室湖北武汉430074 华中科技大学生命科学与技术学院湖北武汉430074

MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后... 详细信息

MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后根据碱基配对原则以及miRNA前体的结构序列特征来预测可能存在的miRNA前体。在黑腹果蝇全基因组范围内对其miRNA的预测结果证实了该方法的有效性。该方法还可应用到其他物种的miRNA发现研究中。

关键词：生命科学与技术黑腹果蝇 miRNA 靶标基因结合位点

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微生物组生物合成基因簇发掘方法及应用前景

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合成生物学 2023年第3期4卷 611-627页

作者：赖奇龙姚帅查毓国白虹宁康华中科技大学生命科学与技术学院分子生物物理教育部重点实验室生物信息与分子成像湖北省重点实验室人工智能生物学研究中心生物信息与系统生物学系湖北武汉430074

生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC)是一类非常重要的基因集合(gene set)类型。BGC普遍存在于各类生物基因组中,并且发挥着重要的代谢和调控作用。从线性结构上来说,一个BGC中的基因通常在基因组中处于相邻的位置;从基因功... 详细信息

生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC)是一类非常重要的基因集合(gene set)类型。BGC普遍存在于各类生物基因组中,并且发挥着重要的代谢和调控作用。从线性结构上来说,一个BGC中的基因通常在基因组中处于相邻的位置;从基因功能上来说,一个BGC中的基因通常共同负责一类通路,生成特定的化合物小分子。因此,BGC作为极具潜力的元件来源,在合成生物学研究中极为重要。然而从序列模式上来说,一个BGC中的基因数量众多且序列差异度大,很难通过序列同源性发掘新类型的BGC。因此,建立生物合成基因簇的智能发掘策略,系统性地发掘BGC并进行验证和转化研究,不论在理论方面还是实际应用方面,都具有非常重要的价值。本文主要基于微生物组大数据,较全面地介绍了BGC挖掘的意义和瓶颈问题,系统性地总结了当前BGC发掘中的数据资源和挖掘方法,尤其是人工智能方法,指出了干湿结合方法对于验证新发掘BGC的重要价值,同时展示了新发掘BGC的多样性和广泛应用领域。最后,展望了结合现有BGC挖掘方法和合成生物学转化,将如何在广度和宽度方面扩展目前的合成生物学研究。

关键词：生物合成基因簇人工智能合成生物学微生物组

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SNP功能分析的生物信息学方法及其资源

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计算机仿真 2007年第4期24卷 297-300页

作者：李延恩周艳红华中科技大学生命科学与技术学院生物信息与生物成像湖北省重点实验室湖北武汉430074

在后基因组时代,单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)数据的快速积累使得用计算方法对编码区和非编码区SNP进行功能分析成为可能;但是目前各种SNP功能预测方法的预测精度均不能令人满意。针对这一问题,文章根据SNP的分... 详细信息

在后基因组时代,单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)数据的快速积累使得用计算方法对编码区和非编码区SNP进行功能分析成为可能;但是目前各种SNP功能预测方法的预测精度均不能令人满意。针对这一问题,文章根据SNP的分类,分别对错义SNP、同义SNP和非编码区SNP功能分析的生物信息学方法进行了总结。其中重点介绍了基于序列特征和基于结构特征的有害错义SNP预测方法。还介绍了互联网上提供SNP资源和功能注释工具。分析表明,各种SNP功能分析方法还有很大的改进余地。

关键词：单核苷酸多态性功能预测生物信息学方法资源工具和功能注释

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