检索结果-内蒙古大学图书馆

微生物学报 2024年第12期64卷 4936-4951页

作者：田家林楚栋良张皓鸿宁康华中科技大学生命科学与技术学院分子生物物理教育部重点实验室生物信息与分子成像湖北省重点实验室人工智能生物学研究中心生物信息与系统生物学系湖北武汉430074

【目的】揭示江汉平原人口稠密区地表水和地下水细菌群落在旱季和雨季之间的动态变化,探究产生时间动态差异的原因。【方法】于江汉平原人口稠密区的地表水、地下水采集水样,利用宏基因组测序技术,分析地表水和地下水细菌群落在环境条... 详细信息

【目的】揭示江汉平原人口稠密区地表水和地下水细菌群落在旱季和雨季之间的动态变化,探究产生时间动态差异的原因。【方法】于江汉平原人口稠密区的地表水、地下水采集水样,利用宏基因组测序技术,分析地表水和地下水细菌群落在环境条件、群落结构、群落构建过程的季节间变化差异。【结果】地表水的盐度(P<0.01)、电导率(P<0.01)在雨季显著低于旱季,地下水的浊度(P<0.05)在雨季显著高于旱季,反之则季节间差异不显著。地表水群落Shannon多样性指数在雨季显著高于旱季(P<0.01),地下水群落差异不显著;主坐标分析(principle coordinates analysis,PCoA)和置换多元方差分析(P=0.001)表明,不同季节间,地表水和地下水的细菌群落间差异显著。Mantel test相关性分析表明,旱季地下水群落与环境因素的相关性不显著,其余群落均与至少一种环境因素显著相关。中性群落模型(neutral community model,NCM)、修正随机性比率(modified stochasticity ratio,MST)与β最近分类单元指数(βnearest taxon index,βNTI)均表明,地表水群落在雨季受到随机性过程的影响明显高于旱季,地下水存在相似但不明显的趋势;地表水的迁移率在雨季高于旱季,而地下水的变化趋势相反。地表水群落中,季节间抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)多样性变化值与MST值负相关(ρ=−0.164,P=4.942E−2);地下水群落则呈现正相关关系(ρ=0.393,P=1.452E−6)。【结论】江汉平原人口稠密区地表水和地下水细菌群落的时间动态变化存在差异。地表水和地下水基本性质的差异、雨季频繁的环境扰动,以及地表水、地下水之间的水体交换过程可能是导致上述差异的原因。

关键词：微生物群落地表水地下水宏基因组抗生素抗性基因江汉平原

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微生物组生物合成基因簇发掘方法及应用前景

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合成生物学 2023年第3期4卷 611-627页

作者：赖奇龙姚帅查毓国白虹宁康华中科技大学生命科学与技术学院分子生物物理教育部重点实验室生物信息与分子成像湖北省重点实验室人工智能生物学研究中心生物信息与系统生物学系湖北武汉430074

生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC)是一类非常重要的基因集合(gene set)类型。BGC普遍存在于各类生物基因组中,并且发挥着重要的代谢和调控作用。从线性结构上来说,一个BGC中的基因通常在基因组中处于相邻的位置;从基因功... 详细信息

生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC)是一类非常重要的基因集合(gene set)类型。BGC普遍存在于各类生物基因组中,并且发挥着重要的代谢和调控作用。从线性结构上来说,一个BGC中的基因通常在基因组中处于相邻的位置;从基因功能上来说,一个BGC中的基因通常共同负责一类通路,生成特定的化合物小分子。因此,BGC作为极具潜力的元件来源,在合成生物学研究中极为重要。然而从序列模式上来说,一个BGC中的基因数量众多且序列差异度大,很难通过序列同源性发掘新类型的BGC。因此,建立生物合成基因簇的智能发掘策略,系统性地发掘BGC并进行验证和转化研究,不论在理论方面还是实际应用方面,都具有非常重要的价值。本文主要基于微生物组大数据,较全面地介绍了BGC挖掘的意义和瓶颈问题,系统性地总结了当前BGC发掘中的数据资源和挖掘方法,尤其是人工智能方法,指出了干湿结合方法对于验证新发掘BGC的重要价值,同时展示了新发掘BGC的多样性和广泛应用领域。最后,展望了结合现有BGC挖掘方法和合成生物学转化,将如何在广度和宽度方面扩展目前的合成生物学研究。

关键词：生物合成基因簇人工智能合成生物学微生物组

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微流控芯片药物诱导细胞凋亡

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中国科学：化学 2011年第10期41卷 1629-1635页

作者：汪耀李颖徐波冯晓均刘笔锋华中科技大学生命科学与技术学院系统生物学系Britton Chance生物医学光子学研究中心武汉430074

发展了一种以微流控芯片为平台的药物诱导细胞凋亡的新方法.选择HeLa细胞为对象,通过浓度梯度芯片形成稳定的药物浓度梯度,诱导HeLa细胞凋亡,利用荧光能量共振转移(fluorescence resonance energy transfer,FRET)成像系统进行实时监测,... 详细信息

发展了一种以微流控芯片为平台的药物诱导细胞凋亡的新方法.选择HeLa细胞为对象,通过浓度梯度芯片形成稳定的药物浓度梯度,诱导HeLa细胞凋亡,利用荧光能量共振转移(fluorescence resonance energy transfer,FRET)成像系统进行实时监测,分析细胞对不同浓度化合物的毒性反应.结果表明,细胞在顺铂诱导下发生明显的起泡和皱缩,FRET比率值逐渐降低,在药物浓度梯度作用下,芯片每个通道内细胞呈现不同程度的凋亡.该方法实现了药物浓度梯度诱导细胞凋亡的实时监测和定量分析,为抗肿瘤药物评价和高通量药物筛选提供了新的手段.

关键词：微流控芯片细胞凋亡抗肿瘤药物筛选浓度梯度

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单个细胞染色体畸变的遗传学分析及实验对策

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中国优生与遗传杂志 2010年第2期18卷 44-46,135页

作者：余小艳龚欣夏炎枝孝感市中心医院产科遗传室湖北432000 华中科技大学生命科学与技术学院系统生物学系 430074

目的对外周血中单个细胞染色体畸变的类型及其临床表现进行遗传学分析并探讨相应对策。方法取两种培养基,采用外周血常规培养法,培养72h后收获制片,G显带,进行核型分析,以每30～100个分裂相中找到1个异常染色体核型作为单个细胞染色体... 详细信息

目的对外周血中单个细胞染色体畸变的类型及其临床表现进行遗传学分析并探讨相应对策。方法取两种培养基,采用外周血常规培养法,培养72h后收获制片,G显带,进行核型分析,以每30～100个分裂相中找到1个异常染色体核型作为单个细胞染色体畸变的诊断标准,并比较两种培养基中出现单个细胞染色体畸变的比例。结果26例外周血单个细胞染色体畸变的畸变类型可分为平衡易位,不平衡易位,倒位,缺失及性染色体数目异常等;主要临床表现包括性发育异常,不良生育史及病残等;两种培养基中出现单个细胞染色体畸变的比例有显著性差异。结论在遗传咨询中,单个细胞染色体畸变有一定的临床意义,具有这种异常的个体生育后代时可考虑做产前诊断;染色体制备要严格控制条件,使用有正规批号的培养基。

关键词：单个染色体畸变细胞遗传学临床表现

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罗氏易位与新人种的产生—湖北省17例罗伯逊易位患者染色体分析

罗氏易位与新人种的产生—湖北省17例罗伯逊易位患者染色体分析

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湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会

作者：王波夏炎枝湖北省妇幼保健院检验科遗传室华中科技大学生命科学与技术学院系统生物学系

目的研究遗传咨询患者中罗伯逊易位的发生率及其对优生优育的影响,探讨罗伯逊易位与物种进化的关系。方法回顾本科室白2004年以来送检的913例外周血标本,通过染色体培养技术,G显带,显微镜下进行核型分析。结果 913例遗传咨询患者,就诊... 详细信息

目的研究遗传咨询患者中罗伯逊易位的发生率及其对优生优育的影响,探讨罗伯逊易位与物种进化的关系。方法回顾本科室白2004年以来送检的913例外周血标本,通过染色体培养技术,G显带,显微镜下进行核型分析。结果 913例遗传咨询患者,就诊原因主要为胎儿畸形、体格或智力发育迟缓及不良孕产史等,共检出罗伯逊易位17例,检出率为1.86%(17/913),并发现罗伯逊易位家系一例,中报世界首报核型一例。结论罗伯逊易位是导致胎儿畸形、智力低下、不良孕产史等疾病的重要原因之一,检出罗伯逊易位携带者并对他们进行生育指导是十分必要的;同时,罗伯逊易位也可为物种的进化提供选择材料。

关键词：遗传咨询染色体罗伯逊易位双罗伯逊易位

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用荧光原位杂交技术对100例羊水标本的产前诊断

用荧光原位杂交技术对100例羊水标本的产前诊断

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湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会

作者：王波夏炎枝湖北省妇幼保健院检验科遗传室华中科技大学生命科学与技术学院系统生物学系

目的:探讨荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术在快速产前诊断胎儿染色体数目异常中的价值。方法 :对100例孕18-23周、有产前诊断指征者,在B超引导下经腹抽取羊水后,应用18号、X、Y染色体着丝粒探针以及13q14和2... 详细信息

目的:探讨荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术在快速产前诊断胎儿染色体数目异常中的价值。方法 :对100例孕18-23周、有产前诊断指征者,在B超引导下经腹抽取羊水后,应用18号、X、Y染色体着丝粒探针以及13q14和21q22特异性探针,对未培养的羊水间期细胞进行荧光原位杂交(FISH),然后用荧光显微镜进行观察,并用荧光成像系统进行摄像和后期处理。结果 :100例产前诊断者中,羊水间期细胞染色体数目正常者99例,染色体数目异常者1例(47,XX,+21),此例经引产后取脐血,经核型分析证实。结论 :FISH可以快速、准确的诊断胎儿染色体数目异常。

关键词：荧光原位杂交染色体异常产前诊断羊水

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TERE1/UBIAD1连接脂代谢与肿瘤发生的桥梁

TERE1/UBIAD1连接脂代谢与肿瘤发生的桥梁

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湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会

作者：夏炎枝王波魏雄吴时敏王西明红凌分子生物物理教育部重点实验室华中科技大学生命科学与技术学院系统生物学系华中科技大学同济医学院基础医学院生物化学与分子生物学系湖北省妇幼保健院湖北省医学遗传中心华中科技大学同济医学院附属同济医院病理研究所病理学与病理生理学国家教育部重点学科分子生物物理教育部重点实验室华中科技大学生命科学与技术学院系统生物学系

实验室负责人红凌教授在研究模式生物果蝇全基因图谱时,发现并克隆了一种新的抑癌膜上异戊烯化转移酶基因-黑血点(Heixuedian,Heix),经序列对比发现它与人体移行上皮反应基因TERE1(transitional epithelial response gene)/UBIAD1(UbiA ... 详细信息

实验室负责人红凌教授在研究模式生物果蝇全基因图谱时,发现并克隆了一种新的抑癌膜上异戊烯化转移酶基因-黑血点(Heixuedian,Heix),经序列对比发现它与人体移行上皮反应基因TERE1(transitional epithelial response gene)/UBIAD1(UbiA prenyltransferase domain containing 1)同源。TERE1/UBIAD1/HEIX突变能引起包括膀胱癌在内的人体多种肿瘤、由脂代谢紊乱而引起的角膜晶体化SCCD(Schnyder crystalline corneal dystrophy)及果蝇的血癌,但目前TERE1的抑癌分子机制并不清楚。本实验主要应用了免疫组化,siRNA、定量PCR、免疫印迹等方法研究了TERE1的抑癌分子机制。我们的实验首次阐明在膀胱癌组织中TERE1的mRNA和蛋白水平较正常膀胱组织明显降低的同时,人体端粒酶逆转录酶(human telomerase reverse transcriptase,hTERT)在癌组织中高表达。在细胞水平我们得到了类似的结果。当我们用siRNA技术将正常细胞株TERE1基因沉默时,hTERT出现异常的高表达。我们进一步的实验研究还发现在TERE1明显低表达和hTERT高表达的膀胱癌细胞系,磷酸化的MAPK蛋白水平异常增高。我们推测TERE1可能是一类新的抑癌基因,TERE1失活则会导致Ras-MAPK信号通路激活,引起hTERT大量表达导致肿瘤的产生。

关键词： TERE1 MAPK hTERT 膀胱癌

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